康熙铲除鳌拜之后，陆续实行了一系列有利于社会发展的政策，让整个国家呈现出一片繁荣的景象。为了实现真正的统一，康熙着手平定三藩、收复台湾。
康熙铲除了鳌拜之后，陆续实行了一系列有利于社会发展的政策，使得国家太平，人民安居乐业。但是此时康熙并没有高枕无忧，因为国家还存在着一个很深的隐患就是三藩，只有削平了三藩，才能真正实现大清的巩固统一。当时，镇守云南的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚可喜（子之信）和镇守福建的靖南王耿精忠三个人，因为曾为清朝建立战功而被封王，史称“三藩”。
三藩占据着非常重要的地理位置，这几个人手中也拥有兵权，是清初拥有武装力量最强大的地方势力。在这三股势力中，吴三桂的实力最强。吴三桂、尚可喜和耿继茂都是来自辽东的汉人，为了清朝的开国南征北战立下了功勋，清王朝为了表彰他们的功劳，安抚军心，赐给他们高贵的爵位，并且给了他们很多封地。
从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家征赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两。竭全国之财力，尚不足一藩之需求。三藩拥兵自重，还在暗中相互勾结，在南方建立了他们自己的独立王国。
到了康熙初年，财政困难局面仍旧未见好转，国家的钱粮大半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里，设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。平西王吴三桂还自行选派官员，称为“西选”。表面上看起来，他们是在保卫着清朝的疆土，但他们只不过是装作臣服于清朝的统治，其实都在心里暗藏着野心。他们暗地里也制造了兵器等，等待着机会成熟，就会起兵造反。在吴三桂镇守的土地上，人们甚至只知道平西王，而不知道有朝廷。
康熙帝除鳌拜后，三藩成为他最大的心病。他要削平三藩，强化皇权。当时，朝臣主张不可撤藩的占绝大多数，支持撤藩的只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰等少数官员。
这一年康熙已经二十岁了，但是他的很多行动还是要先告诉他的祖母，然后再施行。其实早在撤藩之前，孝庄已经对驻扎在南方的几个藩王怀有戒备之心。当年孝庄曾感念孔有德夫妇的忠烈，收留了他们唯一逃出的女儿孔四贞，并带回到宫中收养。
孝庄和顺治曾经对她关爱有加，后来被封为和硕格格，成为了孝庄的义女。她是唯一一位汉族的公主，孔四贞成年后，孝庄把她许配给了孙延龄。在三藩叛乱中，孙延龄归顺在吴三桂的门下，但是正是由于孔四贞的规劝，孙延龄归顺了朝廷，所以孔四贞对孝庄是很感恩戴德的，在平藩中也发挥了很大的作用。
二十岁的康熙帝努力劝导众臣，排除大家的非议，他认为：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈（yong）成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”
三藩各自为王，康熙深觉不妥，吴三桂骄恣妄为更令康熙耿耿于怀。康熙十二年（1673年）二月，尚可喜又一次（这是第十一次）疏请回辽东养老，并提出由其长子安达公尚之信镇守广东。康熙批准尚可喜归老辽东，却以“尚之信跋扈难制”为由，不允许他袭平南王爵，并下令撤藩。康熙这一举动立刻刺激到了吴三桂和耿精忠，这两个早就想取康熙而代之的藩王开始坐卧不安了，于是他们同时上疏提出撤藩，用以试探康熙。
康熙召集群臣商议对策，许多大臣认定这是吴三桂和耿精忠的投石问路之计，如果同意撤藩，他们必然会举旗造反，战争就会由此拉开序幕。
