秦朝建立后，李斯被秦始皇任命为中国封建王朝的第一任丞相。在此之后，他坚决反对复古倒退，主张废除周朝以来的分封制，实行郡县制，并主张焚《诗》、《书》，禁私学，还参与了统一法律、统一货币、统一文字、统一度量衡等重大改革活动，对秦王朝北逐匈奴、南定百越也起到过很大作用。他以“小篆”为标准，整理文字，写出范本《仓颉篇》，为中国文字的统一做出了不小的贡献，为加强秦王朝中央集权的统治立下了汗马功劳。
秦始皇死后，他与赵高密谋伪造遗诏立胡亥为帝，并继续为维护秦的暴政而努力，后被赵高陷害，腰斩于咸阳市中，夷灭三族。
综观古今中外，人有才无德可以得势一时，但不会得势永久，这是历史的规律。李斯一生追求功名与富贵，由于他品质的缺失导致最终的失败，他是中国历史上典型的文人型的小人。
李斯与老鼠
在李斯当小官时，曾到厕所里方便，看到老鼠偷粪便吃，人和狗一来，老鼠就慌忙逃走了。过了不久，他在国家的粮仓里又看到了老鼠，这些老鼠整日大摇大摆地吃粮食，长得肥肥胖胖，而且安安稳稳，不用担惊受怕。他两相比较，十分感慨地说：“人之贤不肖譬如鼠矣，在所自处耳！”意思是说，人有能与无能，就好像老鼠一样，全靠自己想办法，有能耐就能做官仓里的老鼠，无能就只能做厕所里的老鼠。这个小故事，形象地揭示了李斯的性格特征，也预示了他未来的结局。
荀子是儒家的集大成者，但其思想又有法家的成分，其徒李斯正是发展了法家的一面。
为了能做官仓里的老鼠，求得荣华富贵，李斯辞去小吏职务，前往齐国，去拜当时着名的儒学大师荀子为师。荀子虽是继承了孔子的儒学，也打着孔子的旗号讲学，但他对儒学进行了较大的改造，较少传统儒学的“仁政”主张，多了些“法治”的思想，这很适合李斯的胃口。李斯十分勤奋，同荀子一起研究“帝王之术”，即怎样治理国家、怎样当官的学问，学成之后，他便辞别荀子，要到秦国去。
荀子问他为什么要到秦国去，李斯回答说：“人生在世，贫贱是最大的耻辱，穷困是最大的悲哀，要想出人头地，就必须干出一番事业来。齐王萎靡不振，楚国无所作为，只有秦王，正雄心勃勃，准备兼并齐、楚，统一天下，因此，那里是寻找机会、成就事业的好地方。如果尚在齐、楚，不久即成亡国之民，能有什么前途呢？所以，我要到秦国去寻找适合我个人发展的机会。”
荀子的思想中本来就有许多法家的成分，他同意李斯前往秦国入仕，但他告诫李斯要注意节制，在成功之际想想“物忌太盛”，不要一味地往前走，必要的时候要给自己留条后路。
李斯起初是吕不韦的一位舍人，后做了秦国的丞相。统一中国李斯有功，但后来秦王的焚书坑儒，酷吏残暴，不能不说与李斯的重法典轻仁德的管理方法有关。这也是只搞老鼠哲学注重现实、不知仁义道德为何物的结果。老鼠哲学，就是鼠目寸光。
秦始皇身死沙丘之后，李斯也自家难保。所以在他父子临刑的时候，他对儿子说：“此时要想和你牵黄犬出东门也不可能了。”所以，一个有思想有抱负的人，绝不能用老鼠哲学，鼠目寸光。
李斯谏逐客
秦国虽然在邯郸打了一次败仗，但是它的实力还很强。第二年（公元前256年）又进攻韩、赵两国，打了胜仗。后来，索性把挂名的东周王朝也灭掉了。秦昭襄王死去后，他的孙子秦庄襄王即位不到三年也死去，时年才13岁的太子嬴政即位。
当时，秦国的朝政大权掌握在相国吕不韦手里。
