慈禧太后颁布训政旨后，本想趁着光绪帝还小再训政几年，然后再完全归政于光绪皇帝。可是，很快就有大臣奏请光绪赶快完婚，以便早日生下龙子。慈禧太后没办法，只好张罗着为光绪选皇后。
李莲英为了稳固自己的位子，主动要求让慈禧照顾她的弟弟桂祥的女儿，慈禧也心知肚明，同时陕甘总督裕泰的儿子长叙也有一双女儿颇为出众。除此之外，江西巡抚德馨的两个女儿也很有竞争力。
果不其然，在96名秀女中被选中36个，除桂祥的女儿外，还有长叙、德馨家的两双姊妹花。光绪其实最中意江西巡抚德馨的两个女儿，至于桂祥的女儿，要不是慈禧太后的面子，早就刷下去了。慈禧的这个内侄女，姿色实在太平庸了。反观江西巡抚德馨的两个女儿，不但姿态优雅，而且漂亮绝伦，尤其是二小姐，更是倾国倾城之色，光绪帝最为中意。选出的8名秀女，还要在宫中经过仔细考察。桂祥的女儿住在慈禧太后，也就是姑母宫里，这当然是想给人一种信号——我与众不同，你们都别跟我争。
光绪帝也感到万分苦恼，因为他知道，慈禧太后之所以高调捧她的内侄女，就是要光绪选她为皇后，以便在他身边安插一个最大的亲信。但光绪帝只想让江西巡抚的二女儿做皇后，真是矛盾。光绪帝将自己的烦恼跟他的老师翁同龢说了。翁同龢知道光绪帝不喜欢慈禧太后的内侄女，但却坚定地让他按照慈禧的意思选这个内侄女，这是为了以后的亲政、重振清朝雄风着想，否则帝位不保。
光绪帝却坚持要选自己中意的人做皇后，否则生不如死。翁同龢劝他不要意气用事，一定要见机行事。立后的日子很快就到了，光绪又经过一轮筛选，只剩下桂祥的女儿、德馨和长叙的一对姐妹。就在要定最后人选的时候，慈禧太后来了，光绪连忙迎驾，并让慈禧为自己选皇后。慈禧却大度地表示皇帝应该自己来选，并赐了一柄玉如意作为未来皇后的见面礼，看中谁就交给她。光绪等的就是慈禧这句话。只见光绪拿着玉如意走向等待命运选择的秀女。光绪也在选择，按照他自己的想法，他真的想把玉如意交到江西巡抚二女儿手中。可他回望慈禧时，却看到了愤怒的眼光，只见慈禧太后脸色发青，双唇紧闭，光绪可以明显感觉到慈禧正在给他暗示，要他选择自己的内侄女。光绪帝很不情愿地把玉如意递给了慈禧的内侄女——桂祥的女儿叶赫那拉氏，之后就默默地走到御案旁边，脸上没有一丝笑容。
李莲英和慈禧太后终于松了一口气。尤其看到光绪不想选叶赫那拉氏时，李莲英急得差点要叫了出来，如果皇帝不顾一切地按照他自己的意思把如意给了其他人，慈禧太后肯定会非常生气，而自己这个出主意的人也不会有好结果。不过，他还意识到更进一步的问题：皇帝已经开始有了自己的想法并有意努力实施，再也不是那个任人控制的小孩子了。
最生气的是慈禧，通过这件事，她觉得皇帝长大了，已不想再被自己玩弄于股掌之上，这是再清楚不过的。出现今天这惊险一幕，慈禧也没心情接受众人的道贺，便在李莲英的引导下起驾回宫了。
慈禧太后强迫光绪帝按自己的意思立了自己的内侄女为皇后，在光绪帝身边安插了一个最大的耳目，认为终于可以放心地为光绪帝举行大婚。按规矩，皇帝大婚之后就要亲政，皇帝亲政就意味着慈禧太后要失去权力，她觉得自己不能不对这个问题好好地考虑一下。至于大婚问题，反正皇后是自己的内侄女，自己操心不操心也无所谓了，于是便把李莲英找了过来。
李莲英最近正得意忘形，自己的立后主意虽然经历了波折，但总算没坏什么大事，最终老佛爷的内侄女为后。慈禧以后就可以随时知晓光绪帝的动向，这对她是一个绝大的优势。自己若能成为皇帝大婚的经办人，钱财必定会滚滚而来。
现在慈禧问他该怎么做，李莲英当然想大操大办，这样才能捞钱更多，但又不能直说。他就以保持皇家威仪和大气为由，建议慈禧应该隆重举办皇帝的大婚仪式。
