在印加人的社会生活中，宗教占有举足轻重的地位。印加人崇拜图腾、崇拜祖先、崇拜自然力，特别是崇拜太阳神，属于多神崇拜。与宗教崇拜相关的是印加人拥有一套祭司教阶制度。
印加人的图腾崇拜表现为一些农村公社用动物命名，并驯养着这些动物以供娱乐。印加人还将在生活中起着重大作用的一些植物加以神化、宗教化，如将玉米、马铃薯称为玉米神、马铃薯神，将它们做成偶像加以崇拜。这种图腾崇拜，不仅只是做成偶像供奉，或者只出现在宗教仪式上，而且渗透到了印加人的日常生活之中。印加人在生活器皿上绘有一些人身动物头等图腾，在民间舞蹈娱乐中也出现这类形象，如南美兀鹫、美洲豹、猿、大鹰等都是经常出现的被神化的形象，图腾崇拜同日常生活有着紧密的联系。
美洲豹祖先崇拜是印加人中最为普遍的崇拜。印加人最古老的瓦卡崇拜就是与祖先崇拜紧密相关的。“瓦卡”的原意是“我出生于他”。“他”即是祖先。当氏族公社逐渐转变为地域公社时，瓦卡神又逐渐成为公社土地和某个地域的保护神。印加人往往把一些岩洞、岩石或处所加以神化，将它们与自己的祖先、与自己的来源地或与某些关于祖先的传说联系在一起加以崇拜，这些也统称为瓦卡。除了山洞、岩石等外，还有湖泊、河流、泉水、英雄首领的墓地等，都是崇拜的对象。
印加人的祖先崇拜还表现在对木乃伊的崇拜上。人们将逝者的尸体制成木乃伊后，连同他的食物、劳动工具等日常用品一起埋葬在坟墓中。木乃伊往往穿着盛装，戴着各种首饰，如同生前一样。人们还特别崇拜统治者的木乃伊。印加王的木乃伊经过精心制作后做特殊保存，供奉在神庙里接受人们的礼拜。在盛大的节日里，祭司们要抬着印加王木乃伊游行；到战时，人们要带上印加王的木乃伊去出征，开战时抬到战场上，以企盼统治者木乃伊的神性帮助自己战胜敌人，取得战争的胜利。
印加少女木乃伊印加人还崇拜自然力。他们首先是对星辰崇拜，人们将重要的星座都看作神，其次是对地球和海洋的崇拜。再有，在印加人的传说中，认为有两个蛇形神能够联系宇宙中的几个不同的世界。一条蛇形神叫“西库玛玛”，被看成水神，据说它到达地面时就会变成大河，经过天空时就变成闪电，其威力无比。另一条蛇形神叫“萨查玛玛”，被视为肥沃富饶之神，它有两个头，像棵老树，经常直立行走，它走到天际时就变成彩虹。印加人传说中的这两位蛇形神，就是印加人对洪水、闪电和彩虹等自然力的崇拜。
与农牧业生产有关的土地、农作物也是印加人崇拜的对象。由对土地的崇拜产生了对土地娘娘的崇拜，印加人把大地母亲称为“帕查妈妈”。在奇楚亚语中，帕查是土地的意思。至今在厄瓜多尔境内的印第安部落、奇楚亚人、艾马拉人仍保留着对土地娘娘的崇拜。人们把土地娘娘当作地方神，认为她是当地自然界的女主人，无论农业收成、牲畜的繁殖还是经济的繁荣，都由她来主宰。印加人在庆祝节日时，还往往把一些植物，如玉米、马铃薯做成妇女形象来供奉或抬着它们游行，这也同样是对自然力的一种崇拜。