秦王政年纪渐渐大起来，在他22岁那年，宫里发生一起叛乱，牵连到吕不韦。秦王政觉得留着吕不韦碍事，把吕不韦免了职。后来又发现吕不韦势力不小，就逼他自杀。
吕不韦一倒台，秦国一些贵族、大臣就议论起来，说列国的人跑到秦国来，都是为他们本国打算，有的说不定是来当间谍的。他们请秦王政把客卿统统撵出秦国。
秦王政接受这个意见，就下了一道逐客令。大小官员，凡不是秦国人，都得离开秦国。
李斯本是楚国来的客卿，原是着名儒家学派代表荀况的学生。他来到秦国，被吕不韦留下来当了客卿。这一回，李斯也挨到被驱逐的份儿，心里挺不服气。离开咸阳的时候，他上了一道奏章给秦王。
李斯在奏章上说：“从前秦穆公用了百里奚、蹇叔，当了霸主；秦孝公用了商鞅，变法图强；惠文王用了张仪，拆散了六国联盟；昭襄王有了范雎，提高了朝廷的威望，这四位君主，都是依靠客卿建立了功业。现在到大王手里，却把外来的人才都撵走，这不是帮助敌国增加实力吗？”这就是有名的《谏逐客书》。这既是一篇重要的历史文献，也是一篇千古传颂的优秀文学作品。所以鲁迅先生说：“秦之文章，李斯一人而已。”
秦王政觉得李斯说得有道理，连忙打发人把李斯从半路上找回来，恢复他的官职，还取消了逐客令。
秦王政用李斯当谋士后，一面加强对各国的攻势，一面派人到列国游说诸侯，还用反间、收买等手段，配合武力进攻。韩王安看到这形势，害怕起来，派公子韩非到秦国来求和，表示愿意做秦国的属国。
李斯的因果报应
当初韩非得到秦王嬴政的赏识，李斯嫉妒，劝秦王：韩非始终是韩国公子，要为韩国打算，你如果不打算任用他的话，就不要放他回去啦，否则自遗后患啊，不如用刑法诛杀他。秦王就把韩非投到监牢里。李斯派人送去毒药，催韩非赶紧自杀。韩非想向秦王倾诉冤屈，却见不到秦王。等秦王后悔赦免韩非的时候，韩非已经死了。
后来，秦二世的时候，李斯被赵高陷害，被秦二世投入监狱，李斯相信自己对统一六国有功，又统一文字、度量，又有强辩才能，所以没有像一同致罪的冯去疾那样自杀。但李斯给秦二世的上书都被赵高拦下丢弃了。
赵高让手下人轮番审讯李斯，李斯不承认谋反，就鞭笞他直到他承认，如此反复。以至于到秦二世审讯时，李斯以为和以前一样，不敢不承认谋反。
秦朝书家李斯
李斯主张以小篆为标准书体。小篆又称秦篆，是大篆的对称，它给人以刚柔并济、圆浑挺健的感觉，对汉字的规范化起了很大的作用。小篆的出现是汉字发展史上的一大进步，根据《太平广记》引《蒙恬笔经》记载，是楚国上蔡人李斯所整理。
秦统一前，因各诸侯国长期割据分裂，形成了语言异声、文字异形的局面。秦始皇一直期望有标准的字体来取代以前流行的异体字，于是便打听到李斯擅长书法，就把这任务交给他。李斯将大篆字体删繁就简，整理出一套笔画简单、形体整齐的文字，叫做秦篆。秦始皇看了这些新书体后，很满意，于是就把它定为标准字体，通令全国使用。
当时，人们对小篆的结构不太熟悉，很难写得称心如意。李斯就和赵高、胡毋等人写了《仓颉篇》、《爰历篇》和《博学篇》等范本，供大家临摹。
秦始皇逝世的前一年，他不畏钱江险涛，东下会稽（今绍兴），祭过大禹陵，登上天柱峰（后来叫做秦望山），俯瞰东海涌潮后，命丞相李斯手书《会稽铭文》。李斯奉命连夜写毕后的隔日，他又采岭石镌刻，然后立于会稽鹅鼻山山顶（后叫刻石山），这就是历史上着名的《会稽刻石》。