劳民伤财的颁赐舍利似乎并没有给文帝带来预期的安定祥和，反而因此加重了百姓的负担，在统治力相对薄弱的地区，民众的反叛再度揭竿而起。
仁寿元年（公元601年），资州（今四川省资中县北）山僚起来造反，朝廷急调卫尉少卿卫玄出任资州刺史，负责镇压。卫玄赶到任上，正逢僚人围攻大牢镇，他单骑闯入僚人大营，大声喊话招抚道：“我是刺史，衔天子诏，安养汝等，勿惊惧也！”僚人一时被他的勇敢行动惊呆了。卫玄抓住稍纵即逝的时机，晓以利害，渠帅深受感动，解围而去。在卫玄妥善招抚下，僚人前后有十余万人前来归附。在专制高压的时代，卫玄的作法引人注目，文帝闻报大喜，赐卫玄缣二千匹，升任遂州（今四川省遂宁市）总管。看来，治理国家还是要多问苍生，少问鬼神。
与资州相邻的嘉州（今四川省乐山市）也爆发夷、僚的反抗，其规模还不小，故朝廷派遣著名老将元褒率步骑二万前往镇压。
然而，西南地区少数民族的反抗斗争还在进一步蔓延，史称仁寿初，西南夷、僚多叛，波及面颇广，以致文帝专门将其心腹将领郭荣调来，领八州诸军事行军总管，率兵征讨。郭荣用一年多时间，费了好大气力才勉强平定。
一波未平，一波又起。岭南潮（今广东省潮安县）、成（今广东省封开县东南贺江口）等五州僚人也起来造反，高州酋长冯盎驰入京师告变，请发兵讨之。文帝让杨素与冯盎讨论岭南形势，冯盎比划指陈，深合兵机，杨素感叹道：“不意蛮夷中有如是人！”于是，朝廷决定发江南、岭表之兵，由冯盎讨平之。
翌年，南方的形势似乎更加不稳，一批能员大吏被派往南方，如邢州刺史侯莫陈颖调任桂州总管，宗正卿杨文纪出任荆州总管，齐州刺史张奫也调任潭州总管等。
到了年底，交州（今越南河内市）俚帅李佛子还是掀起了一场规模不小的反叛，占据骆越王故城，并遣其侄子大权据龙编城、别帅李普鼎据乌延城。朝廷商讨对策，杨素推荐瓜州刺史刘方有将帅之略，于是被任命为交州道行军总管，率二十七营军众前往镇压。刘方于都隆岭击破李部一股，进逼李佛子大营，遣使招谕，李佛子畏惧出降，被送往京城。刘方担心其余头目日后再起，斩其桀黠者以徇众。
刘方平定交州的消息传入京城，朝中一些人趁机向文帝进言，称林邑国（今越南南部）多产奇珍异宝，鼓动文帝乘胜取之。林邑自隋平陈后入朝以来，中断朝贡已有多年，文帝正感不悦，被臣下一说，顿时动心，遂任命刘方为罐州道行军总管，尚书右丞李纲为司马，率钦州（今广西钦州市东北钦江西北岸）刺史宁长真、罐州（今越南义安省荣市）刺史李晕和开府秦雄等步骑万余，并罪犯从军者数千人经略林邑。刘方分兵两路，水陆并进，从仁寿末年一直转战到隋炀帝大业元年（公元605年），才攻破林邑都城，获其庙主金人十八枚，刻石纪功而还。为了满足文帝晚年的成就感，将近半数的远征将士葬身丛林，连统帅刘方也在归途上染疾而逝。
地方上的民变固然反映出社会关系的紧张，但还不足以构成国家的心头大患。更堪忧虑的是高度集权加剧了官吏的腐败，逾制违法行为日趋普遍，文帝发明的杖打下级的作法，使得权力更加恐怖可憎，也使得上级官僚越发横行傲慢。
在中央，如杨素一族“并为尚书、列卿，诸子无汗马之劳，位至柱国、刺史；广营资产，自京师及诸方都会处，邸店、碾硙、便利田宅，不可胜数；家僮千数，后庭妓妾曳绮罗者以千数；第宅华侈，制拟宫禁；亲故吏布列清显。既废一太子及一王，威权愈盛。朝臣有违忤者，或至诛夷；有附会及亲戚，虽无才用，必加进擢；朝廷靡然，莫不畏附”。
文帝晚年伴随身边执掌机要的女婿柳述“虽职务修理，为当时所称，然不达大体，暴于驭下，又怙宠骄豪，无所降屈”。有一次，文帝问符玺直长韦云起：“外间有不便事，汝可言之。”韦云起望着立于帝侧的柳述，应声奏道，“柳述骄豪，未尝经事，兵机要重，非其所堪，徒以公主之婿，遂居要职。臣恐物议以陛下官不择贤，滥以天秩加于私爱，斯亦不便之大者。”此二例可以说是文帝晚年重用的大臣的代表，由此可见当时朝政的基本状况。
