基于西南物流通道建设布局为中国——东盟自由贸易区服务这一思路，在物流网络布局方面，要围绕“南宁-新加坡经济走廊”，建设南宁-凭祥-新加坡铁路国际大通道和成都-昆明-河内-新加坡的泛亚铁路；以北部湾经济区为核心，构筑通往广东、云南、贵州、湖南和东盟国家的高速公路，对接西南地区与东盟重要物流节点，形成辐射功能强大、物资流通顺畅的公路网络；在港口方面，建设现代化、集约化、国际化的北部湾港口群，实现以北部湾为枢纽的连通东盟和世界的铁路、公路、空港、内河与海洋立体多式联运；在港口、空港、铁路与公路交汇的城市建设功能齐全、技术优良、设施完备、信息发达的现代化物流园区，围绕西南和东盟优势产业打造特色物流中心。
（三）西南物流设施建设布局
铁路方面，形成沟通西北、华南、中部经济区，面向大东盟的路网新格局。建设南宁-凭祥-新加坡铁路国际大通道和成都-昆明-河内-新加坡全线6591公里、总投资高达25亿美元的泛亚铁路，泛亚铁路在2005年3月通过铁道部审查，东线方案进入开工阶段。铁道部《中长期铁路网规划（2008年调整）》中，规划新建重庆-贵阳、乐山-贵阳-广州、南宁-广州线，形成西南至华南新通道；新建昭通-攀枝花-丽江、昆明-百色、柳州-肇庆、南宁-河池等铁路，完成黔桂、湘桂、南昆线的扩能改造，完善西部地区铁路网络；建设兰渝、兰蓉铁路，打通西北地区的西南出海通道。南广、贵广、兰渝、南昆增二线、湘桂增二线等战略性线路已全面开工。届时，南宁到北京只需9个小时，南宁到广州只要4个小时。四条出海大通道即西南出海大通道、西北出海大通道、东南沿海大通道和中部出海大通道将四面八方的物流汇集到北部湾地区，北部湾地区将成为西南经济区走向东盟和世界的窗口。
公路方面，以北部湾经济区为核心，构筑通往广东、云南、贵州、湖南和东盟国家的高速公路，对接西南地区与东盟重要物流节点，形成辐射功能强大、物资流通顺畅的公路网络。2001年，成都到北海高等级公路开通，这是西南第一条出海大通道；2005年12月，全长180公里的南宁到中越边境友谊关高速公路通车，这是我国第一条连接东盟国家的高速公路；2006年年底，由重庆至湛江、全长1314公里的西南出海大通道全线建成通车。广西预计到2010年开通国际道路运输线路30条，并争取参照粤港澳公路客货运输直通模式实行两地牌照试点。至2020年，广西将开通18条高速公路，其中有4条通往东盟国家。
在港口方面，扩大珠江水系大型内河港口运输能力，建设现代化、集约化、国际化的北部湾港口群，实现以北部湾为枢纽的连通东盟和世界的铁路、公路、空港、内河与海洋立体多式联运。2007年出台《全国内河航道与港口布局规划》规划28个内河主要港口中，珠江水系有5个，即南宁港、贵港港、梧州港、肇庆港、佛山港。2007年珠江水系完成货运量3.01亿吨、货物周转量477.2亿吨公里、集装箱运量700万TEU，主要港口共完成货物吞吐量12606万吨、外贸货物吞吐量3461万吨、集装箱吞吐量440.9万TEU，分别同比增长11.7%、10.4%、12.6%。其中，西江航运干线集装箱“水上巴士”的开通，结束了广西区内河没有定期集装箱班轮的历史。在海港方面，虽然2008年吞吐量超亿吨的17个港口中没有防城港、钦州港和北海港，但新成立的北部湾港口总吞吐量超过1亿吨。北部湾三大港口同68个国家和地区的184个港口有贸易往来，开通了经香港中转世界各地的集装箱航线。但三大港口作为中国——东盟自由贸易区的枢纽，还存在吞吐量小、能力不全、设施落后、软环境不配套的问题。今后要进一步扩建三大港口，达到20万吨级泊位目标；拓宽出港深水航道，连接内河港口运输通道，开通直达东盟和世界各地的集装箱运输线路，把北部湾港口建成国际区域性着名港口。
在物流园区方面，以西南各省区优势产业集群为基础，在港口、空港、铁路与公路交汇的城市建设功能齐全、技术优良、设施完备、信息发达的现代化物流园区。建设中的南宁东盟国际物流园规划面积18.8公里，总投资34亿元，是全国23个超大型园区之一；凭祥国际物流园占地1800亩，总投资11亿元；昆明呈贡新城国际物流园区面积14.3平方公里。三大物流园区建成后，物流功能要素将发挥最高效率，成为西南物流通道中重要节点，从整体上提升西南区域经济结构和东盟贸易往来层次。
在物流信息方面，搭建西南物流通道与东盟大物流信息平台，利用信息化网络整合物流资源。建设西南物流通道与东盟“大物流”格局，实现区域物流资源共享，减少物流总支出、降低运营成本，需要一个功能完善、高效经济的物流信息平台。在公共物流信息平台方面，利用西南各省区政府电子政务系统以及公共信息系统，与东盟主要国家实现物流资源的共享，建立统一、标准、真实、准确，为物流企业服务的开放性的公共物流信息平台，为中国与东盟大物流提供实时性的服务。在专业物流信息系统方面，建立分类、分部门、分行业、分产业、分层次的专业物流信息系统，实现西南与东盟主要物流园区与中心城市物流信息网络和重点物流企业的互联互通。
三、西南物流通道中的物流节点建设
（一）西南物流通道中的物流节点布局要考虑自由贸易区的特点
