国家设立保税港区。保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。保税港区实行封闭式管理。国家禁止进出口的货物、物品不得进出保税港区。海关依照本办法对进出保税港区的运输工具、货物、物品以及保税港区内企业、场所进行监管。保税港区内可以开展下列业务：
（1）存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物；
（2）对外贸易，包括国际转口贸易；
（3）国际采购、分销和配送；
（4）国际中转；
（5）检测和售后服务维修；
（6）商品展示；
（7）研发、加工、制造；
（8）港口作业；
（9）经海关批准的其他业务。
海关对保税港区与境外之间进出的货物实行备案制管理，对从境外进入保税港区的货物予以保税，但除法律、行政法规另有规定外，下列货物从境外进入保税港区，海关免征进口关税和进口环节海关代征税：
（1）区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；
（2）区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；
（3）区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品。从境外进入保税港区，供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，按进口货物的有关规定办理报关手续，海关按照有关规定征收进口关税和进口环节海关代征税。通过保税港区直接进出口的货物，海关按照进出口的有关规定进行监管，除法律、行政法规另有规定外，从保税港区运往境外的货物免征出口关税，保税港区与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理。保税港区与区外之间进出的货物，区内企业或者区外收发货人按照进出口货物的有关规定向保税港区主管海关办理申报手续。海关监管货物从保税港区与区外之间进出的，保税港区主管海关可以要求提供相应的担保。区外货物进入保税港区的，按照货物出口的有关规定办理缴税手续。
2008年5月，商务部和海关总署联合发文就与保税区有关的自由贸易区和自由贸易园区的概念进行了界定。根据世界贸易组织的有关解释，所谓“自由贸易区”，是指两个以上的主权国家或单独关税区通过签署协定，在世贸组织最惠国待遇基础上，相互进一步开放市场，分阶段取消绝大部分货物的关税和非关税壁垒，改善服务和投资的市场准入条件，从而形成的实现贸易和投资自由化的特定区域。“自由贸易区”所涵盖的范围是签署自由贸易协定的所有成员的全部关税领土，而非其中的某一部分。迄今，我国已与东盟、巴基斯坦、智利、新西兰等签署自由贸易协定，从而建立起了涵盖我方和对方全部关税领土（我方关税领土不含香港、澳门和台湾地区）的“自由贸易区”。“自由贸易区”对应的英文是Free Trade Area（FTA）。“自由贸易园区”，其对应的英文为Free Trade Zone（FTZ），指在某一国家或地区境内设立的实行优惠税收和特殊监管政策的小块特定区域，类似于世界海关组织的前身——海关合作理事会所解释的“自由区”。按照该组织1973年订立的《京都公约》的解释：“自由区（Free Zone）系指缔约方境内的一部分，进入这一部分的任何货物，就进口税费而言，通常视为在关境之外，并免于实施通常的海关监管措施。有的国家还使用其他一些称谓，例如自由港、自由仓等。”我国的经济特区、保税区、出口加工区、保税港、经济技术开发区等特殊经济功能区都具有“自由贸易园区”（FTZ）的某些特征，但目前我国尚无与“自由贸易园区”完全对应的区域。由于FTA和FTZ按其字面意思均可译为“自由贸易区”，故常常引起概念混淆。为避免误解，便利工作，建议将前者统一译为“自由贸易区”，后者译为“自由贸易园区”。
