1905年，在张之洞、袁世凯的强烈要求下，清政府宣告废除科举制度。
在中国历史上，这是一件重大事件。儒学作为国家考试选拔人才制度的废除，是中国新旧时代的一个分水岭。从此，中国人的价值观念迅速地、彻底地、全面地发生了改变。
放在前现代的历史上考察，应该说科举制是一个很不错的制度。它打破了社会、阶级之间不可跨越的鸿沟，至少在形式上提供了一个相对公平的竞争平台，使平民子弟通过苦读，也有可能进入上流社会，因而，穷苦人家的子弟通过自己刻苦读书，就可能成为状元、榜眼、探花，进入社会最上层。无论这条路有多么窄，多么难，仅凭这一点，都应该为它谱上一曲赞歌。
然而，它的消极之处也是明显的。
1．它把读书人紧紧系于仕途，在科举指挥棒的引导之下，读书人不再只是一般意义上的文人，而是成了官僚阶层的预备队。对他们中的大多数人来说，学问不过是敲门砖，读书不过是进入官场的手段，其目的在做官。所以，读书人的思想和行为都要适合于官场的规范，养成了对官场和经典的双重依附。
2．作为一种选拔人才的形式，科举考试的内容和形式严重限制了人们思想的活力。如果说，隋唐时期的科举考试科目门类还算齐全、设计还算科学的话，那么，到明朝经过朱元璋的改革后，考试内容只不过剩下了一些四书五经之类的对于现实社会不起实际作用的货色了。
清代科举考试的内容是八股文和试贴诗。童试首场、乡试首场、会试首场的八股文都是在四书中抽取词句为题，乡试和会试第二场的八股文则以五经的词句为题。考生必须顺着两千多年之前讲这些话的人的思路，模仿他们的语气写作，这就是所谓“代圣贤立言”。既然是代古人说话，就只能讲古人知道的事，八股文不能涉及孔孟以后的情况。这就导致了一个严重的后果：考生只要八股清通，楷法圆美，就可以成为巍科进士、翰苑清才；但他们却不知司马迁、范仲淹为何代人，汉祖、唐宗为何朝帝者。对于亚非地理、欧美的风情，则更是一无所知，闭目塞听。
在政教合一的科举教育体制之下，塾师所能做的，不过是机械地传授规定的知识。科举杠杆限制了教育的独立性，教育者的独立性和创造性也不可能获得发展。即使偶尔有些萌芽，其思想成果也得不到传播。在这种情况下，真正的现代意义上的知识分子是难以诞生的。显然，这种考试有利于培养思想僵化的卫道官员，却不可能培养出现代意义上的治国安邦之才。
废除科举制本是戊戌维新运动的重要议题，但这一议题并未因戊戌变法的失败而被长期拖延。
就在1901年1月清廷宣布新政并且号召大臣提出建议时，湖广总督张之洞就会同两江总督刘坤一连续上奏章，建议重新推行戊戌变法时期兴办新学和改革考试的措施，要求逐渐废除科举。于是，1901年8月，朝廷谕令废除八股，科举基本按戊戌变法时颁布的制度进行。9月，朝廷又命令切实整顿京师大学堂，并按戊戌变法时的规定将书院改为学堂。1905年，面对严重的民族危机，张之洞、袁世凯等深感逐步废除科举的方案为时已晚，因而强烈要求立即停止科举考试。经过深思熟虑，清朝政府最后终于接受他们的意见，宣布所有乡试、会试、岁试和科试一律停止。这样，在中国历史上已经积累了一千三百多年的科举制度终于寿终正寝。
科举制的废除对现代知识分子的成长与国家的重建可谓意义重大。
1．它切断了读书人与“八股——经典——国家体制”的必然联系，使读书人的前途不再系于经书和官场。当然，一些读书人的确为此后的道路感到茫然，为十年寒窗的奋斗目标突然消失而无比痛苦。但是，失落和痛苦却伴随着某种解放。他们不必再进行八股文的训练，不必再死守经典，不必再为生存而拥挤于科举这座独木桥。
2．它改变了教育状况，使中国教育开始向现代转化。在科举时代，即使是“私塾”，也只具有一个私人性的办学形式，而教学内容是国家指定的。四书五经是固定的教材，教师的讲解不能离经叛道,因而不可能通过教学培养独立的人格和自由的思想。科举制度废除之后，情形就不同了；学校的培养目标不再只是官员预备队，而是各方面的人才；教学内容自然不再只是经书，而是包括了来自西方的许多学科。办学堂以西方为榜样，而西方的教育是独立的，教学内容丰富而自由。中国的学堂虽然不可能一下子获得这种独立，但它毕竟不同于已往的科举，因而使教育者在某种程度上获得了独立创造和传播的空间，国民的价值也重新根据时代的变化进行重新的定位。
但是，废除科举制度，对清王朝的统治来说，却不是一件喜事，而是雪上加霜之举。结果非常明显，科举制度的废除，破坏了国家吸收和垄断精英士子的正常渠道，造成了人才资源的大面积流失和权力对读书人的失控。大批士绅知识分子突然失去了通过科举取得功名的指望，多年奋斗的道路被突然打断，一时想不出别的出路，摆在他们面前的是非常陌生的新道路，因而，他们对现实产生了严重不满。从这个意义上说，科举制的废除不仅使清王朝失掉了本来的支持者，还把这个知识群体转化成了社会的不安定因素。另一方面，科举制度废除后，旧的人才选拔制度虽然可以在一夜中取消，然而新的制度却又无法在短时间内相应地建立，办理学堂的条件远远不会因为单独废除科举制度而相应地自然成熟。师资、教材、经费、校舍、毕业出路等问题都难以在短期内得到彻底的解决。废除科举制度是一柄双刃的利剑，它对清王朝统治的弊端，很快就显示了出来。
事实也正是这样，在科举废除、学堂开办之后，旧式的读书人找不到出路，新式读书人却在迅速增加，大都市充满了因无法就业而深感前途渺茫的新旧知识分子。他们处于游离状态，社会地位很不稳定，前途渺茫，心理失落，因而对于现政府的不满情绪在急速蹿升。在这个基础上，革命的情绪很容易在这个人群中蔓延开来。同时，随着清末新政期间集会、结社、言论自由的日益扩大，追求自由、民主的公开或秘密的团体如雨后春笋般出现，清王朝仍然试图加强控制，结果却不仅无效，而且加剧了双方的矛盾。群体性的社会心理挫折不断聚集为反对现行体制的一股力量。旧式知识分子对当政者怨恨、新式知识分子的大面积成长达到一定程度之日，便是这个专制王朝崩溃之时。