签订合同可以在一定程度上稳定契约关系，但签订更加详细的合同会增加订立合同以及监督合同执行的成本，这是交易双方必须考虑的问题。以我国龙头企业和农户之间的“订单农业”为例，周立群等（2002）曾经证明，如果双方的交易是长期的、“声誉机制”能发挥作用以及IOFS 投资的资产专用性较高，只要交易双方采取“冷酷策略”（Grim Strategies），IOFS 与农户之间可以维持契约的稳定，但事实上在农产品交易中上述较严格的限定条件常常是不能满足的。唐勇（2003）认为，只有在产方面对一个销方或销方面对少数几个产方这样一个较为简单、产销双方高度依存的市场中，一方才会顾虑另一方可能实施“冷酷策略”的报复行为而不敢轻易违约，但现实中更多的是众多产方和众多销方同时存在，这时“冷酷策略”这种双边惩罚机制就会失效。郭红东（2004）的实际调查表明，目前在我国，在市场价格波动较大的领域，IOFS 很少与农民签订合同；而且从总体看，已经签订的合同履约率也不高。这一研究从经验上验证了上述理论的正确性。
如果不能通过订立合同来消除交易双方采取机会主义行为的风险，另一种可供选择的方法就是将外部交易内部化，实施纵向一体化的战略。这时的问题是：是由IOFS 通过后向一体化延伸到农业生产领域，还是由农业生产者组建合作社通过前向一体化延伸到流通或加工领域？
交易成本经济学认为，仅仅把交易从市场转移到企业内部并不能保证交易成本的节约，因为这样做在减少了市场交易成本的同时增加了内部监督管理的成本，因此要实现管理成本的节约还必须解决企业内部监督和管理的效率问题。从这个角度讲，由于在农业生产过程难以监督、农产品质量难以鉴定，由农业合作社来实现前向一体化更有利于管理成本的节约。
与通常的纵向一体化不同，合作社及其社员间的纵向一体化是部分的、不完全的一体化，社员仍然是独立的生产者，他们和合作社之间的关系介于纯市场关系和层级关系之间。
与IOFS 相比，合作社一方面仍然为社员提供了作为独立生产者的充分激励，降低了将生产过程大规模延伸到农业生产领域需要花费的巨额监督成本；另一方面将社员的收益与其对合作社的使用联系在一起，使社员分担合作社的风险和收益。这样社员有较强烈的动机向合作社提供符合质量要求的产品，也有更强的意愿稳定地作为合作社的惠顾者，即使在短期内合作社的竞争者向农民提供更加优惠的价格时也是如此，这样就有效地减少了合作社监督社员的成本。另外，由于合作社成员一般同处于相对较小的地域范围内，社员间相互较熟悉，“声誉”的重要性会使社员强化自我约束。由于合作社可以更有效地克服由于信息不完全和不对称以及资产专用性带来的机会主义风险，因此，在与农民的交易中，农业合作社是一种有利于降低交易费用的制度安排。
（二）节省交易费用与农业合作社的产生
根据上述分析，本文认为在由于资产专用性、不完全信息和外部性的存在而产生较高交易费用的条件下，农民有更强烈的动机组建农业合作社。
1.由于下述情况导致资产专用性程度较高时容易产生合作社
第一，当农业生产中的资产专用性较高时更容易产生合作社。当沉没资本在农民的全部投资中所占的比例非常高，或者产品的保鲜要求很高，使产品在短时间内转移到可替代的市场难度很大，从而农民很难有选择交易伙伴的自由时，农民就越容易遭受交易伙伴机会主义行为的损害，农民就有组织合作社的要求。水果、某些蔬菜以及奶制品合作社非常盛行就是典型的例子。
第二，进一步，当农业生产中的资产专用性较高，而在流通和加工领域竞争又不充分时容易产生合作社。如果一个投资者所有企业受到潜在进入者的竞争威胁，它就会较少采取机会主义行为从而维持自己的市场地位。这意味着在一个迅速扩张的市场上，由于IOFS之间的竞争较充分，农民组建合作社的动机就较弱；反过来，当农民面临一个稳态的或衰退的市场时，IOFS 采取机会主义行为的可能性较大，农民组建合作社的动机也越强烈。这可以部分地解释为什么在萧条时期农产品的市场份额停滞或减少的时候，也同时是合作社的社员数迅速增加及市场份额扩大的时候。
