1906年6月，出使各国考察政治大臣载泽、端方、戴鸿慈等人先后回国，向清廷汇报考察情形，奏请改订全国官制，以为立宪预备。
考察大臣建议，“宜略仿责任内阁之制，以求中央行政之统一”。
他们在向慈禧太后的奏折中写道：
查东西各国无不有责任内阁。责任内阁者，合首相及各部之国务大臣组织一合议制之政府，代君主而负责任者也。盖中央政府实一国行政之总枢，一切政策从兹出焉……中国内阁昔为枢要，今如闲曹，比之各国固不同矣。军机处虽有类各国之内阁，然对于上则仅备顾问，对于下则未受责成，考其职权，只略如各国之枢密顾问院耳。
从历史上看，皇权与相权的矛盾是中国封建中央集权专制体制中最主要的一对矛盾。从法理上讲，专制之意就是将权力授予一人的一种治国方式，即国家的一切大事由君主一人裁决。但是国家之大，事情之多不是凭专制君主一人的精力来日理万机就能够解决的，于是便有了“助理万机”的宰相的设置。但皇帝和宰相在分权的概念上是模糊的，虽也有权相将皇帝置于傀儡地位的事实，但从总的发展趋势上看，皇权是朝着扩大并膨胀的方向发展，相权则一步步缩小，到明清时，被公然视做君权的对立物而从制度上加以消灭。皇权的不断强化虽然维护了皇帝对行政权的独揽和国家的统一，但却妨碍了大臣积极性与主动性的发挥，造成国家机器运转的迟缓和行政效力的低下，整个行政系统的活力因而大为下降。
中国历史上的君相权力之争，到明代时终以君权的绝对胜利而告终，其标志就是内阁制度的设立。清沿明制，仍设内阁，而其职权仅票拟诏旨，而不是如汉唐秉均执政之宰相。雍正朝后军机处逐渐代替了内阁的枢要地位，然而军机处只供传述缮撰，军国大事丝毫不得参与其间，除承旨办事外，并无任何独立职权，君主专制至此达到了极点。
君权的膨胀必然导致相权的萎缩，并直接破坏国家政治体制的正常运行。
梁启超说：
始也，欲以一人而夺众人之权，然众权之繁之大，非一人之智与力所能任也，既不能任，则其权将靡散堕落，而终不能以自有。虽然，向者众人所失之权，其不能复得如故也，于是乎不知权之所在。
在专制政体下，集权与无权总是相伴而生。出使德国大臣杨晟在条陈官制大纲折中总结“无权”之害时写道：
天下之大，万机之繁，上达下逮，岂能无喉舌之司，筦摄关键之地。于是内阁之制起，而未尝有统摄指挥之能力，狡悍则百官趋附其私，暗弱则小人盗窃其后。即有英才奇俊，优荷宠任，而发一策，建一议，犹虑牵制百出，不得达其目的，竟其事功。而六部之对抗分立，各不相谋，但能自治其本部亦已幸矣，何暇谋及全体，统筹全局，政治之弊，于斯为极。
弊极求治，而求治之途，就在于改变君权过于膨胀导致的大臣尸位保禄、阉然伴食的僵化政治体制，使内阁有“统摄指挥之能力”，真正担负起行政中枢的责任。
在20世纪初年，中国已不可能向汉唐时的丞相制复归，也不可能回到明朝权力尚大的内阁制去，而只能是效仿西方建立近代意义上的责任内阁制度。这就是五大臣回国后向清廷建议改制的用意所在。
五大臣归国后，以建立责任内阁制度为核心的改革官制的要求迅速高涨起来。1906年7月14日，上谕派员编纂官制，袁世凯、徐世昌等人被列为编制大臣，庆亲王奕劻则是“总司核定”的三人之一。
庆亲王奕劻身为王室宗亲，又位在朝臣之首，掌核定之权自然名正言顺。值得注意的是编制大臣中只有袁世凯一人为地方督抚，而同是封疆大吏的张之洞、端方、岑春煊等却只能是选派司道大员来京，随同参议，从中不难看出袁世凯在两宫眼中的特殊地位。