上行下效，地方吏治亦足堪忧。仁寿三年八月，文帝将幽州总管燕荣赐死。燕荣是隋朝有名的酷吏，本来就以打人为乐趣，自从文帝授权上级可以杖打部下后，他越发凶狠，看左右不顺眼，抓来便打。外出巡视时，专门察看道旁荆棘，发现枝条粗实者，立刻取来作成刑具，在部下身上试用。元弘嗣同样是有名的酷吏，文帝不知突发什么奇想，任命元弘嗣为燕荣的副手，让他俩凑在一块。这玩笑开得元弘嗣浑身哆嗦，文帝却安慰他大胆赴任，并敕令燕荣凡杖打元弘嗣超过十下，必须奏闻。燕荣接旨大怒，以为被元弘嗣捉弄，决意报复。所以，他有意让元弘嗣看管仓库，只要在仓粟中发现一糠一秕，便笞杖一通，每次虽然不满十下，可一天要打好几次，被整整折磨了几年。燕荣玩够了，干脆把元弘嗣关进监狱，不给他送饭，打算将他饿死了事。元弘嗣的妻子看大事不妙，赶紧到京城叩阙称冤。文帝派人调查，燕荣果然不遵圣旨，而且贪赃狼藉，因此被赐死。
元弘嗣从大牢放出来后，独当一面，其苛酷更甚于燕荣，笞杖犹嫌不足，更发明鼻孔灌醋等，花样百出，号称“能吏”。
集权专制迅速滋长着腐败，对此，文帝似乎有点力不从心了，或许他也不想多管。在集权与腐败问题上，他恐怕是矛盾的，既然要集权，便只好把腐败作为必要的代价；但他也不愿意看到腐败不受制约，所以有时也会处理个别典型案件。从根本上说，他更不能容许的是至高无上的皇权受到侵害。
据说，当时河、汾名儒王通（文中子）曾拜谒文帝，谈论治国之道，并将潜心研究的《太平十二策》进呈，文帝虽然夸奖了几句，但毫无采纳之意，王通扫兴而归。
据唐人杜淹所撰《文中子世家》称，王通在河东聚徒讲学，门人包括李靖、魏征、温大雅、杜淹、窦威、薛收、陈叔达等，为唐初一代将相俊杰，足可惊人。
《太平十二策》失传，据杜淹介绍，内容包括“推帝皇之道，杂王霸之略，稽之于今，验之于古，恢恢乎若运天下于掌上矣”。王通自己也曾对门人董常说过：“有天道焉，有地道焉，有人道焉，此其禀也”。对薛收讲道：“故十二策何先？必先正始者也”。似乎内容颇杂，天文、地理、人事无所不包，这种著作恐怕不是不甚悦学又耽迷于佛教的文帝所喜闻乐见的。王通曾对弟子说：“无赦之国，其刑必平；重敛之国，其财必削；闻谤而怒者，谗之囮也；见誉而喜者，佞之媒也。绝囮去媒，谗佞远矣”。其见解与文帝的思想乃至时政的格格不入，显而易见。文帝拒绝王通轻徭薄赋、清明政治的主张，表明他坚持专制独裁的立场。
居功自傲和集权政治确已把文帝腐蚀得面目全非了，人们已经很难希望他能再度振作起来。而且，岁月的流逝和身体的衰老，无论在生理或者心理上，也都使他越发僵化。所以，仁寿年间，从表面上看是佛教活动好不热闹，可内里却是腐蚀的加速、帝国的停滞和精神的颓废。
文帝已是疲倦思归了。此时，疾病和死亡的问题突然如此清晰而无情地显现在他面前。在他励精图治的时候，这些问题仿佛不曾存在，而当他停顿下来打算好好享受的时候，死亡的阴影却不知从何处蓦然闪现，尤其是在他害怕眼前的利益受到损害乃至丧失的时候。为私利而进行的权力斗争不仅是最无情、最没有是非原则，而且也是最疯狂、最残忍也最伤身体的，就算取得胜利也是伤痕累累。当尘埃落定时，首先要面对的也许就是疾病与死亡，新的打击接踵而至。
