按照大清国的制度，后妃是不能够干预朝政的，但孝庄却是个例外。她本身对大清国的建立和发展具有非常突出的贡献，而且拥有十多年的政治经验。因此康熙登基刚刚两个多月，就有大臣上书请太后垂帘听政，以保证大清国的盛世长久。
当时安徽有位叫周南的秀才，千里迢迢赶到北京，请求皇太后垂帘听政，被孝庄严词拒绝了。因为在清朝建国之初，曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政。孝庄当时虽有足够的声望与资历临朝，但此例一开，将来或许会贻息后代。因此她坚持了大臣输政的体制，把朝政托付给四位大臣，自己则倾力调教小孙子，培养他治国安邦的才能，以便他亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。
孝庄之所以没有答应垂帘听政，是因为她更愿意康熙能够更快地成长起来，早日适应皇帝的角色，能够独立处理好国家大事。在孝庄的安排下，康熙一方面直接听政，另一方面不放弃学习提升自己。自此，孝庄开始对孙儿尽心尽力地培养。这时候的孝庄已经四十八岁了，她在太宗皇太极在位的时候就已经是地位极为显赫的庄妃了，而后又辅佐了顺治皇帝十八年。很显然，她对于处理朝政已经积累了丰富的经验。
经过孝庄恰当的教导，康熙养成了很多良好的习惯，比如康熙时常俨然端坐。康熙在教育自己的孩子时经常说，朕自幼年登基到现在，不管是与朝臣讨论问题处理政事，还是与文官们讨论经书历史，即便是与你们一起谈论家庭的事情，坐在一起谈笑聊天，我没有一次不是俨然端坐的。这是从小养成的好习惯，体现了我素日来的涵养。
孝庄还教育康熙，祖宗是骑在马背上打下的江山，这种武功技艺不能荒废了。康熙很听从祖母的话，每天刻苦锻炼身体，学习百般武艺。由于顺治皇帝崇尚汉学，曾经伤害过满洲贵族的利益，有些大臣就不支持康熙再去学习。但是孝庄思考再三，还是排除众人的异议，决定挑选最好的老师，让康熙学习汉学。跟顺治一样，康熙对汉学也建立了浓厚的兴趣。他曾经回忆说，我八岁登基就懂得勤学好问，我身边的老师都是读书之人。康熙渐渐明白，要做好一个君主，必须付出比普通人多得多的努力，需要不断地接受考验，拥有非凡的勇气和智慧。康熙二年（1663年）十月，孝庄被尊称为圣祖母皇太后，十月，康熙皇帝率领朝臣为祖母献上了新的尊号，孝庄被尊为太皇太后。