第三，即使农业生产中的资产专用性程度不高，但如果流通和加工领域的资产专用性水平很高而导致该领域投资不足时也容易产生合作社。大规模投资于农产品加工的企业，假如其资产的专用性程度很高的话，可能由于农民的机会主义行为难以得到稳定的货源。如果不存在机会主义行为，这种投资可能对整个社会和加工企业本身都带来很好的收益，但预料到农民的机会主义行为，导致投资于农产品加工的企业规模不足，这样就出现了市场空白。农民通过组织农业合作社实施前向一体化战略则可以填补这一市场空白。
第四，当市场上双方的资产专用性程度都很高的时候，农民通过组建合作社而实现纵向一体化的动机就越强烈。“可竞争市场理论”认为，较高的沉没成本（而不是市场集中的程度）是有效的进入壁垒。市场上双方的资本均难以转移才会产生市场力量。以农产品的生产和流通为例，虽然农业生产投资的不可转移性给交易伙伴带来攫取准租金的潜在机会，但是如果农产品流通和加工企业的资本流动性很高，从而进入该市场后的沉没成本很低的话，面对其他企业进入的威胁，该企业就没有机会采取机会主义行为。从这个角度讲，当市场上双方的资产专用性程度都很高的时候，农民通过组建合作社而实现纵向一体化的动机就越强烈。这可以从另一个角度解释为什么当农民缺乏其他就业机会时合作社容易出现；也可以部分地解释为什么在双方的固定资产投资都比较高的行业，例如奶制品和水果的生产行业，合作社就会比较盛行。
2.由于以下情况信息不完全和不对称程度较高时容易产生合作社
在农业投入品的销售商和农民之间以及农民与农产品的购买者之间均存在信息的不完全和不对称。当信息的不完全和不对称对交易成本造成深刻的影响，或者由于环境的变化使克服信息的不完全和非对称变得更加重要时，更容易出现合作社。因此，首先，在农产品的质量鉴定需要付出较高成本的产业容易产生合作社。例如生鲜蔬菜、水果、奶及奶制品行业，产品生产过程中是否使用了抗生素、激素、剧毒农药，该产品是否转基因食品，这些质量指标仅凭感官是无法衡量的。其次，消费者主权意识觉醒及对农产品质量的更高要求，有利于合作社的产生和发展。在买方市场条件下，当消费者的需求日益多样化、个性化，以及消费者对食品质量安全的重视程度越来越高的时候，就需要有准确的市场信号传递机制将食品的质量信息传递给消费者。在产品质量鉴别和信息的传递方面，合作社与IOFS 相比更有优势。因为普通的IOFS 与消费者一样，并不能深入到农产品的生产过程，也不能有效控制产品的质量，与消费者相比，其优势仅在于它有更专业的质量鉴定手段和方法。相比较而言，由于合作社是农民自己的组织，合作社可以以更低的成本统一生产过程、统一质量标准，并且通过合作社注册的商标、品牌，或者通过各种产品质量认证，将有关产品质量的信息传递给消费者。
3.在负的外部性对农民的收入产生深刻影响时容易产生合作社
在农产品的生产和交易中，在相邻交易者的行为（有意或无意的）有可能使农业投入品的质量或产品的品牌受到损害时，农民有可能通过组建合作社来将外部交易内部化。比较典型的例子是新鲜易腐的农产品为了保证其新鲜的程度需要下游的分销和配送系统有极高的效率，如果配送效率低下有可能损害该产品在消费者心中的声誉。由于在企业内部比通过市场交易更容易控制产品的质量，这时农民更有动机通过组建合作社实现纵向一体化。
在20世纪早期美国加利福尼亚州的柑橘合作社就是一个典型的例子。在农业投入品方面（如种子、化肥、农药），农民同样有动机通过组建合作社实现纵向一体化，尤其是在新投入品的引进阶段，由于产品的质量难以鉴定，同时在短时期内也很难要求买家为更高质量的产品支付更高价格的时候，会导致农民技术更新的动力不足，合作社的发展则可以较好地解决这一问题。
三、内部组织成本与农业合作社的发展空间
虽然与IOFS 相比较，合作社有利于节约与农民进行交易时的交易费用，但同时也存在缺陷，合作社优势和缺陷皆来自合作社的结社特征。