慈禧太后就想显示皇家威仪，于是决定大办，但又苦于经费不足，因为此时中法战争刚刚结束，国家财政吃紧。不过，这难不倒李莲英，对此他得心应手，建议慈禧令各省报效，到时候各省官员还不得削尖了脑袋给皇宫送财送物。
慈禧见李莲英对此熟门熟路，就把主持大婚仪式的经办人一职让李莲英来担任，李莲英欣喜不已。
光绪帝的老师翁同龢是户部尚书，给各省分派了任务，其中湖南分得30万两。湖南巡抚汪祺祥又把任务增加到45万两，因为他听说这次皇帝大婚的经办人是李莲英，多征的15万两拿出10万两贿赂李莲英，为自己谋个好前程。
李莲英自从成了大婚的经办人，立刻成了大忙人，到处去采购礼品，当然从中捞了不少好处，常常是花了20万两银子却报称35万两，搜刮钱财到了丧心病狂的地步。
湖南巡抚汪祺祥匆匆忙忙赶到京城，给李莲英送上10万两白银。李莲英欣然接受，并夸他会办事，告诉他自己一定找机会在慈禧太后面前为他美言几句。
经过一段时间的筹备，各种礼品和所用物品都置办妥当。正月二十四，开始将皇后的妆奁运到皇宫。一里多长的队伍，由东城方家园——皇后的娘家，迤逦至东华门、协和门、后左门，到达乾清宫。仅此一项，就花了足足两天时间。
正月二十六日，便是宣岗奉迎皇后之日。一大早就百官齐集。午正三刻，皇帝在太和殿升座，在一片喜气洋洋的气氛中，文武百官行了三跪九叩首的大礼，然后由礼部官员宣读册封皇后的诏书。等皇帝回宫后，随即护送皇后由方家园经史家胡同、东太街、长安牌楼、兵郛街、东江米巷进大清门。这时，午门的景阳钟钟声大作，声震九城。天子脚下的百姓都知道皇后进宫了。
就在光绪皇帝大婚紧锣密鼓的同时，还有慈禧太后向皇帝归政的问题。相较于能获得多少金银财宝，李莲英更加注重自己的前途。于是，他抽空去问了一下慈禧太后关于归政的打算。
慈禧太后对自己“退休”后的生活并没有特别要求，只需设个祭坛或者建一座祠堂即可。李莲英不失时机地称赞慈禧太后不仅恩德惠及天下，而且心胸宽广，实在是国家的一大荣幸。
趁着慈禧太后高兴，李莲英趁机提及湖南有个巡抚汪祺祥在湖南做得不错，人特别谦虚，政绩也不错，建议慈禧太后褒奖一番。慈禧太后于是有心在归政前通令嘉奖他。这天，慈禧太后召见军机，光绪皇帝也在场。慈禧太后回顾自己垂帘听政了二十多年，表示有些人为国家出了力，自己却还没有对他们进行奖赏。如今就要功成身退了，要给他们有个交代。光绪知道慈禧这是要提拔官员，为自己留下好名声，就建议她开出一个单子，一并褒奖。慈禧太后于是就重点提到了几个人，一个是醇亲王，一个是恭亲王。另外，还有为国建功的曾国藩、左宗棠（此时二人均已去世）。除此之外，慈禧还特别提出了湖南巡抚汪祺祥，称他在任上做得很好，也应该褒奖。
朝中大臣都知道汪祺祥在湖南民愤极大，却无人敢出来反对——反正又不关我事。慈禧太后说完这些，其余的就让军机处自行裁夺。
军机大臣世铎与同僚商议着开了一张三百多人的单子，其中包括醇亲王、僧王、头品顶戴花翎的总税务司赫德。另外，还有现任及前任军机大臣，现任及前任军机章京，各国驻京公使，殉难的将帅及一二品大员等。生者加官晋爵，赏赐珍物；死者或建祠堂，或赐祭坛，完全体现了慈禧太后的神恩广泽。
慈禧太后一切准备就绪以后，便于二月初三在太和殿为光绪皇帝举行了正式“亲政”典礼。
光绪当然要谦虚一下，表示自己有些大事还要向慈禧问政。慈禧见光绪如此谨慎，心中大安，就即刻起驾去了颐和园，临行前又嘱咐他要分清“君君臣臣父父子子”，凡事要学会果断处理。
光绪帝告别慈禧太后，然后急匆匆来到太和殿。刚在御座上坐稳，午时的钟声便已经敲响了。于是，由军机大臣世铎向百官宣读亲政诏书，然后光绪皇帝便在众王公大臣“吾皇万岁、万岁、万万岁”的山摇地动般的呼声中正式亲政了。
