具有讽刺意味的是，时隔不久，心里有鬼的胡体安也离开了镇平县，改名换姓跑到另一个县当上了总胥（相当于县警察局局长）。这真是一场人间悲喜剧，明明是黑的，却成了白的；明明是白的，却成了黑的。在这个没有几个人是干净的时代里，大家看上去都有原罪，那么行事的规矩很多时候就成了权力的比拼。镇平县知县马翥可以用公权力的合法伤害权摆平一切，盗匪胡体安可以用黑权力先后摆平知县和王树汶。在这样一个社会，穷人混日子，又何谈生之权力？
在当时，按照国家制定的“秋审”制度，各州、县死刑犯人都要解送到省里关押，由省臬司衙门和抚院衙门“会审”后将案卷上报刑部（最高法院兼司法部），刑部的有关部门人员在秋天集中“会审”各省上报的死刑案件，确定“情实无误”的案犯就报皇帝亲自“勾决”，最后由刑部发文通知省里，文到之日即予行刑。
程序不可谓不繁杂，层层审核，最后由皇帝一笔定生死，虽然皇帝不一定亲自勾，但最后王树汶的生死还是要打着“公权力的最高执行者”的旗号来定夺。
这个案子很快就经“秋审”定案批准执行，还在监狱里面等着主人动用自己的黑权力将自己捞出来的王树汶，得知自己被判了死刑，秋后就要问斩。王树汶再也无法控制自己的情绪，在监狱里号啕不已，大声喊冤。监刑官赶紧把他的话报告给巡抚涂宗瀛。涂宗瀛听后也是大吃一惊，下令停止行刑，然后让臬司衙门（省高院）将这个案子重新审理。案子虽然收回重审，但是案情却依旧是不明朗。因为王树汶交代的话语有些颠三倒四，整理所录口供也就一句话：我的父亲名叫王季福，是邓州的农民。
王树汶本来只是个没有见过世面的孩子，在胡体安家里当个帮厨家童。谁知道被自己的黑主子选中送进了监狱，对一个十五岁的孩子来说，清朝的监狱无异于一道鬼门关。清朝时没有现代意义上的“监狱”，被官府羁押的嫌疑人所待的地方就叫做“班房”，类似于现在的“看守所”。但这个地方只是用来关押嫌疑犯、犯人和证人的场所，被关押者在这里等待着官府给予他们最后的处置。这里虽然住的是罪犯和嫌疑人，但却是人间地狱，官员衙役对囚犯在这里滥用私刑到了令人发指的地步。
官员和胥吏只追求嫌疑犯低头认罪率，因此他们往往会用一些惨无人道的刑罚对嫌疑犯进行严刑逼供。在审理中，他们可以立即喊停，动用各种刑具对受审人施以酷刑。如果受刑人不从实招供，就会遭来更为残酷的刑罚。
桐城派文学创始人、曾官至礼部右侍郎的方苞就曾经被关进刑部班房，亲身体验了一次人间炼狱。他在《狱中杂记》中记载下了这一令人惊魂的见闻：班房里羁押的疑犯和罪犯众多，官署内管文书的小史、典狱官、看守们，都以关押的人越多越有利可图，稍微有点牵连的，就一定用尽方法捉来。如果进了监狱，不管有罪无罪，一定给戴上脚镣手铐，关在老监里，使他们痛苦得无法忍受了，然后就劝导他们去找保人，放他们出狱住在老监的外边，估计他们家里拥有的财产作为勒索的标准，而得来的钱就由官和小吏瓜分。监狱通风采光条件非常恶劣，一个小房子里往往会关进去两百多人。犯人吃喝拉撒全在里面，赶上春天瘟疫高发期，每天都要死十几人。关进班房里的人因家境好坏来划分档次，一个中等收入的家庭，要倾其所有保出亲人；低收入家庭，能将戴在亲人身上的刑具去除，就算不错了；而那些贫穷和无所依靠的犯人，只能枷锁镣铐上身，吃尽苦头。
也就是说，在鬼门关里走了一遭的王树汶能够活着喊出那一嗓子，为自己迎来复审的机会已经是不幸中的万幸了。很多人还没来得及喊冤，就已经被活活折腾死了。
