直到1990年1月1日，台湾当局基于现实的需要，才根据GATT第33条“加入”的规定，以“台湾、澎湖、金门及马祖独立关税区（Separate Customs Territory of Taiwan，Penghu，Kinmen and Matsu）”的名义向GATT秘书处提出入会申请，并提交“外贸体制备忘录”，但秘书处未处理该申请。1992年1月17日，台湾“经济部长”萧万长再次致函GATT秘书长并检附修订版的“外贸体制备忘录”，再一次表达台湾希望加入GATT的意愿，并恳请迅速处理台湾入会案。
1992年9月8日，在美国及欧洲的帮助下，GATT理事会主席邀请各主要缔约成员代表，就台湾入会一案进行咨商并达成共识，将“台澎金马独立关税区”入关一事列入当年理事会议程中。1992年9月29日，GATT理事会通过成立工作小组审查台湾入会案，并指派英国大使Morland为台湾入会工作小组主席，该工作小组由代表62个国家和地区的51个缔约方构成。同时授予台湾以观察员身份，使其可以参加之后的理事会及其他相关会议。1993年4月15日，台湾“经济部”次长许柯生率相关“部会”代表参加入会工作小组会议，该小组对台湾递交的外贸体制备忘录进行了一读审查程序，并经瑞士同意在日内瓦设置台湾在GATT的代表团，其正式英文名称为Representation of the Separate Customs Territory of Taiwan，Penghu，Kinmen and Matsu in GATT。
1993年6月28日，“经济部”次长徐柯生再次参加入会工作小组第三次会议，完成对外贸体制备忘录的一读审查程序，并进行二读审查程序。1994年至2000年期间，台湾与30个国家进行咨商并签订了协定。1994年4月15日世界贸易组织（WTO）成立后，台湾于1995年12月1日正式向WTO秘书处提出申请加入WTO。2001年9月18日，台湾入会工作小组最后一次正式会议在日内瓦召开，由“经济部长”陈瑞隆率团，完成中华台北入会议定书、入会工作小组报告、关税减让表及服务业承诺表等入会文件。2001年11月11、12日的第四届WTO部长会议正式通过台湾入会，并由“经济部长”林信义签署入会议定书。2001年11月16日，“行政部门”将台湾入会档以条约案方式送请“立法院”审查，并获审查通过，并于11月20日签署了台湾加入WTO批准书。自此，台湾于2002年1月1日以“台湾、澎湖、金门、马祖独立关税区（中华台北）”的身份成为WTO第144个正式会员。“国际贸易局”（Bureau of Foreign Trade）是其在WTO中的正式官方机构，“经济事务部长”（Minister of Economic Affairs）为其驻WTO代表团团长。
台湾以什么名义加入GATT（WTO）是当时各方主要关注的焦点。根据GATT1947第33条规定，凡是“享有完全自主权的独立关税区的政府”，即可“代表该关税区，按该政府与缔约方全体议定的条件加入本协议”。可见GATT（WTO）的成员资格不完全是建立在“国家”这个概念之上。所谓的“关税地区”，是指“一个与其他领土之间的大部分贸易保持着独立税率或其他独立贸易规章的地区”。两岸均对台湾当局在台湾、澎湖、金门和马祖之上的关税控制权没有什么异议，所以“台湾地区具备了WTO 章程所规定的独立关税地区的事实要件”。只在入世之时，两岸还是就名称一事出现了摩擦，作为协商的结果，大陆和台湾同意保留“台澎金马独立关税区”的名称，只是加上“中华台北（Chinese Taipei）”的简称。
但在中华台北正式成为WTO成员之后，“台澎金马独立关税区”直到2003年2月才设立其常驻代表团，且以台湾满足三个条件为前置：1.台湾代表团的名称为“办事处”，和香港、澳门一致；2.台湾代表团成员应避免使用习惯“外交”头衔和等级；3.台湾应避免在与WTO有关的任何文件中使用任何暗示“台湾是一个主权国家”的语词，如国家名称或中央政府等。
