为了使边远地区的孩子受到良好的教育，在新疆农牧区启动了“农村寄宿制学校建设工程”，国家累计安排新疆378所寄宿制学校建设项目，目前已有262所寄宿制学校建成并投入使用。以克孜勒苏柯尔克孜自治州为例，克州48.43万人居住分散，学生上学困难。2004年以来，克州党委、政府利用农村寄宿制学校建设工程、义务教育工程、危房改造工程、校舍维修工程、援疆工程及其他工程项目，共筹集资金1.11亿元，建设了13.4万平方米的教学楼和学生宿舍楼，撤销了边远农牧区的所有教学点，逐步实现了小学办到乡镇、初中办到县、高中办到州的目标。阿克陶、阿合提、乌恰三县集中了711名边远农牧区小学生到乡镇、县城就读；集中了5194名边远农牧区初中生到县城就读；集中了3172名边远农牧区高中生到州直高中就读。
从2002年开始，自治区全面启动农村现代远程教育工程，到2006年底，新疆共建成农村中小学现代远程教育光盘播放点2101个，卫星教学收视点4785个，多媒体计算机教室1268间，覆盖93个县市区，使农村学校的孩子也能享受发达城市的优质教育资源。
从2008年起，新疆实行城市免除义务教育学杂费，从而实现了城乡免费义务教育的历史性跨越。截至2008年底，全区共有小学4815所，在校学生达201.20万人，小学适龄儿童入学率达到99.6%，其中，农村达到99.4%；普通中学1891所，初中在校学生106.48万人，初中适龄少年入学率达到93.5%；初中毕业升入普通高中（含技工）升学率71.1%，普通高中在校学生40.23万人。幼儿园在园幼儿39.53万人。
2008年11月召开的自治区党委七届七次全委（扩大）会议作出决定，新疆将在国家的支持下，率先在和田、喀什、克孜勒苏柯尔克孜自治州实行高中阶段免费义务教育，并力争2015年在全区基本普及12年免费义务教育。
按照《义务教育法》和国家的有关规定，国家教育督导团组成督导检查组，于2009年8月18日至28日对新疆“两基”工作进行了全面督导检查。
同年12月初，国家教育部发函至自治区人民政府，认定新疆维吾尔自治区已实现“两基”目标。全区93个县（市、区，不含兵团）全部通过了自治区的“两基”验收，全区“两基”人口覆盖率达到100%。
（二）实现了高等教育与全国同步迈入大众化发展阶段的历史性跨越
1978年全国高等学校毛入学率只有1.4%，新疆还不到1%。改革开放以来，新疆高等教育发展较快。自治区高等教育坚持以内涵发展为主，根据经济建设和社会发展的需要，按照“共建、调整、合作、合并”的方针，逐步调整高等院校布局结构，加快改革步伐。1996年石河子农学院、石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并成立石河子大学；1998年新疆医学院和新疆中医学院合并成立了新疆医科大学；2000年新疆大学、新疆工学院合并组建了新的新疆大学，新疆财经学院、新疆经济管理干部学院、新疆财政学校合并组建了新的新疆财经学院等。新疆大学“211”工程已于1996年通过部门预审，1997年通过国家立项审核，进入了全国重点建设的100所高校行列。1998年全区高等院校实行了招生并轨改革，新入学的学生缴纳部分培养费用，毕业时国家不再包分配，而是通过供需见面、双向选择，自主择业。大学合并与改革，揭开了自治区高等教育大操大办的序幕。
从1999年起国务院决定实行高校扩招，高等教育进入快速发展时期。
