毛泽东明确告诉季山嘉，我们应该动员所有在广州的国民党中央执行委员、监察委员秘密到肇庆集中，驻防肇庆的是叶挺独立团。然后开会，并通电讨蒋，指责他违反党纪国法，不惜严办，削其兵权，开除党籍。毛泽东还分析说，目前就广州一隅而言，蒋介石的势力占优势。然而，就两广而言，广西的李宗仁同蒋介石也有矛盾，加上广东的李济深，这两股力量可为我所用。摆好这样的阵势对付蒋介石，蒋便无能为力。
可是，以季山嘉为首的苏联军事顾问们不赞成反击。他们从单纯的军事观点出发，认为肇庆一带的财力要支付一个独立团的经费，必然不够。而广州的税收比肇庆多10倍。即使其他各军将领都袖手旁观，蒋介石有一个师的兵力，加上吴铁城的警察部队，对付独立团绰绰有余。
况且，独立团的弹药补给也成了问题。相反，蒋介石却从莫斯科得到大批弹药。就这一点而言，独立团一个星期都坚持不下去。
周恩来对当时的倒蒋也有过回忆，他说：那时候，谭延闿、程潜、李济深都对蒋介石不满，朱培德、李福林有些动摇，但各军都想同蒋介石干一下。如果这时给蒋介石以有力的回击，毫无疑问，事情是有办法的。但当时却采取了继续退让的政策，不了解蒋介石这时还没有足够的力量，他是不敢分裂的，却以为蒋介石要分裂，就向蒋介石说这是误会。
通过中山舰事件，蒋介石实现了他的意图，他不仅从黄埔军校和第一军中挤走了中共党员，而且还逼走了季山嘉。但是，蒋介石很清楚，此时，他的地位还不巩固，如果没有中国共产党的帮助，没有苏联的援助，“面对众多敌人的广州这时是无力应付的”。而且，蒋介石还意识到，国民革命军中的多数将领“不愿意帮他独揽大权”。因此，他只有继续求助苏联和中国共产党。为了恢复同苏联人的联系，并“在较低的程度上获得左派的支持”，蒋介石准备“尽全力作出补救”。
于是，蒋介石又开始大谈中苏合作的必要。3月24日，蒋介石听说使团要离开广州，竟然赶往使团驻地送行，并且同布勃诺夫进行了两个多小时的谈话。“蒋介石表面上很诚恳，想为自己辩解并对3月20日事件作出解释”。蒋介石表示，他愿意继续同苏联合作，希望鲍罗廷迅速返回广州。
在国民政府当天为布勃诺夫使团举行的欢送宴会上，邓演达作为蒋介石的代表致词，他说：国民党、国民政府与苏俄本属最好同志，今日诸位归国，我代表国民党、国民政府及汪、蒋两位先生表示：今后本党本政府联俄政策，“非特未有丝毫变更，当视前益加亲善及进步。”
3月27日，蒋介石同中央通讯社记者谈话时表示，苏俄革命已成为世界革命的中心，中国国民革命又是世界革命的一部分，我们既然为国民革命尽力，就应该努力促成世界革命。如果说世界革命的同志互相伤害，而不相互联合，哪有这样的道理？
蒋介石的公开表态，使苏联人相信，同蒋介石的合作还可以继续进行下去。为了达到利用蒋介石的目的，斯切潘诺夫主张，应该满足蒋介石“喜尊荣”的虚荣心。据他分析，蒋介石如果想打击左派，凭他的实力，不仅消灭不了左派，反而“足以自取灭亡”。蒋介石又是“喜尊荣及有智慧之人”，所以，他决不会这样做。因为蒋介石说过，“3月20日之事于学识上所得者良非浅鲜”。这说明中山舰事件的发生，蒋介石“受到右派方面反革命者之耸动”。斯切潘诺夫甚至相信，如果苏联人对蒋介石“灌注一小部分之革命主义，并以左派之勇敢势力包围之，则3月20日之事永远不再发生”。所以，斯切潘诺夫建议，我们在这个时候应造成一种不利于发生类似于中山舰事件那样的局势，迫使蒋介石再次同我们合作，以“满足其喜尊荣之欲望”，并且使蒋介石在苏联的协助下得到比现在更大的权力和实力。这就是苏联顾问团所拟定的利用蒋介石性格以“进行国民革命事业之大略情形”。为此，即便对蒋介石的要求作出让步，也“无不可”。
（八）苏联人为蒋介石辟谣
