皇太极参加对叶赫的战争，讨伐他的亲舅父，大义凛然，为统一女真和后金的发展又建立了奇功。
叶赫是海西女真即扈伦四部中比较大的一部。明初以来，它就占据今吉林与辽宁接壤的地方。明朝一直把叶赫当作藩篱，靠着它的屏蔽，保卫开原乃至全辽。叶赫也靠明朝的庇护得以存在下去。所以，双方的关系一直很好。
在努尔哈赤刚起兵统一建州女真时，对叶赫实行友好的政策，皇太极的外祖父才把自己的女儿叶赫那拉氏许配给努尔哈赤。他们已结成亲家，自然关系比以前更好。以后，叶赫一度参加九部联军攻打努尔哈赤，遭到失败，双方又恢复友好。首领布扬古还答应将他的妹妹许配给努尔哈赤为妃，金台石愿把女儿嫁给代善。但这种亲上加亲的关系并没有维持很久。明万历三十一年，皇太极的母亲病重，希望能见上母亲一面。努尔哈赤便通知叶赫的首领即她的哥哥纳林布录，希望能满足这一要求，让他的岳母前来见见自己的女儿。不幸的是，纳林布录断然拒绝了这一正当要求，不准母亲前去看望女儿。叶赫那拉氏带着遗憾死去了。努尔哈赤悲痛万分，恼怒叶赫极端无礼，感到他的拒绝是对自己的奇耻大辱，他下决心要报复叶赫。纳林布录之所以拒绝妹妹的要求，是针对努尔哈赤而发的。因为眼见努尔哈赤的势力迅速强大，心里很不服气，同时也警惕他将来要吞并叶赫。这一事件，导致了两家关系的破裂，从此两家已成“敌国”。
万历四十一年（1613年）以后，两家的关系进一步恶化。这时，海西四部已灭亡其三（即辉发、哈达、乌拉），唯独叶赫尚存。因为明朝支持它，而它又有一定实力，所以努尔哈赤没有触动它，留待最后同它较量。
当努尔哈赤的实力得到显著增强后，决心发动对叶赫的进攻。这个机会终于来到。努尔哈赤攻灭乌拉部，其首领布占泰逃到叶赫，得到庇护。努尔哈赤曾三次派遣使臣要求交出布占泰，叶赫首领金台石、布扬古断然拒绝，坚持不交出。努尔哈赤忍无可忍，毅然发动了对自己的姻亲之国——叶赫的征伐，皇太极作为父亲的一员大将参加了此次军事行动。
万历四十一年（1613年）九月初，努尔哈赤亲率四万大军出征叶赫。此役仅摧毁了叶赫的两座城镇，收降三百户。叶赫向明朝告急，明朝出面干涉，并派军队前去保护。努尔哈赤审时度势，还不足以同明朝对抗，便停止军事行动。又过了六年，即后金天命四年，努尔哈赤再次率大军征叶赫，明军出动，前去增援。双方都很克制，想打，又不愿大打。这之后，便爆发了著名的萨尔浒之战，明军惨败，替明朝出兵的叶赫军队也抱头鼠窜逃回。后金与叶赫誓不两立。继萨尔浒之战的大胜，努尔哈赤又攻取了北部重镇开原、铁岭，从而切断了叶赫同明朝的联系。时机已经成熟，努尔哈赤决定，必将叶赫灭亡不可！
天命四年（1619年）八月十九日，努尔哈赤率大军最后一次踏上讨伐叶赫的征程。他把军队分做两路，攻取叶赫首领分据的东西二城：皇太极与其兄代善、阿敏、莽古尔泰率精锐部队西向攻取布扬古所居之城。努尔哈赤亲自率八旗将士攻取金台石所居之东城。
二十二日早晨，皇太极的大军深入叶赫境内，直逼西城下，迅速将城团团围住。随后，努尔哈赤的大军也抵达东城下，迅即展开攻城战。经过激战之后，后金兵占领了东城。城内军民纷纷投降。
金台石拒绝投降，他带着妻子、儿子等人龟缩在自己的家中。他的家室建筑在城内一座台地上，能守而不易攻。后金兵站在台底下叫喊：“快下来投降吧，不降就攻！”
金台石提出投降的条件：“我是想亲眼见到我妹妹所生的四贝勒皇太极，只要见了他的面，我就下来投降。”
努尔哈赤同意金台石的要求，派人到西城，请皇太极来见舅舅。西城地势险峻，攻取十分不易。激战尚在进行中，皇太极被召到东城，来见父亲，听候指令。努尔哈赤对他说：“你舅父要见你，所以才叫你来。如果你舅父下来，那当然好，若不下来，我就命兵士拆倒他家的高台。”
皇太极遵照父命，出现在高台下，高喊舅父出来相见。谁料金台石又改口说：“我从未见过外甥，真假难辨。”
皇太极马上回答说：“你儿子德尔格勒的乳母认识我，让她出来辨认一下。”
乳母站在高台上，马上就认出了皇太极，就向金台石报告。金台石说：“既然如此，我就听外甥说一句‘收养’的话，我就下来；如果想杀我，我怎么能下来？此地是我祖宗世代居住之地，要死也要死在这里。”
皇太极不忍心舅父死去，一心想救他，便劝解说：“近些年来，舅父费尽心机，劳民伤财，修内城外城，好像很坚固。现在两道城全被攻克，你困在高台上，作何打算呢？”他猜透舅父的心理，怕上当受骗，就接着说：“你为什么要求我说一句‘收养’的话就下来？要我发誓不进攻你吗？过去，舅父征伐亲戚，想斩尽杀绝，难道为的是吃人饮血吗？为求和好，我们无数次派了使者，舅父却把我们的使者杀的杀，关的关。现在你的死期已到。父汗如果想到你的这些罪恶，也许要杀死你，但以我的关系，不咎既往，或可免死，收养你。”
皇太极把以上的话反复说十遍，金台石仍然不听。皇太极见劝降无效，就要离开，走上前，再次提醒他：“是你说如见到我，就下来。你若下来，就马上下来，我带你去见父汗；如不下来，我立刻就走！”
金台石急忙说：“你先不要走，等我的近臣阿尔塔什先去见你父汗，察看你的话如果属实，我才能下去。”
于是，就允许阿尔塔什去见努尔哈赤。金台石反反复复，不肯投降，已使努尔哈赤很生气，对阿尔塔什说：“你教唆我的妻兄，使大明发兵四十万，不是你是谁？想到你这些罪恶，本应把你处死，但事属以往，何必追究？这次放你回去，带你的贝勒（金台石）来，免除你的死罪！”阿尔塔什回去，让自己的儿子去劝降金台石。他还建议让已俘获的金台石之子德尔格勒去劝父亲，皇太极同意了。德尔格勒遵命劝降，说了四、五遍，金台石还是不投降。
皇太极很生气，把他捆绑起来，准备要杀他。德尔格勒说：“活了三十六岁，死在今天，要杀便杀，何必捆绑？”其实，皇太极并不想杀他，不过气极，吓他一下。努尔哈赤劝说他们父子要分开处理，对他特别优待。
金台石死赖在台子上，引起众叛亲离，连他的妻子也带着小儿子偷偷跑下来。金台石顽固到底，同他身边的心腹准备进行抵抗。后来金兵开始拆毁高台。金台石无计可施，走头无路，即举火自焚。他仅负伤，没有被烧死。努尔哈赤指示：“此人留下无用，用绳子绞死吧。”