光绪皇帝听信康有为之言，实行变法，维新派与守旧派展开了搏斗。光绪皇帝罢了守旧派文悌的官，文悌乞求怀塔布到颐和园求救。慈禧虽然没有对此事表态，但却命令光绪速速斥逐翁同龢。光绪皇帝没办法，只得把翁同龢开缺回籍。
其实，慈禧太后的这种行为是受了李莲英的提醒和建议，让光绪皇帝身边失去一个出谋划策的人。紧接着，慈禧太后又特降懿旨，令荣禄为直隶总督、裕禄任军机处行走。光绪皇帝不得不按照慈禧的意思办。但他心有不甘，暗中察访得知是怀塔布从中作梗。光绪龙颜大怒，立刻下旨把礼部尚书怀塔布、许应骤，及侍郎壁岫、徐会沣、溥颐、曾广汶六人一律免职。
守旧党大为震惊，立即通过李莲英请求慈禧太后重新执政。慈禧太后表面上不动声色，暗地里却积极准备力量进行反扑，免得变法改了老祖宗的东西。
维新党由于得到光绪皇帝的支持，一时间声势非常浩大。他们的一项改革触犯了李莲英的利益，维新党人要求光绪帝罢斥太监。光绪帝本来对李莲英就恨之入骨，若维新党的要求得到应答，李莲英肯定没有好下场。因此，李莲英担心万一维新党人成了气候，自己必然性命难保，于是向慈禧极力哭诉光绪帝支持康有为等人欲图谋不轨，恐怕要对慈禧太后不利。
慈禧太后恐怕维新党对自己不利，也非常痛恨他们。于是，她按照李莲英的计谋，准备以荣禄请求光绪去天津检阅水军为名暂时将光绪调出京城，然后便宜行事。光绪对慈禧之命，当然不敢不遵。但觉得其中有问题，就传召康有为、杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同等一班维新人物到勤政殿商议。康有为分析利弊后认为，这是一个诱骗皇帝出京的骗局，恳请光绪不要轻易出京。
光绪帝制止康有为继续说下去，康有为也明白光绪帝的意思——宫中耳目众多，谈论过多难免会泄密。于是，康有为等人商议出宫密议后再作打算。最后，他们也采取了和守旧派一样的策略，就是先派人在天津把荣禄除掉，再迅速调陆军万人，星夜入城围住颐和园，除掉李莲英；然后把慈禧太后圈禁西苑，令其颐养天年，不再过问政事。这样一来，光绪帝的维新运动才能得以继续实施。商定之后，康有为入宫报于光绪帝。光绪思之再三，觉得康有为的话虽有道理，但却缺乏实际可操作性：兵哪里来，谁去杀荣禄？派去的人可不可靠？这些都是问题，可又别无良策，只好令康有为先退下。
光绪皇帝想来想去，觉得康有为的办法虽然好，可惜京畿之内的兵都掌握在荣禄手中，因而不可轻举妄动。除非先夺荣禄的兵权，否则难以成事。光绪思来想去，无法确定派哪个胆大心细的人去执行这一策略。
恰在此时，直隶按察使袁世凯入京觐见。光绪立刻眼前一亮：此人当年在朝鲜带头攻打王宫，定是自己寻找的胆大心细之人。光绪喜出望外，立刻召见。
光绪虽然急于把重任交给他，但他也不是三岁顽童，当然会先试探袁世凯对维新变法的态度，于是问他对新政有什么看法。袁世凯是个八面玲珑、极会见风使舵之人，向来知道光绪皇帝有意推新政，便顺着光绪帝的意思讲。袁世凯吹捧光绪是有为之君，大清欲图自强，必须实行新政。他还以邻邦日本作例子，说日本自明治维新以来，发展良好，不久即成为世界强国。倘若新政在国内兴起，凭借国内地大物博，必将很快发展成为世界强国。
光绪帝被袁世凯说得有些飘飘然了，认为袁世凯是支持维新的，于是又问他是否愿意听自己调遣，带领军队去刺杀荣禄。袁世凯虽然没有想到光绪会让他去刺杀荣禄，但觉得自己的机会来了，连忙下跪表示自己定会尽心竭力报答光绪厚恩，只要一息尚存，必定为光绪尽力。光绪闻言大喜，很快降谕：