进口货物自进境起到办结海关手续止，出口货物自向海关申报起到出境止，过境、转运和通运货物自进境起到出境止，应接受海关监管。海关监管货物，未经海关许可，不得开拆、提取、交付、发运、调换、改装、抵押、质押、留置、转让、更换标记、移作他用或者进行其他处置。
进口货物的收货人、出口货物的发货人应当向海关如实申报，交验进出口许可证件和有关单证。进出口货物应接受海关查验。准许进出口的货物、进出境物品，由海关依法征收关税。除海关特准的外，进出口货物在收发货人缴清税款或者提供担保后，由海关签印放行。过境、转运和通运货物，运输工具负责人应当向进境地海关如实申报，并应当在规定期限内运输出境。海关认为必要时，可以查验过境、转运和通运货物。
（二）关税制度
准许进出口的货物、进出境物品，由海关依法征收关税。对法律规定减征或免征关税的进出口货物，减征或免征关税。经海关批准暂时进口或者暂时出口的货物，以及特准进口的保税货物，在货物收发货人向海关缴纳相当于税款的保证金或者提供担保后，准予暂时免纳关税。进口货物的收货人、出口货物的发货人、进出境物品的所有人，是关税的纳税义务人。
进出口货物的完税价格，由海关以该货物的成交价格为基础审查确定。成交价格不能确定时，完税价格由海关依法估定。
《中华人民共和国进出口关税条例》（《关税条例》），是中国海关对进出口货物征税的直接法律依据。中华人民共和国准许进出口的货物、进出境物品，除法律、行政法规另有规定外，海关依照关税条例规定征收进出口关税。国务院制定《中华人民共和国进出口税则》（《税则》）、《中华人民共和国进境物品进口税税率表》（《进境物品进口税税率表》）规定关税的税目、税则号列和税率，作为关税条例的组成部分。国务院设立的关税税则委员会，负责《税则》和《进境物品进口税税率表》的税目、税则号列和税率的调整和解释，报国务院批准后执行；决定实行暂定税率的货物、税率和期限；决定关税配额税率；决定征收反倾销税、反补贴税、保障措施关税、报复性关税以及决定实施其他关税措施；决定特殊情况下税率的适用。国务院关税税则委员会负责制定或修订《进出口关税条例》、《海关进出口税则》的方针、政策、原则，审议税则修订草案，制定暂定税率，审定局部调整税率。海关及其工作人员应当依照法定职权和法定程序履行关税征管职责。进口货物的收货人、出口货物的发货人、进境物品的所有人，是关税的纳税义务人。
《关税条例》对关税税率的利用、完税价格的审定、税额的缴纳、退补、关税的减免和审批程序以及申诉程序等作了规定。《中华人民共和国海关进出口税则》是《关税条例》的组成部分，具体规定商品的归类原则、商品的税目、税号、商品描述和适用的相关税率。2007年我国根据世界海关组织（WCO）2007年版《商品名称及编码协调制度公约》（《协调制度》）制定实施了新的进出口税则，对商品归类进行调整外，还根据我国加入世界贸易组织承诺的关税减让义务，对有关进口关税进行了调整，并根据我国与有关国家或地区签署的贸易或关税优惠协定，对有关国家或地区实施协定税率。《中华人民共和国海关进出口货物商品归类管理规定》（《商品归类规定》）则规定了具体的归类规则。《中华人民共和国原产地条例》则确定了非优惠贸易措施的货物原产地的确定方法，以确定进出口货物的不同待遇。
（三）我国关税种类及计征依据
我国海关关税有两种：进口关税和出口关税。进口关税设置最惠国税率、协定税率、特惠税率、普通税率、关税配额税率等税率。对进口货物在一定期限内可以实行暂定税率。出口关税设置出口税率。对出口货物在一定期限内可以实行暂定税率。适用出口税率的出口货物有暂定税率的，应当适用暂定税率。进出口货物，应当适用海关接受该货物申报进口或者出口之日实施的税率。
