这个时期还有一件事值得一书，这就是扫盲运动。新中国成立时，全国有80%的人是文盲。毛泽东指出：“从百分之八十的人口中扫除文盲是新中国的一项重要工作。”1949年12月5日，中央人民政府发出《关于开展一九四九年冬学工作的指示》。当时新疆90%的人是文盲，中共中央新疆分局和省人民政府对扫盲工作抓得很紧，1950年，全疆开展识字运动，各专区、县普遍成立了冬学委员会，共办识学班6679处，入学人数达25万多人（其中少数民族占85%以上）。1951年10月，省政府发出《配合减租反霸开展冬学运动的指示》，要求农村干部和广大群众积极参加夜校识字班、读报识字组、家庭识字组，并提出动员30万人上冬学的任务，实际入学人数达到51万多人。1951年中国人民解放军西南军区某军文化教员祁建华在总结部队文化教育实践的基础上，创造了扫除文盲的新型教学方法——“速成识学法”，约在150小时的教学时间内，使一般文盲初步会认、会讲1500-2000个汉字。1952年在全国推广祁建华“速成识字法”。同年11月，教育厅以迪化市为中心举办了3期速成识学法训练班，参加学习的汉、回族职工1069人。据自治区教育厅1956年下学期统计，全区参加学习的职工有95830人，其中高中530人，初中7940人，小学12520人，扫盲74840人。到1956年底，全区已有41.3万人摘掉文盲帽子。
（二）1957-1976年新疆教育曲折发展时期
1957年反右派斗争后，毛泽东和中共中央对知识分子属性的认识发生失误，把知识分子当成“资产阶级知识分子”。1957年的反右派斗争，1958年反对地方民族主义，使一批教育部门和学校领导人以及教师受到错误处理。
1958年“大跃进”，教育部门也“大跃进”，刮浮夸风。教育厅印发《关于实施普及小学教育的几点意见》，自治区党委、政府发出《关于大力开展扫盲工作以巩固、发展业余教育的指示》，提出3年内消灭文盲，2年内普及小学，区区有农业中学的任务。有的地方更荒唐地提出：“一年普及小学教育，二年普及中学教育，苦战三年使教学质量赶上北京水平。”一时间社办学校、民办学校、农业中学、红专学校都冒了出来，仅1958年自治区就办起359所农业中学。有些中专学校戴上帽子改成大学。据1961年统计，全区有高等学校12所，学生6414人；中等专业学校83所（包括师范14所），学生26420人；普通中学281所，学生139614人；小学3899所，学生844618人；农业中学435所，学生27129人；红专学校447所，学生65376人。
1961-1965年实行国民经济大调整，精减城镇人口，压缩办学规模。自治区经两次压缩，1962年7月最后敲定：在12所高等学校中，保留新疆大学、新疆矿冶学院、新疆八一农学院、新疆医学院、喀什师范专科学校和兵团农学院6所，停办财经学院、铁道学院、煤矿学校、石油学院、艺术学院和兵团医药专科学校。中等专业学校原有83所，停办56所，保留27所。自治区党委在批示中指出：这次调整有60多所学校停办和合并，1万多名学生、3千余名教职工需要安置。不仅是大学和中专，其实中小学也在压缩之列。中学学校数没有减少，但学生数减少了，由1960年的150538人，1963年减为101372人，减少49166人，其中有中学超龄生41800人被勒令回乡生产。小学由1960年4258所，1962年减为3784所，减少474所，学生由87.72万人减为74.58万人，减少13.14万人。