现在练兵紧要，直隶按察使袁世凯，办事勤奋，校练认真，着不缺以侍郎候补，责成专办练兵事务，所有应办事宜，着随时具奏。当此时局艰难，修明武备，实为第一要务。袁世凯当勉益加勉，切实讲求训练，用心朝廷整饬戎行之圣意。钦此。
惊恐万分的守旧派见了此谕，连忙报于慈禧。其实，宫廷内外遍布李莲英心腹，就是他们不报，慈禧对康有为、袁世凯入宫也都了然于胸，只是不知道康有为要图谋颐和园。慈禧曾要求凡二品以上官授任，当亲往太后处谢恩。此次袁世凯擢任侍郎，官居从二品，理应面见太后谢恩。袁世凯到颐和园谢恩时，慈禧立即召见，细问上殿时的话，袁世凯一一回答。慈禧太后嘱咐袁世凯不要操之过急，上了光绪的当。李莲英也在他退出后，嘱咐他小心光绪帝有什么阴谋。
八月初五，袁世凯请训往天津。光绪在乾清宫召见，支走所有人，秘密嘱咐袁世凯到天津后，立即带兵捉杀荣禄，然后马不停蹄回京围住颐和园，控制慈禧太后。同时，许诺他事成之后，直接任命为直隶总督，还赐给他大内令箭一支作为凭据。袁世凯这才想起慈禧太后跟自己说的话，心中大吃一惊。其实，他是个墙头草，谁强就跟谁混饭吃。光绪帝势力弱小，大权仍然在慈禧太后手中，他不敢冒险杀荣禄，来换取不确定的直隶总督。所以，他决定出卖光绪帝，把一切都告诉荣禄。但为了稳住光绪帝，他镇定地领旨退出了。
袁世凯退出后当即乘火车去了天津，然后去荣禄府上和盘将光绪的计划说出。荣禄大惊，当天就返京去了颐和园面见慈禧太后，把袁世凯的话又说了一遍。慈禧直到当时还不能确定是否真有此事，直到荣禄拿出令箭。慈禧见确实是大内之物，才知道向来胆小懦弱的光绪真的要除掉她。
李莲英也吓坏了，连忙下跪请求慈禧太后立即采取行动，否则后果将不堪设想。惊恐未定的慈禧太后连忙命荣禄速召满族亲贵，守旧派人物世铎、刚毅、怀塔布、许应骏等人。不多时，众人来到慈禧太后面前，黑压压跪了一片，叩请慈禧太后速出训政，挽救局势。
慈禧太后立即命令荣禄速回天津带兵入京。谁知荣禄早就让官兵启程，已经抵达京师。慈禧赞扬荣禄有先见之明，命他立刻将紫禁城侍卫一律调出，换成荣禄的亲信，并去天津截住康有为的同党，以免逃脱。荣禄奉命而去。
在慈禧召开秘密会议的时候，碰巧被一个姓孙的太监获知消息。这个小太监素来被光绪帝信任，于是连忙赶回皇宫，向光绪帝禀报了情况。光绪帝才知道袁世凯出卖了自己。现在事已泄露，他首先想到的是康有为处于危险之中，便立刻草拟一份谕旨，命人送给康有为。康有为接到光绪的亲笔，知道计划失败，急忙化装乘火车到了塘沽，然后登船去了上海。等荣禄赶到天津时，康有为早就逃走了。
第二天，慈禧太后传旨在西苑召见光绪皇帝。光绪帝知道这是慈禧要来算账，但也不得不去。太监引导光绪帝来到西苑，李莲英早就领着一帮人等着，见到光绪帝，不由分说，簇拥着光绪帝上船，直达瀛台。从此，光绪帝就被囚禁在那，大权又被慈禧收回。
很快，慈禧太后领着皇后、珍妃等人到了瀛台。光绪慌忙跪迎慈禧太后。慈禧太后一边数落光绪的不是，一边称大臣们都要求她出来训政，言语之间似乎有即行废主之意。
珍妃害怕光绪被废黜，出来求情，却被慈禧怒斥不配出来讲话。珍妃一时情急，就大着胆子说慈禧太后不能随意废黜一国之君。慈禧见珍妃竟敢挑战她的权威，一怒之下便将她囚禁起来。
慈禧太后余怒未消，还在申斥跪在地上的光绪，被一旁的李莲英劝住。临走之前，令皇后留在光绪这里，监视光绪的行动。
慈禧回宫后，下令迅速逮捕维新党人，很快就拿住了杨深秀、谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁六人，这就是赫赫有名的“戊戌六君子”。只有康有为、梁启超避走海外，未被捉拿。谭嗣同、杨深秀等人慷慨就义。
光绪皇帝自此被囚禁于中南海瀛台，形同废黜。