陶湘（袁世凯政敌盛宣怀的得力亲信）在《齐东野语》中谈到袁世凯入京背景时说：
本初（袁世凯）素来手段尚专制，午公（端方）性实守旧，泽（载泽）在青年，李（李盛铎，是出洋考察宪政五大臣之一）眷甚微，戴（戴鸿慈，是出洋考察宪政五大臣之一）、尚（尚其亨，是出洋考察宪政五大臣之一）固无论也。中央各领袖者毫无成见，成北（徐世昌）善事周旋，善化（瞿鸿禨）乃见机之流，定兴（王文韶）安于聋聩，荣（荣庆）、铁（铁良）守旧，而铁则铮铮。所以上下均以立宪持议者，实为上年炸弹所逼，况目今排满之横议频兴，始说立宪以息浮议。……当端、泽等将回之际，众心共有一更变之举动，深勒脑筋，报纸持议尤甚。近年来，内廷阅报，意亦游移。后来端等先后回华，莫不以变法敷陈，持论痛切，两宫动容。向来疑难之事多取决于本初，荣、铁先期发电，请本初平议。讵意本初尚新更甚，两宫更无主意。
本初指袁世凯，荣指荣庆，铁为铁良。从这段话中我们可以看出：
1．两宫对于变法问题犹豫不定，一无主意。变法立宪是变革祖制的大事，一向专断的慈禧太后一面想保住满洲贵族的特权和自己的地位，另一方面对革命党汹汹之势却又不能不做出让步，以消弭革命，为此竟然“宵旰忧勤，真至废寝忘食”，甚至流露出了“我如此为难，真不如跳湖而死”的哀叹之语。
2．袁世凯确实是朝野上下举足轻重的人物，所谓“疑难之事多取决于本初”，甚至权势如荣庆、铁良者也需要事先探听一下他的口气。显然，在这一次变革官制的活动中，袁世凯的行动也势必会影响到清廷的决策。
胡思敬在《大盗窃图记》中说：
孝钦（指慈禧）自西巡后，不敢坚持国事，见五大臣疏踌躇莫决，急召世凯入商。
正是在这种形势下，袁世凯踌躇满志地来到了北京。
陶湘在谈到袁世凯入京的背景时又说：
当七月初以前，京津秘使往来甚繁，本初向来大权独揽，所发莫不中的。今“立宪”二字，上既动摇，以为此种好机会，略一布置，即可成功。在津即预计到京后如何入手，如何改官制。官制改，则事权亦更，数百年之密网，一旦可以廓除。意中自许如此，手下人等莫不相许如此，枢府亦料彼必如此，领袖更随声附和，报纸又竭力怂恿，唯恐彼不如此。不过报纸之意见与彼之心迹相背耳。
官制改革，实际是进行一次权力再分配，即所谓“官制改，则事权亦更”，它为各种政治势力的发展壮大均提供了机遇和可能。各派政治力量无不力图把握和运用这一机会。袁世凯久历宦海，自然深通此道。
尽管袁世凯“素来手段尚专制”，但他也深深认识到：
朝中公正老臣都已谢世，朝政尽入贵胄之手，弟此次得跻高位者，赖有太后之宠眷耳。然而慈宫春秋已迈，犹如风中之烛，一旦冰山崩，皇上独断朝政，岂肯忘怀昔日之仇，则弟之位置必不保。
在当时，君主为与袁世凯积怨甚深的光绪皇帝，君权的加强只能是光绪皇帝权力的加强。一旦光绪帝东山再起，袁世凯势必岌岌可危。而要保住自己，只有削弱光绪皇帝的权力；削弱光绪皇帝权力，就首先要削弱君权；而削弱君权，又正是成立责任内阁的目的。
对于此事，胡思敬在《沈病国书》中就一针见血地指出：
北洋（指袁世凯）追念戊戌往事，知孝钦宴驾之后必不容于德宗，因内结奕劻，外煽新党，思藉立宪之名，剥夺君权尽归内阁。乙己派五大臣出洋，丙午大更官制，皆一人之谋也。
