日本政府对国民党进行政治诱降后，国民党军队从1939年1月至11月，制造了“平江”、“博山”、“确山”等多起围攻我八路军后方机关及抗日民众的流血事件。1939年12月至1940年8月，国民党在我敌后根据地的四个区域内发起了抗战以来的第一次反共高潮。
1939年12月10日夜，国民党甘肃省主席兼第八战区司令长官朱绍良指使陇东三区专署保安队会同国民党正规部队第九十九师一个团向我陕甘宁边区宁县一个营的兵力发动突然袭击，致使该营伤亡过半。14日，八路军三八五旅驻西峰办事处遭到袭击，同日又袭击了我八路军驻镇原一个营部。接着，国民党军队除在陇东马渠、孟琪、太平等地大肆捕杀八路军战士及抗日民众外，还大量集结部队，伺机进攻中共中央所在地——延安。
为了粉碎国民党军队对陕甘宁边区的进攻，八路军三五九旅奉命从山西回师边区，会同边区留守兵团对国民党军队进行了自卫还击，一举歼灭了绥德保安第七中队，驱逐了反共分子何绍南，解放了绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧等县，使晋西北抗日根据地和陕甘宁边区连成一片。
盘距山西的阎锡山，为了配合国民党的反共高潮，借日军之手削弱八路军的力量，于1939年12月初，命决死二纵队向日军发动“冬季攻势”。遭到拒绝后，即诬蔑二纵队为“叛军”，令六十一军军长陈长捷率部“讨伐”隰县、孝义一带的八路军晋西支队和决死二纵队。我决死二纵队与敌激战20多天后被迫突围。之后，阎锡山又在晋东南的沁水、阳城、晋城、高平、长治等地极力摧残我抗日政权，我600多名共产党员和进步分子被杀害，决死三纵队受到重大损失。1940年1月，阎锡山又逼迫八路军撤至白晋路以东，邯长路以北地区，将太南、岳北让给阎军，遭到八路军的坚决抵抗。
在反共活动猖獗的冀南地区，石友三于1940年1月下旬命令孙良诚、高树勋等部17000余人结集于南宫、观城一带，将八路军东进纵队两个连、青年纵队一个连缴械，并准备发动大规模的武装进攻。为了反击该地区顽军，八路军前总根据中央军委的指示，由宋任穷和程子华率领20多个团于2月11日发起反顽战役，共击溃歼灭顽军5000余人，并将孙部赶过卫河。不甘心失败的石友三又勾结日军，企图挽回败局。宋任穷、程子华以17个团的兵力，再次歼灭石友三部6000余人，彻底粉碎了石友三企图联结太行、直南和鲁西的反动势力，切断我八路军华北与华中的联系，使冀鲁豫根据地得到了进一步的巩固。
与石友三部相呼应的国民党鹿仲麟、朱怀冰部也在平汉路以西进行反共摩擦活动。为了巩固太行地区，有利于抗日游击战争的正常发展，刘伯承与邓小平指挥八路军13个团的兵力，于1940年3月5日发起了磁（县）、武（安）、涉（县）、林（县）战役，消灭朱怀冰部第九十七军军部和所属第七十四师等部。3月8日，在姚店附近歼灭朱怀冰部万余人，朱部残敌2000余人逃至修武县境。至此，国民党反动派发动的第一次反共高潮被全面打退。
为了团结抗战，避免同国民党军队进行大规模作战，中共中央派王若飞、萧劲光于1940年2月25日在宜川县秋林镇同阎锡山进行谈判并达成协议。3月中旬，朱德与卫立煌进行会谈，主动让出了晋东南之陵川、林县、长治、壶关、晋城、阳城、高平及豫北等地区，达成了以漳河为界的双方作战区域，使国民党当局承认了八路军在华北的优势地位，承认了团结抗日、分区作战的原则。