印加人的智慧还表现在发展科学知识方面。
印加人已有了度量衡。在测量长短时，印加人是以人体的四肢为基础的，小手指的长度是最小的长度，大拇指与食指之间的长度次之，最长的长度单位是手臂的长度。测量土地用的长度单位是162厘米，而且往往分为两半。土地面积的单位是“图普”，每图普约为4000平方米，但在不同的地区有不同的标准。粮食以斗计算，每斗约2.7升，重量以3.8克为单位。人们在印加墓葬中发现了用木、骨、银制成的天平秤，这是印加文化度量衡制的实物证据。印加人在计算数字时用计算板，亦称“阿巴克”。计算时，是在板上划分成长条、方格，然后用一些作为计算单位的小圆石子在这些长条、方格上移动进行计算。
印加人在天文学方面也积累了丰富的知识，历法有太阳历和太阴历。太阳历是印加人根据对许多行星的观察而演算出来的。太阳年共365又1／4天。印加人根据太阳的位置确定出农业周期，根据太阳影子的倾斜角度和长度的变化测知时辰。太阴年分为354天。无论太阳年还是太阴年，历法都规定每年12个月。太阳年以冬至为岁首，这一天正是雨季到来之日。为了观察天体，印加人在库斯科的东、西两个方向建造了4座观测天体的圆柱形石塔，在库斯科的中心建筑了一个高台，进行天文观测。
印加人往往把天上的星辰看成神灵，把天文学与宗教联系在一起，为此，他们历法中的每个月都有专门的名称，如12月叫卡帕克·拉伯米，3月叫保卡·瓦拉伊，7月叫安塔·西图阿，10月叫科西·拉伊米。这些名称分别代表相应的宗教活动和宗教形式。
在医学方面，印加人可以说取得了巨大的成就，尤其是在外科手术和草药治疗方面。印加人民间流传的巫术除了宗教成分外，也包含了一些医学成分。巫医认为人之所以生病，是由于某种灵魂附体，或因本人有罪中邪引起病症。而要治愈病症，就得一方面驱妖，一方面用草药医治。《印加医学》一书，积累了印加人医疗经验。书中记载，印加人常用的草药达600多种，最常用的药材是奎宁、吐根、秘鲁香膏、番木、鳖、可可等。印加人在外科手术方面的经验主要来自于制作木乃伊。他们为了保存尸体，往往将人体解剖，取出内脏，填充草药，做成木乃伊，在此过程中印加人熟知了人体的结构。印加人的穿颅术水平很高，可以取出头部受伤的骨头碎片，也用这种方法医治有精神病的人。印加人施行外科手术的工具主要是“T”形铜刀和锋利的石刀。麻醉药主要是一种含有大量酒精的饮料，另外一种是从含有麻醉作用的古柯植物的叶子里提取的麻醉药。外科手术后，印加人已会用绷带和纱布包扎伤口，以利伤口的康复。印加人还经常用烟草做成鼻烟来清醒头脑，成为一种常用的清醒剂。
印加国家中，设有专门的学校教育机构，它被称为“知识之家”。“知识之家”设在首都库斯科，专供在印加遗址出土的人类头骨库斯科和被征服部落和贵族子弟学习。学习期限为4年，主要学习奇楚亚语、历法和宗教知识，还要学会识别“基普”。学校还要培养一些专门的技术人才，如从事修筑道路、建筑房屋等工程的人才。“知识之家”的教师是专职的，他们都是一些被称之为“才子”或“圣贤哲人”的人，他们往往担任宫廷的历史学家或宗教问题顾问，在社会上有较高地位，受到人们的广泛尊敬。
印加人在建筑方面的成就是惊人的。印加人的建筑成果主要有4类：一般民用住宅建筑、庙宇和王宫建筑、用于军事的古堡建筑和道路。
一般印加人的住屋是用未经加工过的乱石块和以泥土建筑而成的，屋顶则是用禾草束或苇草束盖成，其形状又因地区不同而各异。住屋的屋顶是平的，山区的屋顶是尖锥形的，主要是为了适应雨季水流的需要。房屋没有窗户，门用席子做成。印加人的住房一般是单间，几间茅屋围成一个公共的院落。庙宇和王宫都用加工后的石块砌成，彼此契合得非常紧密。