既然犯人喊冤，为了核实情况，河南巡抚涂宗瀛责令邓州知府朱光第找到疑犯的父亲王季福并送到省城来进行当面对质。应该说，只要王季福一到省城案情马上就会迎来重大转机。谁知事情在这时候又出现了波折，巡抚涂宗瀛被提升为两湖总督离开了河南。涂宗瀛这么一调离，眼看要真相大白的王树汶案又陷入了困境。
新任河南巡抚是原河道总督李鹤年，他与许昌道员任恺关系密切。任恺在此之前曾经在南阳知府的任上干过，也参与了王树汶案的审理。他担心翻案后将对自己产生不利，于是写信给邓州知州朱光第，让他不要把王季福送到省城来，并且警告他如果不按自己的意思办，后果很严重。然而朱光第还算是个好同志，最后还是坚持将王季福送到省城与王树汶当面对质。
当堂对质的结果，确认王树汶的确是王季福的儿子，而不是什么江洋大盗“胡体安”，案子到此总算真相大白。任恺预感到照此发展下去，冤案必然会遭到平反，自己也难辞其咎，于是他找到自己的老关系——巡抚李鹤年，他希望李鹤年能够将这个案子大事化小，不要再深究下去。可这时，朝廷中有河南籍的御史（监察部官员）听说了王树汶的冤案，就向皇帝上奏批评河南各级官员草菅人命，其中也牵连到了巡抚李鹤年。其实，刚刚上任的李鹤年与这个案子并没什么关系，他也无意袒护任恺。李鹤年这个人是军人出身，有一副暴脾气。在任恺等人的唆使之下，又加上对河南籍御史的强烈不满，一怒之下否定了前任巡抚涂宗瀛要求案件复审的决定。
案情发展到这种程度，已经闹得人尽皆知，想捂住真相是不可能的。李鹤年是个官场老手，想在他的手里翻案，不是那么容易的事。他搬出法律条文，将王树汶定性为从犯。理由是王树汶虽然是顶罪，不是主犯，但他的身份也是盗匪，在这个案子中属于从犯，与主犯共同犯罪，按律也当斩。与此同时，李鹤年还为参与此案的任恺等各级官员派发定心丸，定为无罪。至于盗匪首领胡体安依然在逃之事，则不了了之。
在河南省官府衙门官官相护的背景之下，王树汶看起来是那么弱小。王树汶虽然弱小，但这个案子却发展成为全国人民关注的一桩公案，社会舆论对河南各级官府衙门睁眼说瞎话似的断案给予强烈谴责，在京城任职的河南籍御史等官员也纷纷上奏，弹劾李鹤年包庇属下、践踏律法、陷害无辜。这件案子惊动了权力集团的一把手慈禧太后，她授权时任河道总督梅启照为钦差大臣将案件重新审理。可按照当时的权力规则，需要钦差大臣复查的案件一般都是由下属官员代为审理，自己不能亲自参与，也就是说，下属官员审理出什么结果都要认。
前面我已经交代过巡抚李鹤年是前任河道总督，而梅启照接的是他的班。梅启照手下那些官吏基本上都是李鹤年的旧部，他们与李鹤年之间的关系尤为密切。也就是说，李鹤年在他们面前说句话，还是管用的。所以这个案子在李鹤年旧部的关照之下，重新审理的结果还是一切照旧。这个结果让梅启照大感失望，但对于一个将退休的官员来说，多一事不如少一事，他也不愿意在退休之前得罪自己的同僚。最后复审结论出来，钦差大臣梅启照也认定王树汶为从犯，按律当斩。
这样一件引起各方关注的定罪案，经过地方官员的一审再审，都是一种结果。这让社会各界大为失望，一时之间，舆论哗然。这个案子在引起各方争议的同时，也同样引起刑部尚书（相当于最高法院院长兼司法部部长）潘祖荫的注意。潘祖荫准备亲自接手这个案子，他将案件卷宗全部梳理了一遍，并从河南官场的外围挑选官员实地暗访，经过一番抽丝剥茧，掌握了内幕资料。调查官员建议将冤案的始作俑者镇平县知县马翥撤职查办，由刑部全面接手此案。随后，潘祖荫就找到了刑部负责“秋审”工作的郎中（相当于现在部委里的司长）赵舒翘，让他秘密复审王树汶案，不要与地方官员有纠结。赵舒翘很快将王树汶的案审理得清清楚楚，潘祖荫将所有审理资料整理好后准备向慈禧汇报。
