磨盘山之战后，虽然李定国兵败无力再战，永历帝逃往缅甸，云南基本平定。但这股势力的存在仍为清王朝之患。云、贵土司众多，这些土司世代承袭统治地方。他们对新王朝的统治并不甘心情愿，蠢蠢欲动。而云、贵地处偏远，山水阻隔，往来发兵，运送粮饷十分不便，鉴于此，顺治皇帝采纳了洪承畴的建议，命吴三桂镇守云南，授予他总管云南兵民事务和所属文武官吏任免的大权，诏谕：“文武官员贤否，甄别举劾，民间利弊，因革兴除，及兵部钱粮，一切事物俱暂著该蕃总管，奏请施行，内外各衙门不得掣肘。”康熙元年（1662年）正月，因吴三桂捉获南明永历帝之功，晋爵亲王。后又将贵州也归其统辖。吴三桂成为独霸云、贵的西南之王。
当时，藩屏边陲的还有镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信，时称“三藩”。三藩之中以吴三桂的辖区最大、势力最强。
就吴三桂方面说来，在南明政权尚未消灭之前，他与清政府命运相连，必须拼死作战。但在云贵底定之后，他便做起了“世镇云南”的美梦，并处心积虑地要把云南变为自己的割据领地。况且，清廷为了加强对边疆省份的统治，已开始向云贵地区派驻行政官员，要求吴三桂裁减军队。清朝的这些措施，是为了休养生息，是符合社会需要和民众意愿的。但是，由于十几年来吴三桂政治、军事势力的迅速增长，清朝的这些措施却触犯到吴三桂本人的利益。
为了保持自己的势力，延续世代称王的美梦，他开始暗中积蓄力量。
吴三桂首先是不断扩大军事力量。顺治十七年（1660年）定三藩兵制，吴三桂藩属53佐领，每佐领有甲士200人，共1万多人；以5个壮丁抽1甲计，共有壮丁5万余。53佐领分左右两都统，统将都是忠于吴三桂的死党。同年七月，吴三桂又奏请增设绿营兵忠勇5营、义勇5营，共10营，每营1200人，计12000人。绿营兵都是招降原属李自成、张献忠的农民起义军。这些兵将，都是身经百战的骁勇之士，战斗力最强。每营设一总兵统领。十月，吴三桂又奏请设云南援剿四镇总兵官，以四川、湖广本任之统兵大员担任。这样又在云、贵两省之外安插了亲信，借以扩大军事力量。吴三桂又借口为征剿方便，使云、贵两省的督抚都归他节制，消除辖区内对他制约的力量，高度集权于一身。
吴三桂为了寻找保持并扩充军队数额的借口，不断发动战事。吴三桂的老上司西南五省经略大学士洪承畴离滇返京时，吴三桂曾向他请教永固之策，洪承畴点拨道：“如若永固滇黔，不可使滇中一日无事”。吴三桂把他视金玉之言。在平定云南之后，顺治十七年（1660年），部臣奏计：云南省俸饷，岁九百余万，除召还满兵，议裁绿营兵五分之二。吴三桂以边疆未靖为辞，拒不裁军。为此，他多次奏请出兵缅甸，于顺治十八年（1661年）缚献永历帝；接着在康熙二年（1663年）又出兵广西，攻剿广西的陇纳山蛮；康熙三年（1664年），又出兵贵州，平定水西、乌撒两土司。吴三桂不断寻找战事，以武功震耀于朝廷，加固自己的根基。康熙四年（1665年）他虽被迫裁减绿营兵5000人，但裁减的全是老弱。在裁军的同时，他又采取“按地征粮，按粮征兵”的办法，在建制外大征“猓猓”人为兵。这些被称为猓猓的苗、彝族士兵，不仅善于驱象作战，而且所投标枪百发百中，竟成为吴军中的劲兵。名为裁军，实际上是增加了精锐。吴三桂经过二十余年的征战，从辽东至冀、晋、川、陕、黔、滇，四方精兵猛将多归其部下。
为了增强军队的战斗力，吴三桂大量购买军马和加强军事训练。云南战马奇缺，四川的马力弱难以临阵。吴三桂便利用他旧日的亲信部将陕西提督王辅臣的关系，由西北购入号称“勇健”的战马，每年购买3000匹。他非常重视军事训练，常常亲自上练兵场参加骑射。还在军中推行一种特殊的练兵方法：悬铁甲为靶，箭中甲穿，加罪于制甲人；镞曲，甲不透，加罪于制箭人；箭中而镞套卡在甲内，镞不曲，甲不穿，制甲、制箭的人均赏。他还在诸将子弟中选拔出聪明颖悟、有勇力的人，加以特殊的训练培养，不仅让他们练武，而且还要学习兵法。派专人讲授，以备将帅之选。正由于如此，吴三桂的军队成为国内最强大的一支军事力量。
