可是，孙科回到南京不久，便向李宗仁递上了辞职书，不管李宗仁怎样挽留，他还是要辞去行政院长职务，李宗仁无法，只得照准。没有了行政院长，也就等于没有了行政院，费了好大劲，李宗仁还是个没有行政机构的光杆代总统，他主持的南京政府仍是个残缺破烂的摊子，不能发挥政府的职能作用，严格地说，国民党已经没有政府了！恰在这时，颜惠庆、章士钊、江庸和邵力子从北平访问回来了，他们向李宗仁报告了上半月的情况和结果，表明共方确有诚恳的和平之意，并说共方和平代表人选及双方和谈地点问题，不久亦可决定。他们还带回了中共中央主席毛泽东给李宗仁的一封信。“上海人民和平代表团”返回南京之后，沪、宁一带和谈空气一时显得更浓，各界人士都把眼睛盯着代总统李宗仁，看他下一步怎么走。李宗仁正急得火烧眉毛一般，寻找行政院长的适当人选。
桂系集团虽然可以推黄绍竑为行政院长，但是，这样做显得派系色彩太浓，会大大地刺激蒋系中人，将使现政府更处于不利的地位。权衡再三，白崇禧提出以何应钦为行政院长，因何与李、白曾经合作过，多年来互相关系友好，且何应钦又是蒋介石系统的重要人物，以何组阁，既可维持府院一致的行动，又可争取蒋系中人，特别是手握重兵的黄埔学生。李宗仁便请白崇禧和总统府秘书长吴忠信，带着他的亲笔信函到上海去邀请何应钦来南京组阁。可是不论白崇禧和吴忠信怎么说，何应钦始终不答应到南京来，最后，只得由代总统李宗仁亲自出马，前往上海劝驾去了。
何应钦自辞去国防部长后，便到上海闲居，前不久，又到杭州汤恩伯的别墅中，过了一段闲散的隐居生活。回到上海后，终日在他的公馆里养鸟种花，不闻时事。其实，他的内心却不平静，那颗埋在胸膛最深处的野心，并未因蒋介石在东北、华北和徐蚌一败涂地，而有所消沉泯灭。他一辈子也忘不了取蒋而代之的迷梦。眼下，蒋介石下野了，李、白重新登台，何应钦自然想起民国16年，他与李、白在南京度过的那一段“蜜月”。只是好景不长，第二年老蒋就回来了，以后蒋、桂交锋，李、白几经浮沉，想不到22年后，他们又把老蒋撵下了台，这两个广西佬也真有手段！
何应钦正密切注视着事态的发展，他估计，李、白必然会来请他出山帮忙，因为老蒋虽然下野，但仍在幕后操纵，那些手握重兵的“天子门生”，李、白是指挥不动的，非得请他发号施令才行。何应钦正在为自己的出路费脑筋的时候，白崇禧和吴忠信终于登门拜访了。白崇禧把李宗仁的亲笔信交给何应钦，接着便说道：
“敬公，德公请你到南京去帮他的忙，我看无论无何你都要去的。”
“嗨，健生兄，感谢你和德公看得起我。”何应钦摆出一副隐者的架子，悠悠然地说道，“不过，我现在的兴趣不是做官，而是打猎。来，请你和礼卿兄来看看我的猎枪、猎具和猎犬吧，嘿，全是一色美国货哩！”
何应钦也不等白崇禧和吴忠信说话，便把这两位南京来的使者拉到他后花园的一间房子里，他先命卫士牵出那匹有小牛犊一般高大健壮的黑色猎犬来，说道：
“这是一位美国陆军中将送给我的，连老虎见了都怕它三分呢！”
白崇禧本来也酷爱打猎，对这只黑色猎犬亦很感兴趣，便说道：
“待有闲暇时，我请敬公到鸡公山去围猎。”
“好，好。”何应钦脸上挂着心满意足的笑容，“到时我们都玩个痛快。”他又命卫士把他从美国带回的双筒猎枪、夜猎用的探照灯、瞄准镜一一拿出来让白崇禧和吴忠信看，白崇禧连连夸赞说：