从开皇后期以来，文帝夫妇已经很难离得开舒适的仁寿官了，也许他们自己未曾注意到，几乎每年开春，他们总要到仁寿宫来。我们从开皇十七年（公元597年）起略作回顾，是年正月一过，他们就动身前往仁寿官，一直住到秋高气爽的九月才回到京城；翌年同样也是从二月住到九月；而开皇十九年二月到仁寿宫后，干脆一直居住到翌年九月；只有仁寿元年未见前往仁寿宫的记载。可是，仁寿二年三月，文帝夫妇又动身到仁寿宫去了。
从仁寿官遥控朝政固然是后期政治紊乱的一个表现，但同时也预示着文帝夫妇精神体力的衰老。从文帝在仁寿宫发生粉红色事件之后，独孤皇后内心受到强烈的打击，不仅有对亲人背叛的愤怒，更有年老色衰的刻骨悲伤。由愤怒激起的报复心理虽然支撑她继续斗争了几年，然而，当敌人被打倒之后，孤寂失落的感觉便经常萦绕心头。当一个女人觉得自己年老而失去爱情的时候，属于她的那一片天也就随之坍塌。虽然文帝经常陪伴在身旁，但宫女们还是明显地感觉到独孤皇后“自此意颇衰折”。
仁寿二年，来到仁寿宫后，独孤皇后就感到身体不适。精神失落引起的身体萎靡，让太医们束手无策。独孤皇后一天天衰弱下去，到八月，病情陡然加重，史官记录下十九日“月晕四重”，二十四日“太白犯轩辕”，太医回天无术才会干望星空，由此得到天意的解释。这天夜里，独孤皇后走完了五十九年的人生历程。
独孤皇后逝世对文帝是莫大的打击，晚年失去一道生活了四十余年的生活伴侣，政治上失去了风雨同舟的战友，尤其是在文帝疏远了所有的朝臣而家庭又惨剧迭生的时候，上天又夺去他惟一能够信赖的对话者，难道真的要把他变成彻底的孤家寡人？满腹心思，一腔哀愁，何处话凄凉！
只有王劭最善解人意，他赶出一篇奏文，婉转开导文帝说：“佛说人应生天上，及上品上生无量寿国之时，天佛放大光明，以香花妓乐来迎之。如来以明星出时入涅架。伏惟大行皇后圣德仁慈，福善祯符，备诸秘记，皆云是妙善菩萨。臣谨案：八月二十二日，仁寿宫内再雨金银之花。二十三日，大宝殿后夜有神光。二十四日卯时，永安宫北有自然种种音乐，震满虚空。至夜五更中，奄然如寐，便即升遐，与经文所说，事皆符验。臣又以愚意思之，皇后迁化，不在仁寿、大兴宫者，盖避至尊常居正处也。在永安宫者，象京师之永安门，平生所出人也。后升遐后二日，苑内夜有钟声三百余处，此则生天之应显然也。”王劭究竟是王劭，他总能感应到凡人无从听闻的神迹，把独孤皇后去世的情景说得活灵活现，简直就与释迦牟尼涅没有分别，与佛经描绘的往生佛国完全吻合。转眼之间，就把丧事说成喜事，证明了文帝夫妇的神性。
王劭的一通说辞，果然让文帝破涕转喜，赶忙召杨素依礼厚葬独孤皇后。
然而，开皇年间修定的礼典没有丧礼的仪注，如何筹办丧事，杨素心中无数，据实禀报。文帝早就想补充修订《开皇礼》，便于闰十月十日命杨素与诸术士刊定阴阳舛谬。五天后，又诏令尚书左仆射杨素、尚书右仆射苏威、吏部尚书牛弘、内史侍郎薛道衡、秘书丞许善心、内史舍人虞世基、著作郎王劭七人负责修定五礼。这样，修订《开皇礼》便不是个别规定的补充，而是比较全面的修订，且由朝廷主要大臣领衔，使之更具权威。修订的指导思想，文帝在诏令中明确说道：“正父子君臣之序，明婚姻丧纪之节。故道德仁义，非礼不成，安上治人，莫善于礼”。主要修订的范围是郊祭和五服方面的仪节。
杨素素来敬重牛弘，领命修礼后，便把重任交给牛弘，说道：“公旧学，时贤所仰，今日之事，决在于公”。牛弘一诺无辞，他又找来刘焯、刘炫、李百药、崔子发等诸儒商讨，很快就以《齐礼》为底本修订完成，杨素审阅后，感叹道：“衣冠礼乐尽在此矣，非吾所及也！”
朝臣主持的修礼，仍是儒家“旧学”，似乎没有吸收什么术士的东西，基本上沿续开皇年间以北齐为主，兼采南北诸说的原则，这一点颇有意思。