其次是网罗死党。吴三桂把选拔所部文武官员的权力抓在自己手中。使朝廷允许他用人吏、兵二部不得掣肘，用财产部不得稽迟，其所除授号曰“西选”。每任官以藩府龙凤下批咨部，曰：“某为某地守令，某为某部参将、游击。”如果这些官缺，吏部、兵部已经选定，也要撤回，而用吴三桂所选。吴三桂不仅操纵云南文武官员的选拔，有时还把手伸向他省，所以当时有“西选之官遍天下”之称。
吴三桂还大力招揽四方宾客、诸将子弟，对平素有才望的人物，“百计罗致，令投身藩下，蓄为私人”。为了把所属官员变成自己的私党，吴三桂不惜以卑劣的手段重金收买。凡新任的官员，官职在知县以上的，都要在三天后拜谒王府。吴三桂装出极为和蔼可亲、平易近人的样子，亲自接见，询问家世、履历等。如果此人一旦以相貌伟岸或才品卓越被他看中，便由他的女婿胡国柱出面诱其卖身。其身价银多者数万，少则百余，视其才能为等差。那些官员或企图投靠，或惧怕其势力，不敢不从。应允者只要在一卖身文书上签字画押即可。楚雄知府冯延就是这样投在吴三桂的门下的。他的卖身契约写道：“楚雄知府冯某，本籍浙江临海县人，今同母某氏卖到西平王藩下，当日得身价银一万七千两”，后面署“媒人胡国柱”。这些卖身的官员，不仅是吴三桂的下属官员，还是他的私人工具，任其驱使。
再次是敛集财富，增强经济实力。吴三桂一是向中央大量索取银两，每年多达900万两。顺治十七年（1661年），户部奏称：云南“需用粮饷甚多，以至各省鞔输，困苦至极。合计天下正赋，止八百七十五万余两。而云南一省需银九百余万两，竭天下之正赋，不足供一省之用”；二是自行盘剥。吴三桂不仅把明朝贵族沐氏田庄700顷霸为“藩庄”，还大量圈占民田，把耕种这些土地的各族农民变成吴三桂的官佃户，派专人管理。这些管庄人员恶如豺狼，恢复明末各种苛重的租税和徭役，残酷地奴役和剥削各族农民，为吴三桂敛财聚富。吴三桂在云南重征关市商税，垄断盐井、金矿、铜山诸利，并且大放高利贷，以责重息。还扩大对外省的贸易。派官员采购辽东的人参、四川的黄连、附子等贵重药材，转运贩卖。又与西藏达赖喇嘛互市茶、马于北胜州（今云南省永胜县）。通过各种形式的贸易，牟取暴利；三是武力抢掠。吴三桂多年转战各地，特别是在征剿云、贵土司的战争中，抢掠了大量的财物。这些几代世袭土司，独霸一方，世代积累，财富颇丰。他们发动的战乱被平定后，不仅他们的家产，就连参加叛乱的普通平民的家产，全被抢掠一空。吴三桂经过多年的横征暴敛、肆意盘剥和抢掠，集聚了大量的财物，“富甲天下”，成为日后叛乱的经济条件。
最后是在京中广置耳目。吴三桂的长子吴应熊在京中为驸马，身居高位，消息灵通。吴三桂又把自己多年的心腹、亲家翁胡心水派往北京，帮助吴应熊。胡心水在京挥金如土，笼络各方官员，上下左右无不相得。朝中无论大事小情，旦夕飞报，无所不知。
狡诈多端的吴三桂，为了掩饰自己的野心，在积极进行各方面的准备的同时，巧施韬晦之计。他大肆修建园亭，多买歌童舞女，装作贪恋声色、胸无大志的样子。他不仅占据了昆明西北郊五华山上的原沐氏府邸，又在康熙四年（1665年）命人将方圆数十里的菜海子（翠湖）填平一半，另修了一座新的王府。新王府壮丽宽阔，“红亭碧沼，曲折依泉，杰阁丰堂，参差因岫，冠以巍阙，缭以雕墙，袤广数十里”。接着吴三桂又用了3年的时间，在府左建造了一座安福园。奇花异木，运自两粤，奇巧的玩器购自八闽，管弦锦绮、书画取自三吴。又购买吴地少女40人，歌舞弹唱。整日与幕僚名士徜徉其间。兴起之时，又自奏琴笛，伴歌女演唱。