“好货色！好货色！”
吴忠信是文人，对打仗和打猎都毫无兴趣，但对官场中的各种人和各种手腕都是洞若观火，只见他把何应钦那支乌黑发亮的双筒猎枪笨拙地往肩上一扛，笑道：
“敬之兄，你就把这支猎枪送给我吧！”
“啊？礼卿兄何时爱上围猎的呢？”何应钦与吴忠信都是贵州人，互相很了解，他不知道这位老乡说这话是何意，忙用诧异的眼光看着对方。
“哈哈，记得去年5月，蒋总统命我来上海劝请健生兄出任华中‘剿总’总司令，我到府上，健生兄赠我一只山水盆景回去复命。今天，我奉李代总统之命，与健生兄来请敬之兄到京组阁，难道你不应该送我一件最心爱的东西带回京去么？”
吴忠信这几句话，说得入木三分，不但把个小诸葛的脸说得红了起来，更把这个外表矜持淡泊、实则满脑袋野心的何应钦说得脸上发烧，因为他现在的做法和当时白崇禧拒绝到武汉任职同出一辙：观风测向，待价而沽。尽管大家心里都明白，但何应钦却偏装糊涂，忙从吴忠信手中夺过猎枪来，说道：
“这个送不得，送不得的，礼卿兄！你实在想要，待有人从美国回来，我一定叫他们捎上一支给你。”
白崇禧也赶忙附和道：“敬公千万不要忘记给我也捎上一支啊！”
“哈哈，当然！当然！”何应钦笑眯眯地慢慢点着头。
正像吴忠信估计的一样，他和白崇禧的上海之行无功而返。回京复命时，他特意对李宗仁道：
“此事非得德公亲自去一趟不可。”
李宗仁焦急地问道：“依礼卿兄之见，我去请，敬之会同意出来组阁吗？”
“行行行，”吴忠信连连点头，“德公去一定能把他请出来的。”
“好吧，我明天就去！”
第二天，李宗仁乘机直飞上海，到了何应钦公馆，便直接闯了进去，何应钦正在睡午觉，闻报赶忙爬起来，到客厅去见李宗仁。
“敬之老弟，历史正在重演，蒋先生又辞职了，南京再度垂危，当你以前的同事孤独的时候，你能无动于衷吗？”李宗仁也顾不得寒暄和客气了，一见何应钦便开门见山地说道。
何应钦见李宗仁一来便激动地提到22年前的往事，不觉一惊，他赶忙先去把客厅的门插上，再把窗帘拉上，然后递给李宗仁一支美国香烟，小声说道：
“德公，请你说话把声音放小些，我的秘书、副官、卫士差不多都是保密局的人啊，我们的谈话让蒋先生知道了，那就麻烦了！”
李宗仁听了又惊又气，他点上烟，在茶几上擂了一拳，愤然说道：
“难道我身边就没有蒋先生的人吗？我不怕，他有本事干脆把我们都杀光好了！”
“德公……”何应钦直摇头，示意他千万不可意气用事。
“敬之老弟。我此来不为别事，孙哲生已辞行政院长职，我请你出来组阁，以便和共方进行和谈，请你不要再拒绝！”李宗仁的话既急迫又恳切，不说本就想当行政院长且又和李、白有着特殊关系的何应钦不好拒绝，就是其他人在此场合，恐亦难断然拒绝。
何应钦沉吟了半晌，才慢吞吞小心翼翼地说道：“德公，这事恐怕要先报告蒋先生才行。”
李宗仁见何应钦不拒绝出任行政院长，但却要征得蒋介石的同意才敢表态，心里真有股说不出的滋味，他真没想到何应钦怕蒋介石怕到这种地步，便说道：
“蒋先生已经引退了，这样的事，为什么还要请示他呢？”
“不请示他不行啊，德公，蒋先生的脾气你是知道的，他不开口，我是什么也不好干的呀！”何应钦总算说了真心话——想干，但要蒋介石点头才行。
