1956年3月，中国科学院新疆分院筹备委员会成立，包尔汉·沙赫德拉任主任委员。为了落实国家十二年科技发展规划草案提出的有关新疆地区综合考察任务，1956年5月，中科院新疆综合考察队在北京成立，由76人组成，设有土壤、地貌、植物、农牧、水利、经济地理等6个组。随后，奔赴新疆进行综合考察。中科院新疆综合考察队编着的《新疆综合考察报告（1956）》，1958年由科学出版社出版发行。
（二）1957-1977年为曲折发展时期
1957-1965年间，新疆在科技方面也做了许多工作。1959年2月，成立了管理新疆科技工作的自治区科学技术委员区（简称自治区科委），并逐步成立了自治区各专区（州、市）、县科委组织机构。1960年4月1日，中国科学院新疆分院成立，以后逐步发展成为下设物理、化学、生物土壤沙漠、地质地理等4个研究所，包括10多个专业学科、拥有先进研究与实验手段的综合性科研机构。1960年4月16日，新疆维吾尔自治区科学技术协会成立，科协是科学技术群众团体，它的基本任务是密切结合生产和党的中心工作，开展群众性的科学技术活动，普及科学知识，开展学术交流，协助开展知识分子的思想工作。到1965年底，自治区科协建立自治区级学会26个，发展会员4700余名；各专、州、市和70个县、125个公社、60个厂矿企业都建立了科协组织。
这期间取得了一些科技成果，如1959年4月，新疆畜牧兽医研究所首创鼠兔交替传代，培育成功口蹄疫型Ⅲ系鼠化弱毒苗，该成果1963年通过农业部兽医生物药品监察所鉴定，1978年获全国科学大会奖。1963年11月，新疆地质局、石油管理局负责编制的1∶100万《新疆维吾尔自治区地质图（包括说明书）》通过鉴定，该图是《中国地质图类及亚洲地质图》的组成部分，1979年获全国科学大会奖。
“文化大革命”期间，新疆的科技事业遭受严重的摧残。各级科技管理机构被夺权，处于瘫痪状态；1966-1977年，全区各级科协被迫停止活动，科技群众团体名存实亡，群众性的科技活动被迫中断；中科院新疆分院被撤销。
就是在这种情况下，仍然有不少领导干部和科技工作者坚守岗位，使这一时期的科技工作在某些方面也有所进展，例如，1972年4月，国家地震局新疆地震预报研究队在天山南北开展了为期4年的地震预报研究工作。这期间也取得一些科技成果。但总的来说，“左”倾错误使中国耽误了20年，使中国同世界发达国家经济、科技方面的差距拉大了。新疆原来就是经济、科技落后的地区，差距拉得就更大了。
截至1978年6月末，全区各类科技人员达到85063人，其中工程技术人员22198人，占26.10%；农林牧业技术人员13141人，占15.45%；卫生技术人员31741人，占37.31%；科学研究人员3042人，占3.58%；教学人员14941人，占14.91%。
（三）从1978年3月全国科学大会至今为科学技术大发展时期
1978年3月，全国科学大会在北京召开，邓小平在会上做了重要讲话，着重阐述科学技术是生产力，四个现代化关键是科学技术现代化，知识分子是工人阶级的一部分。邓小平的讲话起到了振聋发聩的作用，开启了科技战线拨乱反正的征程，迎来了科学技术大发展的春天。
新疆有12个先进集体、21名先进个人和88项科技成果荣获全国科学大会的奖励。在全国科学大会精神鼓舞下，1978年3月，自治区党委作出《关于加强自治区科委工作的决定》，同时批准恢复自治区科协；经中央批准，恢复了中国科学院新疆分院。1978年6月，自治区召开全区科学大会，表扬和奖励了160个先进集体、223名先进个人和610项优秀科技成果。
要加快发展科学技术，就必须充分调动和发挥广大知识分子的积极性和创造性，要做到这一点就必须大规模地平反冤假错案，落实知识分子政策。