2.两岸在WTO中分歧不大，摩擦不断
理论上，台湾与大陆在WTO中是正常的成员方与成员方的关系。在WTO争端解决机制内，台湾和大陆可以在官方层面进行磋商，将争端提交至专家组，并可对专家组作出的裁决提起上诉。2002年12月，大陆与中华台北的代表在日内瓦就中国大陆针对台湾钢进口采取的临时保障措施进行对话，这是两岸第一次在WTO这个国际平台上的直接交流。但尚未有过正面交锋，未有任何争端提交至争端解决机构。
大陆与台湾在WTO这个平台上的交流并不一帆风顺。例如，在台湾加入《政府采购协议》之时，大陆方面因为《政府采购协议》中涉及中央政府的附件会出现“总理”、“外交部”等词眼，而反对台湾加入该协议。又如，大陆一直拒绝更新WTO名录（蓝皮书），原因在于该蓝皮书的2002年版将台湾代表团列为“常驻代表团”（Permanent Mission），大陆方面认为台湾代表团应与香港和澳门相类似，被称为“贸易办公室”（Trade Office）。但台湾方面反对，致使蓝皮书的更新一直被搁置。最后协商的结果是在该蓝皮书中保留台湾“常驻代表团”的称谓，但对代表团内的各代表不采一般的“领事、一秘、二秘”等外交称谓，改为“先生、女士、夫人”等不带政治和外交色彩的词汇。这种政治上的冲突和互信缺失给看似平和的两岸在WTO中的关系带来了很多无谓的摩擦。
（三）世界卫生大会中台湾的“观察员”法律模式
1.世界卫生组织一直是台湾“拓展国际空间”的重要目标
台湾当局代表自被驱逐出联合国之后一直以联合国的专门机构世界卫生组织（World Health Organization，WHO）为其追求“国际空间”的重要目标之一。1997年首度向WHO总干事致函，表达成为观察员的意愿，并且在该年大会之中推动讨论与表决。在1998年肠病毒扩散和2003年SARS蔓延时，更以台湾被排除在国际卫生体系之外违反了WHO宪章“全人类最高卫生福祉”的规定，对台湾人民不公不义为由几次要求加入WHO，委请其“友邦”提案，希望台湾能成为大会议程的补充项目。美国是支持台湾的重要动力来源，从1999年起，美国参众两院就逐年通过法案，支持台湾加入WHO，而且强度逐年提升。美国行政部门则依据这些具有国内法地位的法案处理台湾加入WHO议题，从2004年起就开始投票支持台湾。但该要求一直遭到秘书处的反对，也遭到中国政府的持续抗议。WHO为了应对台湾当局的屡屡提案，2005年与我国政府签订了一个谅解备忘录，其内容是同意台湾与WHO的官方交流，但这种交流必须在中国政府的同意下方可进行，但台湾并没有被邀参与该谅解备忘录的谈判。马英九执政后，两岸关系大幅改善，在不造成“两个中国”或“一中一台”的前提下，两岸及WHO就台湾以观察员身份并“中华台北（Chinese Taipei）”的名义参加世界卫生大会达成共识。自2009年起，台湾“行政院卫生署署长”即以“中华台北”的名义参加WHA，但就在WHA中，两岸也常有摩擦，2011年台湾当局认为WHO在其内部档（备忘录）中，称呼台湾为“中国台湾（Taiwan，China），这有矮化台湾地位之。
2.世界卫生大会模式是台湾加入国际组织的理想模式之一
马英九在2011年5月21日表示，希望未来将“世界卫生大会模式发展到其他国际组织”。WHA模式是自马英九执政后，在《宪法》、《反分裂国家法》和对台政策的框架下，在两岸达成共识的前提下形成的模式，对今后台湾拓展与其地位相适应的“国际空间”有范式意义。
就国际法普遍实践而言，观察员的权限受到许多限制，其权利界限一般都是由各国际组织依其各自情况在组织法中加以规定。以WHA为例，其观察员不是常设性的。WHO组织法中只有会员国和准会员的规定，没有关于观察员的条款，观察员的内容在《世界卫生大会议事规则》第3条第2款中有所提及：“总干事可邀请已提出会籍申请的国家、已代为申请为准会员的领地，以及虽经签署但尚未接受组织法的国家，派观察员出席卫生大会的会议。”