物流节点（LogisticsNodes）指能进行物品中转、集散、储运、配送的物流枢纽区，其为港口、空港、铁路货运站、公路枢纽、社会化仓库及物流配送中心、物流园区等，在流通领域中起着衔接、信息沟通、管理和资源整合功能。在西南物流通道建设布局中，不但要考虑西南地区社会经济发展状况，更要考虑中国——东盟自由贸易区存在的国际区域一体化、跨国企业战略联盟、关税统一性、国际性物流区域、无国界供应链等特点，物流节点要形成以一级节点为中心快速响应贸易区物流需求服务网络；建设现代化、集约化、国际化的北部湾港口群，实现以北部湾为枢纽的连通东盟和世界的铁路、公路、空港、内河与海洋立体多式联运；以西南各省区优势产业集群和东盟各国物色产业为基础，在港口、空港、铁路与公路交汇的城市建设功能齐全、技术优良、设施完备、信息发达的现代化物流园区。
物流节点建设也要顾及我国和东盟国家相互投资领域的特点，做“到有的放矢服务到位”，方能“物畅其流”。我国对东盟投资以贸易与加工业为主。比如对泰国投资主要集中在加工贸易、机械制造、卷烟制药、贸易和房地产等行业；在新加坡的投资主要集中在银行、金融、保险、航空、海运、贸易等领域；对越南主要集中在轻工业、农林渔业、房地产、宾馆旅游、基础设施建设、交通运输、邮电和建筑业等。因此物流节点要针对投资产业特点建设相应的港口分区、配送中心、加工中心、物流中心等，以推动相关产业的繁荣和中国——东盟贸易区的一体化进程。
（二）以成都、重庆、南宁为中心构筑沟通河内、新加坡等东盟重要城市的多层次、多功能的三级物流节点网络
根据《物流业调整和振兴规划》，西南物流通道中全国性的物流节点城市有重庆、成都、南宁3个城市，区域性物流节点城市有贵阳、昆明两个城市；地区性物流节点城市由地方按城市定位和产业物流确定。西南物流通道建设中，应由成都、重庆、南宁物流节点形成西南物流通道最基本的框架，再由贵州和昆明及五省区重点河海港口和内陆城市编织功能强大的物流网络，形成全国性、区域性和地区性物流中心和三级物流节点城市网络，覆盖大西南经济区，以广西北部湾经济区为枢纽，沟通河内、曼谷、新加坡物流节点城市，和大东盟经济区物流网络融为一体。这种立体型、多功能的物流网链结构，使区域内各种交通设施、货运场站、物流园区、管理机构以及城乡物流基地之间达到完美的“无缝衔接”和高效整合。
（三）以中国——东盟优势产业与商贸为基础，建设特色物流园区
在物流园区建设方面，首先要发挥港口优势，建好直通东盟国家的北部湾地区临海物流园区，吸引东盟和世界各地及国内企业投资办厂，引导制造加工业向园区转移。通过临海物流园区建设形成广西北部湾经济区粮油加工、冶金、电力、化工、轻工、制药、机电和地方特色资源加工等工业体系，引进和发展关联度大、带动力强和产业链长的工业项目，实现物流园区的集聚效应和辐射效应，为自由贸易区奠定坚实的产业、贸易、物流、通关和信息交流平台。目前，北海出口加工区2003年3月10日经国务院批准设立，最近推出了钦州港集装箱配送中心、铁山港区临海工业园仓储物流中心等一批现代物流项目，新希望集团启动的大商汇项目分别在中国昆明、南宁和越南胡志明市三市兴建并打造东南亚商贸物流大平台，中国－东盟自由贸易区凭祥物流园目前首期工程建成了前置核放区、进出口货物通关服务区、进出口货物候检区、物流信息服务中心等重要设施。
其次，在南宁、昆明、重庆等重点物流节点城市，建立服务自由贸易区的各种特色园区。建设中的南宁东盟国际物流园规划面积18平方公里，是集贸易往来、出口加工、物流配送、保税物流、商贸、仓储、产品展示于一体的国际现代综合物流区和城市综合功能区。2009得12月22日，作为中国——东盟国际物流基地的核心及首期建设项目，南宁保税物流中心正式通过国家验收。保税物流中心建成后，将依托南宁及区内外大型产业基地的保税物流服务需求，建设“无水港”口岸港区，成为广西北部湾经济区保税物流体系的核心枢纽和连接海港、空港和边境口岸，直通东盟国家的大型物流商贸基地。
此外，根据西南地区与东盟农业的优势，各地先后建立起独具特色的农产品物流园区。项目总投资12.29亿元、广西首个大型农产品加工物流园区南宁金桥农产品批发市场已建成，成为目前西南地区面积最大、功能最齐全、经营理念最先进的农产品批发市场。其最终发展成为覆盖南宁市及周边地区，辐射大西南，面向东南亚等国际市场的大型农产品批发物流中心、净菜加工配送中心。
2009年8月，重庆渝北区开始建设中国——东盟（重庆）农产品加工物流园区，规划面积近25平方公里。园区分为农产品及食品加工区、农产品仓储物流区、农产品贸易区、综合配套服务区、重庆-东盟商务区等五大功能区。马来西亚知名物流企业嘉里大通物流有限公司是率先入驻园区的企业，他们将投资打造8.3万平方米的现代化物流中心。园区还计划与缅甸合作建立豆类国际交易区。农产品加工物流园区建成后，中国农产品能够通过园区顺利进入东盟市场，泰国大米、缅甸豆类、东南亚热带水果等可以在中国西部地区实现加工、集散和低成本大宗销售，实现中国——东盟农产品的互通、互补。