就在案情重现曙光之际，又出现了意外状况。社会各界和京城政要对此案的关注，让巡抚李鹤年也是坐卧不宁。他派属下的一个道员进京做工作，试图尽快了结此案。他担心这样没完没了地纠缠下去，早晚会把自己也卷进去。赴京做工作的道员以前是潘祖荫的属下，他找到潘祖荫陈清其中利害。又是一番利害计算，一个人人都心知肚明的顶罪案，却老是绕来绕去无法结案。
这里涉及一个利益博弈的问题，在这里博弈的双方是官家的正式身份与隐身份。涉案的官员当他们以自己正式身份（父母官）出场的时候，他们亮出的武器是大清律例；可当他们亮出武器后会突然发现，这个武器用不好有可能会伤害到自己的同僚或者上司，最终的结果是把自己也给伤害了，这时候产生的博弈值就是一个负值。在中国历史上，晚清官员是把博弈论玩得最转的一群人。他们会把官员与百姓的关系演化成狼和羊的故事。表面上看，官员与盗匪是有边界的，其实也就是正式身份与隐身份的区别。真盗匪胡体安不是华丽转身成了一名总胥（相当于县警察局局长）吗？顶罪的小民王树汶却伸长脖子按律待斩。在整个过程中，负责审案的各级官吏都会对王树汶动用灰牢，并不断以他们的正式身份亮出合法伤害权。在这里，官员才是真正的从犯，他们用狠毒手段对王树汶刑讯逼供，其实是在扩张盗匪的利益边界，压缩良民的利益疆界。
如果说，王树汶最后真落得身首异处，而胡体安却在衙门里面混得风生水起，那么我们就可以肯定地下一个结论，那些官吏和捕役是真正的盗匪。他们对平民造成的危害，比真正的盗匪要大得多，你说他们的真实身份到底是平民利益的捍卫者呢，还是伤害平民利益的盗匪？
如前面那些官员们一样，在即将将手探向案情真相的时候，又都条件反射似的将手缩了回来。潘祖荫也是经过一番利害计算，义无反顾地推翻了自己先前得来的调查结果，维持原判。谁承想赵舒翘是位刚正不阿维护法律尊严的好法官，闻听此事后就与顶头上司潘祖荫激烈争论，争到最后甚至拍案而起，说道：“我赵某人一天不离开秋审的工作岗位，此案就一天不能随便变动！”颇有汉代“强项令”的风范。
巧合的是，正当双方僵持不下的时候，潘祖荫因为“丁外艰”而离职（父亲去世离职回家守孝三年），由直隶南皮（今河北省南皮县）人张之万继任刑部尚书。赵舒翘所受压力顿时减少大半，加上回到老家的潘祖荫也许因良心发现而又改变了态度，他给张之万写信自我批评说是被以前的手下所误导，王树汶案应该按赵舒翘的意见结案，还把赵舒翘大大地夸奖了一番。至此，王树汶冤案终于走上了尘埃落定、完全平反昭雪的正道。
刑部将王树汶案的实情上报，光绪皇帝亲自批示：王树汶无罪，释放回家；原镇平知县马翥和南阳知府马承脩发配边疆充军，李鹤年、梅启照以及河南臬司以下各级参与过审理此案的领导干部或降级或撤职。这时是光绪九年（公元1883年），距案发已整整过去了五年。而最让人不解的是，这个案子的主犯、盗匪首领胡体安却一直逍遥法外。
“王树汶案”的一波三折、纷繁复杂完全是由官员们的枉法造成的。那些参与审案的各级官员并非对案情没有疑问，许多人甚至明知案情有冤，但有的收受贿赂，有的一心考虑自己的官位仕途，因而一个个成了加害无辜的帮凶，加上那种行政、司法集于一身的体制，就使不良官员能够为所欲为。