当一个国家或地区、组织提出申请加入WHO以后，在这个申请没有经过WHO的组织法、程序接纳之前，由WHO的总干事考虑工作实际需要，可以邀请这些提出申请的国家或地区、组织，作为WHA的观察员参加WHA和WHO的其他委员会，但没有投票权及人事分配权，每年仅可参与为期一周的WHA，无法取得关于WHO的重要文件。而且每年参加WHA必须逐案申请。另外，在WHA中，各会议都没有义务通知观察员参加，也没有义务给予其会议议程，观察员在WHA中的参与程度完全凭借其自身在各个议题中的重要性和其自身的活跃程度。显然，这种观察员的身份受限颇多， 但在现阶段却是能获得两岸共识的理想模式。
另外值得一提的是，代表台湾出席的最高级别官员是“卫生署署长”，2011年中华台北代表团共17人，除“卫生署长”外，还有“卫生署医事处长”、“卫生署国际合作正副处长”、“疾病管制局长”、“中央健保局长”、“国民健康局副局长”、“食品药物管理局副局长”和台湾大学医院副院长等。大陆方面的代表团则是由卫生部部长率由卫生部、外交部、财长部、国家食品药品监督管理局、常驻日内瓦代表团、北京大学等相关单位组成。这种级别对应的主管部门在WHA中的出席经实践证实是可行的。
其可取之处在于：
第一，立足于现实，取两岸最大公约数，实现台湾参与国际组织活动，不做“国际孤儿”的愿望。参与到WHA这一决策机构中，可以助台湾取得相关信息和技术，也能参与有关全球卫生政策的讨论，参与制定全球食品安全管理标准之国际规范，基本实现台湾当初追求加入WHO的诉愿。
第二，对大陆而言，这一模式在投票权等关键问题上对台湾当局有所限制，不会给“台独”势力以利用国际组织实现“一中一台”或“两个中国”的可能性。
第三，在参与周期上，台湾的观察员资格理论上需年度邀请。“台独”分子无法利用选举上的政党变动随意破坏大陆释放的善意，有利于两岸关系持续地、不间断地和平发展，杜绝了“九二共识”之后民进党上台出现的两岸政治悲剧。
台湾目前以观察员的地位加入的政府间国际组织有15个。如果两岸能在观察员这一模式上达成共识并愿意以此模式作为今后台湾参与政府间国际组织的主要发展方向，台湾参与国际民航组织等其他联合国专门机构的活动都不会是难以企及的目标。
（四）义务多于权利的台湾“国际空间”法律模式剖析
在为数不多的政府间国际组织中，台湾以“中华民国”或“台湾”的身份作为正式会员加入，例如，亚洲生产力组织、亚非农村发展组织、亚太粮食肥料技术中心、中美洲银行、亚洲选举官署协会、国际政府资讯科技理事会。这些组织有如下特征：第一，有相当一部分是中南美洲的区域性国际组织，如中美洲银行、中美洲议会和中美洲统合体。这些国际组织在地理上远离台湾，在利益分配上与台湾关系不大，台湾加入其中，更多的是在国际舞台上的宣扬。而美洲又是台湾“外交”关系中最重要的地区，便于台湾“外交”拓展。第二，有一部分是由台湾作为主要甚至唯一的资金提供者，且其主要工作人员也主要来自台湾，如亚太粮食肥料技术中心，其部长就来自台湾，其工作小组的办公地点也在台北。第三，总体表面看上去数量不少，但多数都是徒有虚表，只是以组织的形式存在的会议，在各自的领域无突出的建树，往往都是充当智库的角色，无签订具有约束力的条约和公约的野心和实力。第四，台湾在其中只承担义务，鲜享有权利，如台湾在中美洲银行中，只有向其提供贷款资金供受益国（洪都拉斯、萨尔瓦多、哥斯达黎加、尼加拉瓜、危地马拉、巴拿马及伯利兹）的义务，而无法成为受益者。
可以说，台湾加入这些组织是为了拓展“国际空间”而作出的无奈选择，多数是台湾基于其政治需求而以自身为中心集合周边国家设立的无国际影响力的国际组织。对此，大陆无须过多干涉，但需要保持警惕，以防有关势力借此提出“独立”的诉求，并在和平统一化进程中，完全可以逐渐要求台湾退出。