刘铭传是一位有着战略眼光的改革家，经过他的经营，台湾省的近代化初具规模。不过，他的改革是在当时已经腐烂透顶的清政府支配下进行的，在其推行过程中，遇到了来自各方面的种种阻力。1889年7月，反对刘铭传改革的朝廷守旧势力借刘铭传请示将基隆煤矿承包给英国的奏折发难，以刘铭传“让利洋人”的罪名弹劾他。
不过，在朝廷内部洋务派醇亲王奕等人的保举下，刘铭传又在2年内连升几级，这就更加引起了刘铭传敌对势力的嫉妒和不满。1891年奕□死后，刘铭传在朝廷中失去了有力支持，在奕□去世仅半个多月后，刘铭传即被革去台湾巡抚职务。1891年6月，刘铭传离开台湾，怀着对这片土地的深情，回到了他的家乡。
刘铭传并没有忘记台湾，这是他为之魂牵梦绕的地方。他告老还乡后，虽然过着比较安逸的生活，不过他始终关心着台湾的局势。1894年朝鲜爆发东学党起义，日本借机挑衅，中日战端一触即发。由于刘铭传抚台期间与日本人长时间打交道，所以很多大臣纷纷上书请求重新起用刘铭传督办朝鲜军务。但由于翁同龢与李鸿章有矛盾等原因，最终没有实现。
刘铭传可能复出督办军务的消息被英美报纸报道后，日本报纸迅速转载，引起了日本政府和军界的高度恐慌。当日本军方知道清朝不会起用刘铭传的消息后，日本议院的议员们欢呼雀跃，他们拍手道：“只要刘铭传不出山，我国出兵中国就没什么顾虑的了。”
刘铭传最终没有等到朝廷起用他的圣旨，却等来了清军在前线节节败退的消息。翁同龢等与刘铭传有矛盾的官员自始至终没有让刘铭传奔赴朝鲜前线。清政府败于日本签订《马关条约》后，台湾被割让给日本。刘铭传惊闻噩耗后，整日沉默寡言，他的家人发现他曾有一段时间整日不在家中，而是站在花园面向南方，不停地哭泣。没过几天，精神一向不错的刘铭传变得老态龙钟、精神萎靡，接着就是大口吐血。刘铭传经常在梦中大喊着台湾和阿里山，声音颤抖、语调悲凉。家里人以台湾人民仍在英勇抗日安慰他。不过，当听闻台湾义军抗日失败，台湾最终落入日寇之手后，刘铭传病情迅速恶化，于1896年1月12日凌晨一点，含恨去世，享年60岁。
纵观刘铭传抚台的6年间，正是中华民族处于危亡而奋起抗争的时期，也是台湾人民保家卫国、建设祖国宝岛台湾的重要时期。台湾海峡两岸同为炎黄子孙，多少中华民族的英雄儿女为保卫祖国的领土完整洒下了汗水和鲜血。刘铭传是他们中间的一位杰出代表，是中华民族英雄儿女的一员。他以民族利益为重，怀着一颗对祖国的赤诚之心，与台湾人民一道，为保卫祖国的神圣领土、为建设台湾四处运筹，呕心沥血。他为台湾的政治管理、经济开发和文化发展做出了许多有益的工作，政绩十分卓著。著名学者连横曾指出：“台湾300年间，吏才不少，而能立长治之事者，只有两人，一是陈参军永华，一是刘巡抚铭传，是皆有大勋劳于国家者。”刘铭传开发和建设台湾的业绩，对祖国统一所做的贡献，值得我们永远怀念。