另一方面，当时朝中领袖为庆亲王奕劻。庆亲王为人庸鄙，毫无远见，而素贪财物，袁世凯投其所好，早已将其熨帖得言听计从。因而，举奕劻为责任内阁总理，提高奕劻的地位，实际上可以扩大袁世凯自己的权势，巩固自己的基础。这就是所谓“彼之心迹”。陶湘说：“然本初另有深意，盖欲借此以保其后来。”可谓一针见血。为此，袁世凯一改旧风，竟然“尚新更甚”，有“官可不做，法不可不改”，“当以死力相争”之语，甚至有吓唬和利诱两宫“若不及早图维，国事不堪设想”，“有如此贤主在前，乃国家之福”等语，俨然慷慨激昂，“一时气焰可想而知矣”。而袁世凯所以死相争的，就是成立责任内阁。但袁世凯为自己所设计的责任内阁，既不像英国的内阁对国会负责并受其监督，也不同于日本明治维新时的内阁，起辅弼天皇执行政务的作用。他的内阁，一方面脱离了国会的监督，另一方面又侵夺了皇帝的大权。因此，它实际上是一种力图达到私人目的的暗移神器的内阁，是袁世凯企图揽权归己，最终达到取清廷而代之的目的和手段。
建立责任内阁，已有戴、端等人鼓吹于前，而各地报纸更是“竟力怂恿”。依靠舆论之力，加上奕劻的支持，端方等的响应，本来就大权独揽的袁世凯在官制编制局中更是“气概如虹”，“主张最多”，而“全案皆其一手起草”，当时在成立编纂官制馆时，慈禧太后特派袁世凯与载泽、大学士世续、大学士外务部会办大臣那桐、荣庆、载振、内务府大臣奎俊、铁良、理藩部尚书善耆、户部尚书张百熙、戴鸿慈、巡警部尚书、政务大臣徐世昌等14人共同编纂官制，新任闽浙总督端方亦与会，另令湖广总督张之洞、两广总督岑春煊、两江总督周馥和各部派遣代表参与会议，而以奕劻、瞿鸿禨、孙家鼐三军机为总司核定大臣。上述人员奕劻父子、徐世昌均为袁世凯的掌中人物，端方、张百熙、那桐、世续也是袁世凯的追随者或同盟者，载泽与铁良有隙，袁乃拉拢载泽以为己用。与此同时，编制馆的办事员，全为袁世凯的僚属所占有，杨士琦与孙宝琦为提调，吴廷燮、金邦平、陆宗舆、章宗祥、张一麟为起草委员，王士珍、朱彭寿等参与议论，可说是清一色的袁党。这样，袁世凯就成为官制草案的实际制订者。九月稿成，庆亲王奕劻将中央各衙门官制改革情况缮单进呈两宫，其中行政部分定为：“行政之事则专属之内阁各部大臣。内阁有总理大臣，各部尚书，亦均为内阁政务大臣，故分之为各部，合之皆为政府，而情无隔阂。入则参阁议，出则各治部务，而事可贯通。如是则中央集权之势成，而政策统一之效著。”这正是袁世凯所“以死力争”的责任内阁制。而奏折尚未批下，袁世凯就已定好了阁部名单。陶湘说：“本初定议总理一人，属现在之领袖……九公与彼为副理。”领袖指奕劻，九公指军机大臣瞿鸿禨。瞿鸿禨为清流党，素与庆、袁针锋相对。从内阁这三驾马车来看，庆、袁一气相通，而庆又对袁言听计从，因此实权稳操在袁世凯之手，瞿氏不过伴食而已。这是瞿鸿禨不愿也决不能答应的，于是暗思抵制之方。而此时铁良因力主中央集权，伸满抑汉主义，担心汉族官僚袁世凯的势力凌驾于满族诸亲贵之上，也千方百计地拆台。瞿、铁于是携手，结成了对抗袁世凯官制改革的联盟，并开始下手从事反对活动。
20日，奏折批下，结果大出庆、袁意料之外。
谕旨说：