仪注完成后，文帝又找来术士萧吉为独孤皇后卜择葬地。太子广闻讯，急忙派遣宇文述前去致意，请萧吉选一块能佑其早日登基的风水宝地，萧吉自然乐于效劳。实际上，独孤皇后的死预示着一个时代的终结，文帝已是折翼的大鹏，野心家已经在悄悄地为他安排后事了。不过，从其晚年的所作所为来看，他的使命就剩给其时代落下帷幕罢了。
二十八日，独孤皇后安葬于太陵那块萧吉选定的墓地上。文帝不顾萧吉的反对，亲自出席葬礼，并坚持来到灵园。他心里空荡荡的，一直想找寻失落的东西……
回来后，文帝下诏褒奖杨素道：“杨素经营葬事，勤求吉地，论素此心，事极诚孝，岂与夫平戎定寇比其功业！”看来，文帝完全被人蒙在鼓里，他越自作聪明，越努力寻找，就越找不回心中的失落。
仁寿三年，这一年似乎过得相当平静，史书上也没有见到文帝前往仁寿宫的记载，夫妇双飞双栖的情景已成往事。
上半年，文帝似乎还没从独孤皇后逝世的阴影中挣脱出来，没有留下多少处理政务的记载。相反，他把更多的精力放在后宫生活上。
最近，文帝越来越喜爱宣华夫人陈氏和容华夫人蔡氏。
宣华夫人陈氏是陈宣帝的女儿，姿貌无双。陈朝灭亡后，配入掖庭，后来又被选入后宫为嫔。经过这样一段辛酸的经历，陈氏磨练得善解人意，十分讨人喜欢。所以，在独孤皇后严密控制后宫的时候，她能够得到独孤皇后的青睐，服待文帝。后来，在晋王广谋篡太子时，她看风使舵，收取晋王广的珍宝贿赂，推波助澜，促成太子勇垮台，因此更加受宠。独孤皇后去世后，她进位为贵人，专擅房宠，主宰后宫。
容华夫人蔡氏也是江南人，生长在丹阳，陈朝灭亡后被选入后宫，充任世妇。她仪容婉丽，早就被文帝看中，只是碍于独孤皇后，故罕见宠幸。独孤皇后死后，文帝得到解放，压抑心头的欲火喷发出来，蔡氏颇为得宠，被封为贵人，协助宣华夫人处理宫掖事务。
有一段时间，文帝在两位如花似玉的贵人围绕下，心中的苦楚暂时得以宣泄，不由地沉浸在温柔乡中。可是，每当兴奋过后，他又重新感到空虚寂寥，苦苦追寻的东西，每每在仿佛找着的时候化为泡影。于是，他又再去追求，反复不已，精神的苦闷没能解脱，身体已是虚弱不堪。
其实，文帝在百花丛中寻寻觅觅的是独孤皇后的影子，可是，没有一个女人能够填补独孤皇后逝世留下的巨大空白。因此，也就没有一位女人能够满足文帝的需求。遗憾的是，文帝直到病入膏肓时才明白过来，不无悔恨地说道：“使皇后在，吾不及此”。然而，一切都太晚了。
到了七月，文帝似乎想重新振作一番，二十七日，他颁布一道长长的诏令，讲述一通用人的道理之后，向全国求贤道：
其令州县搜扬贤哲，皆取明知今古，通识治乱，究政教之本，达礼乐之源。不限多少，不得不举。限以三旬，成令进路。征召将送，必须以礼。
经过几次牵涉颇广的政治清洗，而且，建国至今也已二十多年，当年任用的官吏也都进入老境，确实到了吐故纳新更替换代的时候了。看来，文帝的头脑依然清醒，至少还保持着政治家的敏锐。
可是，除此之外，就是设置常平官、赈恤河南水灾和人事变更等日常事务，再没有什么新的举措，这一年就这样送走了。
仁寿四年正月，文帝宣布大赦。此后，他开始准备再度前往仁寿宫。术士章太翼闻讯，力加劝阻，至于再三，文帝坚持不纳，章太翼直言道：“臣愚岂敢饰词，但恐是行銮舆不反”。文帝大怒，把章太翼抓进牢房，准备从仁寿宫回来，证明章太翼所言虚妄后，将他斩首示众。
二十七日，文帝动身来到仁寿宫。次日，他下诏将国家大小政务都交由皇太子处理。这种诏令，以前从未有过，仿佛透露着不祥的气氛。果然，到了四月，文帝病重的消息传了出来，尚书左仆射杨素、兵部尚书柳述和黄门侍郎元岩等人入阁侍疾，皇太子广入居大宝殿。
这期间，仁寿宫内发生了一系列事情，令后人议论纷纷。
