除了玄奘的弟子《汰慈恩寺三藏法师传》里记载外，李吉甫《和郡县图志》也明确说玉门关存在于唐代，但认为此关不是唐代所建。有学者说，其实玉门关在隋代就已经存在。《隋书·地理志》就说敦煌郡常乐县“有关官”（隋代的常乐县故址就是后来的唐代晋昌县）；晋昌县本隋常乐县，于武德五年改了县名。著名史学家向达说：“隋常乐有关官，其治所为玉门关无异也。”他认为“玉门关东徙与伊吾路之开通当有关系”。唐玉门关乃是汉玉门关的递替。东汉建国初期，由于内战及内政，“未遑外事”，无力西顾。于建武二十二年（公元46年）十月宣布废除了各边郡亭候吏卒的建制，免去了职务。敦煌郡边塞上的宜禾、中部、玉门、阳关四都尉都被取消，但玉门关作为关卡还继续存在。至建武二十七年（公元51年），汉光武帝刘秀不听从伐北匈奴的意见，乃“闭玉门以谢西域之质，卑诩币以礼匈奴之使”。这就是说，在“罢诸边郡亭候吏卒”五年后，才关闭玉门关。自汉武帝以来存在140多年的古玉门关到东汉建武二十七年（公元51年）终被罢废。所以东汉建武二十七年以前凡提及玉门关者，大都指敦煌西北之汉玉门关。东汉建武二十七年之后的文献中所说的“玉门关”或简称“玉门”，则多指瓜州的新玉门关。但在相当长的一段时间里，不少诗文或其注解出现了谬误。在一些电视节目和其他媒体中，往往以唐代诗人赞美唐玉门关的诗句来指代汉代玉门关，把唐代的瓜州玉门关，张冠李戴到汉代的敦煌玉门关上。
唐玉门关址有五说
百年以来，关于玄奘所经的唐代玉门关的关址问题，众说纷纭，歧见纷立。主要有以下几种观点：
双塔堡东北说
这主要是百年前的陶葆廉在其《辛卯侍行记》中的观点。他在记载中写道：“初九日，卯出布隆吉尔堡东门，绕向西。二里，出旧城北门。三里，过小河，即布隆吉水也，北有草滩。四里，上小坡。三里半逾一渠，北曰权家堡。四里半，道北有远村（问是潘家庄）。六里，月牙湖墩（南有草湖，野马沟所潴也）。十四里过窟窿河（蒙古称札噶尔乌珠，水出土胡卢村南，相传水中有大穴，西北流。）唐时玉门关迁此（岑参《题苜蓿烽寄家人》诗：‘苜蓿烽边逢立春，胡卢河上泪沾巾。闺中只是空相忆，不见沙场愁杀人。’注云‘玉门关外有五烽，苜蓿烽其一也。胡卢河上狭下广，迴波甚急，上置玉门关，西域襟喉也’。又，《元和志》：‘晋昌县东二十步有玉门关’）。今堡空无人把总及土民二十余家均在堡外。”他认为在今瓜州县东百余里之双塔堡东北，此观点为很多学者认同，影响颇大。与此相近的还有向达、夏鼐等学者。他们于1942年-1943年率西北考察团历史考古组到河西考古调查，后来向达发表俩关杂考——瓜州谈往之二》一文说，六朝以迄隋唐的玉门关，当在唐瓜州晋昌县北，“唯今双塔堡乱山子一带仅余古烽燧二，其他遗迹悉化烟云，关址所在，疑莫能决也”。其中的阎文儒也认为唐玉门关在双塔堡附近。学者李并成在近年的研究中认可这一观点。他说，根据大量的著述说明，玉门关的地理位置应该具有如下特点：玉门关应位于瓤庐河南岸；置于遍设烽燧的山嶂间；关西北应有沿线烽燧；关址设在汉长城“昆仑塞”址上；关城为伊吾路的起点；距隋唐晋昌县城不远；且在敦煌以东三四天行程处等。据此条件，可认定玉门关应位于今安西县双塔堡一带。
双塔水库说
当时安西县博物馆的一些学者认为，双塔堡就是玉门关。理由是双塔堡是清代所筑，清乾隆二年（公元1737年）的《修肃州新志·柳沟卫》中写道：“双塔堡，雍正六年（公元1728年）建，在布隆吉卫城西三十里，城周围一里一分零，高一丈八尺，宽一"丈七尺，南、北城门二座，各有城楼。”1943年向达先生考察时还看到堡内有龙王庙、关帝庙等建筑。安西县博物馆的学者认为，筑双塔堡时或许是利用了唐玉门关的残址，所以也就找不到唐代的玉门关了。他们曾测得，其城呈正方形，东西长155米，南北160米，城壕宽12米，深2米。城垣残宽3到4米，高0。3到0。75米不等，内有石磨、灰陶片、大方砖、石条等物。当时任副馆长的李春元为了观察城址，差一点溺水身亡。他说：“我比较认同玉门关在双塔水库中的说法。1958年在乱山子建设双塔水库时城堡被淹没。水位下降时，城堡的残迹还露出水面。1987年11月3日那天，水位下降，我与同事李宏伟、王俊英前往勘测时，版筑夯土城墙残存70公分左右高。到2002年8月枯水季节我再去时，墙体基本上已经被水淹平。”