1978年4月5日，中共中央批转统战部、公安部《关于全部摘掉右派分子帽子的请示报告》，1979年10月14日，中共中央批转统战部《关于地方民族主义分子摘帽问题的请示报告》，自治区各级党委进行了对右派分子和地方民族主义分子的摘帽和错划人员的复查改正和安置工作。复查结果：右派分子属错划错处理应予改正的占99%，地方民族主义分子属错划错处理应予改正的占94%。平反纠正了“文化大革命”中造成的冤假错案。这些平反的冤假错案中有相当大一部分属于知识分子中的冤假错案。据统计，截至1987年6月底，全区累计解决知识分子中的各类历史遗留问题205606件，占应解决数的99.9%。其中，平反冤假错案29365件；补发“文革”中被错误停、扣、减发的工资10953件，计17614657.91元；清退“文革”中被查抄财物4325件，补偿1396345.09元；腾、退“文革”中被挤占私房338户、1273间；解决875人因冤假错案造成夫妻分居的问题；解决因冤假错案株连下放农村而需“农转非”的1457户、5056人；清理知识分子人事档案158311份，销毁处理了污蔑不实之词。
自治区党委还制定了《关于改善知识分子的工作、学习和生活条件的暂行规定》等文件，采取一系列措施，来提高知识分子的政治地位，解决知识分子入党难的问题，解决用非所学、用非所长的现象，尽力改善知识分子的生活条件，解除他们的后顾之忧。全区选拔35966名知识分子进入各级领导岗位，吸收53240名优秀分子入党，占同期发展党员总数的36.54%；调整7896名用非所学、用非所长的知识分子到适合发挥其才智的专业岗位；安排3.8万余名知识分子进修、培训；解决8637名知识分子夫妻长期分居问题；安排知识分子配偶、子女就业15589人，解决知识分子家属子女“农转非”44424户、133485人；为53336名知识分子改善了住房条件。根据国家的统一部署，恢复专业技术职务评定和聘任工作。截至1988年6月底，全区事业单位首次专业技术职务评聘工作基本结束，共聘任专业技术职务人员141341名，其中高级职务的7611名（正高级职务553名），中级职务的51630名，初级职务的82100名。
1985年3月中共中央作出关于科学技术体制改革的决定，自治区党委提出了贯彻中央决定的意见，开始了以放开放活科技机构和科技人员为重点的科技体制改革。围绕着促进科技与经济结合这个核心问题，逐步扩大科研所自主权，试行所长负责制，实行有偿技术合同和课题承包制，建立多种形式的科学生产联合组织，允许科研所兴办科技经营实体。鼓励科技人员合理流动和从事为社会服务的兼职活动，领办、承包乡镇企业，创办民营科技企业。
要加快科学技术的发展，必须制订正确的科技发展战略和方针。改革开放之初，中央提出“经济建设必须依靠科学技术，科学技术工作必须面向经济建设”的方针，为了贯彻落实中央这一方针，1983年12月，新疆从本区实际出发，提出了“以开发研究为主，以生产技术研究为主，以引进技术为主”
的发展科学技术的原则。1991年3月召开的自治区第四次党代会，把“科技兴新”确立为今后十年和“八五”时期新疆国民经济和社会发展的基本指导方针之一。5月，自治区隆重召开科技兴新大会，对科技兴新工作进行了全面动员和部署。7月，自治区人大常委会第二十一次会议通过《关于依靠科技进步振兴新疆经济的决议》；自治区党委、自治区人民政府作出《关于依靠科学进步振兴新疆经济的决定》，发布《科技兴新纲要》。12月，自治区专家顾问团成立，作为自治区科技兴新领导小组的咨询机构，并在推进决策科学化和民主化的进程中发挥重要作用。
根据邓小平“科学技术是第一生产力”，实现现代化，科技是关键，基础在教育的重要思想，1995年5月，中共中央、国务院明确提出了科教兴国战略，作出了《关于加速科学技术进步的决定》，并召开了全国科学技术大会进行总动员。科教兴国，是指全面落实科学技术是第一生产力的思想，坚持教育为本，把科技和教育摆在经济、社会发展的重要位置，增强国家的科技实力及向现实生产力转化的能力，提高全民族的科技文化素质，把经济建设转移到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来，加速实现国家的繁荣强盛。
