在“洗党”的同时，对红色政权也进行了整顿。“8月失败”以后，边界的红色政权组织都受到了严重迫害。为了整顿组织、纯洁内部，主要采取了两项办法。一是发动群众，识别混进苏维埃政府中的投机分子和阶级异己分子。如宁冈新城，就将一些土豪子弟、投机分子驱逐出政府。二是对被小地主、富农分子把持的苏维埃政府重新改组，选出优秀工农分子进入政府机构。
（三）湘赣边界党的“二大”
“8月失败”使边界斗争遭受巨大损失，党内思想也比较混乱，悲观思想重新抬头。为了统一认识，加强党的战斗力，同时总结上井冈山一年以来边界斗争的经验，10月上旬，在茅坪步云山寺召开为期3天的中共湘赣边界第二次代表大会。会议由毛泽东主持，参加大会的有来自地方和军队的100多名代表。
毛泽东代表第一届特委在会上作了报告，详细分析了国内经济状况和革命形势，论证了边界红色政权存在和发展的原因，肯定了创造罗霄山脉中段政权的重大意义，并进一步从实践和理论上回答了“红旗到底打得多久”的疑问。大会讨论通过了毛泽东起草的《湘赣边界党的第二次代表大会决议案》。会议还对边界党的改造与建设、各县工作、农村斗争、工人运动、士兵运动、宣传、训练、苏维埃、土地、青年团问题进行了讨论，作出了决议。
大会选举产生了湘赣边界第二届特别委员会，由毛泽东、朱德、谭震林、陈正人、龙超清、朱昌偕、刘天干、盘园珠、朱亦赤、袁文才、王佐农、谭思聪、谭兵、李却非、宛希先、王佐、杨开明、何挺颖19人担任委员。杨开明为书记，但因其重病，由谭震林代理。陈正人为副书记。
边界党的“二大”后不久，边界特委在茅坪象牙庵举办了一期党团训练班，各地党组织选派的党团员参加了训练。以后军委又在茨坪举办了一期党团训练班。两期均有100多人参加学习，时间一般3个月左右，学习内容包括阶级斗争史、革命发展史、政治时事、群众工作以及军事训练等。毛泽东、朱德、陈毅等还亲自给党团训练班的学员讲课。
（四）重建井冈山前委
前面我们提到，1928年6月26日，中共湖南省委致信湘赣边界特委，决定派杨开明为特委书记，毛泽东则随红四军开往湘南；成立赴湘南作战的四军前委，指挥四军和湘南党务及群众工作。红军大队冒进湘南后，又组织了由湖南省委任命的前委，陈毅任书记。8月23日，毛泽东率部与红军大队在桂东会合，当晚召开了前委扩大会议，决定红军大队重返井冈山，同时取消前委，组织指挥军队的行动委员会，毛泽东出任行委书记。
11月2日，湘赣边界收到中共中央的一封指示信。这对长期得不到中央指示的湘赣边界和红四军来说，是一件十分重大的事情。其实，这封信写于当年6月4日，只是由于交通阻隔，过了近5个月才收到。指示信在分析了当时的政治形势后，批评了那种专门做一些烧杀工作，而不去没收土地、分配土地，不建立苏维埃政权，只是单纯“东征西讨”的错误倾向。来信对井冈山革命根据地作了八项具体的指示：（1）要求不断深入根据地工作。同意在湘赣边界以军事实力发动广大的工农群众，实行土地革命，造成割据局面向四周发展而推动湘鄂赣粤暴动局面的发展。（2）提出根据地的深入就是要彻底没收地主阶级的土地归苏维埃重新分配。（3）关于根据地的扩大问题。要以群众为主力，红军为助力，发动四周群众的暴动。路线是由赣西向萍乡、安源、醴陵等地发展，向赣南、赣西北发动游击战争，同时向东帮助万载、安福。（4）关于军队。部队可正式改成红军，要求成立政治部，取消党代表制等。建立地方武装组织，保卫苏维埃政权。（5）具体的策略问题。（6）职工运动问题。
（7）在党的组织方面，提拔积极的工农分子，特别是工人分子，参加各级党部的指导机关；加强支部工作，使之成为党和群众的中心，开办党的训练班，训练干部等。（8）关于组织前委问题。中央认为有组织前敌委员会的必要，前委所管辖的范围，要由环境决定。所有管辖区域内的工作，完全受前委指挥。前委在江西境内受江西省委指导，在湖南境内受湖南省委指导。中共中央的这封指示信，除了要求根据地无限制地扩大以及取消党代表制以外，其余都比较切合湘赣边界斗争的实际，对边界的工作很有指导意义。其中关于组织前敌委员会的指示，有必要加以详论。
指示信强调有组织前委的必要，并制定了具体名单，即由毛泽东、朱德、一个工人同志、一个农民同志及前委所在地方党部的书记等5人组成，而以毛泽东为书记。
11月6日，特地推迟向遂川出动的日期，在茨坪召开了有特委、军委和地方负责人30多人参加的中共湘赣边界特委扩大会，由毛泽东主持。会议传达了中央6月4日的指示信，并根据中央的精神，重新组织了前委，由毛泽东、朱德、地方党部书记谭震林、工人代表宋乔生、农民代表毛科文5人组成，毛泽东任书记。前委下设秘书处、宣传科、组织科、职工运动委员会、军事委员会。
根据中央的指示，前委统辖红四军军委和湘赣边界特委，成为边界党的最高领导机关，后来为了和其他前委相区别，就称作了井冈山前委。井冈山前委在建设巩固的军事根据地、开展部队的冬季整训、部署粉碎第三次“会剿”、坚持边界工农武装割据等方面，都发挥了重要的领导作用。
（五）红四军党的“六大”和冬季整训
1928年11月14日至15日，毛泽东和前委在宁冈新城召开了红四军党的第六次代表大会，到会代表79人。会议通过了《政治问题决议案》、《党务问题决议案》、《军事问题决议案》、《经济问题决议案》、《纪律问题决议案》5个文件。会议选举产生了23人组成的军委，5人为常委，朱德为书记。军委在前委的领导下开展军中党的工作。红四军党的“六大”还决定全军开展冬季整训。
冬季整训的内容和做法，主要是：（1）大力开展对部队的政治思想教育。毛泽东、陈毅等经常给部队上政治课，对部队进行革命性质教育，使红军战士认识到建立红色政权的重要意义。同时，要部队注意克服“左”右倾思想和游击习气。（2）加强对部队中各级党组织的整顿，将红军中的各级党组织转入秘密状态，进一步健全“支部建在连上”的规定。（3）整编部队，统一调整干部。朱云卿任红四军参谋长，林彪任红二十八团团长，伍中豪任红三十一团团长。同时，在军队中健全侦察队、卫生队、担架队、辎重队、军需处等各种组织。（4）开展军事训练。部队按照苏联红军的训练方法，利用地形、地物练习射击、隐蔽等战术动作，有时还背石头，练习跑步、爬山、抢占山头，训练行军速度。还练习队列、紧急集合等。
红四军的冬季整训有力地加强了军队思想建设和政治建设，增进了官兵之间、兄弟部队之间、军民之间的团结，提高了红四军的政治、军事素质，为红军迎接更艰苦的斗争打下了坚实的基础。