据说，皇太子广和宣华夫人陈氏一起侍候文帝，天亮时，陈氏外出更衣，遭杨广非礼，力拒得免，回到文帝床前，文帝见其衣冠不整，神色有异，问其缘故，陈氏泣诉太子无礼，文帝怒不可遏，深责独孤皇后误事，骂道：“畜生何足付大事，独孤诚误我！”急令柳述和元岩道：“召我儿！”柳述和元岩以为要召杨广，文帝急忙纠正道：“勇也。”也就是说，文帝要废黜杨广，重立杨勇为太子。于是，柳述和元岩出阁起草敕令，让杨素过目。杨素火速将消息转告杨广，杨广立即派遣张衡入寝殿侍候文帝，同时，撤换宫中卫士，矫诏将柳述和元岩逮捕入狱，把宣华夫人及宫女一概逐出，俄顷，文帝驾崩。宣华夫人与宫人相顾失色，嗫嚅道：“事变矣！”
隋炀帝把好端端一个国家搞垮掉，故唐朝君臣以他为鉴，将他的劣迹披露得淋漓尽致，充分发挥历史为政治服务的功能。而文人墨客更是加油添醋，描绘得煞有介事，有如亲眼目睹一般。赵毅所著《大业略记》称：炀帝“召左仆射杨素、左庶子张衡进毒药。帝简骁健官奴三十人皆服妇人之服，衣下置杖，立于门巷之间，以为之卫。素等既人，而高祖暴崩”。马总的《通历》讲得更加确切，说杨素“乃屏左右，令张衡入拉帝，血溅屏风，冤痛之声闻于外，崩”。
炀帝由于政治上的失误而导致隋朝灭亡，小说家却将此理解为好色巡游所致，对炀帝个人进行最大限度的丑化，并随时代的推移而愈演愈烈，以至影响到学术界，甚至采传闻入史，硬要将炀帝弑父考为史实。其实，这些“考证”，宋代历史学家司马光已经作过，他当时拥有的史料笔记，远比今日丰富，排比之后，他写下“今从《隋书》”寥寥数字，作出最清楚的结论。
且看《隋书·高祖纪》对文帝逝世的记载。四月，文帝不幸在仁寿宫病倒。到了六月六日，朝廷宣布大赦天下。显然，文帝病重，故以大赦为他祈福。而且，当时记录下的天象称：“有星入月中，数日而退”。曲折地表明文帝病情严重。七月一日，“日青无光，八日乃复”，说明文帝已经病笃无望了。果然，到十日，“上以疾甚，卧于仁寿宫，与百僚辞诀，并握手欺欷”。三天后，也就是十三日，文帝崩于大宝殿，时年六十四岁。
《隋书》的记载清楚无误，文帝自四月生病以来，病势日渐加重，以至从仁寿元年以来每年文帝诞辰（六月十三日）都要进行的佛事活动也不得不停止。而自此至七月十三日逝世的数十天，御医显然尽了最大的努力才使得文帝的寿命得以延长。显然，从文帝病重到逝世这段时间里，太子广一直和宣华夫人一道服侍文帝，相安无事。如果曾经发生强暴未遂事件，则必定发生在文帝与百官辞别之后，也就是在七月十日以后，此时，文帝已在苟延残喘，而杨广强抑色欲数月，竟在最后一刻功亏一篑，真是可惜。
其实，宣华夫人早就与杨广关系紧密，甚至为他充当内应，陷害前太子杨勇。如果说他们两人有私情的话，也没有什么好奇怪的。在那个时代，胡俗中弟娶兄嫂、子承父妾是十分正常的事，隋唐两代起自塞上，祖上数代与胡人通婚，皇室内部婚姻关系甚乱，早就习以为常。将宣华夫人描绘得如何坚贞不屈，那是小说家的专长。实际上，文帝一死，另一位容华夫人就自告奋勇，请求面见炀帝，有事相告，于是，两人颇效鱼水之欢，胶漆相投。
如果说文帝临终前发现太子与宣华夫人有私，那倒是十分可能的。但要重新改立太子一事，又成了另一桩疑案。当年废黜杨勇，文帝费了九牛二虎之力，甚至对高颎等朝臣发动政治清洗，其负面影响一直无法消除。而此时，杨广与杨素已经控制朝政，羽翼丰满，这种局面不是躺在病床上进气少、出气多的文帝所能改变的，如后述，文帝至死都是清醒的，因此，他对眼前的丑事感到愤怒，自可理解。关键的是身边的柳述和元岩很可能利用此事大做文章。