“文化大革命”使教育事业遭受极大的破坏。一是中国几千年尊师重教的优良传统被糟蹋。中小学停课闹革命3年，大学中专停止招生6年。学生可以对老师任意批判和斗争，教师遭受到各种人身污辱和非人待遇。二是读书无用论危害很大。中小学复课了，复课不是为了好好读书，而是“复课闹革命”。交白卷的张铁生被树为“英雄”；处理河南马振扶事件，公开提出不要学习ABC；就连小学生中也树立了一个“反潮流”的“标兵”；学习没有必要，“造反”就是一切。三是教学质量受到严重影响。1972年大学恢复招生，当时规定大学招生的对象是“具有二至三年以上实践经验的优秀的工农兵”。招生的办法是“自愿报名，群众推荐，领导批准，学校复审”。这种招生方法不仅严重堵塞了一大批优秀青年的升学之路，而且为“走后门”开了方便之门。学员的文化素质普遍偏低，严重影响了教学质量。据1972年统计，北京市11所高等学校招收的工农兵学员，初中以上文化程度的占20%，初中程度的占60%，相当于小学程度的占20%。学员毕业后，有80%还达不到过去中等专业学校学生的文化程度。新疆的情况只会比北京更差。四是“文化大革命”损害了中国三代人：打击迫害了老革命、老干部、老专家教授等老的一代；耽误了中青年一代，至少耽误十年宝贵时间；毒害了青少年一代。整个国家如此，新疆也不可能幸免。
（三）1977年至今，新疆教育事业的大发展时期
1977年中国恢复了高考，当年全国有570万青年参加高校的招生考试。
“文革”十年中，一大批没有机会上大学的优秀青年，终于得到了一次实现自己人生价值的机会。新疆除实行全国统一的“自愿报名，统一考试，择优录取”办法外，还要求要十分重视录取少数民族学生，对人口较少和边远地区的少数民族，要注重给予照顾。经过统考共录取3916人，其中少数民族1613人，占41.3%。这两件大事，对新时期教育事业的发展产生了深远的影响。
新疆维吾尔自治区党委和人民政府改革开放以来，认真贯彻执行邓小平关于教育是经济建设的战略重点，坚持把教育放在优先发展的战略地位等重大战略思想，采取了一系列特殊的政策和措施，大力发展教育，迎来了新疆教育事业发展的新阶段，初步确立了以九年制义务教育为基础、以普通高等教育为龙头、以各级各类职业教育和成人教育为网络的多层次、多门类完整配套的具有新疆特色的教育体系的基本框架，正在形成学历教育与非学历教育并举，职前教育与职后教育结合，普通教育与职业教育贯通的新的发展模式。
三、新时期新疆教育事业的巨大成就
改革开放30多年来，自治区教育事业发展始终贯穿着三条主线：一是始终贯穿着中央对新疆少数民族人才培养的高度重视和大力支持；二是始终贯穿着自治区党委、政府对教育工作的高度重视和大力支持；三是始终贯穿着教育战线各族教职员工的共同努力和全区各族人民的大力支持。
30多年来，自治区教育事业取得了巨大成就，实现了历史性的跨越和突破。
（一）实现了全面普及九年义务教育和城乡免费义务教育历史性跨越
早在1956年最高国务会议通过的《1956-1967年全国农业发展纲要（草案）》就提出到1967年用12年时间普及小学教育。但由于“大跃进”和“文化大革命”两次折腾，到20世纪80年代初普及小学教育仍未实现，以至于1986年4月五届全国人大第四次会议不得不通过《中华人民共和国义务教育法》，用法律的形式加以推动和保障。义务教育法要求普及从小学到初中的九年制义务教育，到“九五”末实现“两基”：基本普及九年义务教育、基本消除青壮年文盲。
1988年5月28日，新疆维吾尔自治区七届人大常委会第二次会议通过《新疆维吾尔自治区义务教育实施办法》，要求自治区各级人民政府应把发展义务教育事业放在重要位置，加强领导，保证义务教育法和该办法的贯彻执行。根据各地经济条件和教育基础状况，按地区、分阶段、有步骤地实施义务教育。全区1995年前基本普及初等教育，2000年前基本普及初级中等教育。
到1995年，新疆“普九”工作虽然取得重大成绩，但并未达到《自治区义务教育实施办法》提出的要求。1995年底，全区有小学7086所，在校生达220万人，初中1238所，在校生60.8万人；小学适龄儿童入学率为97.03%，少数民族为97.14%；初中阶段适龄少年入学率为62.97%，少数民族为48.7%；占总人口95%的县（市）基本普及了初等教育。鉴于这种情况，自治区教委不得不于1996年3月28日发布《新疆维吾尔自治区基本普及九年义务教育规划及实施意见》，对“普九”目标进行修订：到2000年，在全区总人口70%左右的县市（区）基本普及九年义务教育，初中阶级入学率争取达到75%左右，在校生由1995年的60.8万人增加到78万人左右，其中少数民族学生的初中阶段入学率达到65%左右，在校学生由1995年的35.5万人增加到48万人。全区小学入学率达到98%以上。
