3月19日深夜，李之龙正在家里睡觉，睡梦中被一阵急促的敲门声惊醒，听声音好像是当晚7点钟欧阳格派来送信的卫兵。李之龙连忙问他来干什么，对方回答，有话对李局长说。李之龙感觉到情况不妙，担心欧阳格图谋不轨，特在夜深派人来暗杀他。这时，婆妈已经打开大门，李之龙暗思，两名卫兵均在楼下，万一情况有变，他只得任其摆布。于是，李之龙就穿着袜子下了床。走出房门观察动静。他发现，两名卫兵带着六七位配着驳壳枪的兵士。他便问道，你们来干什么？卫兵气势汹汹地回答说，欧阳格校长奉蒋校长命令来捉你。说完后，将李之龙手提皮包里的信函搜了出来。这封信是证据，对方可能拿去销毁。李之龙回答：“好吧！等我穿了衣服同你去。”李之龙匆匆地穿了一件外衣，还没有来得及扣扣子，就被几个人簇拥着下了楼梯。此时，李之龙才发现，士兵们的服装不如第一军整齐，料想这是欧阳格勾引土匪冒充军队来捉拿他。一路上，李之龙向大街上四处张望，看看有没有巡查的队伍经过，他将大声呼救。当走到文德东路转角时，李之龙发现有一名警察，他大声呼叫：“我是海军局长，他们不是正式军队，没有命令乱拿人。救人呀！救人！”士兵嚷嚷道：“不是正式军队是土匪，一枪打死你。”警察见状，只得低着脑袋离开了。不一会儿，便来到监察院门前，李之龙遇见过去曾相识的国民党第二营的勤务兵，对方问这是干什么？士兵回答：“我们是第二十师办事处的，你同去不要紧。”很快就到了万福路第二十师办事处，上楼一看，发现中山舰代理舰长章臣桐早已在此。原来，章臣桐当晚不在军舰上，被捕时正在东堤一家酒店里吃饭。李之龙问他：这是为什么？对方回答说：不知道。这时，只见欧阳格走了出来，故作姿态地问李之龙：“你为什么起得这么早？”李之龙回答：“还没有起床，是你派人到我家中把我抓起来的。”欧阳格就再没有回答什么，让人将李之龙的外衣扒下来，把他的双手绑了起来。先将章臣桐押下楼，再让人用毛巾将李之龙的眼睛蒙住，又用两条手巾包着驳壳枪枪口塞入李之龙嘴里，以至口吐鲜血。此时，李之龙既看不见，又不能出声。李之龙想，为什么如此地不正大光明？即使拿办人，为什么不经审讯，这样黑暗。死不足惜，只恐死得不明白。李之龙全部的精力，只等听到一声枪响。
稍待片刻，他们便下了楼。李之龙被押进一辆汽车。天已经渐渐地亮了，李之龙透过毛巾，依稀看见汽车经过惠州会馆向广九车站方向驶去。李之龙心想，他们一定是将我拉到车站附近人烟稀少的地方谋害。
到了第一军经理处，他们下车上楼。李之龙心想，该审问了吧。处长果然问道：“你是李之龙吧？”李之龙嘴里塞着手巾，说不出话来。
一路上，卫兵不停地摸李之龙的嘴，防止手巾从嘴里掉下来。这时，处长发问了，李之龙心想，该让我自由说话了吧。于是，他用舌头使劲地将手巾推出，可以说话了。他答道：“是。为什么捉我？”以下是两人的一段对话：“你有没有什么事对不起校长？”
“没有。”“你再想一想。”
李之龙略加思索后回答：“只是前几天把校长的坐船江固号派到梧州去了，这是打电话向校长请示过，经他许可的。先打算派到西江剿匪，又因招待苏俄参观团，送他们到梧州去了。”
“中山舰是哪个派到黄埔去的？”“是校长的面谕，叫邓教育长演达打电话到办事处来要我派去的。”“是哪个调回来的呢？”
“因为苏俄参观团定昨日午后2时参观舰队，曾用电话向校长请示，得其允许才调回来的。”
“你能够指挥哪条船？”“用代理局长的名义，都可以指挥，用私人的名义，一条也不能指挥。”
“中山舰上有些什么人？”“有舰长，有兵士，另有看守该舰的第二师兵力二班。”“中山舰上共有多少人？”
“130人。”“有多少支枪？”“长短枪三四十支。”“有没有派船到西江？”
“军事委员会要海军局派船去剿匪，但因财政部黄埔学校各处调去的船只尚未回来，故尚未派出。昨日有两只船‘安北’‘平南’到海南去，是军事委员会前一个星期要的，推迟到昨天才出发。”
“你为什么这么早就起来了？”李之龙听了这番话，心里顿时明白了，这是欧阳格企图诬陷他。于是，他回答道：“并未起床，是欧阳格派人到我家中从睡梦中捉拿来的，你看我衣服穿得整不整齐就知道了。”