吴三桂尽管千方百计地掩饰，但纸总是包不住火的。对于他的不臣之心，朝廷有所察觉。顺治十七年（1660年）十一月，御史杨素蕴曾上疏弹劾吴三桂。疏中直言指出：“自古忠邪之分，其初莫不起于一念之敬肆。该藩扬历有年，虽未必别有深心，但应防微杜渐。一切威福大权都应禀命朝廷，只有这样才能君恩臣谊两相得。”不久，庆阳知府傅宏烈也上疏，弹劾吴三桂种种不法之状，并且一针见血地指出吴三桂必有异志。朝廷虽然处分了这两个弹劾者，但对吴三桂也日加警惕，开始逐渐削弱吴三桂的权势，限制其不法行为。
康熙二年（1663年）清廷收缴了吴三桂的大将军印。按清制规定，大将军权势颇重，都是临时差遣，事毕即解除职务，将印交回。可是吴三桂驻镇云南数载，竟拒不缴。清廷畏吴三桂势大，只好派大臣找吴三桂的儿子吴应熊说道：“他日永历在缅，边地多事，所以予你父以将印，重其事权。今天下大定，为何还不早日交回？”吴应熊将朝廷之意转达其父，吴三桂不得已交回将印，但内心怏怏不乐。康熙四年（1665年）使云南裁绿营兵五千余。康熙六年（1667年）令吴三桂裁减云南兵饷，“省额饷百余万”。接着朝廷又派内大臣吴丹为钦差大臣，前往云南对吴三桂的练兵进行“嘉奖”，实际上则是观察动向，检查兵力。吴三桂采纳胡国柱之策，将精壮之士尽行藏匿，只令一些老弱之兵出来参加检阅。虽然蒙蔽了吴丹，但吴三桂心中再也不能平静了。
康熙六年（1667年）五月，在钦差大臣吴丹离滇不久，吴三桂以目疾奏请辞云、贵两省事务。这本是对朝廷的要挟。但清廷明知其意，却顺水推舟，表示为了照顾他的健康，特准他的请求。决定将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督府管理，“其大小文官，亦照各省例，由吏部题授。”收回了他总管云、贵两省的行政大权。吴三桂见弄巧成拙，立刻煽动他的部属们上疏，以“不任三桂，恐边衅日滋”为理由，请命吴三桂仍然总管云、贵事务。朝廷不准，并且又规定藩王部属不准任督抚。从此，吴三桂与朝廷的矛盾日益尖锐。
康熙六年（1667年），康熙皇帝亲政。康熙八年（1669年）六月，康熙智擒权臣鳌拜，全面掌握了朝政大权。年轻的康熙皇帝，是一位很有见识和胆略的英明君主。他见“三藩”势力强大，专横跋扈，已渐成尾大不掉之势。鉴于前代藩镇割据之祸，他决意撤藩，加强中央集权。为此，他加紧进行准备工作：整顿财政，筹措经费；扩编佐领，加强训练，提高八旗兵的战斗力；采取缓和民族矛盾与阶级矛盾的措施，以争取民心。对因弹劾吴三桂而获罪的傅宏烈、郝浴等人减刑并表示同情与关怀。大约在康熙十年（1671年）前后，明朝遗臣查如龙，煽动吴三桂反叛朝廷。他向吴三桂上血书说：“王，华人也，当年之事出于不得已，今天下之机杼在王，王若出兵以临中原，天下响应，此千古一时也。”此事泄露，查如龙被押赴京师处死。从此朝廷对吴三桂的怀疑更深。撤藩之势已成，只待有利时机。
康熙十二年（1673年）三月，平南王尚可喜上疏请求归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。康熙皇帝见撤藩时机已到，下诏同意他告老还乡，并要尚之信一同回籍。留所属两营绿营官兵，由广东提督管辖，镇守广州府。
尚可喜的撤藩，对吴三桂和耿精忠的震动很大，各不自安。为了试探朝廷对他们的态度，也都上疏请求撤藩。撤藩事关国家安危，因而在议政王大臣会议上，发生了激烈的争论。最后康熙皇帝认为：“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利。特别是吴三桂，蓄异志已久，不早撤除，必将养痈成患。今撤也反，不撤也反，不如乘现在的有利时机先发制人”，遂下令同撤三藩，并且雷厉风行地执行。