2000年，自治区93个县（市、区）中已有65个县（市、区）通过了自治区“两基”验收，覆盖人口1046万人，占全区地方总人口的69%。2001年12月21日，自治区党委、自治区人民政府作出《关于基础教育改革与发展的决定》，规划“十五”期间自治区基础教育发展的总体目标：进一步扩大九年义务教育人口覆盖范围，到2005年在占全区人口85%的地区普及九年义务教育，初中阶级的入学率达到85%以上；高中阶段的入学率达到60%左右。
2010年全区基本实现“普九”目标，初中阶段入学率达到95%以上。
到2002年，新疆93个县、市、区中未实现“两基”任务的有28个县市。
这些县绝大多数是贫困县，有的还是国家级贫困县，这些县的财政都靠国家补贴，这里的农牧民还有很大一部分连温饱都没有解决，叫他们拿什么去供孩子上学？而这里的孩子同其他地方孩子一样，非常渴望读书。如果不采取一些特殊措施，很难实现“普九”目标，不实现“普九”目标，也就消除不了青壮年文盲。
2003年，国务院作出实施西部地区“两基”攻坚的重大决策，从2003年开始，中央财政每年补贴1.4亿元，自治区投入5000万元，对全区56个县、205万贫困生实施免费义务教育，2005年又增如4000万元投入，率先对全区农牧区228万贫困学生实施免费提供教科书、免收学杂费和对寄宿贫困生提供生活费补助的“两免一补”政策。2006年，中央和自治区财政共拨款7.56亿元，实施新的农村义务教育经费保障机制，使全区239万名农村小学和初中学生实现了免费上学。这一措施实行后，农村义务教育入学率明显提高，推进了“普九”进度。以和田地区为例，和田地区7县1市，到2004年，只有和田市、民丰县完成了“两基”任务，占总人口的12%，这几年国家加大了对和田地区的教育投入，培养教师4940名，解决基础设施资金4000多万元。2006年洛浦县、策勒县顺利通过了自治区“两基”验收，2007年8月于田县、皮山县、墨玉县、和田县全部通过了自治区“两基”预检。全地区小学入学率从95.68%提高到98.4%；初中入学率从63.55%提高到98.43%；中小学生到校率从不到80%提高到98%；中小学辍学率得到有效控制。
根据国家西部地区“两基”攻坚计划，2007年，新疆除塔什库尔干塔吉克自治县因特殊原因需顺延外，其他11个县“两基”攻坚任务顺利完成。应该说“验收”是严格的，自治区人民政府教育督导团，按照“提前介入”原则，3-8月，先后对12个县的“两基”工作进行过程性监督和预检。自治区人大常委会、政协、教育、人事、财政、审计等部门组成自治区人民政府“两基”评估验收团，9-11月，对11个县的“两基”工作评估验收。伊宁、巩留、莎车、巴楚、伽师、于田、和田、墨玉、皮山、阿克陶、拜城等11县顺利完成“两基”攻坚任务。
截至2007年底，自治区93个县市区（不含兵团）有92个县市区实现了“两基”目标，占总数的98.9%。全区“普九”人口覆盖率占全区总人口的99.8%。全区接受扫盲的青壮年人数177.5万人，其中3.5万人脱盲，青壮年文盲率控制在3%以内。2007年11月28日，国家教育部、发展和改革委员会、财政部表彰了西部地区“两基”攻坚先进地区、先进单位和先进个人，新疆维吾尔自治区获推进西部地区“两基”攻坚成就奖。新疆计划2010年以前，在继续巩固两基攻坚成果的同时，着力完成最后一个两基攻坚县——塔什库尔干塔吉克自治县的两基攻坚任务，力争到2010年，全区“普九”人口覆盖率达到100%。