军机处为行政总汇，雍正年间本由内阁分设，取其近接内廷，每日入值承旨，办事较为密速，相承至今，尚未流弊，自毋庸复改。内阁军机处一切规制，著照旧行，其各部尚书均著充参与政务大臣，轮班值日，听候召对。
仅备顾问的军机处与君有着直接的关系。军机不去，君权难削；而总理大臣不设，内阁也就依然有名无实。然而，上谕以“尚无流弊”、“著照旧行”，如此就将袁世凯的设计全盘推翻了。
应当看到，在改革官制问题上，慈禧太后并不像某些论著所说的“从一开始就缺乏诚意”。在“众心共有一更变之举动”的环境下，特别是在五大臣“破釜沉舟、剀切陈奏”的影响下，“两宫大为之动容”，想有一番作为，这从朝中人事安排可以看出来。人事的一个变化是袁世凯的入京。如上所述，袁世凯早已表现出“尚新更甚”的姿态，却是唯一被调入京的地方督抚，到京后又被“连召四次”，可谓宠遇有加；与此相反的却是荣庆等人的地位变化。袁世凯入京前后，两宫已决定“由瞿拟旨，御前会议时，不准荣、铁、孙、王数人与闻”。时荣庆、铁良入值军机，孙家鼐、王文韶为内阁大学士，皆为朝中重臣。铁良更是司户部，掌军务，被袁世凯讥为“大权独揽”。在官制改革中、“荣、铁守旧”，孙、王顽固，两宫决定在讨论改革方案时不准四人与闻，无疑是为了排除改革的障碍，可谓用心良苦。
瞿鸿禨所拟之旨已定于七月初九日颁发。但在这时，问题发生了。七月七日袁世凯入京后，立即联合庆亲王奕劻面参四人中权力最大的铁良。陶湘记其经过为，“北洋召见时，面参铁谓：‘若不去铁，新政必有阻挠’，且谓铁揽权欺君。慈圣未加可否。上则笑容可掬，默不一言。北洋出，邸堂单进，亦附和北洋，力言铁之不是……慈圣谓，铁尚无大过；邸则称，铁为聚敛之臣。据说已由瞿拟旨，御前会议时，不准荣、铁、孙、王数人与闻。而此谕计算初九即应颁发。后因邸、袁相继面参铁，此旨即留中。”袁、铁二人俱掌兵权，袁参铁“揽权欺君”，却使两宫警觉起来；而奕劻附和袁世凯之后，“力言铁之不是”，更使慈禧太后对庆、袁关系及袁的真实意图产生了疑问。本来，从新政角度出发，两宫已决定令铁出值，但“揽权欺君”的铁良一去，朝中能“揽权欺君”的就只乘下袁氏一人了，这对君权威胁无疑更大。精于平衡之术的慈禧太后立即改变主意。留下荣、铁以牵制袁世凯，防止可能出现的专权局面。
两宫态度的转变很快被瞿、铁二人所察觉，他们迅速利用了这一机会，立即组织攻击。
第一步，授意言官，交章弹劾。
陶湘写道：
此际忽有人严劾疆臣揽权，庸臣误国。慈圣于枢廷召对时将折发阅，即碰首请发政务议。慈圣谓：“此又何必？”即时收回留中。各官闻之，乘隙交劾，共几十余次。上意大回。
疆臣指袁世凯无疑，而庸臣当指奕劻。
时梁鼎芬入觐，弹劾袁世凯、庆亲王说：
（袁世凯）权谋迈众，城府阻深，能陷人又能用人，自得奕劻之助，其权威遂为我朝二百年满汉疆臣所未有。引用私党，布满要津，我皇太后、皇上或未尽知。
嗣是纠弹袁世凯及庆亲王奕劻父子，连上八疏不止。御史刘汝骥则用鳌拜、明珠、年羹尧、隆科多这“四凶”以喻庆、袁，最后说：
万一我皇太后、皇上信任过专，始因其小忠小信而姑许之，继乃把持朝局，紊乱朝纲，盈廷诺诺，唯总理大臣一人之意旨是向，且群以伊、周颂之，天下事尚可问乎……臣谓率天下士夫，内背朝廷，因甲于内乱者必由此也。
报载：“裁都察院之议起，台谏人人自危，加以枢垣各有所授意，谓上头意思，本来活动，尔等有话只管说。于是，参奏改制每日必数起，皆发交编制大臣阅看，大旨皆攻破组织内阁之说，绝无一折为改革党之助者。”
