对于印加帝国的衰亡，西班牙人有着不可推卸的责任。
1509年，西班牙人法兰西斯科·皮萨罗打着“给美洲带去文明”的旗号，参加了由奥捷达组织的远征美洲船队，并在1515年首次登上美洲大陆。1522年他远征今天哥斯达黎加境内的乌拉卡部落，受到友好接待并满载而归。就在这次远征中他听说了“盛产黄金”的印加，并产生了征服印加、攫取土地、地位和财富的念头，他找到兵痞圣地亚哥·阿尔玛格罗和传教士赫南日·卢克，达成协议：南下征服印加，并平分土地和黄金。
1524年11月，他们开始雄心勃勃的远征，结果却迷航到了哥伦比亚，虽然搜刮到一些财宝，却伤亡惨重。但是皮萨罗并没死心，他于1528年进行了第二次远征，皮萨罗南下后，发现面对一个庞大帝国和数万军队，深感实力不足，于是再次返航。
1528年春，皮萨罗回到西班牙，对国王查理五世进行游说并获得成功。查理五世任命皮萨罗为“新卡斯提尔”总督，负责征服印加。半年过去了，皮萨罗仅凑齐3条船、27匹马和180人。1532年5月，皮萨罗得知印加内战的消息，感到时机成熟，决定孤注一掷，他以黄金、荣耀为诱饵，选出150名亡命之徒，踏上了远征库斯科的漫漫征途。同年11月15日，他的人马抵达库斯科城外，引来城中一片惊慌。此时的印加国王阿塔瓦尔帕，刚刚在内战中杀死前任国王，对这些不速之客十分敏感，立即派使者前去交涉。
慑于印加人多势众，皮萨罗就假意邀请阿塔瓦尔帕赴宴，印加王竟慨然允诺，带了几千名赤手空拳的卫士前往。当印加王进入营地，等待他的是一名牧师，向他递上一本圣经，并询问他是否愿意皈依天主教，并效忠西班牙国王，愤怒的印加王将圣经狠狠掷在地上，此时牧师高声喊叫，西班牙骑兵立即冲杀过来，从未见过马匹和刀剑的印加卫士或仓皇逃散，或不知所措地伏在印加王身上，结果几千人被杀，阿塔瓦尔帕被俘。皮萨罗将印加王囚禁在一间石屋里，让他转告印加臣民，只要用黄金填满石屋即可放人。
令皮萨罗吃惊的是，印加人答应了这个要求并迅速聚集了价值1500万比索的黄金填满了石屋。但皮萨罗却背信弃义，于1534年6月24日处死了印加王。
皮萨罗虽然杀死印加王，却不敢就此灭亡印加，他接连扶植了3名傀儡印加王。但令他没想到的是，他本人也面临着一场大祸。原来他的合伙人阿尔玛格罗未能获得约定数量的回报，恼怒之下于1538年起兵和皮萨罗对抗，皮萨罗虽然获胜，但3年后被阿尔玛格罗的党羽暗杀。
此时的印加仍在进行着抵抗。第二个傀儡印加王曼科·卡帕克二世逃出库斯科，在北方的比尔卡班巴建都，继续和西班牙人作战，曼科战死后，他的臣民先后扶立他的3个儿子即位。1572年，西班牙任命的总督托雷多借口使臣被杀，派兵进攻比尔卡班巴，最后一位印加王、还是少年的图帕克·阿马鲁弃城逃亡，最终兵败被俘，最后被斩首。
西班牙人对印加实行了残暴的统治。他们杀死几乎所有祭司，强行推行天主教。由于祭司是印加唯一的知识分子阶层，这一屠杀导致大量印加史料和文明失传。他们还大量毁灭印加建筑、木乃伊和陵墓，搜刮财物，导致许多珍贵的文明遗迹被毁。另外，他们带来的如天花、麻疹等可怕疾病致使毫无抵抗力的印第安人因此大批死亡。历史记载，西班牙人抵达后半个世纪内，印加核心区域的人口竟从700万下降到不足50万。
印加人最后的城池马丘比丘遗址残酷的压榨令印加人继续反抗。1780年，印加皇族后裔孔多尔坎基自称图帕克·阿马鲁二世，宣布重建印加，一度围攻库斯科，兵败后被五马分尸；1822年，印加人的后裔又参加了席卷南美的独立运动，1824年12月9日，来自拉美各国的起义军在名将苏克雷率领下，大破西班牙军于印加故地、秘鲁的阿亚库巧，这次战役被称为“独立奠基之战”，印加亡国之耻得到洗雪。
如今，印加人仍恪守着昔日的许多传统。在印加故地秘鲁，克丘亚语被作为官方语言广泛使用，这也是唯一被用作官方语言的印第安方言；印加王的后裔每年仍会盛装祭祀太阳；在印加人最后的城池马丘比丘，每天都有来自世界各地的人前来凭吊这曾经的璀璨文明。