科里坎查太阳神庙是印加人的建筑杰作之一。该神庙是由一个大殿和几个小殿组成，大殿占地400多平方米。整个大殿的屋顶虽然用茅草盖成，但却修得很高，空气流通。大殿的四面墙壁全部镶嵌着很厚的纯金片，故神庙亦称“金宫”。正面墙上是面朝东方的太阳神偶像，四周是用圆金片镶嵌成的环状光芒和火焰，当太阳照射到它时，会放出万道金光。太阳神两侧供奉着历代印加王木乃伊的御椅。大殿和四周有5个正方形的小殿，第一个小殿供奉着太阳神的妻子、姐妹；第二个小殿供奉着金星和7颗启明星及天国的其他星星；第三个小殿供奉着雷神和闪电神；第四个小殿供有彩虹，它是一道有着7种不同颜色的光彩夺目的弓形物，印加人称它为“马伊王”，被印加人视为神来崇拜；第五个小殿是祭司们的秘室，室库斯科城遗址内墙壁以金、银、宝石装饰而成，里面供奉有许多黄金制成的偶像。在太阳神庙旁边还建有一个“黄金花园”，据说是献给太阳神的；园中有许多用黄金和白银做成的名花异草及飞禽走兽，形象栩栩如生。
印加国的首都库斯科城，分为12个区，除建有王宫、官邸外，还有中心广场；各地的部落酋长也在这里建房，作为他们来朝见印加王时的所住。他们的房屋按照本部落居于库斯科的方位而建造在库斯科的某一方向。酋长房子的周围则是一些自己部落子民的房屋，这一街区的人们都按照本部落的传统习俗生活着。因此，库斯科的不同街区代表了不同地域、不同习俗的部落，库斯科是整个印加帝国的缩影。
古堡建筑在印加国很多，其中以萨克萨瓦曼古堡最为著名。该城堡建于海拔3700米的山巅上，是库斯科城的要塞，也是库斯科居民在被围困时的安身之地。它始建于15世纪70年代，每年动用240万人次，持续建造了50多年，直到西班牙入侵之前还未完工。萨克萨瓦曼古堡占地4平方千米，依山而建。从上到下共有3层围墙，每道墙高达18米，最外一道墙长540米以上。墙用巨石砌成。其中一块有8米高，3.6米宽，体积为121立方米，重约2900吨。城堡有一条石板铺成的长达800米的台阶，供人拾级而上。由3座塔楼围起来的一个三角形建筑是古堡的制高点，其中，圆柱体主塔的基础呈辐射状，内有一温泉，专供印加王享用；另两座是正方形塔楼，内有驻军。3座塔楼之间的地下通道用石头砌成。整座古堡气势宏伟，结构复杂，建筑艺术高超，充分显示了古代印第安人的聪明智慧和创造才能。
印加人建造的一些建筑至今还屹立着印加人的建筑工程技术之高令人惊叹不已！建筑的石材主要是石灰石、玄武石、中长石、内绿石等；建筑的方法采用叠石法，即用凿平的石块向上叠砌，尽管有些石材是多边形，但仍砌得契合贴切，天衣无缝，至今在接口处连个刀片都插不进去。
印加人为了适应军事、贸易和行政的需要，在国内修建了两条驿道：一条沿海岸而下，北起厄瓜多尔的通贝斯，通过秘鲁进入智利中部，全长4000千米；另一条与之平行，穿山越岭，北起哥伦比亚，通过厄瓜多尔、秘鲁、玻利维亚，进入阿根廷，直至智利，全长约5600千米。然后，又以这两条干道开辟出许多小道，把库斯科同其他遥远的地区联在一起。主干道宽3.5~4.5米，两侧都栽有果树。在通过平原和灌溉网时，道路都有饰着图像或浮雕的栅栏围护。在沼泽或易泛滥的河区地带，道路就建在石堤坝上，有的石坝高达1~2米。遇上沙漠，道路两边就立上两排桩柱，防止飞沙淹埋。道路在高原或山区修成蜿蜒曲折的盘山路，在较陡的地方还凿出梯级以便攀登。遇到岩壁开凿隧道，遇到河流峡谷，则用大树干、横木或石板架桥。在深渊之上架设有吊桥，吊桥的支柱是立在深渊两边的石柱，石柱上拴有5条用韧性很强的树枝或藤条编成的粗索。其中3条作为桥体，另2条作为护栏。桥体上面铺上横板或石板，做护栏的粗索也与桥体编结起来，以便从两侧加固桥身。为了保护吊桥，还派有专门的管理人员进行养护。印加人的驿道，可以称为是世界上最伟大的工程之一。难怪德国地理学家洪堡称赞说：“它可以与意大利、法国、西班牙各国的大道相媲美。”