“据报告的人说，你深夜起来上船有举动。”“请处长转告校长，务必要将报告人扣留，以免逃逸。”“我去对校长说。”处长说完之后便走了。随后，李之龙被转移到一间小屋里，眼睛上的毛巾也被拿掉了，却增加了几条粗绳子，把他的手腿绑得动弹不得。这时，陈肇英走了过来，大声叫道：“校长的命令，绑紧一点！”于是，监守兵又紧了一次。过了片刻，陈肇英又来说道：“校长的命令，再绑紧一点！”监守兵又拿来一条绳子，竭尽全力绑，直绑得李之龙两手肿得痛入骨心。大约过了40多分钟，陈肇英得意洋洋，带着卫队用汽车把李之龙押解到造币厂，由第六团特务连监守。
在造币厂，蒋介石对马文车说：“中山舰是受海军局命令开进黄埔的，‘事变’的责任主要在李之龙身上，现已将李扣押在经理处，交给你去审讯。”马文车认为，这是蒋介石要拿自己当帮凶。
据马文车描述，李之龙是在3月19日后半夜被陈肇英等率兵逮捕的。李之龙新婚不久，在梦中被拖出来，上身只穿一件衬衣，下身只穿一条短裤，双手反绑，眼睛被蒙住，嘴巴被毛巾塞住，就像架“肉票”那样把他弄到经理处。
马文车一连审问了两次，李之龙始终称自己冤枉，对“通同共产党劫持蒋介石之事”拒不承认，并且一再申明：中山舰开进黄埔，是由于黄埔军校驻省办事处主任朱一鸣，亲自来海军局向我传达蒋校长的口头命令，说该校急需使用中山舰，迅速开往黄埔停泊候调，这是17日下午的事。又于18日凌晨命令中山舰驶入黄埔候差。除此之外，马文车再也没审出什么东西来。当晚，马文车向蒋介石报告了审讯情况。蒋介石很不高兴，随口说到：“那么你就将朱一鸣逮捕起来吧！”马文车当然明白，这是蒋介石的气话。他见蒋介石的脸色不太好，只得见机行事，压低嗓门说：“如果将这件事看得过于严重也不太好。”蒋介石沉思之后，决定让第二军军法处处长戴贞缵一同会审。
第二天，马文车和戴贞缵研究了审讯计划。戴贞缵认为，李之龙不肯承认实属刁猾，主张用刑，但遭到马文车的反对。一连几天，两人也没有审出什么口供来。马文车只好向蒋介石建议：李之龙一案经过几次会审，仍无充分罪证，原报告是否完全属实，有待进一步调查，先准保释。蒋介石批示说：“暂行看管，再侦查。”此案就这样搁置起来，直到7月间他被释放。
（四）周恩来遭软禁
1943年，周恩来在回顾中山舰事件时说，事件发生之后，蒋介石逮捕李之龙，下令黄埔戒严，监视各师党代表，包围苏联领事馆，监视苏联顾问，解除省港罢工工人纠察队的武装，“把我也软禁了一天”。这究竟是怎么一回事？
1926年3月20日上午8时左右，新任第二十师副师长林振雄和入伍生团团长张叔同先后来看望党代表包惠僧。据他们说，外面有好几条马路已经戒严，从惠州会馆到造币厂这一带交通已经断绝，十字路口都架起了机关枪，第五团官兵全副武装地向省议会开去（海军局在省议会内），不知道发生了什么事情。包惠僧听了他们的话，也猜不出到底发生了什么事情，就打电话到蒋介石住处询问情况，接电话的是蒋介石的秘书陈立夫，他说：“校长不在家。”林振雄、张叔同离开之后，包惠僧再次打电话到蒋介石家里打听消急，还是陈立夫接的电话，他告诉包惠僧：“校长昨天夜里3点钟就出去了，不知道处理一件什么紧急公事，他现在正在造币厂。如果有事，你可以到造币厂去见他。”
原来，3月19日下午，蒋介石从黄埔回到广州。20日凌晨3时，他赶到造币厂开始行动，命令陈肇英、王柏龄逮捕李之龙，刘峙扣押第二师各级党代表，第二师第五团占领海军局，并解除海军局的武装。陈策、欧阳格占领中山舰并解除中山舰武装，吴铁城所部监视汪精卫、季山嘉及苏联代表团与全市著名共产党员的住宅和共产党机关。他们约定，只要共产党开枪反抗，就命令第二师、新编第一师以及公安部队进行大屠杀。但是，共产党方面没有预料到事件的发生，没有作任何准备，事发突然，所以没有任何反抗。广州市的戒严一直持续到3月20日上午。
此时，蒋介石的亲信缪斌进来报告说：“第一军党代表中的共产党员已全部扣押。”周恩来从包惠僧那里得知了有关中山舰事件的一些情况。原来，在与陈立夫通完电话之后，包惠僧又打电话给王柏龄，但家里没有人接电话。大约上午10点，包惠僧把他了解到的所有情况通过电话报告了周恩来。为了弄清情况，周恩来赶往造币厂去见蒋介石。周恩来在造币厂见到了被扣押的共产党人。周恩来等候了一阵子，蒋介石才姗姗露面。这时，惠东升在门口把守。周恩来带了4名武装卫兵，惠东升竟然缴了周恩来的卫兵枪械。惠东升还对马文车说：周恩来进得来，出不去了。马文车提醒他：未奉令而缴人家的枪，这是违反军纪的。后来，惠东升得知事情发生了变化，就将枪支发还。蒋介石告诉周恩来：“李之龙及中山兵舰有叛变的嫌疑，幸亏发觉得早，李之龙已被捕，中山舰解除了武装，第一军的所有共产党员，为了保障他们的安全，已集中看管。”在周恩来的责问下，蒋介石只好下令把扣押的共产党员释放了。
