鳌拜自觉对大清贡献很大，他有足够的理由相信自己是大清无比依赖的中坚力量。他认为康熙皇帝“尚在年幼”，由自己来管理大清朝政是理所应当的。他在许多场合都喜欢把“帮助大清”等字眼挂在嘴上，来渲染自己危难中挽救大清集团的救世主角色。他的这种态度，让康熙已经忍无可忍。此时，朝廷中大多数的重大决策都是鳌拜代理决策的，其他人大都是附议。
苏克萨哈虽然有时会提出反对意见，但由于势单力薄，往往无济于事。在四大辅臣辅政的日子，鳌拜几乎是“一言堂”。由鳌拜、索尼、苏克萨哈和遏必隆所构成的四人辅政集团，决定了大清几乎所有重大决策。但是由于他们具有不同的观念，并且代表不同的利益团体，他们渐渐地就不再一心，而是分成三个派系：第一个派系是忠心辅政的大臣，成员有苏克萨哈等人，他们反对鳌拜的“高速扩张”战略，更鄙夷鳌拜的损公营私行为。也正是因为这样，苏克萨哈才得罪了鳌拜，并为自己招来了杀身之祸。第二个派系是以老臣索尼为代表的开朝元老们，他们对大清具有深厚的感情，对朝廷具有不容置疑的影响力。第三个派系是鳌拜、班布尔善和遏必隆等人，这一派系权力最大、影响最深，在大臣中几乎大半都属此派系。资格最老的索尼因平素厌恶苏克萨哈，见鳌拜日益骄恣并与苏克萨哈不容，因已年迈多病，故对鳌拜的所作所为向来都不阻止。
遏必隆与鳌拜同旗结党，什么事情都会附和。苏克萨哈威望尚浅，“心里明白自己不是鳌拜的对手，不能争得太厉害”。在四辅臣的讧斗中，鲜明地形成两黄旗对一白旗，三比一的局面，这也是鳌拜敢于背叛“誓词”，独揽朝政的重要缘由。
苏克萨哈势孤力单，快快不快。由于朝中无人可与鳌拜抗衡，鳌拜的这种专横跋扈表现得愈演愈烈，后来鳌拜甚至发展到擅自处决苏克萨哈的地步。
康熙六年（1667年）三月，大臣索尼等人上书，希望皇帝能够亲政。奏请的人中也有鳌拜，他心里当然不想让皇帝亲政，但是迫于各方面的压力，他还是得做个样子出来。大臣们屡次请求康熙亲政，他都没有答应。康熙对其他人说自己要过几年再亲政，这是康熙的一个试探性的做法。
孝庄的意思也是再观察一段时间，等待时机。正在这个时候，索尼去世了。为了不让大权全部落到鳌拜的手中，康熙有点着急了。孝庄特别为康熙安排了一个过渡阶段，让他在实践中慢慢地磨炼自己，逐步地提高执政能力，同时也让大臣们有一个适应的过程，将他们在权力交接的过程中产生的失落感降低到最小的程度。
索尼去世了，康熙这时候也开始亲自处理政事，但事实上，大权还是掌握在辅臣手中，特别是鳌拜的手中。康熙六年（1667年），苏克萨哈呈上了一个奏折，他请求退休驻守先帝福临的孝陵。苏克萨哈此刻觉得，他自己的实力确实已经无法与鳌拜进行抗争了。一方面索尼死后，鳌拜更加肆无忌惮处处排挤自己，苏克萨哈在这个时候打算采取一种躲避的方式。可在另一方面，他又对自己的失败心有不甘，就是自己离开，也想要拉鳌拜一起下马。他想请求朝廷派他去守陵园，因为这样一来，既避免了与鳌拜的正面冲突，而且还在暗中给了鳌拜一个无形的压力，即作为排名更加靠前的辅政大臣，都可以在皇帝亲自主持政务之后放弃特权，你鳌拜怎么就不可以呢？他这样要求退休，实际上就是要求鳌拜和遏必隆一起退休。
对此，鳌拜当然不能容忍了，他决定彻底扳倒苏克萨哈。他恼羞成怒，走了一步谁都没有想到的、极其狠心的棋。鳌拜居然在苏克萨哈的奏章里挑出了毛病，并把苏克萨哈要前往守陵园的行为视为大不敬。另外，鳌拜还联合自己的党羽，故意搜罗了苏克萨哈的很多罪证，并以这个为借口，召集王公大臣们议论苏克萨哈的罪行。他拟出了苏克萨哈二十四条罪状，用一些莫须有的罪名，要将苏克萨哈置于死地。
议罪的那天，鳌拜把所有可能倾向于苏克萨哈一边的大臣全都排除在外。康熙知道，鳌拜等早就把苏克萨哈看成眼中钉肉中刺，积怨已深，于是不准奏。鳌拜却撸起袖子上前，强行上奏了好多天。大臣们也在鳌拜的压力下，奏请皇上，如果不斩杀苏克萨哈，他们就不再当官了。如此一来，康熙只好同意。最终，苏克萨哈被判处了死刑。不仅如此，鳌拜还非常残忍地打算凌迟处死苏克萨哈和他的长子。鳌拜将苏克萨哈六个儿子、一个孙子和两个兄弟全都处斩了，并没收了他们的家产。
鳌拜铲除了苏克萨哈，为他全面擅权扫清了道路。应当指出，孝庄在整个事件中，虽然没有正面与鳌拜交锋，但是也没有全力去保护苏克萨哈。因为，孝庄对苏克萨哈本身存在着一定的不满，苏克萨哈之所以能够成为辅政大臣，是因为他先与多尔衮建立了良好的关系，处处逢迎他，后来多尔衮去世，他又出来向顺治告发了多尔衮的种种过失，使得多尔衮的尸骨无存。所以，孝庄在苏克萨哈生死存亡的关头，压根没有做更多的努力。
在铲除苏克萨哈之后，鳌拜的权势进一步扩大，他也更加无法无天。有一次康熙去狩猎，让鳌拜告诉自己的祖母，鳌拜居然不遵旨，反而说：“你自己去奏请吧！”全然不尊重皇帝的权威。他压根就瞧不起皇上，他以为皇帝就应该像以前一样，乖乖地听自己的摆布。
为了牢牢握住手中的权势，鳌拜决定一开始就压制住皇上的气势。对此，年纪日益增长的康熙也越来越不满。孝庄语重心长地对康熙说，现在还不是和鳌拜翻脸的时候，为了国家的稳定和长远的发展，最后的胜利才是最重要的，要忍得一时的怒气。
康熙明白，要一步步慢慢地计划，在不损伤国家社稷的前提下，想办法消除鳌拜和他的党羽。另外，鳌拜等人保守倒退的思想和政策，让汉族和满族之间的矛盾更加深了。