康熙皇帝手诏谕吴三桂：“自古帝王平定天下，都是依赖师武臣力，待到海宇平定，必振旅班师，休息士卒。使封疆重臣，优游颐养，世代封赏，恩宠固若山河。王一向极其忠贞，竭心尽力，镇守嵌疆，释朕南顾之忧，功莫大焉！但念王年齿已高，师徒暴露，久住荒远，眷怀良切。今因地方平定，故允王所请。王率所属官兵北来，朕甚欣慰关注。所有安插事宜，都已命有司安排妥当，王到之日即有宁宇，无以为念。”十月间钦差大臣礼部侍郎哲尔肯、掌院学士傅达礼和兵部车驾司郎中王新命等人奉命到达云南，处理撤藩诸事。
吴三桂再一次错误地估计了形势。他以为朝廷不敢对他撤藩，上疏申请撤藩，只是为了解除朝廷对他的怀疑。他万万没有想到，朝廷不但不优诏慰留，而且还派人催他立即动迁。因此，决定以武力反抗朝廷。他认为滇中形势南扼黔粤，西控秦陇；财用富饶，兵甲坚利；治军严整，号令肃严，屯守攻战之宜，无不悉备。将士乐为之用，民心也翕然归附，各强藩雄镇，也都与他有着密切的联系，只要他振臂一呼，便可四方响应。康熙皇帝仅是个20岁的青年，完全不是他这戎马一生、身经百战的王爷的对手。抑或是不能一统天下，也足可以据半壁江山。
对于吴三桂的反叛朝廷，他的部将们也起了重要的促进作用。特别是他的好友谋士方光琛和女婿胡国柱，早在康熙六年（1667年）吴三桂被解除两省事务时，就挑拨他与朝廷的关系，说道：“朝廷已经疑忌亲王，王应当以自全为计。”吴三桂虽然没有表示可否，但从此加紧练士马、利器械，以备“不测”。如今皇上已经下令撤藩，吴三桂的部将和属吏们个个怨恨不已。他们与吴三桂在一起二三十年，已经变成了一荣俱荣、一损俱损的整体。他们失去了吴三桂的庇护，就意味着失去官爵、富贵。吴三桂拥兵称帝，他们便是公卿王侯。因此，纷纷怂恿吴三桂举事。
方光琛最先煽动说：“王要想不失富贵，便举大事。否则一旦居于笼中，那就要任人烹饪了！”骁将马宝特意从边镇赶回昆明，直言造反。胡国柱则制造流言：“河南、湖广，沿路尽置刀斧手，埋伏地雷，专等王一过，便尽杀无遗。”吴三桂虽有长子、长孙在京的后顾之忧，但他像一个顷刻间就要输得倾家荡产的赌徒一样，已经红了眼，铁了心，顾不上那许多了。
吴三桂一面热情地迎接钦差大臣，满口应承撤迁；一面加紧进行谋反的准备。他派人与耿精忠、尚之信联系，同时封闭了所有道路、要隘，只准进入不准出人，严密封锁消息。
吴三桂原答应于十一月二十四日撤迁，但到了十一月十五日还没有一点要撤迁的样子。三位钦差和云南巡抚朱国治只好登门拜访，询问消息。吴三桂摆宴盛情款待，但席间却绝口不谈撤迁一事。朱国治忍不住试探地问道：“三位钦差大人等候已久，王若无意撤迁，可请三位大人回京复旨！”方才还笑容可掬的吴三桂，闻言顿时大怒，指着朱国治骂道：“你这贪污小奴，云南本是我用血挣来的，你敢不容我住吗？”钦差傅达礼忙进行劝解：“请王息怒，此事与朱巡抚无关。”遂告辞而出。事情已经完全明朗了，吴三桂不想交出他用血挣来的云南。他蓄谋已久的反叛，已经不可阻挡。
清王朝对吴三桂的恩宠之深，天下人无不知晓。突然背叛，实在是举师无名。在万般无奈的情况下，只好以“复明”相号召。
吴三桂把众将召集到一起，说道：“请问诸君，今日你们能得居此土，以有其家，以享富贵，是谁赐予的？”众将齐声答道：“托殿下之福！”
吴三桂摇头道：“不对！你们今日的富贵，全是先朝余荫。想当初我受先朝的厚恩，待罪东陲。时值闯贼构乱，召卫师，计不能两全，乃乞师本朝，以报吾父大仇。继而平滇蜀而得栖息于此。这不是先朝的恩德吗？故君的陵寝在这里，如今我们要北归而去，怎能不辞而别呢？”于是，吴三桂择吉日率大队人马来到昆明城郊的篦子坡，悼念那被他勒死的永历帝。
吴三桂剪掉了头上的辫子，全副明臣装束，在永历帝的荒丘前失声恸哭，号叫：“君父之仇，不共戴天。”那些不愿离开云南的官兵，也随之哭号，哭声震天。吴三桂一时间煽起了官兵思念旧朝的激情。
条件成熟了。十一月二十一日，吴三桂杀掉了不肯从叛的巡抚朱国治，拘押了哲尔肯、傅达礼、王新命3名钦差大臣，不顾生灵涂炭、国家分裂，扯起了反叛清王朝的大旗。