第二步，挑唆内监，向慈禧太后请愿。
传闻在讨论官制时，袁世凯曾倡议裁去太监，瞿、铁遂鼓惑李莲英等人从中作梗。“一日，太后出，太监百余人环跪哭求，谓外间均欲逐去奴才等，乞老佛爷念奴辈服侍已久，开恩赐留。太后惊诧，谓我未听见有此话，他们必须逐去尔等，是太与我过不去，此亦阻力之一大原因也。”
第三步，亲自出马，在慈禧太后面前诋毁袁世凯及新官制。
铁良性情暴烈，自宣布立宪以来即与袁公开为敌，不待于根本上大相反对即枝叶事亦各持异议。甚至向慈禧太后密奏袁世凯遇事跋扈，广布羽党，各省要差，皆其私人，存心叵测，若不早为限制，满人势力必不能保全等语，提醒慈禧太后加以提防。瞿鸿禨则机诈权谋，表面上对新官制草案不加可否，背地里却向慈禧太后密陈，说什么责任内阁成立，一切大事均由国务会议决定，皇太后将大权旁落。以此来激怒权势欲极强的慈禧太后。
第四步，将袁世凯的有力帮手满人官僚端方调出北京，分化袁党势力。
端方自欧考察归国，志高气盛，有取代瞿鸿禨外务部尚书之心，值“宪法议起，与项城同在都城，会定官制，互相标榜”。“铁良因取中旨，出端方为两江总督，以孤其势。”瞿、铁的明枪暗箭，确使奕劻、袁世凯受到了很大的打击，最根本的是太后从此对袁世凯起了疑心，并且否决了袁世凯的成立责任内阁的方案。权臣无忌，为非作歹的事例并非没有，而袁世凯又显然不是忠臣之辈。两宫深恐袁从此把持朝政，致使太阿倒持，自己求为长安布衣而不得，乃“上意大回”，而袁世凯尚不察觉。陶湘写道：“闻七月中有日，卧雪召见时，慈圣云：‘近来，参汝等之折有如许之多，皆未发出。’照例应碰头，而卧雪以为系改官制之参折，即对称：‘此等闲话，皆不可听。’慈圣色为之变。后来领袖进去，慈谕：‘某臣如此，将何为？’适其时卧雪欲督办东三省、豫、东、直等省训练事，慈更生疑，渐用防范之策。卧雪当日闻信，惶恐无措，竭力设法周旋，不能了无痕迹矣。”又一回，“太后问袁：‘官制何以久未定稿？’袁谓：‘意见分歧，不易一致。’太后曰：‘那怕什么？你有的是兵，不会杀他们吗？’”猜忌之心，已溢于言表。
官制改革本来是为了提高行政效率，改善中央机关的运行，并为立宪打下基础。但袁世凯意图的过早暴露却使得改革从此超出了新政的范围，而与权力问题纠缠在一起。尽管在革命党的威胁下清廷开始了改革，但此时最现实、最直接的威胁却是来自袁世凯。为了消除腹心之患，慈禧太后宁可抛弃原来的改革目的。实际上，越到后来，权力越取代“仿行宪政”，而成为两宫裁订官制的出发点。在权力这个问题的干扰下，改革已不能顺利进行下去。组织责任内阁是“弊极求治”的一个方案，但既然责任内阁方案已是袁世凯力图揽权的工具，那么对权力更加敏感的慈禧太后就会一改“疑难之事多取决于袁”的传统，断然否定责任内阁，而代之以另外的方案。这样，立宪改制之举，也就只能“始而恢张，继无消息，终成敷衍”了。
与袁世凯的责任内阁方案相反的是瞿鸿禨、赵炳麟的“保留军机”方案。瞿为军机，赵为御史，二人同属清流党人物，与被称为“浊流”的庆、袁素不相能。所谓官制改革中的斗争实际上就是“瞿挟台谏及朝野清流以自重，袁则内倚亲贵而以外交、军事为后援。太后则操纵其间，自矜智术”造成的。
申君在《清末民初云烟录》中说：