1995年8月，自治区党委和人民政府提出关于贯彻中央决定的意见，确定在“科技兴新”的基础上，实施科教兴国战略。
实施科教兴国战略，必须在有重点有选择地引进先进技术的同时，增强我们自己的创新能力。1998年江泽民提出迅速构建一个完整的国家创新体系。
这个体系应当包括以国立科研机构和教学科研型大学为核心的知识创新体系、以企业和科研机构为核心的技术创新体系。国家科技创新体系应当成为经济和社会可持续发展的基础，成为培育和造就高素质人才的摇篮，成为我国综合国力和国际竞争力的支柱和后盾。为此，1999年8月中共中央、国务院作出《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》，并召开了全国科技创新大会。此后，新疆高科技企业有了较快发展。
2006年1月，中共中央、国务院作出了建设创新型国家的决策，召开了全国科学技术大会，胡锦涛在大会上作了《坚持走中国特色自主创新道路，为建设创新型国家而努力奋斗》的重要讲话，他指出，建设创新型国家，核心就是把增强自主创新能力作为发展科学技术的战略基础，走出中国特色自主创新道路，推动科学技术的跨越式发展；就是把增强自主创新能力作为调整产业结构、转变增长方式的中心环节，建设资源节约型、环境友好型社会，推动国民经济又好又快发展；就是把增强自主创新能力作为国家战略，贯穿到现代化建设各个方面，激发全民族创新精神，培育高水平创新人才，形成有利于自主创新的体制机制，大力推进理论创新、制度创新、科技创新，不断巩固和发展中国特色社会主义伟大事业。为了贯彻中央精神，自治区党委、人民政府召开了全区科技大会，出台了《关于面向优势资源转换加强科技创新的意见》。2007年1月召开了自治区第六次科技兴新工作会议，会后出台了《关于推进科技兴新强化实施的若干意见》。
三、“科技兴新”的巨大成就
（一）知识分子主人翁责任感、使命感大大增强
冤假错案的平反，知识分子政策的落实和认真贯彻执行，知识分子地位和作用的重新科学定位，尊重知识、尊重人才社会风尚的形成，科技体制机制的初步理顺，极大地激发了广大知识分子主人翁的责任感和使命感，充分调动和发挥了知识分子为四化建设建功立业的积极性和创造性，谱写了一曲曲激动人心的赞歌：
中科院上海生物化学研究所研究员彭加木，怀着改变新疆落后面貌的坚强信念，先后15次来到新疆帮助工作和进行科学研究，并兼任中科院新疆分院副院长。他的足迹遍布天山南北、戈壁沙漠，为发展边疆的科学事业作出了突出贡献。先后获中科院“科研标兵”、中科院“又红又专先进工作者”等称号。1980年6月17日，彭加木率队前往罗布泊进行科学考察时，因寻找水源不幸遇难牺牲。1981年10月13日，自治区党委、人民政府作出《关于开展向革命烈士彭加木同志学习活动的决定》。
1957年，一个23岁的兰州大学植物学专业毕业生刘铭庭，写信给当时的高教部长杨秀峰，情词恳切地要求到祖国最需要的地方去。他来新疆分院后一头扎进了固沙植物的研究，特别是和红柳结下了难以割舍的情怀。1982年，刘铭庭主持“盐碱地沙地引洪灌溉大面积恢复红柳造林技术开发”项目，他在自治区领导面前立下军令状，要在3年时间里，用每公顷30元钱的代价在南疆恢复红柳6667公顷。3年过去了，在当地政府和群众支持下，1.8万公顷红柳得到了恢复，平均每公顷地使用的科研经费只有11.1元。该成果的应用仅在伽师县就年增效益在3400万元以上。为了推广这项技术，刘铭庭和课题组成员把拍摄的100多幅照片制成维吾尔、汉两种文字的图片进行展览，大力宣传恢复和保护红柳的重要意义，经过十多年的努力，使南疆红柳推广至27.7万公顷。本项成果依托的科研项目“流动沙地、盐碱地适生树种选择及抗逆性造林试验研究”于1993年获中国科学院科技进步奖二等奖；1995年，在联合国环境规划署首次设立的“全球土地退化和荒漠化控制成功业绩奖”评选中，本项成果成为全球8项获奖成果之一；刘铭庭于1999年获联合国环境规划署授予的“防止荒漠化最佳实践奖”。