在中山舰事件责任方面，布勃诺夫甚至为蒋介石开脱，他在离开广州之前曾对《响导周报》记者表示，广州3月20日事变，黄埔军队在短时间内包围省港罢工委员会及东山苏联顾问住宅，逮捕李之龙等50多人，这些都是事实。但“也只有这些事实”。周恩来、邓中夏并没有被捕，仍在广州。而且，蒋介石“更无杀人之事”。蒋介石承认此次举动只是防止发生叛乱之事，“他本人并不反俄反共”，他的军队里确实有反共分子，而且他并未发出包围俄人住宅及罢工的命令。此时，蒋介石已经了解到共产派确实没有危及国民政府及他本人的计划，所以，“风波已归平静”。
即便这样，莫斯科还在不遗余力地为蒋介石辟谣。中山舰事件的发生，引起西方一片喝彩。报纸上刊登的消息更是无奇不有。上海的《北华捷报》报道说：蒋介石“拘留了60名莫斯科间谍，但有10名逃逸，其中就有罗加乔夫。”《京津泰晤士报》称：“国民党军队中的所有俄国人都已接到辞退书，47名顾问几乎全部入狱。”英国在香港的报纸还报道说，3月20日广州发生“反革命颠覆事件”。对此，共产国际机关报《国际新闻通讯》辟谣说，这是“英帝国主义的挑衅行为”，上述报道的缘由“可能是广州军的蒋介石将军同广州政府存在一些意见分歧，这些分歧不是原则性的，不是武装的争权夺利，而且很快就消除了”。另据鲍罗廷说，“莫斯科一直是在设法冲淡这一事变的严重性”。《星火报》更是明确地宣称：“英帝国主义分子把他们的真正意图说成了既成事实”，国共发生冲突的消息纯属捏造，所谓俄国人被赶出广州的谣言是无中生有的。4月20日，联共（布）中央机关报甚至发表文章，表示对蒋介石的支持。维经斯基也在报纸上撰文，再次否认蒋介石发动过事变。
就在这时，西山会议派的活动又为蒋介石安抚莫斯科提供了机会。
3月29日，西山会议派在上海召开第二次代表大会。中山舰事件成了大会议论的中心话题。蒋介石在3月20日的“果断步骤”，使西山会议派感到欢欣鼓舞，他们把反共的希望寄托于蒋介石。大会在召开的第一天便发出“勋勉广州同志电”，表示所谓的“祝贺”。与会代表认为，蒋介石是出于对国民党的忠诚才这样做的。
然而，让人感到惊讶的是，正当西山会议派为蒋介石的举动而陶醉时，蒋介石却谴责了西山会议派。广州国民政府于3月29日发布公告，严重警告西山会议派，说他们先在北京开会，接着又在上海召开伪中央会议，“蓄谋破坏本党基础，造谣煽动，无所不至”。国民政府的公告严厉指责说，“少数叛徒，倒行逆施”，以3月29日召开伪代表大会为号召，“仍谋西山集合，不遂则在上海举行，以此个人叛乱，实属罪不容诛”。公告声称，国民政府接受国民党中央执行委员会的决议，对于这种“叛逆严厉惩治”。并且表示，凡在上海、北京等地，“假冒本党最高机关名义，以遂其叛党营私之目的者，不分首从，一概拿交法庭，照叛逆论罪”。4月3日，蒋介石便发出通电，公开反对西山会议派。他在通电中说，3月20日发生的中山舰一案，全系个人局部问题，由他本人负完全责任。但是，近日本党的一些不良分子，“以中山舰案为名，造作谣言，以行其反革命阴谋之实，不使本党同志同归于尽而不止，此种败类，不除何待”。现在又接到上海西山会议派所谓全国代表大会通电，“希图破坏本党，摧残革命，其煽动挑拨之伎俩，已图穷匕见”。此种托庇于帝国主义势力范围下的行动，不愧为帝国主义的工具，“竟敢不法通电”，真是“殊甚痛心”。蒋介石还公开表示，他是孙中山的信徒，“不偏不倚，唯革命是从，凡于帝国主义有关系之败类，有破坏本党与政府之行动，或障碍革命之进行者”，应该将其“扫除”。
不仅如此，蒋介石还对中山舰事件的几位主要帮凶进行了处分。他免去了王柏龄第二师师长、陈肇英虎门要塞司令的职务，责令他们从速离开广州。还免去吴铁城新编十七师师长兼广州公安局长职务，送虎门要塞软禁起来。其他几位，如欧阳格、陈策也受到不同程度的处分。蒋介石还对朱培德说：为了证明他不是反革命分子，他愿意做一切应该做的事情。他告诉李章达：必须马上同右派断绝关系，他决定解散孙文主义学会，同时也解散青年军人联合会。由你担任广州公安局长。如此以来，“我们将削弱右派的实力”。4月7日，蒋介石发出《取消党内小组织校令》，规定：除黄埔军校特别党部各级组织应当由党部加以工作外，其余各种组织“一律自行取消”，否则“严重究办”。4月21日，孙文主义学会宣告解散。与此同时，蒋介石又下令释放了李之龙。