大权统于朝廷，庶政公诸舆论，这是光绪末年清廷预备立宪诏中人所共知的名句，对反对立宪而又不得不抬出立宪幌子骗人的顽固派来说，确是匠心经营的得意之作。这一谕旨出自当时军机大臣瞿鸿禨的手笔，而在这后面还有一段瞿与袁世凯相互倾轧的故事。
袁案提出后，赵炳麟即上疏逐条批驳，认为若据此推行，“恐大权久假不归，君上将拥虚位”，“颠覆之忧，将在眉睫，此固非朝廷之福”。为此他提出：“其内阁、军机处，无论归并与否，并易何种名称，应暂仍旧制，以为承旨传宣之地位，不作总挈行政之枢机。”
以“恐大权久假不归”来抨击袁氏方案，的确击中袁世凯的要害，而赵炳麟提出的内阁、军机照旧无疑迎合了一心想防范袁世凯的清廷。与赵炳麟相呼应的瞿鸿禨又利用“总司核定”的有利地位，将袁世凯起草的方案“颇有裁正”。所谓“裁正”，就是在奕劻所进缮单中，加上一句，“或改今日军机大臣为办理政务大臣，各部尚书均为参与政务大臣，大学士仍办内阁事务。虽名称略异，而规制则同”。寥寥数语，在整个奏折中很不起眼，但它却给两宫以从容选择的机会。二十日上谕下，“竟采鸿禨之议，仍用军机处制”。
采纳瞿氏方案，否定责任内阁，并不单纯是一个方案之争，它标志着“疑难之事多取决于本初”、袁世凯“大权独揽”的时代已经过去。这对于袁世凯无疑是一个沉重的打击。瞿氏又趁机引荐广西巡抚林绍年入军机，作为助手，地位更为巩固。又新官制主中央集权，规定外交、财政、军事及轮电路邮归各部管辖，勿得兼差，袁世凯不但没有借改制之机扩大权势，改制后，却落得个“兼差尽行撤去”的下场。更甚的是，清廷进一步借改制之名，要求袁将北洋六镇全部归入陆军部。袁世凯颇不甘心。奏请“所有第二、第四两镇拟请仍归臣统辖督练”。而谕批“现在各军，均应归陆军部统辖。所有第二、第四两镇着暂由该督调遣训练。钦此”。一为“督饬”，一为“暂归”。陶湘说：“设非主上生疑，何至如此？”可知袁的窘迫处境。
另一方面，对于清廷来说，否定袁世凯的责任内阁制，又是排挤汉族官僚政策的开始。丙午改制是排汉政策之发端，而施行这一政策的首先就是慈禧太后本人。近代以来，掌国政者多为汉人，如曾国藩、李鸿章，皆在朝政中起着举足轻重的作用，而袁世凯在丙午以前也是权倾朝野，一言九鼎的人物。但丙午改制中袁“颇露跋扈痕迹，内廷颇有疑心”，尤其是北洋系从光绪二十一年（1895年）发轫，十年之间，从一单纯的军事集团迅速膨胀成为政治、经济、军事、外交、文教无不囊括，有清一代前所未有的庞大军事官僚集团的事实更不能不让慈禧看到危机。君权与臣权是一对此消彼长的天然矛盾。对北洋势力坐大、统治集团内部权力结构演化这种状况，最高统治者当然不会漠视，于是乃渐对汉人施行防范之策。最明显的一点就是新政府的人事安排。陶湘说：“财政、兵权只陈雨苍汉人，此中大有深意。陆军侍郎本拟士珍，及见明文，乃系荫昌。虽令王署，总使汉族无兵权耳。”由此可见，丙午改制时，宣统排汉之局，实已埋下引线。