马圈西南古城说
这个观点是李正宇先生考证后提出的。他认为，玉门关应当在瓜州城（锁阳城）与常乐城（踏实破城子）之间，再具体一点说，是东南的锁阳城、北面的北桥子和西南踏实乡的破城子之间的三角地带之中。为了有个着落，1996年8月，他约上宁瑞栋、潘发成、李春元、李旭东等专家一起，趋车到桥子乡西北5公里的马圈村西考察。在那里他们发现了两座错落毗邻的古城遗址。他根据《古今图书陕西行都司肃州卫古迹汇考》中的“晋昌废县，在故瓜州北。本汉宜（冥）安县，属敦煌郡；隋改常乐县；唐改晋昌”，以及《抚和郡县图志》的“玉门关，在（晋昌）县东二十步”的记载，陡然发现，马圈的小城正在一条古河道的西岸，东垣被河水侵蚀大段坍塌。其他三面外都有护城壕环绕。其西南约30米，正好二十步，有一大城。这正好与“玉门关在县（晋昌）东二十步”的记载相吻合。这不是寻觅了多年的玉门关城吗？城内西南隅之子城，当为关官衙城。城东面的古河道，必定是玄奘所说“上置玉门关”的瓠庐河，也就是岑参《猶苜蓿烽寄家人》诗中的“胡卢河”。李正宇先生感叹地说，数年来，我一直寻找而不见踪影，真是常言说的“踏破铁鞋无觅处”。根据两城的规模大小、方位、相互的距离，我感到“唐之晋昌县城及玉门关蓦然闯入眼前”！
也许有人会问，既然说马圈遗址的西南古城为唐代的玉门关，锁阳城为唐代的瓜州城，但其间只有24里。而玄奘弟子所著的《大慈恩寺三藏法师传》中却说瓜州城北“五十余里，有瓠庐河，上置玉门关”又怎么讲？李正宇先生解释说，瓜州城北40里是常乐山，折合唐代的里程还不足36里。这山中峰峦错落、山谷零乱，绝不见河道踪迹。瓤庐河怎么能横陈山中？这说明记述中有误。一是“五十余里”本来就是玄奘听他“人或报云”的，允许有不实。其中的数据就有比较大的误差。再说从“与少胡夜发，三更许到河”来看，原本是玄奘夜间偷越，行路必定是夜色降临之后，路途不熟，速度不可能很快，到12点的三更，也就是两三个小时，夜间行路也不过20余里。这样来推算行程24里也比较合情理。二是在古籍中“二”、“三”、“五”的字形相似，加上刻板印刷上的缺点，互讹的情况很多，很容易把“二”讹作“五”。所以，后人传写致误的可能性很大。在里程这一点上，笔者认为李先生的话有道理。《大慈恩寺三藏法师传》是玄奘西行印度，回国后离出行已经有18年，加之口述，由弟子撰写的。玄奘走了那么多的地方，时间过去又那么久，那时没有条件做精确的纪录，对一个地方的路程距离也不可能那么准确，况且弟子也有误写的情况。
踏实陂城说
这是瓜州县博物馆馆长李宏伟先生在劳干先生的基础上，提出的一个新观点。
两度认识汉玉门关
1978年4月的一天，敦煌以西的广袤戈壁上还没有一点回暖的感觉。在寒风料峭中，我在老师曲宗珊的带领下，同甘肃电视台馍高摄制组的同事一起驱车前往玉门关。这是一辆敦煌文物研究所仅有的旧北京吉普车。在常书鸿所长的亲自过问和关心下，安排我们到玉门关拍摄外景。
那时候，莫高窟洞窟前门可罗雀，长年少有外人问津。而前往玉门关的荒滩上更是沙海无际，渺无人烟，极少能有人涉足这里。我们只能沿着前人偶尔残留在沙丘里的车辙行进，有时也不得不盲目地根据判断前行。千百年来，一切都在变，唯独这荒漠及其壮阔、雄奇、苍凉丝毫没有变。窗外是无尽的梭梭柴、胳驼刺和混沌的沙海，满眼是枯燥的景致。穿越这里，就好像在穿越沧桑，穿越孤寂。100多公里的路程，我们足足跑了半天时间。约在中午时分，越过最后一道沙梁后，一座完整的古代城堡展现在我们眼前。“玉门关到了！”这是一座在大漠里屹立了2100多年的城堡，在风的长年侵蚀作用下，已经斑斑驳驳，镌刻下了岁月的痕迹，默默诉说着丝绸故道风云变幻的故事，显示出泱泱大国威严的嵯蛾气势。它俗称小方盘城，是一座方形的城堡，四面保存得较为完整，全用黄胶土夯筑。西北两端各有一门，因墙土剥落，好像是一土洞。据测，全城残存总面积_多平方米，城墙东西长有24.5米，南北宽26.4米，高约10米。墙基下宽约5米。据说上面还有1米多宽的走道。