太阳神原为印加部落神，随着早期奴隶制国家的形成，它逐渐上升为全国性的主神。它在印加语中有几种不同称呼：印蒂、维拉科查、帕查马克等。印加人认为，太阳神是万物的缔造者。印加人都是太阳神的子孙。印加人把太阳想像为人的模样，认为月亮是它的妻子，星辰是它的孩子。在印加王帕查库蒂执政的14世纪，对太阳神的崇拜与对王权的崇拜合二为一，并已形成制度。“帕查库蒂”在克丘亚语中是“改革者”的意思。帕查库蒂为了摆脱太阳神祭司对王权的限制，他大胆进行了宗教改革，将卢林河谷的部落神借用来，包括在自己的国教中，起名“帕查马克”，把帕查马克抬至高于太阳神之上。帕查库蒂宣扬，一切神的创造都来源于无形的、永恒的万能的主神——帕查马克，包括太阳神也是由帕查马克指挥的，它让太阳神早晨很早地起来。晚上很晚才退下。这样，帕查库蒂既保持了对太阳神的崇拜，又增加了对新神帕查马克的崇拜，以此与专掌太阳神崇拜的祭司们抗衡，达到神化和加强王权的作用。
印加人的太阳神崇拜与祖先崇拜有着密切的关系。印加人在关于国家起源的神话传说中，叙述了印加人王朝是由“太阳神”的儿女们开创的，印加人的祖先就是神；印加人祖先曼科就是用太阳神赐给的金杖找到了适于人们生活和植物生长的库斯科的。印加人起源的神话和库斯科这块肥沃之地被发现，表现了印加人的太阳神崇拜与祖先崇拜的密切关系。
印加人的太阳神崇拜与自然力的崇拜也是联系在一起的。太阳给人们带来温暖和光明，太阳化育了万物。在长期的生产和生活的实践中，人们深深体会到了太阳神这种自然力的巨大威力，因此人们对太阳的崇拜和神化是很自然的。与此相连的是人们对日食的祭祀，日食发生后，人们便向占卜者请教其发生的原因，然后便举行大规模的祭祀，供奉各种金、银偶像，祭杀大量的羊和童男童女。巫师们往往宣传说，日食预示着某位国王的死亡，太阳因为世界要遭受损失而举哀才出现日食。每当日食发生时，所有的妇女要为太阳神斋戒数日，她们穿上丧服，不断献上祭品。此时的印加王要隐居到一个秘密的地方进行斋戒，不能处理任何事务。日食发生期间，全城不能出现任何火光，以免触犯太阳神。
为了表示对太阳神的崇拜，印加人不仅为太阳神建造了太阳神庙——“金宫”和献给太阳神的“黄金花园”，而且以举行隆重节庆的方式对太阳神表示虔诚的崇拜和祈祷。印加人庆祝太阳神的宗教节日有4个。春分时举行王室祭神之日——“拉伊米”。秋分时举行“西图西节”，这一天，人们要半夜起床点火，然后去洗澡以示赎罪。夏至时举行“拉伊米·因蒂节”，这天，全国都要供奉太阳神。清晨，人们等待日出，日出后，人们向太阳欢呼致意。庆祝仪式由印加王主持，全体居民、宫廷廷臣、祭司都要参加，并用骆马肉和玉米酒举行盛宴。冬至举行的“阿莫拉伊节”是向太阳神献祭。献祭时，国王在拂晓时穿着太阳使者的服装，右手持印加军队统帅的标志——金长矛，然后跑到中心广场，那里有他的4位王子挥舞长矛在迎候他。国王随后发布赛跑的命令，4位王子分别在通向4个行政区的道路上赛跑，跑完1000多米路后，将长矛传给在这里等候的人，由他们继续跑，这样依次传递，跑完3万米的路程，最后一人则把长矛插入地里，象征着驱除了邪恶。
印加人有一套祭司的教阶制度。由于每一个省区、每一个部落集团都有自己的信仰和崇拜，因此从地方神庙到首都库斯科的国家主神神庙、太阳神庙都有祭司的存在，这一个个庞大的祭司队伍，形成一种可与王权抗衡的势力。正因为如此，才发生了14世纪帕查库蒂的宗教改革，他以对新神的崇拜来摆脱太阳神祭司对王权的限制。