就在大家对宫廷布库戏习以为常的时候，年仅16岁的康熙皇帝采取突然行动，迅速、彻底地清除了鳌拜集团。
康熙八年（1669年）五月十七日，康熙先召索额图进宫，以演布库戏为名，找来十几个少年在宫内练习武艺。为了一举擒获鳌拜，康熙皇帝在各方面都做好了周详的安排，他先把鳌拜的部分党羽分别遣散出去，然后为鳌拜准备了一把已折断一条腿的椅子。计划在鳌拜进宫后坐上这把断腿椅跌倒时，更加便于被制伏了。
一切如计划一样。康熙先召鳌拜进宫，请鳌拜坐下，让一名随身侍卫站在鳌拜身后，随后又给鳌拜赐茶。内侍给鳌拜呈上的是一只用沸水煮过的茶碗，鳌拜接过后觉得非常烫手，一松手使得茶碗落地。就在鳌拜俯身捡碗的时候，身后的内侍趁机把他推倒，然后十多个年轻的侍卫一拥而上，制伏了身材魁梧高大有力的鳌拜。
然后，康熙又秘密地抓捕了鳌拜的同党，因为所有的行动都是非常保密的，所以抓捕工作进行得特别顺利。鳌拜被捉后，康熙下令研究鳌拜的罪责，经过康亲王等人的讨论，认为鳌拜一共犯有三十多种大罪，是应该灭九族的。
考虑到鳌拜对朝廷所作的贡献，康熙对他给予了宽大的处理，免除了他的死刑，只是判他终身监禁，并没收了他的财产，鳌拜的党羽也只是处死了几个最主要的干将，其余都免除了罪责。遏必隆也被免罪，仅仅革去了太师的职务，后来又重新归还了他的爵位，恢复了对他的信任，这样一来，更加团结了镶黄旗。
鳌拜落网之后，他的党羽四散，威胁皇权的鳌拜集团就这样未动一刀一枪，被连根拔除了，康熙轻松地夺回了权力。这场惊心动魄的政治较量，是康熙皇帝亲临政务之后，在孝庄关键性的指导和帮助下精心准备后完成的。鳌拜被除掉之后，大权重新回到了康熙的手中，孝庄把所有的功劳都归于孙子康熙的身上。尽管在外人看来，一个年幼的孩子从计划到实施，做成惩治鳌拜这样一件大事是完全不可能的。确实，如果没有孝庄在背后的指导支持，完全没有经验的康熙不可能做得如此地举重若轻。
后来康熙也多次回忆道，如果我没有太皇太后的指导，一定不会有今天的成就的。此后，康熙下令设立“南书房”，其职责是秉承皇帝意志拟写谕旨、发布政令，这样就把中央权力从“议政王大臣会议”的王公贵族手中夺回。康熙皇帝实施恢复内三院为内阁等措施，以加强皇权。康熙皇帝在极短的时间里，一步步成功地将中央和地方的权力集中到自己手中，巩固了封建中央集权制度。康熙真正地掌握了大清朝的大权后，努力改善满洲和汉族的关系，推崇孔儒之道；充分发挥汉族官员的积极性，发展生产，改善经济状况。短短几年的时间，大清政局得到了进一步的巩固，大部分的汉族地主阶级很坚定地拥护他，社会经济也得到了很大的发展。
铲除鳌拜后，康熙还很快下令永远停止圈地、占用民间房屋土地的行为，缓解了社会矛盾，得到了百姓的信服。这一系列措施，为后来平复三藩打下了坚实的基础。
铲除鳌拜的行动让孝庄非常欣慰的是，康熙可以处理一些大事了，而且能处理得非常好。
这时候孝庄开始考虑康熙的终身大事了，她为了避免出现顺治当年的悲剧，不再把婚姻限定在传统的满蒙联姻上。而且这个时候，清军入关已经有十几年的时间，满蒙联盟已经可以说是非常牢固了，也没有必要再拘泥于满蒙联姻，将此作为维系两族关系的桥梁。
因此，孝庄虽然按照惯例为康熙皇帝选择了妃子，操办了一切的婚事，但她还是很灵活的，可以适时改变自己的政策。
康熙四年（1665年）的时候，康熙娶了那赫舍里氏为皇后，这个女人是满洲贵族，非常通情达理，具有大家闺秀的风范，康熙对她宠爱有加。后来皇后因为生产皇六子的时候难产去世了，她去世的时候还不到二十二岁。
康熙对此非常悲痛，曾经在皇后死后的半年里，连续去悼念皇后三十多次，由此可见两个人的感情非常深厚。在以后的三年里，康熙没有再立皇后，直到丧期满了，他才娶了第二位皇后。新皇后是遏必隆的女儿钮钴禄氏，这个女子非常喜欢读书，因此与康熙有很多的共同语言，进一步增加了两个人的感情。
可惜半年后这位皇后也去世了，留给康熙无尽的伤痛。康熙的第三个皇后就是佟佳氏，虽然他们感情很好，但是康熙册立她为后的时间很晚，她在三十岁的时候去世了。
在佟佳氏去世之后，康熙再也没有册立皇后，足见他对佟佳氏的深情。康熙的内心世界非常的丰富，感情非常的真挚细腻，他三次失去皇后，内心遭受的痛苦也是非常多的。