1998年新疆高校招生12880人，加上内地高校招收的新疆学生，高校毛入学率8%；2000年新疆招生30689人，比1998年多招17809人；2004年招生53204人，为1998年的4.13倍，毛入学率达18.1%；2008年新疆高校招生7.11万人，加上内地高校在新疆招生数，共招生8.86万人，是1978年招生数4164人的27倍，是1998年的6.87倍，毛入学率达到21.2%。同期全国高校毛入学率为23%，新疆与全国同步实现了高等教育的大众化。当然，高速发展也带来一系列问题，如后勤供应跟不上，教学质量下降，大学毕业生就业困难，研究生泡沫化，学风浮夸和学术造假等。历史经验表明，凡是一次高速大发展之后，一般需要进行一段时间的调整。2009年新疆报考大学的考生人数与上年持平，传递出新疆高等教育调整期到来的信息。
2008年，全区有普通高等学校32所，在校本专科学生23.10万人，其中少数民族学生8.46万人，占36.62%。目前，全区共开设本科专业157个、高职高专专业269种；有4个博士授权单位，26个博士学位点；9个硕士授权单位，301个硕士学位点；在读研究生10317人，其中少数民族研究生1301人。普通高校专任教师1.73万人，其中少数民族专任教师占34.8%。对大中专贫困生，采用发放助学金、奖学金、助学贷款、社会赞助等方法，帮助他们解决困难。自治区党委、人民政府决定从1994年起每年拿出1500万元，用于特困生补助；进入新世纪以来，支助力度加大，从2003到2007年国家和自治区投入2.5亿元，使33%的高校学生享受奖学金，67%的中职学生享受助学金，其中70%为少数民族学生。
（三）实现了“双语”教育的重大突破
在国内，汉语言文字是国家通用语言文字。所以，各少数民族在坚持用本民族语言文字教学的同时，提倡学习汉语文，逐步做到“双语”教学，培养“民汉兼通”人才。这是时代的需要，也是民族地区发展进步的需要。
新疆在解放初期就规定汉族干部要学习维吾尔语，少数民族干部在自愿的基础上学习汉语，这件事20世纪五六十年代抓得较紧，收到了成效。
在学校教育中，1950年，新疆省人民政府《关于目前新疆教育改革的指示》中规定：所有中学班“均加授外族语选修，维吾尔语班加修国文或俄文，汉族班选修俄文或维文”。1956年，自治区第二届中等教育会议对民族学校的汉语教学提出要求：初中每周上课4-6学时，大体学到2500字上下；高中再学2000字上下，学会一般会话，争取到了大学能做到看讲义听课大体无困难。1959年7月，自治区党委作出《关于今后若干年内高等学校本地学生延长一年学制集中学习汉语文的决定》，预科制度沿用至今。当时大学里的民族班，许多课程是用汉语授课，那时笔者在新疆大学史地系任教，就曾用汉语给民族班学生讲授过《世界古代史》。为了解决中学汉语课的师资问题，从1960年至1965年，在乌鲁木齐、伊犁、喀什、巴州、阿克苏、昌吉、和田等地师范学校开办维吾尔语专修班，从北京、天津、保定、济南、南京、唐山、石家庄、徐州、南宁等地招收学生，毕业后补充到民族中学教汉语。仅1963年就招收学生960名。1964年自治区下发了《关于试办民族高中、初中班用汉语文教学问题的批复》，决定从1964年起在新疆大学附中、伊宁市六中、喀什二中、博州二中、乌市六中等学校试办用汉语授课的初中班或高中班，主要讲授数学、物理、化学。为了加强民、汉学生的交流，进一步提高教学质量，乌鲁木齐等城市实行了民汉合校，分班教学。此后，民汉合校、“双语”教学逐步推开。这些做法方向是正确的，但有的可能做得过急了一些。
“文化大革命”期间，正常的教学秩序被破坏，汉语课和其他课程一样受到很大破坏。1977-1978年，自治区教育局接连下发4个文件，要求加强高校民族预科班和民族中小学的汉语教学。规定民族学校小学三年级起到高中毕业开设汉语课；提出预科班学习一年，掌握汉语词汇3000多个，掌握汉语发音规律和方法、汉字的书写规则和基本的语法知识；要求加强汉语师资的培训，加强汉语教学大纲、教材的编印、发行工作，提高汉语教学水平。
