印度佛教晚期盛行的密乘无上部瑜伽，虽然也以真心现起论为基本的哲学体系，但吸收印度教之说，重视心识的物质基础，其三层身心说，用于解释轮回现象，别具特色。
三层身心说从身、心相互缘起、相互依待出发，把人的存在，从粗至细分为三层身心：
第一层粗身粗色。粗身，又称“分位身”，指四大集成的血肉之躯，肉眼可见，业报所生，为粗；粗心，指眼、耳、鼻、舌、身五识，或加第六意识，或再加第七末那识。
第二层细身细心。细，谓其隐微难见，须在禅观中内省而察知。细身，指内在的微细生理机制，由气、脉、明点三大要素组成。细心，指与生俱来的本能性心理活动，下意识及潜意识、无意识的心理活动。或曰气与细心结合成细身，亦称“风心之身”、“根本身”，与肉眼可见的粗色身相对应，先于粗色身而成，在粗色身形成后，潜在于其底层起着极为重要的作用。
第三层最细身心，为最极微细的身心本原。最细心，指未经无明烦恼遮蔽污染的“本来心”、“心光明”。最细身，又名最细风、本来气，是一种最极微细、不可言说的气，略当于某种能或场。
三层身心，皆互相依待。粗心依粗身六根而生，以细身中的五大气为其所乘，或说即是五大（地、水、火、风、空）的功能。所谓气为识马，心识骑手，乘气而行。细身为细心所依，无明、烦恼，在细身气、脉、明点中必有其物质基础，表现为脉道不通、气有壅滞、明点不明。众生的生命活动，由“无明业气”所推动。最细身、心则一体不二，“智慧气”、“离戏明点”为实证真实的智慧发生的物质基础。
三层身心中，以第二层细身心，与生死轮回的关系最为密切。细身的气、脉、明点，为生命能量之本，在内层起着维持粗身生理机制正常工作的作用。明点为生命能量凝聚体，主要为红、白二大，红大（红菩提）禀自母血，为阳性生命能量，以脐下四指“生法宫”为根蒂；白大（白菩提）禀自父精，为阴性生命能量，以颅顶为本位。气为红白二大及后天饮食精华所生、循行于全身的生命能量，分为五种根本气（持命气、下行气、上行气、等住气、遍行气）与五种支分气（行气、循行气、正行气、最行气、决行气）。根本气维持全身生理机能，以住于脐部的持命气最为生命之本。支分气为五官感觉功能之能源。脉为气循行的管道，以左、中、右三脉最为重要，左、右二脉位于脊柱两侧，分别通行气、血，中脉则为智慧气的通道。
凡夫众生由宿世有漏业所感的果报身，生来便由宿业决定，气脉有阻滞壅塞，通行智慧气的中脉扁缩不通，有如干枯羊肠。只有左、右二脉等通行后天业气，使众生（主要指人）的生命形态落入后天的分段生死型类，日夜须通过鼻孔呼吸，与外界交换气息。而且，本有的心性光明被通行业气的脉络缠缚于心轮（心后中脉内）中，不得显发，其中住有阿赖耶识见分，藏有宿世有漏业的习气种子，染污明点，使明点不明。这被缠缚于心轮中的阿赖耶识见分，有的藏密书中说即是世俗所谓灵魂，是最初与父母精卵结合而成胎者。
后天的粗心对境起惑，造有漏业，一方面以阿赖耶识所藏染污种子为因，一方面又能不断产生新种子，污染阿赖耶识，使明点更不明，使气脉更为不通。大的烦恼恶业，会使气脉严重阻滞，形成粗身肉体的诸种疾病，甚至能危及持命气，促使人夭亡短命。
生、死、中有，被认为皆以细身中的气等为关键，为基础。《金刚鬘续》云：生、住及死灭，并安住中有，乃至世间观，皆心、风变化。生，因气、明点与中有神识的结合而有，气与明点提供维持机体生命活动的能量，及至临死，粗身的生理机能或者衰败而不能继续维持，但周身微细难见的气并非散失，而是向心轮内收摄，与携带着诸种子的阿赖耶识合一，外则表现为各种死亡征兆、濒死经验，内则阿赖耶识与所乘生命余气离开身体，在体外或攫集虚空中的四大，生成中有身。或曰：由气构成，在生命形成和维持中起着根本作用的细身、根本身，在人死亡时并不随粗色身的坏败而坏灭。宗喀巴《胜集密王五次第善显炬论》卷十一云：初于胎中、结生相续等位，粗身虽未生，然非无有情身。如是死时，大种粗身虽舍，然不舍有情身，故彼非根本身，如水中暖性。风心之身，于彼一切位始终不灭，故是根本身，如水中湿性。即于现在粗色身位，其根本身，亦唯风心身。其粗色身，如彼房舍。谓众生在处胎、投生等时，没有肉体粗色身，但并不是没有身体。由气、细心构成的风心之身（细身），乃在投生、处胎、死亡、中有等一切时间皆起作用而不消灭的“根本身”，此身如同水中的湿性，是众生生命的根本，是人活着时肉体粗身得以维持其活动的根本，是生命的主体，粗色身就如同细身主人暂住的房舍。所以肉体粗身死亡，住在这房舍中、从来不曾死的细身（根本身），并不会随之死亡，它脱离肉体后，会随即生起中有身。
说人身中有一微细的根本身，颇似婆罗门教等所谓自我、灵魂，与佛法的无我论岂非相左？这种根本身或细身，应该说是世俗谛意义上的生命根本乃至轮回主体，它虽然贯穿整个轮回进程，应非真常之实我，而亦为五蕴的相似相续，为念念生灭的流动过程。其形相、机能应有转变，非永远常一。永远常一的生命之本，应是超越心色、不可言说的本来心性，或无上瑜伽所谓第三层最细风心。
由生前生命余气与心识结合形成的中有，在渡过中有阶段，投生进入母胎后，与父母精血——红大、白大结合为一，逐渐形成新的生命。在形成新生命过程中，来自中有的前生余气，与红白大结合后，从中获得新的能源，从母亲身上不断得到血气营养的滋养，在中有携来的阿赖耶识电脑处理下，塑造出一个婴孩形象。
密乘无上瑜伽三层身心的理论，并未能按其思路发挥臻于圆熟。实际上，若利用一些中国传统的阴阳学说，解释生死轮回现象，大概要比无上瑜伽所用印度的日、月概念，更为精密清晰。生前贪嗔炽盛，作诸恶业，耗尽生命能量，导致阳极生阴，则其“中有”只能以阴气为质，现黑暗之相，沦坠于三恶道；生前行善修禅，生命能量聚而不散，阴尽阳纯（道教谓之“纯阳”），则其“中有”应以阳气为质，现白净光明之相，上升于天界。《楞严经》按人临终时“想”与“情”的比例，判其死后神识之升沉，系从心识方面着眼，“想”可看作阳性，“情”可看作阴性，大概可以说是经中蕴而未明之义。唐译密乘经典《大方广菩萨藏文殊师利根本仪轨经》即以阴阳解释人的心理活动，有云：贪为阴，瞋为阳，痴为风。从阴阳学说着眼，人的气（生命能量）与乘此气而生的诸心识既有阴阳，则必无散尽断灭之理：若生命活动由阳气或阴阳二气和合而维持，当阳气耗尽，肉体死亡，应是阳尽而生阴气，或阴气尚存，由阴气与心识结合而生起“中有”、后世五蕴。阴阳可以转换，能量总是守恒，没有散尽消失、一死永灭的道理。