（一）集体行动的困难限制农业合作社的发展
合作社是一种通过联合行动追求集体利益目标的组织，其目的是通过提高农民的组织化程度来提高其议价能力，应对不对称的市场力量。然而，由于个人利益与集体利益往往不完全一致，因此，对集体有益的目标难以自动实现。奥尔森（Olson，1965）将这种现象称为“集体行动的逻辑”，其实就是集体行动的“囚徒困境”。在典型的大型组织中，个人的努力不会对组织产生显着的影响，但不管他是否为组织出过力，都能够享受其他人的努力带来的好处，因此产生“搭便车”行为。以农业购销合作社为例，为了提高在市场上的议价力量，合作社大都有进一步扩大组织规模的要求，因此迫切需要农户的统一行动。然而，作为理性的个体，农户认识到，即使他为集体利益而舍弃自己的利益，由于不能保证其他人也这么做，他还是很难为集体的利益添砖加瓦；而即使他什么也不做，也会照样享受集体带来的好处，因此，最优的选择就是什么也不做。显然，集体行动的困难会限制农业合作社的发展。
（二）保持凝聚力的努力使合作社成为内部组织成本较高的治理结构
在奥尔森看来，要摆脱集体行动的逻辑需要某种形式的强制或者向成员提供选择性激励，但传统上，合作社通常通过维系社员间的团结、信任与合作来协调社员的行动。事实上，合作社之所以能够降低与农民之间的交易费用是由于社员认为合作社是自己的组织。
为了增强社员的认同感，合作社必须采取措施防止合作社的异化。一系列合作原则的执行，如自愿入退社、民主管理、按照惠顾额返利、限制外来资本的权力、关注社区发展和社员教育等，其实都是维系合作社成员之间团结、信任与合作的手段。但与此同时，同IOFS 相比较，合作社必须付出更高的组织成本：一人一票、民主管理，强调了社员间的平等，但难免在对合作社做出不同贡献的社员间造成事实上的不公平，从而增加了协调的难度；由于限制资本的权力，不利于吸引资本，从而限制了规模的扩张；为保持凝聚力所必要的情感诉求和提供社区服务导致额外的支出等。Cook（1995）认为，合作社是一个定义模糊的“用户与投资者”的财产权集合，这些含义模糊的财产权导致了对剩余权力和决策控制的冲突，在此基础上产生了五大类问题，包括免费搭车问题、短视问题、投资组合问题、控制问题和影响成本问题。一系列问题的存在决定了合作社是一个高成本的组织。
（三）导致合作社组织成本继续上升的因素将限制合作社的发展空间
假定合作社内部的制度安排相同，那么导致合作社组织成本进一步上升的因素主要有两个：一类是社员数目增多，从而协调成本增加；二是社员间的异质性明显，从而增加协调困难。
1.合作社的社员数目与协调成本
排除管理者管理才能的影响，合作社社员越多，相应的内部协调的成本就越大。一般来讲，如果合作社的社员只有较小的生产规模和投资能力，那么，组成一个同样规模的合作社就需要更多的社员，这时，组建合作社的难度较大。如果社员的投资能力一定，农业合作社在产业链上的延伸需要吸收更多的社员，从而增加组织成本。
2.社员的异质性程度与沟通困难
如果合作社的社员是均质的，从而有共同的效用函数，这时合作社内部的管理和协调成本会较低。但是，合作社的社员通常并不具备均质性，他们之间的差别可能来自以下几个方面：第一是社员生产规模的差别，大规模生产的社员在与合作社的交易中存在规模经济效益，从而可能要求合作社提供更好的服务和更优惠的价格；第二是社员生产技术和产品质量的差别，拥有较高的技术水平从而有较高质量产品的社员往往要求更优惠的价格；第三是社员出资额的差别，出资较多的大股东往往需要对合作社事务拥有更多的参与和决策权力；第四，为了吸引投资或管理专家，有些合作社甚至吸收非生产者社员入社。
社员的异质性对合作社的管理产生两方面的影响：一方面，大生产者、大股东积极参与合作社的管理和决策，有利于提高合作社的决策效率，但社员异质性明显的合作社也容易被大股东控制，从而异化为IOFS；另一方面，合作社向社员提供什么样的服务、商品如何定价以及成本和收益的分配等成为难以协调的问题。