李宗仁皱着眉头，仿佛受了侮辱一般，一口气吸掉了半根香烟，好久说不出话来。但是，为了他的政府的生存，他不得不放弃原则，丢掉法统，准备低声下气去向蒋介石请示，让何应钦出来当行政院长。
“敬之老弟，你这里有电话吗？我马上就给蒋先生打电话！”李宗仁用那双充满屈辱和愤懑的眼睛望着何应钦。
何应钦把李宗仁引到楼上一间上房里，他亲手关上房门，又拉上窗帘，然后拿起桌上的电话筒，要通了溪口的长途电话，他把话筒递给李宗仁，小声说道：
“德公，请讲吧！”
李宗仁刚接过话筒，蒋介石便说话了：“德邻兄，你怎么在敬之家里打电话呢？”——蒋介石似乎早已揣知李宗仁的意图了。
“啊，是这样的。”李宗仁想解释，但马上觉得这是多余的，便接着说道，“孙哲生已经辞职了，我想请敬之出来组阁……”
“德邻兄，我是退休的人，还能说什么呢？”蒋介石冷冷地说道。
李宗仁紧紧攥着电话筒，仿佛是攥着一个仇敌在手中，不但不能把他卡死，还得老老实实地将他扶到椅子上坐下，然后自己反而给他磕头求饶。他那四平八稳的国字脸简直气得变了形，但他还得向蒋介石说好话：
“关于敬之担任行政院长的事，你看……”
“这个，这个，嗯，你为什么一定要提和我有关系的人来做院长呢？到时候，别人又要说我在幕后操纵了，我看，院长还是让别人来做的好！”蒋介石十分认真地说道。
李宗仁只觉得脸上火辣辣的，蒋介石的每一句话，都是一记重重的耳光，噼噼啪啪地打在他那国字脸上。依他的个性，早就要摔电话筒了，但是，为了让何应钦能顺利出来组阁，他只好忍耐着，说出违心的话来：
“你就让敬之担任这个职位吧！”
“这个，这个，德邻兄，你怎么能这样说呢？你代行总统职务，一切都由你安排啊！这个，你千万不要再提了，否则，外边不明真相的人，又指责我退而不休啦！”蒋介石很严肃地说着，仿佛他早已成了局外人一般。
李宗仁无法，只得把话筒交给何应钦，说道：“你跟他讲讲吧！”
何应钦当然想直接听听蒋介石对他出任行政院长的意见，便说道：
“总裁，我是敬之……”
“我知道。”蒋介石不耐烦地说道。
“德公要我担任行政院长，我实在干不了啊！”何应钦转弯抹角地向蒋介石请示着。
“既然德邻想让你担任那个职务，你就接受下来吧！”蒋介石仍然很不耐烦地说着。
何应钦心中暗喜，老蒋终于答应了！他马上诚惶诚恐地说道：
“既然总裁要我去干，我不知怎样干才好，请给予训示。”
“嗯，这个，这个，现在是备战求和，仍然以整饬军事为重，不应分心。”
“是！”
“共产党的话是不可信的，谁信共产党的话，谁就死无葬身之地！”
“是！”
李宗仁在旁边，对蒋介石的话听得一清二楚，他感到自己的脸似乎被蒋介石打得正迅速膨胀起来，他已经变得鼻青眼肿，面目全非了……
1949年3月12日，何应钦正式就任行政院院长。
3月26日，中共正式发表周恩来、林伯渠、林彪、叶剑英、李维汉、聂荣臻为和谈代表，周恩来为首席代表，以1月14日《中共中央毛泽东主席关于时局的声明》所列八条和平条件为基础，自4月1日起在北平与南京政府举行谈判，并通过广播电台通知南京政府，依照上述时间、地点，派遣代表团携带为八项条件准备的必要材料，前往北平。
南京政府亦发表张治中、邵力子、黄绍竑、章士钊、刘斐、李蒸为和谈代表，张治中为首席代表，于4月1日由南京乘坐“空中行官”号专机，飞往北平。