康熙早已知道削藩不是一件容易解决的事情，打仗是唯一的办法，于是他对众臣说：吴三桂蓄谋已久，造反做皇帝是他多年来的心愿，如果现在不撤藩，只能给他更多的时间筹备；如果现在撤藩，他可能会马上举旗，但是他并没有准备好。朝廷怎能姑息养奸，让他万事俱备之后再造反？于是康熙下诏吴三桂和耿精忠北归，同意撤藩。
吴三桂接到圣旨后，知道这个小皇帝绝对不能容忍他在西南肆意妄为，撤藩已经是必然的结果。如果自己北归肯定不会有好结果，唯有造反这一条路，也许可以让自己成就一番天大的事业。于是，经过半年的筹备，吴三桂终于竖起了反旗。
中国古人做事讲究师出有名，吴三桂也不会违反这个规则。当时反清复明的人士甚多，于是他脱掉清朝官服，换上明朝将军的盔甲，在永历帝墓前痛哭忏悔，发誓驱除鞑虏，恢复汉人江山。然而，吴三桂是清军入关的大功臣，当年他把满人领进山海关，逼死永历帝，帮满人夺取明朝天下，这是当朝平民都知道的史实，这时他又反戈，要反清复明，谁也不会相信。
吴三桂起兵之初，曾一路凯歌，占领了不少城市，一直攻到湖南。然而他深知凭自己现在的实力无法对抗朝廷，于是他派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起造反。这两个藩王知道，造反也许是唯一的一条生存之路，否则永无抬头之日。现在正好有吴三桂共事，正是最好的时机，于是共同响应吴三桂举事，这便是清史上著名的“三藩之乱”。
三藩之乱时，南方彻底被藩王的军队占领，朝廷大多官员惊慌失措。然而，康熙深知这三个人互相猜疑，不过是乌合之众，绝不会长久。于是，他调动兵力抵挡吴三桂，同时对其他两个藩王施展缓兵之计，给尚之信和耿精忠下诏，决定不撤他们的藩王爵位。尚之信和耿精忠见吴三桂军事进展不大，便又准备投降朝廷。
南方本就是吴三桂多年经营的势力范围，所以开始极其顺利。然而向北方进军之后，便越来越不容易了，直到后来两军相对，谁也无法取得决定性的进展。
八年之后，吴三桂眼见兵源和物资无法随时补充，忧心积虑，大病之后一命呜呼。
康熙二十年（1681年），清军三路南下，挺进云南昆明，吴三桂的孙子吴世瑶被迫自杀。清军终于剿灭了所有叛乱的军队，粉碎了他们的势力，彻底平定了南方。
在三藩叛乱的八年中，孝庄祖孙两人经历了很多的考验，而且此时，康熙的个人生活也遭遇了种种的不幸。康熙十三年（1674年），皇后赫舍里氏不幸因为难产去世了，四年后，第二位皇后钮钴禄氏也生病身亡。两位爱妻的先后去世给康熙带来很大的伤害和打击，康熙十八年（1679年）七月，北京又发生了大地震，京城内的房屋大片倒塌，人畜伤亡严重，康熙觉得非常伤心沮丧。
然而祸不单行，十二月初三，太和殿又突然失火，遭到了毁坏。孝庄—再劝康熙不要过分地忧虑，要保护好身体，她让生病的康熙休息几日再上朝处理政事。但是康熙心里念着国家大事，还是接着开始听政了。
眼看着孙儿日渐消瘦，孝庄心中实在不忍，只好换了一种方式继续劝阻孙儿，希望他好好地休息。她传谕旨，让孙儿去南苑疗养。康熙知道这是祖母的一片苦心，就去了南苑。见此孝庄的心里才稍微有了一点宽慰。就这样，祖孙二人共同经历了辅臣之争，铲除鳌拜，以及三藩之乱等一系列的政治风波。在孝庄的关爱下，康熙渡过了一个又一个政治难关，康熙把这些的功劳都归功于祖母孝庄。康熙帝励精图治顶住三藩叛乱时清军节节败退的压力，选用了很多有将才的官员，加强战士们的武器装备。又采取剿抚兼用的方法，逐渐把劣势转变成了优势。平定三藩是很重要的成果，具有非常重要的历史意义，它的重要性甚至不亚于清军入关。
吴三桂叛乱后，大学士索额图还曾经主张处斩建议撤藩的官员，康熙态度明确地否定说，此举出于我，他们有什么罪呀？
他公开了吴三桂的罪责，决心讨伐。诸多的祸事来临时，康熙都没有丝毫的退缩，表现了他超强的君主气魄和从容不迫的品质。
康熙果断地将住在京城的吴三桂的儿子吴应熊处死，以此来表达他必然平复叛乱的决心。这个消息传到吴三桂的耳中，令他大吃一惊，觉得自己低估了康熙的能力。