中共十一届三中全会后，拨乱反正，落实党的民族政策，强调尊重各民族使用本民族语言文字的权利是对的，但有的做法又过了头，1980年乌鲁木齐市的中学民汉又分校，民族中学汉语讲授数学、物理、化学的试点被取消，大学民族班各课程基本上用民族语言授课。汉族干部学习维吾尔语，少数民族干部学习汉语也不提了，而且不管什么规格的会议都要翻译。因国家红头文件规定民族中小学要学习汉语，所以民族中小学汉语课还保留着，大学预科制度还保留着。虽然当时分管教育的自治区党委常委、自治区副主席巴岱（蒙古族）从1982年至1984年多次提出把“‘民汉兼通’作为民族学校汉语教学的方针”，并提出争取10年内汉语过关，但却没有落到实处。整个20世纪八九十年代，民族中小学的汉语教学都是处在温吞水状态，即一种不冷不热的状态，缺乏生机和活力，收效不大。具体来说，包括以下几个方面：一是汉语课时不足，小学到高中汉语学科总学时1193学时，而国家汉语水平考试（HSK）规定，接受1500-1800学时的正规教学才能达到HSK中等（5级）的标准，自治区民族中小学的汉语课时数与这一标准还相差307-607课时；二是汉语课教学质量差。1992-1993年，自治区教委研究室对自治区部分少数民族小学、初中、高中毕业班学生的汉语水平进行调查测试。参加这次测试的有乌鲁木齐、塔城、阿勒泰、喀什、和田、阿克苏等地市的39所学校，388名维吾尔、哈萨克等民族的毕业班学生。经口试、阅读、笔试，调查结果显示：乌鲁木齐市高中毕业生达到大纲要求的占15%-20%，其他城镇以上地区为5%-10%，农牧区为2%-3%。从以上数据，就可以看出汉语教学的状况了。三是为了提高民族中学的教学质量，1992年由乌鲁木齐、克拉玛依、吐鲁番三地州自发进行了用汉语讲授数学、物理、化学、英语的试点，后来得到自治区教委的支持，但近10年一直处在试点阶级，尽管1998年实验班高中毕业生升学率达77.2%，其中乌鲁木齐、吐鲁番、塔城、克拉玛依地区达100%，证明了试点是成功的。但没有人敢于提出在较大范围内推广。
少数民族语言文字信息量小，书籍少，资料缺，不懂得汉语文，只能使少数民族的教育质量在低水平上徘徊。据有关资料，1994-1996年中，新疆参加中考数、理、化三门课程的成绩，汉族学生的及格率为50.86%-75.08%，少数民族学生的及格率为11.22%-28.75%。这一现象在高考中更加突出。据有关统计资料统计，1998年普通高考时录取的民族语言理科考生中，有一门60分以上者仅占招生总数的1.4%，而0-29分段的竟占到67.63%。在报考数学、物理、化学专业的学生中，数学、化学专业所考试的数学、化学成绩没有一个及格的，报考物理专业的学生所考试的物理成绩仅有一人及格。
1998年全区高等学校实行招生并轨改革，国家不再包分配，提倡自主择业。汉语不过关，连工作都找不到，2000年至2006年，全区塔吉克族大中专毕业生共有82名，但由于汉语水平过低，只有9名被行政机关录用。少数民族农牧民要脱贫致富就要外出打工，不懂汉语困难重重。这时，越来越多的人深切感受到“双语”教育的重要性。南疆一些“双语”学校非常火爆，传递着重视“双语”教育的信息。
当然，“双语”教育要形成声势和规模，还需要“东风”——中央的大力推动和支持。2000年8月，中共中央政治局常委、国务院常务副总理李岚清到新疆考察，对“双语”教育作了重要指示。2002年7月7日，国务院作出《关于深化改革加快发展民族教育的决定》，第七条规定：“大力推进民族中小学‘双语’教学。正确处理使用少数民族语授课和汉语教学的关系，部署民族中小学‘双语’教学工作。”“要积极创造条件，在使用民族语授课的民族中小学逐步从小学一年级开设汉语课程。国家对‘双语’教学的研究、教材开发和出版给予重点扶持。”2003年9月，国家投入7600万元实施《支援新疆汉语教师方案》；2004年3月，“新疆中小学少数民族双语教师培训工程”启动，成为“十五”以来加快新疆高素质“双语”教师队伍建设的重要支撑，目前已有6307名教师参加了培训。