同治六年（1867年），清廷派左宗棠为陕甘总督并督办陕甘军务，镇压当地的捻军和回民起义。同治八年（1869年）十二月，回民起义军击毙左宗棠爱将刘松山，一路南下。慈禧太后急命李鸿章入陕督办军务。左宗棠与李鸿章有隙，不愿让他插手，便指使手下奏报陕西“匪患”已经肃清，则李不必西来。李鸿章也不想自讨没趣，因此派刘铭传前往。左宗棠对此也深表不满，不愿刘铭传插手其中。刘铭传自然对左宗棠的阻挠也不满，此时又接到慈禧太后命令他随时密报左宗棠军情的密旨，因而对左宗棠上奏不实之处予以揭露。左宗棠得知内情，与刘铭传交恶。后来刘铭传到台湾督办军务时，左宗棠进行了报复。
1870年年底，刘铭传率领铭军进入陕西，协助左宗棠率领的湘军镇压回民起义。但是，不巧的是，刘铭传这时候患了严重的头风病，病发时头若刀割疼痛难忍。为此刘铭传向清政府请假，请求回乡养病3个月。1871年10月，清廷批准了他的请求。但是，令所有人都没有想到的是，他到家后不久，驻扎在陕西的铭军突然发生哗变，几天内逃亡溃散殆尽。朝廷闻此，大怒，要治刘铭传的罪，下旨把他革职处分。后来虽然经直隶总督李鸿章等从中斡旋，刘铭传又得以官复原职，但是清政府以他的病未愈为由，长期不起用他。
在派系林立的晚清官场，互相排挤与掣肘的事实在是司空见惯，即使像左宗棠、翁同龢、刘铭传这样的晚晴名臣也不能避免。刘铭传大概是厌倦了官场中的相互倾轧、尔虞我诈，加上确实有病在身，遂提出休假回乡静养。清廷此时也来了个顺水推舟，使刘铭传的假期从3个月“延长”到13年。由此，刘铭传开始了长达13年的赋闲在家的生活，直至中法战争爆发。
赋闲在家的刘铭传备受冷落，他也适应了这种退隐恬淡悠闲的生活。不过树欲静而风不止，19世纪70年代的中国，边疆危机四起。西方列强的侵略，打乱了刘铭传幽静恬淡的退隐生活。这一时期，西方列强开始了第二次工业革命，工业革命使得西方列强对外政府的能力和要求更加强烈，西方国家掀起了争夺殖民地的浪潮。在这个世界性浪潮中，处在世界东方的中国以及周边邻国就像一块大的肥肉，成为西方列强竞相争夺的主要目标。
首先，俄国侵略中国新疆，1871年沙皇俄国派兵侵占了新疆伊犁等9座城池，中俄关系紧张，中国西北边疆出现严重危机。接着日美两国勾结，日本在美国支持下，于1874年派兵3000人侵略我国台湾地区，虽然未能如愿，但是清王朝的属国琉球被日本吞并。1876年日本迫使清王朝的属国朝鲜签订了不平等的《江华条约》。1875年，英国侵略缅甸，并北上入侵我国云南地区，制造了“马嘉里事件”，并于次年迫使清政府签订了不平等的《中英烟台条约》（又称为《芝罘条约》）。法国也在19世纪70年代疯狂地向越南北部扩张，企图逐步吞并整个越南，并侵略中国西南边疆。这样，西方资本主义列强的侵略扩张的魔爪已从四面八方伸向古老而衰弱的中国，中国边疆出现了严重的危机。然而这个时候的清王朝仍然没有太大的振作，虽然兴起洋务运动，但是极力控制在封建制度的狭隘框架之下，古老中国的进步真是举步维艰，很多人仍然还做着天朝上国的美梦。
赋闲在家的刘铭传，面对如此严峻的边疆危机与民族危难，真是寝食难安、坐卧不宁。他虽然退隐在家，但仍然心系国家与民族，乡居期间他把早年镇压太平军、捻军时的文书一把火烧掉，埋头博览群书，尤其注重有关西方科技文化的书籍，他阅读了大量的西方书籍和报刊的中文译本，对当时的中国局势与世界形势有着较为深刻的把握。严峻的边疆危机和国家危难激起了他强烈的爱国之情。面对如此严重的国家危难与民族危难，赋闲在家的他每每想到老之将至而不能为朝廷效力、保家卫国，就很是苦闷，“谋国已苍元老鬓，荷戈渐白少年头”是他当时心情的真实写照。
借酒消愁愁更愁，每逢酒酣之时，刘铭传更是感叹于国家危难与个人抱负。这期间，为了排忧解闷，刘铭传经常游历江南、结交文人名士，他经常与徐润、薛福成、陈宝箴等具有改良思想的知识分子商讨国家与民族的现状与出路以求国家富强。事到伤心处，他拍案惊呼：“中国不变法、罢科举，火六部例案，速开西校，译西书以厉人才，不出十年，事不可为矣”，这种直率深邃的见解在当时是不多的。
1880年，清政府以沙俄侵占伊犁，并对中国进行武力威胁为由，召刘铭传入京征询对策，并准备必要时派他统兵对俄作战。刘铭传借这个机会，呈上思虑已久的《筹造铁路自强折》。他认为：铁路不仅利于漕务、赈务、商务等各行各业，而且可以迅速提高清军的机动能力，使18省合为一气，一兵可抵十数兵之用。可惜这一正确建议未被以慈禧太后为首的清廷采纳，刘铭传还是不能施展抱负，依旧返归故里“疗疾”。但是，尽管如此，通过与改良名士和洋务高手的交流，刘铭传的思想大大开阔；西方思想的熏陶也使他改变了以往隐退淡泊的处世态度，开始了探索国家富强的道路。