出发前我曾查阅英国探险家斯坦因的记述：“在公元一世纪，古长城确实建过—道复城。由此靠商道边，有一座高度还在30英尺以上。虽然城墙上的土砖很结实，但外面基本剥落了，我们在里面没有找到什么东西。在离此一百码的地方有一小土丘，经过仔细发掘，可以看出这是一个十分重要的古代驿站，在此找到许多中文文书，文书证明，这就是汉代为了控制对外一切往来的——玉门关。”斯坦因正是在玉门关北面82米的这一土丘上，发，掘到了一枚竹简，上面写着“玉门都尉”。
2002年的夏天，我又一次陪同北京的客人83来到玉门关。我特地找到这个土丘，在土丘上仔细地端详。可惜这里已经被游人踏得没有了任何的踪迹，只是一堆略微高出地面的土堆而已。斯坦因自己还坦承“在玉门关的一个地窖里，找到了许多保存十分完好的木简，其中内容涉及到长城的军事部署、服役等等各方面详细情况，是考证长城历史的绝好资料”。
玉门关的西边和北边有大段的沼泽地带，一片汪洋的碱水滩中长满了芦草。由于长年的蒸发，这里水的盐碱度很大，芦草长得不高，没有其他地方的芦苇那样的清柔高大，脚踩到芦草根上，感到异常坚硬。这说明疏勒河的河水在浇灌瓜州和敦煌后，有一部分潜流到了这里。斯坦因当年也记载说：“下面不远的地方是古疏勒河，碧波荡漾地。据说这古疏勒河并不是天然河道，而是人工挖掘、加深加宽的。不知道是不是为了生活方便，古代建筑师才把关口放在疏勒河畔。同时它还可以作为一道天然防线抵御北方的匈奴。”
通过这两次的考察和拍摄，我学习到了不少历史知识，知道了玉门关随着历史的发展而不断变迁的过程。
车陷双塔湖畔
由于双塔水库与312国道有两公里的距离，没有顺路到达湖边，致使我们常常在车窗里遥望那海一般蔚蓝的湖面和一道道涌起的白色浪花。真正来到水边，那还是1997年夏日的一天。说实话，那时候孤陋寡闻，竟不知道在安西县还有个玉门关。
下午4点多，我们从敦煌出发’越过安西县，来到了小宛一带，准备到玉门镇过夜。。炙热的漠风和车里的热浪熏烤得人难以忍受。看到远处双塔水库那沁人肺腑的蓝色湖面时，全身都凉快絲。大家急切地盼望到湖边感受清凉。我们好不容易找到路面下的便道，向湖的方向驶去。湿润的水汽向我们袭来，那是湖泊所特有的气息在开阔的荒漠里，眼睛往往被距离欺骗。看起来就在眼前的湖面，真正要到它的跟前，不是那么容易，汽车绕来拐去，还是觉得离湖面很远。
已经没有路了，到离岸边约两百米的沼泽地带，只见清澈的水面，一眼望不到边。在阳光照射下，湖面上波光粼粼，水鸟翱翔。要在别的地方，也许这算不了什么，但在河西走廊乃至新疆荒漠地区，就不同了。在茫茫的荒漠里，降雨量少，蒸发量大，水源奇缺，植被稀少。能够蓦然在荒漠里看到如此碧波荡漾的湖泊，极其难得。由于疏勒河是一条季节性很强的河流，为了提高它的利用率，在1960年大跃进中建成了这座水库。它拦截蓄积了疏勒河上游的河水、泉水和雨水，灌溉着当时安西县下游4个乡和两个国营农场的20万亩土地。湖里的鱼很多，个头也很大。在水库旁边，有专门烹调鲤鱼的小饭馆。后来在双塔水库的西边干渠旁，还开辟了休闲度假村，这里浓荫蔽日，鸟语花香。人们在这里休闲娱乐。鱼池里养着活鱼，可以任意挑选，按要求做出各种风味的鱼来。
太阳快触到截山子的山头。该返回了。驱车几百米，忽然陷在了沙窝里，一其一动不动。车越发动，轮子险得越深。一阵功夫，半个轮子进到了沙子里。我们用手刨沙，用树枝垫在车轮下，终究没有一点效用。求人帮助吧，这里距离公路还有两公里远。挥手喊叫，根本没有人能看得见。打电话吧，这里没有信号。暮色将至，我有点急了。要是赶天黑之前出不去，问题就大了，老小几人，困在前距玉门镇六七十公里，后离安西县五六十公里的戈壁荒漠里，如何是好。后来，大家急中生智，发现车里的橡胶坐垫，还有可以用来铺垫的东西一齐铺垫到前轮下，以增加摩擦力。然后共同用力推车，经过几十分钟，终于将汽车推出了沙窝。我们再也不敢贸然行驶，顺着原来的车辙，提心吊胆地驶出沼泽地带，回到了国道上。