从这段时间蒋介石的言行和举止来看，他既打击了左派又压制了右派。对于蒋介石的这种两面派手段，周恩来这样说过：“蒋介石打击左派以取得右派的支持，又打击右派以表示革命，这就是他的流氓手段阴险刻毒的地方。”
蒋介石的一连串举动，使得斯切潘诺夫相信，蒋介石“仍旧为各方面中坚分子”。斯切潘诺夫认为，蒋介石就中山舰事件已经发表了《罪己书》。尽管他免去了共产党政治宣传员的职务，还要求侦查苏联人住地，规定苏联顾问的权限，但观其意态，“似又略向左演进”。而且，蒋介石曾发出激烈电报，“攻击上海之右派集会”。斯切潘诺夫还感觉到，蒋介石“对于一切俄人表面上均变为和蔼可亲，谈话之时每问计于俄人”。根据蒋介石的态度变化，斯切潘诺夫得出两种结论：其一，蒋介石“诚意缓和3月20日之事，与左派联合，共同尽力于国民革命”。如果这样的话，对苏联“有益”；其二，蒋介石的上述种种所为，“乃欲蒙蔽反对派之耳目而预备再举”。
斯切潘诺夫提出两种相应的对策。如果是第一种情况，则表明“蒋介石仍继续为国民革命工作”，我们应当“处处迎合其意与予以让步”。如果出现后一种情况，那么，我们就应“预备与之奋斗”。但是，斯切潘诺夫认为，无论出现哪种情况，苏方采取的根本政策，均应同蒋介石合作至最后。贝兹斯察斯特诺夫甚至认为，蒋介石始终是苏联人“所倚恃之人”，并且“甚爱俄国顾问”，只是对罗加乔夫“感情甚劣”，因为罗加乔夫不是蒋介石的顾问。
事实上，布勃诺夫使团已经选择了同蒋介石的继续合作。为此，使团在处理中山舰事件的过程中不惜向蒋介石作出了让步。布勃诺夫在离开广州之前还特意向蒋介石表示了“继续合作的意向”。而留在广州的苏联顾问，“对蒋更表示恭顺，似是顺水推舟，促成蒋氏成为中国的拿破仑”。
（九）整理党务案
惯于大耍两面派手段的蒋介石在稍加安抚苏联人之后，又开始利用他的暂时胜利来限制中国共产党在国民党内的活动。4月2日，蒋介石向国民党中央提出了“整理党务案”，要求召开二届二中全会加以解决。
“整理党务案”一共9条：
（1）凡他党党员加入国民党者，各该党应训练其党员明了国民党的基础是孙中山所创的三民主义，对于孙中山总理及三民主义不得加以怀疑及批评；（2）凡他党党员加入国民党者，各该党应将其加入本党党员的名册交给本党中央执行委员会主席保存；（3）凡他党党员加入国民党者，在高级党部任执行委员时，其额数不得超过各该党部执行委员会总数的三分之一；（4）凡他党党员加入国民党者，不得充任国民党中央机关的部长；（5）凡属于国民党党籍者，不得在党部许可以外有任何国民党名义召集党务集会；（6）凡属国民党党籍者，非得有最高级党部许可，不得有政治关系的组织及行动；（7）对于加入国民党的其他党党员，各该党所发的一切训令，应先交国共两党联系会议通过，如有特别紧急事故，来不及提出通过时，应将此项训令请求联系会议追认；（8）国民党党员未经准许脱党之前，不得加入其他党籍，如果脱离国民党党籍而加入其他党者，不得再加入国民党；（9）国民党党员违反以上各项时，应立即取消党籍，或依其所犯错误程度，加以惩罚。
这个提案既打击了共产党，又抑制了国民党右派。4月3日，也就是蒋介石通电谴责西山会议派的当天，他向国民党中央提出，必须解决党内纠纷问题，即纪律和党员成分问题。他建议，立即召集全体中央执行委员会议，整顿纪律，加入国民党的共产党员须遵守国民党的纪律，对于三民主义尤其不准批评与怀疑。国民党内部不允许其他小团体存在，“须事事公开，不得有秘密行动”。他对共产党员在国民党内的活动提出了严格的限制措施：国共两党之间的重大问题，应交联席会议解决。共产党的秘密文件，也可以交给联席会议。至于其他的权限问题、手续问题，也应“详细规定”，以免日后再次发生纠纷。