吴三桂叛乱之后，清军大军南下进行镇压，但是由于北部空虚，康熙十四年（1675年）三月，察哈尔蒙古亲王布尔尼趁机发动了叛乱。面对清朝腹背受敌的局面，康熙心急如焚，孝庄建议他说，图海才能出众，可以委以重任。
另外，布尔尼的叛变让孝庄非常伤心，因为布尔尼是姑姑哲哲的长女所生的儿子，孝庄一直把他当做亲外孙一样看待，此刻她只能希望布尔尼悔过自新。
康熙听从了祖母的建议，任命鄂扎为抚远大将军，图海担任副将军，北上征讨布尔尼。康熙还特意嘱咐了他们，要告诉布尔尼，皇上不忍心诛杀他，如果他愿意悔过，仍然会优厚地对待他、保全他。图海是大清的重臣，也是正黄旗人，任中和殿大学士兼任礼部尚书，并且加封太子太傅。
图海的仕途曾经有所起伏，他得罪过顺治皇帝，遭受过处罚，他的主张也经常会有与皇帝的旨意不同的地方，他这个人有时候还有点桀骜不驯。但孝庄一直看重他，认为他有大才，处处维护他，希望他能在关键时刻担当重任，维护大清的江山社稷。
鄂扎虽然被任命为大将军，但他此时刚刚二十岁，什么都不懂，于是康熙让他不论什么事情都要与图海多多商量。因此在征伐布尔尼的战争中，实际上是图海起了主要的作用。
当时，京城里已经没有什么兵力可以调遣了，因此图海奏明皇上，要挑选八旗中健康、勇敢的子弟和家奴充军作战。当听说孝庄太后要组织八旗的家眷、壮丁、帮工打退察哈尔王叛军时，很多人都沉默了下来。毕竟他们的家眷要上战场了，他们的疑惑和担心也是人之常情。孝庄太后斩钉截铁、铿锵有力的话让所有的人都深感孝庄的威严，不能拒绝，于是纷纷跪在孝庄面前恭恭敬敬地说了两个字：“遵旨。”
就这样组织起了一支数万人的军队。康熙命令军队不准扰民。但是，图海大胆地违抗了这个命令。到达察哈尔后，图海告诉这支家奴军队，察哈尔有数百年的基业，有数不尽的珠玉财宝，你们只要从这场战争中夺取之，就可以富贵终身了。很多士兵听罢图海的话备受鼓舞，跃跃欲试。尽管布尔尼也做了精心的准备，但是这数万人的军队全力战斗，还是让布尔尼输得丢盔弃甲。
胜利的消息传到京城，康熙非常振奋。当这支军队凯旋回来后康熙亲自犒劳了众将士。康熙问图海道，你为什么胆敢放纵自己的士兵抢劫呢？图海回答，我知道这是不对的，但是家奴们临时组织成的军队根本无法对抗强大的对手，只有用这些金银钱币来诱惑他们，使得他们勇猛全力杀敌才能取得胜利。皇上当时得知这件事情时，并没有处置我，而是在得胜后的今天才责备我，皇上真的是很英明的。
康熙听后大笑说，我早就知道你必然会有所大的作为的。康熙十五年（1676年），图海再次不辱使命，急赴陕西积极地招降了辅臣及其属下，在他的努力下，陕西得以安宁。
紧接着，图海又招降了吴三桂手下的陈彭及其拥有的四万八千多人马。此后，图海连续多次击败了叛军，为清军平复三藩叛乱作出了卓越的贡献。康熙曾多次夸奖他，还多次赐诗表扬他。图海之所以能立下如此的功勋，与孝庄这个伯乐也是分不开的。
大清国从平定三藩的那一刻起，才实现了真正意义上的全国的统一。福建的耿精忠和广东的尚之信，都在清军强大的攻势下举旗投降，剩下吴三桂孤军奋战，很快陷入了很不利的境地。为了以防万一，吴三桂匆匆地在康熙十七年（1678年）三月一日称帝，国号大周，年号昭武。然而他只做了五个月的皇帝就撒手人寰了，他的孙子吴世瑶继承了他的职权。但在清军强大的攻势下，吴世瑶也只是顽强抵抗了几个月就再也撑不下去了，次年二月他在昆明被包围，十月城池就被攻破了，最后不得已他就自杀了。
康熙迫不及待地把这个胜利的消息告知祖母，让孝庄同他一起享受胜利的快乐，请求为皇太后上徽号，康熙更是把这次三藩平定的功劳全都归结到祖母用心的计划和对他的栽培教诲上。但是，孝庄仍然一如既往地将功劳荣誉全部给了康熙，她下达懿旨，说自从叛乱开始，已经八年了，皇帝日夜劳神辛苦，运用良好的战术，屡立奇功，获得最终的胜利，使得国家得到安宁静谧，应该让皇上得到尊号，而我只是长期居住在深宫之中，不参与外界的事情，如果让我接受这个尊号，我心里会愧不敢当的。但是康熙没有听从祖母的话，他再次上奏劝说祖母同意，经过康熙多次劝说，孝庄终于答应接受徽号和庆典。