柳述是文帝的女婿，十分得宠，晚年跟随文帝左右，成为沟通宫省之间的桥梁。但他没有什么功勋，又恃宠傲慢，欺凌朝臣，引来不少反感。重要的是，他看不惯杨素跋扈，每凌辱之，并在文帝前揭杨素之短，促使文帝对杨素颇起戒心。故柳述与杨素势同水火。在文帝发现太子的丑事时，在场的是柳述和元岩，他们正好是太子与杨素的对立派，趁势火上加油，力劝文帝废黜杨广，重立杨勇，试图夺取朝政。因此，所谓废立太子的斗争，实际上是杨广、杨素一方与文帝宠臣柳述一方的权力之争。
但是，双方的实力实在悬殊，柳述不过是狐假虎威，哪里是杨广的对手。杨广迅速调来东宫卫士，在宇文述和郭衍率领下，控制了仁寿宫，逮捕柳述和元岩，撤换所有禁卫。至此，杨广已经完全控制了局面，清除了对手，文帝的话连寝宫都传不出去。这下子他完全可以放心地服侍危在旦夕的父亲，为其尽孝，不至于蠢到冒天下之大不韪去杀害父亲。事实上，如上面所引，说炀帝杀害其父的诸说，有说是杨素进的毒，有说是张衡下的手，即使按其所说，无论是毒杀还是绞杀，都不至于“血溅屏风，冤痛之声闻于外”。也许过于离谱的描述反倒显得生动逼真。
实际上，就是以隋为鉴的唐太宗君臣，也没有一人指控炀帝弑父。当年，如火如的隋末大起义，成千上万的民众揭竿而起，不少隋朝官僚也趁势反叛，在全国上下一派声讨隋炀帝的声浪中，竟然没有一人揭露炀帝弑父这一富有鼓动力的罪行，可知当时并没有炀帝弑父之说。
而且，被后人指控为杀害文帝的凶手张衡，史书称他“幼怀志尚，有骨鲠之风”，他为炀帝出谋划策，夺得太子之位。炀帝上台后，打算建造汾阳宫，他进谏道：“比年劳役繁多，百姓疲敝，伏愿留神，稍加折损”。结果招致炀帝疏忌，后因谤讪朝政而被赐死于家。唐高祖李渊“以死非其罪，赠大将军、南阳郡公，谥日忠”。如果张衡果真是弑君凶手，那么，唐高祖决不会为他平反，更不会给他“忠”的谥号，因为这是国家赖以维持的伦理道德问题，决不容有丝毫的含糊。
从其他记载来看，文帝病势加重后，太子广就开始进行防范万一的准备。这本来是正常而且应该的事情，但偏偏出了差错。太子广手书信函给杨素，征询他对文帝后事的意见，杨素将外间安排情况回禀，没想到宫人竟然误送给文帝，加上宣华夫人的事，这才激起文帝发怒，演出杨素调兵入宫的一幕。碰巧文帝在当天病逝，“由是颇有异论”，给后人留下广阔的想象余地。
发生这些事情，文帝当然满心凄楚，但他并没有糊涂。在病榻上，往事历历在脑海里浮现，他清楚地记得来仁寿宫前卢太冀的再三谏阻，后悔莫及，他甚至记得卢太冀本姓章仇，自己真不该将他抓进监狱。于是，他唤太子广到床前，交代说：“章仇冀，非常人也，前后言事，未尝不中。吾来日道当不反，今果至此，尔宜释之”。
文帝最怀念的还是独孤皇后，看来，相会的日子在即，他把当年建筑皇后山陵的何稠也叫到跟前，嘱托道：“汝既曾葬皇后，今我方死，宜好安置。属此何益，但不能忘怀耳。魂其有知，当相见于地下。”尔后，他搂着太子广的脖子叮嘱道：“何稠用心，我付以后事，动静当共平章。”
作完一系列后事交代之后，文帝与世长辞，留下著名的遗诏：
嗟乎！自昔晋室播迁，天下丧乱，四海不一，以至周、齐，战争相寻，年将三百。故割疆土者非一所，称帝王者非一人，书轨不同，生人涂炭。上天降鉴，爰命于朕，用登大位，岂关人力！故得拨乱反正，偃武修文，天下大同，声教远被，此又是天意欲宁区夏。所以昧旦临朝，不敢逸豫，一日万机，留心亲览，晦明寒暑，不惮劬劳，匪日朕躬，盖为百姓故也。王公卿士，每日阙庭，刺史以下，三时朝集，何尝不罄竭心府，诫敕殷勤。义乃君臣，情兼父子。庶藉百僚智力，万国欢心，欲令率土之人，永得安乐，不谓通疾弥留，至于大渐。此乃人生常分，何足言及。但四海百姓，衣食不丰，教化政刑，犹未尽善，兴言念此，唯以留恨。朕今年逾六十，不复称夭，但筋力精神，一时劳竭。如此之事，本非为身，止欲安养百姓，所以致此。