周恩来从造币厂回来之后，包惠僧立即赶到周恩来住处汇报情况。周恩来让他去看看王柏龄和刘峙，去了解一些有关他们的情况。包惠僧照办了。
下午七八点钟，广州市已经戒严，包惠僧去看刘峙。见面之后，刘峙倒很客气。两人握过手之后，包惠僧就问刘峙：“今天究竟是怎么一回事？”刘峙平心静气地回答说：“我也不完全了解。我是以校长的意思为意思，校长命令我干什么，我就干什么。”接着，两人又不着边际地谈了一阵子，包惠僧就回家了。回到家中，夏松云就告诉他，陈延年已经派人来通知，叫他少出门，夜晚不要住在家里，行动要简单轻便一些，不要坐汽车，不要带卫乓，也不要到陈延年那里去，有事陈延年会派人来通知。他们家门口有几个便衣侦探在探头探脑。当天晚上，包惠僧在西濠口亚洲旅馆住了一夜。
（五）苏联顾问团住地被包围
事件发生时，布勃诺夫率领的使团正好在广州。莫斯科向中国派遣使团，是年初托洛茨基建议的。1926年1月4日，他在给联共（布）中央书记处的信中说：“中国日益扩大的事态可能对许多年具有决定性意义，因此我再次提出派遣一个权威的政治使团问题”。1月14日，联共（布）中央政治局作出决定：组成以布勃诺夫为团长的使团，立即动身前往中国，其任务是：（1）弄清楚中国的局势并报告政治局；（2）同加拉罕一起就地采取一切必要的措施；（3）整顿派往中国的军事人员的工作；（4）检查向中国正确选派工作人员的保证情况及如何指导他们的工作。
布勃诺夫是联共（布）中央委员、红军政治部主任，来中国时化名伊凡诺夫斯基。使团成员包括：联共（布）中央政治局中国委员会原书记隆格瓦，联共（布）中央委员、远东区委书记库比雅克，全苏工会理事会主席列晋谢。1926年2月，布勃诺夫使团抵达哈尔滨，以处理中东铁路出现的问题。随后，使团到达北京。在北京，使团听取了苏联驻中国大使加拉罕、苏联顾问鲍罗廷的汇报。3月2日，使团来到上海，会见了中共中央总书记陈独秀。陈独秀就中国当前的政治形势发表了自己的看法，他对中国革命力量表示相当的悲观。3月13日，布勃诺夫使团抵达广州。
此时，广州已经弥漫着一股火药味。3月20日上午9时，国民革命军第二师第五团的一个连包围了坐落在东山的苏联顾问团住地和办公室。一时间，东山岗哨林立，如临大敌。不准苏联顾问外出，不准到办公室去，甚至不准上医院就医，还剪断了电话线，解除了卫兵的武装，甚至扬言要把顾问们驱逐出广东。
鲍罗廷住在大东路国民党中央党部对面，平时也有几十名卫兵守卫，军政党各方面的要人进进出出，门庭若市，一般人都把这里当作广州的政治中心。据国民党方面出版的资料记载，3月20日凌晨三四点钟，大东路上突然来了大批武装士兵（系一军特务营）将鲍公馆包围，禁止出入，但卫兵的枪械没有收缴，这是鲍公馆与省港罢工委员会不同之处。鲍公馆对面就是国民党中央党部所在地，左邻东较场，斜对白云山大道。此时，“东较场及红花岗附近，均密布军警，形势极为严重”。
顾问们看到眼前发生的一切，感到非常气愤，把军官叫过来问道“：你是什么职务？”
“报告顾问，我是连长。”
“为什么包围我们？”“不是包围，是保护你们。”“不准我们出门，也不让我们进办公室，这叫什么保护？”“我们在周围站岗放哨，就是保卫你们的安全。”“你们把电话线剪断，不让我们打电话，这也是保护吗？”“我们没有剪电话线，可能是风刮断的。”“我们的人去医院看病也不允许，难道这也是保护吗？”“这是因为路上不安全。”“既然是保护我们，为什么还要收缴卫队的枪械？”“因为他们不可靠。”“我们的人上街买菜也不行，请问，我们吃什么？”这位连长在执行包围顾问团住地的任务时曾问过他们的营长，营长说，他是奉蒋介石的命令行事的，但他又拿不出蒋介石的手令。当时，苏联顾问也考虑过进行抵抗，无奈他们在广州的人数只有40多人，力量单薄。直到下午2时，包围东山的部队才撤走，并发还了军械。