原产于共同适用最惠国待遇条款的世界贸易组织成员的进口货物，原产于与中华人民共和国签订含有相互给予最惠国待遇条款的双边贸易协定的国家或者地区的进口货物，以及原产于中华人民共和国境内的进口货物，适用最惠国税率。原产于与中华人民共和国签订含有关税优惠条款的区域性贸易协定的国家或者地区的进口货物，适用协定税率。原产于与中华人民共和国签订含有特殊关税优惠条款的贸易协定的国家或者地区的进口货物，适用特惠税率。对上述所列以外国家或者地区的进口货物，以及原产地不明的进口货物，适用普通税率。适用最惠国税率的进口货物有暂定税率的，应当适用暂定税率；适用协定税率、特惠税率的进口货物有暂定税率的，应当从低适用税率；适用普通税率的进口货物，不适用暂定税率。按照国家规定实行关税配额管理的进口货物，关税配额内的，适用关税配额税率；关税配额外的，其税率的适用按照前述规定执行。
按照有关法律、行政法规的规定对进口货物采取反倾销、反补贴、保障措施的，其税率的适用按照《中华人民共和国反倾销条例》、《中华人民共和国反补贴条例》和《中华人民共和国保障措施条例》的有关规定执行。
任何国家或者地区违反与中华人民共和国签订或者共同参加的贸易协定及相关协定，对中华人民共和国在贸易方面采取禁止、限制、加征关税或者其他影响正常贸易的措施的，对原产于该国家或者地区的进口货物可以征收报复性关税，适用报复性关税税率。
根据征税方法的不同，关税可以分为从价税、从量税和两者结合的混合税。
根据我国《关税条例》，进出口货物关税，以从价计征、从量计征或者国家规定的其他方式征收。从价计征的计算公式为：应纳税额＝完税价格×关税税率。从量计征的计算公式为：应纳税额＝货物数量×单位税额。
从价税依据进出口货物的完税价格征收。完税价格指海关计征关税时使用的计税价格。进出境货物的完税价格，由海关以该货物的成交价格为基础审查确定。成交价格不能确定时，完税价格由海关法依法估定。2006年中国海关部署颁布了《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》，制定了具体审价规则。
进口货物的完税价格由海关以符合条件的成交价格以及该货物运抵中华人民共和国境内输入地点起卸前的运输及其相关费用、保险费为基础审查确定。
进口货物的成交价格，是指卖方向中华人民共和国境内销售该货物时买方为进口该货物向卖方实付、应付的，并按照条例对相关税收、费用调整后的价款总额，包括直接支付的价款和间接支付的价款。进口货物的成交价格应当符合下列条件：（1）对买方处置或者使用该货物不予限制，但法律、行政法规规定实施的限制、对货物转售地域的限制和对货物价格无实质性影响的限制除外；（2）该货物的成交价格没有因搭售或者其他因素的影响而无法确定；（3）卖方不得从买方直接或者间接获得因该货物进口后转售、处置或者使用而产生的任何收益，或者虽有收益但能够按照《关税条例》对相关税费进行调整；（4）买卖双方没有特殊关系，或者虽有特殊关系但未对成交价格产生影响。此为成交价格估定法。
海关法律体系框架范围内的“成交价格”概念并不等同于货物实际交易中的成交价格概念。根据《关税条例》和《审价办法》的规定，进口货物的成交价格要符合一定的条件。其中很重要的一个条件就是：买卖双方之间没有特殊关系，或者虽然有特殊关系但是未对成交价格产生影响。海关在审定货物完税价格时，重要的一环就是要考察买卖双方是否存在特殊关系，如果有，这种特殊关系是否对成交价格构成了影响。根据《审价办法》第16条规定，有八种情形，海关应当认定买卖双方存在特殊关系：买卖双方为同一家族成员；买卖双方互为商业上的高级职员或者董事；一方直接或者间接地受另一方控制；买卖双方都直接或者间接地受第三方控制；买卖双方共同直接或者间接地控制第三方；一方直接或者间接地拥有、控制或者持有对方5%以上（含5%）公开发行的有表决权的股票或者股份；一方是另一方的雇员、高级职员或者董事；买卖双方是同一合伙的成员。此外，买卖双方在经营上相互有联系，一方是另一方的独家代理、独家经销或者独家受让人，如果符合上面的八种情况，也应当视为存在特殊关系。