人生子孙，谁不爱念，既为天下，事须割情。勇及秀等，并怀悖恶，既知无臣子之心，所以废黜。古人有言：“知臣莫若于君，知子莫若于父。”若令勇、秀得志，共治家国，必当戮辱遍于公卿，酷毒流于人庶。今恶子孙已为百姓黜屏，好子孙足堪负荷大业。此虽朕家事，理不容隐，前对文武侍卫，具已论述。皇太子广，地居上嗣，仁孝著闻，以其行业，堪成朕志。但令内外群官，同心戮力，以此共治天下，朕虽瞑目，何所复恨。
但国家事大，不可限以常礼。既葬公除，行之自昔，今宜遵用，不劳改定。凶礼所须，才令周事。务从节俭，不得劳人。诸州总管、刺史已下，宜各率其职，不须奔赴。自古哲王，因人作法，前帝后帝，沿革随时。律令格式，或有不便于事者，宜依前敕修改，务当政要。呜呼，敬之哉！无坠朕命！
病中反思，文帝深以“四海百姓，衣食不丰，教化政刑，犹未尽善”为恨，一再交代后继者要安养百姓，“务从节俭，不得劳人”。或许，文帝已经意识到经过革新整顿，国家制度基本建立之后，当务之急是与民休息。遗憾的是这一思想体会得太晚了，其后继者正跃跃欲试，力图再创更加宏伟的事业。
身后之事，不是文帝所能左右，或许也不是他所能料及的。
文帝死后，杨广秘不发丧。正好伊州刺史杨约到仁寿宫入朝，杨广急令他和郭衍赶回京城，撤换留守者，矫称文帝诏令，缢杀杨勇，控制住京城后，陈兵集众，发布文帝讣文。
二十一日，在仁寿宫为文帝发丧，杨广于灵前即位。
八月三日，炀帝扶文帝灵柩回到京城，十二日，在皇宫正殿大兴前殿为文帝举行隆重的殡仪，同时将柳述和元岩除名，发配边疆。还命令兰陵公主与柳述离异，公主誓死不从，再不朝谒，夫妻双双幽愤而死。
骨肉相残的悲剧还要继续演出最后一幕。文帝晚年宠爱小儿子汉王谅，让他坐镇并州，统领山东五十二州，特许他可以不按律令，便宜从事。无原则的宠爱恰恰在无形中坑害了子女。汉王谅自以为居于天下精兵之处，野心陡长，杨勇和杨秀被废黜之后，他便阴蓄异图，招集亡命，豢养士卒。文帝死后，炀帝让车骑将军屈突通带着伪造的文帝玺书征召汉王谅入朝。汉王谅一看玺书上没有文帝与他秘密约定的暗号，知道发生变故，立即起兵造反。以个人私利挑起的内战，得不到民众的支持与响应，很快就被杨素统率的大军所镇压。汉王谅兵败被擒，除名绝籍，幽禁而死。文帝引以为豪的五个儿子，四个废黜于骨肉相残之中。
十月十六日，文帝被安葬于太陵。庙号高祖。根据他的遗愿，和独孤皇后合葬在一起，异穴同坟。
后来，炀帝还专门举办无遮大会，剃度善男信女一百二十人，“奉为文皇帝敬造金铜释迦坐像一躯，通光趺七尺二寸，未及庄严，而顶凝绀翠，体耀紫光，放大光明，照映堂宇，既感通于嘉瑞。敕诸郡各图写焉”。
隋文帝的遗诏虽然没有得到炀帝的遵循，但他忧国忧民之情，溢于言表，广为传扬。日本史家将它略加删改，作为其古代伟人雄略天皇的遗诏记载于《日本书纪》，此例已经充分显示出隋文帝及其王朝在世界上的巨大影响。
隋文帝留下的政治遗产是巨大的，唐朝史臣评论他说：
自强不息，朝夕孜孜，人庶殷繁，帑藏充实，虽未能臻于至治，亦足称近代之良主。然天性沉猜，素无学术，好为小数，不达大体，故忠臣义士莫得尽心竭辞。其草创元勋及有功诸将，诛夷罪退，罕有存者。又不悦诗书，废除学校，唯妇言是用，废黜诸子。逮于暮年。持法尤峻，喜怒不常，过于杀戮。
唐人的评价影响深远，后人所论，大同小异。清人王夫之从制度沿革考察隋文帝的贡献，指出：
隋一天下，蠲索虏鲜卑之虐，以启唐二百余年承平之运，非苟而已也；盖有人焉，足以与于先王之德政，而惜其不能大用也。
隋无德而有政，故不能守天下而固可一天下。以立法而施及唐、宋，盖隋亡而法不亡也。