客观地说，身为汉族的袁世凯与满族亲贵以及为维护满人朝廷统治的一些汉人官员之争，在一定程度上也确实反映了清朝统治集团内部的始终存在的民族矛盾。在此之时，以汉族为主的革命党日益发展，以汉族为主的民族资产阶级要求立宪的声浪的日益高涨，都严重地威胁着满族贵族的统治，使他们对汉族官僚猜忌心也日益加重，日益加深。统治集团中满汉之间的矛盾有增无减。在签订《辛丑条约》的阵痛过去以后，这种矛盾又有所增加，而袁世凯大权独揽，北洋汉人私人集团势力又日益壮大，必然会引起满族少壮贵族载沣、铁良、良弼、善耆等人的强烈不满，从而企图削弱北洋系的势力，夺取袁世凯的权力。随着北洋集团势力的日益壮大，袁世凯的专横跋扈之迹也就不可避免地逐渐显露出来，从而引起极峰的警觉，这种矛盾在丙午改制时，便发展到了顶峰，不能不出现一场此增彼消的权力斗争。而这一权力斗争又因瞿鸿禨等人为维护清廷统治，削弱袁世凯的权力，而站在满族贵族一边共同排袁而显得更加复杂化。从更深层面来看，清廷在官制改革者中所以要削弱以袁世凯为代表的汉人督抚的军权，还有着更深刻的原因。“地方官制中的督抚问题，是清政府的生死问题，也是中国国家组织一个最难解决的问题。当时日本某报纸评说：“欲决清国之立宪问题，不可不先决督抚制度之存废。今之督抚，事实上为副王，此制不废，中央集权之事不得告成功，则不外模仿联邦制度而已。铁良与袁世凯之相争，即为关于此根本问题。”
从本质上讲，袁世凯无疑是抱着个人目的来利用这一次改革的。赵炳麟斗争的直接予头就是针对袁世凯的政治野心。对此，他说得非常明白，“直隶总督袁世凯自戊戌政变与皇上有隙，虑太后一担升遐，必祸生不测，欲以立宪为名，先设内阁，将君主大权潜移内阁，已居阁位，君同赘疣，不徒免祸，且可暗移神器”。“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉！连疏论之。”正因为看透了袁世凯的用心，他才敢大胆地予以揭露，毫不留情。既然丙午改制实际上是一次政治权力的再分配，牵涉到所有官员和集团的切身利害，自然会引起不同的反响。当时传云官职改革要合并和裁撤都察院、礼部、吏部和翰林院，这样，不少官员将会丢掉饭碗，于是群起而攻之。这是一股强大的反对力量，“竟有人言戊戌将见者。”“先是京朝士大夫皆以北洋权重，时有弹章。”迨编纂官制馆设立之后，“议裁吏、礼两部，尤中当道之忌。自都察院以至各部或上奏、或驳议，指斥倡议立宪之人，甚至谓编纂各员谋为不轨……外间汹汹，恐酿大政变。至有身赍川资，预备届时出险者”。京中各衙门，无上无下，尽起而反对之。官制改革斗争之尖锐复杂已经发展达到了顶点，这是袁世凯所意料不到的。袁世凯设计了一个企图使内阁专政的改革方案，又企图与奕劻出而组阁，操纵国柄，“借立宪以倾政府”无疑会遭致一大批官员的反对。
但有意思的是，袁世凯的责任内阁方案正是立宪派改革纲领中的一部分，因而袁世凯又不自觉地充当了立宪派的代言人。改制之初，立宪派报纸就“竭力怂恿”袁世凯搞责任内阁；而改制失败后，袁世凯的所作所为却得到了国内立宪派的赞许，并被引为同类。也正是从丙午改制后，国内立宪派开始对袁世凯顿生好感，倚为柱石。
丙午改制使立宪派把希望寄于袁世凯身上，这一点对于宣统以至于民初的政局都有很大影响。在袁世凯的复出与就任内阁总理过程中，张謇等立宪派所起的作用并不亚于徐世昌、那桐；而在民初排孙拥袁活动中，立宪派更是发挥了重要的作用。
最后，最重要的是，丙午改制的失败及其朝廷对袁世凯一系列重要权力的剥夺，最终加剧了袁世凯集团与清室亲贵集团之间的权力倾轧和斗争，决定了清末政局最后几年的基本走向，直接影响了清王朝的前途和命运。