隋文帝统治的前后期反差实在是太大了。如果能够假设，那么，文帝若死于平陈之后不久，他将无比辉煌。然而，这种渴望完人的假设没有什么实际意义。相反，文帝前后期的反差，给我们更多的启迪。冲破功利主义与价值判断的局限，深入研究文帝的一生，必将多有收获。而隋文帝的历史意义及其在历史上的地位，也将显现得更加清晰完整。
杨坚是中国历史上的著名人物，他的名字和他所创建的皇朝在中国历史的座标系上都具有显赫的位置。
杨坚也是世界历史上的著名人物。一位名叫麦克·哈特的美国人写了一本书，书名是《人类百位名人排座次》，一共收集了100位世界名人，杨坚的名字在第八十二位。
杨坚是因为他的帝业出名的，他对历史的贡献主要也是称帝以后作出的。因此我们对这样一位中外名人主要也是作为一个皇帝加以评价。
他是一位功不可没、划时代的皇帝。
他所生活的时代，是中国历史上第二次民族融合已达到炉火纯青的时代，经过400多年的交往与碰撞，中原汉族与周边民族磨掉了对立的棱角，扩大了接触面。共同的政治、经济、文化生活，把他们紧紧地联系在一起。
他所生活的时代，是中国再一次大一统的条件已经基本成熟的年代。经过400来年的分裂、割据、南北对峙，南北双方不仅日益加强着政治、经济的联系，而且在形成不同特点的基础上，进一步趋向心理的、文化的认同。
杨坚是这个时代的骄子，他顺应了这个时代的要求，结束了长达近400年的分裂，建立起强大的、统一的隋帝国。隋朝建立以后，直到宋、金、元对峙以前，中国基本上没有出现长时期的分裂（唐以后的五代十国仅有50多年的历史）；并出现了在其后的封建社会的又一个高峰——唐朝。这说明中国封建社会进入成熟期。杨坚正是站在封建社会幼稚与成熟之间的一代君主。
他是一位有作为的皇帝。
在他当政期间，定三方之乱，克长江之险，兴均田之业，承府兵之制，创后世不移之政治，立后人依照之法令，成就了仓廪实，法令行，人殷物阜，四海晏如的开皇治世。
他是一位在许多方面都有突出表现的皇帝。
他勤于政事，史载他“每旦听朝，日昃忘倦”，“自强不息，朝夕孜孜”。这与历代以勤政著称的封建帝王相比毫无逊色之处。
他不像一般帝王那样嫔妃成群、庶子众多，而是始终信守与结发妻子所立誓言，不与别的女人有孩子。他的5个儿子，全是独孤皇后所生，无一庶出，这在历代帝王中是罕见的。
他在位期间，所行仁政颇多。“乘舆四出，路逢上表者，则驻马亲自临问。或潜遣行人采听风俗，吏治得失。人间疾苦，无不留意。尝遇关中饥，遣左右视百姓所食。有得豆屑杂糠而奏之者，上流涕以示群臣，深自咎责，为之撤膳不御酒肉者殆将一期。及东拜太山，关中户口就食洛阳者，道路相属。上敕斥候，不得辄有驱逼，男女参厕于仗卫之间。逢扶老携幼者，辄引马避之，慰勉而去。至艰险之处，见负担者，遽令左右扶助之。”上述行为，诚属于小恩小惠。春秋时，曹刿就曾说过：“小惠未遍。民弗从也。”意思说，小恩小惠不能使人民普遍得到好处，人民还是不拥护你。但是，小恩小惠总比无恩无惠强。对百姓连小恩小惠都不肯给的人，对百姓生活漠不关心的人，很难指望他能给人民带来更大的利益。
他是一位有严重缺陷的皇帝。
他天性沉猜，独断专行，没有政治家从谏如流的气度，缺乏知人善任的睿智。像高颎那样的名臣最终被他废黜，像史万岁那样的良将最终被他诛戮。
他素无学术，不悦诗书，没有良好的文化修养，所以在个性上苛酷任情、喜怒无常，常在律外另立酷法，过于杀戮。
他好为小术，雅信符瑞，又听无知之言，惑邪臣之说。致使杨广利用这些夺兄弟之宗，纂太子之位，断送了隋朝的基业。
人无完人，这对所有的人来说莫不如此。但每个人的长短优劣又不尽相同。正是上述一切，构成了历史上独一无二的杨坚。
§§第八章 文帝趣话