随着蒋总裁的一声令下，台湾就成了国民党的收容所。可是蒋总裁宁愿就这样两手空空的逃去台湾吗？答案是否定的！因为他老人家还惦记着故宫博物院里的那些国宝呢！
对于故宫博物院里的那些国宝，蒋总裁自是不甘心留给共产党，俗话说，先下手为强，蒋总裁就把这一招耍的极为漂亮。
1948年11月10日晚，国民政府行政院长翁文灏以故宫博物院理事长身份，紧急召集朱家骅、王世杰、杭立武、傅斯年、李济、徐森玉等故宫和中博两院理事在官邸举行谈话会，决定先把当年运往伦敦展览的精品文物500箱运往台湾，同时将中央研究院史语所、中央博物院筹备处、中央图书馆等机构的主要文物、图书一并运往台湾，并由朱家骅向蒋总裁呈报，争取海军派军舰押运。很快，故宫博物院南京分院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所、外交部档案室等五机关联合组成统一机构，将所藏的珍贵文物、图书和历史档案、外交档卷等装箱运往台湾。本次迁运，由教育部次长、故宫博物院理事会秘书、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥。待一切准备就绪，蒋总裁亲自特批，让海军司令部派来“中鼎”号运输舰与一个排的官兵协助装运。该船共装运五家机构运来的古物、标本、仪器、历史档案、外交文书等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。1948年12月20日，满载国之重宝的“中鼎”号军舰拔锚起程，由上海进入激流汹涌的台湾海峡，向陌生、神秘的基隆港驶去。军舰在大海里颠簸了一个星期，直到27日才到达基隆港。
这是国民党往台湾运送的第一批文物。当时的局势已经非常不稳定，很多人都在等待机会能搭船去台湾避难。据说国民党海军部的人员听说“中鼎舰”要开往基隆的时候，纷纷带了家眷和行李，赶到码头准备搭便船。一时间，船上挤满了人，熙熙攘攘。这样一来，文物的安全就要大打折扣了。负责人杭立武一瞧这逃难的人都如同疯了一般，自然是没有什么好的办法来解决这样的混乱，只好找了“海军司令”桂永清出面，桂永清只得告诉众人还有其他的船只专门运载家属，一番连哄带吓的劝说后，这才算是平息了开船前的混乱。
由于前方战事吃紧，海军一时无船可派，所以第二批运输珍物包租了一艘招商局的海沪轮，这艘船船舱较大，仅史语所的古物、资料就装载了934箱。1949年1月6日海沪轮拔锚起航，仅三天就到达了基隆。
第三批是海军部派来的一艘“昆仑”号运输舰，到了第三批文物要运走的时候，已经是1949年1月底，对于国民党官员来说，此时的逃命变得比两个月前紧迫多了。所以等这次负责运载的“昆仑号”军舰一开到，海军部的人员眷属拖儿带女呼呼隆隆地便拥向了船舱抢占起了座位。文物箱运上去的时候，只能与这些人混在一起。负责人杭立武仍旧是拿这些家眷没辙，只得把这个难题又甩给了桂永清。结果等桂永清来的时候，船上的人都苦苦的哀求了起来，希望能帮帮忙，给一条生路。看到这情景，负责劝说的“总司令”也都落了泪，毕竟这都是自己部下的家眷，他还真是狠不下这个心。无奈之下他只得少考虑文物，搭载上这些家眷起航了。不过正是这些人员占据了船的空间，使得一部分文物装不下，从而留在了内地。
该舰自1949年1月29日开出，直到2月22日才抵达基隆港。至此，五家机构共4286箱古物、资料、珍贵图书、档案等全部运完，无一件损坏。故宫博物院南京分院运去的珍贵文物就多达2972箱，这批文物后来存放于台北故宫博物院。而史语所仅“内阁大库”档案就多达311914卷（册），其中明代档案3000多卷（件）。
文物运到台湾之后，由于无处存放，便租借了台中市的糖厂仓库，趁着不是制糖季节暂且存放，其保管条件十分恶劣。到1950年4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，文物才得以迁入新库。直到1965年11月12日，台北故宫博物院正式开幕，这些国宝才有了适当的保存和展览环境。
运往台湾的5000箱文物、档案，都是文物专家翁文灏等人挑选过的精品。诸如被视作台北故宫博物院镇馆之宝的毛公鼎、王羲之《快雪时晴帖》、玉雕精品“翠玉白菜”、“肉形石”、宋代汝窑瓷器、《清院本清明上河图》等。
另外，台北故宫拥有国宝中的精品瑰宝。当时运抵台湾的文物共有2，972箱，总计608，985件册。其中清宫档案、善本书籍等图书文献计有567，891件册，器物书画合计63，150件，加上后来征集的文物，至2008年8月底，总计收藏655，713件藏品。
在台北故宫博物院收藏的珍品中，有甲骨2万多片，该院收藏的甲骨数量列世界甲骨收藏机构的第二位；瓷器2万多件，包括原始陶器到明清瓷器，该院的中国古代瓷器是全世界各博物馆中最精、最多的；铜器1万多件，包括历代钱币，其中有商周到春秋战国时期的青铜器4300多件，如商代蟠龙纹盘、兽面纹壶、西周毛公鼎、战国牺尊等；玉器5万多件，其中有著名的新石器时代的玉璧、玉圭、玉璜以及闻名海内外的清代玉雕“翠玉白菜”、“避邪雕刻”、“三镶玉如意”等；书画真迹近1万件，其中有从唐至清历代名家的代表作，如三希堂法帖之一王羲之的《快雪时晴帖》、黄公望的《富春山居图》后部长卷、怀素的《自叙帖》、颜真卿的《刘中使帖》、苏东坡的《寒食帖》等；善本古籍有近2万册，包括中国仅有四部的《四库全书》中较完整的一部；明清档案文献近40万件，其中有清朝历代皇帝硃批奏折、军机处档案、清史馆档、实录、起居注等，以及世界罕见的满文老档40巨册。
藏品中还有铜器6044件，瓷器25423件，玉器12104件，漆器707件，珐琅器2510件，雕刻651件，文具2379件，钱币6953件，杂项12347件，织品138件，绘画5287件，法书3046件，丝绣306件，成扇1651件，善本书籍198459册，清宫档案文献386729册件，满蒙藏文文献11501件，拓片895件。
以上总计677609件册，是台北故宫博物院到2009年11月底全院的典藏量。
数十年来，台北故宫博物院共收藏、展出1000多年来宋至清历朝皇帝推祟艺术、广事收集的稀世珍品70万件，这是一般博物馆（院）的收藏都不能比的。价值连城的极品更是数以千计，如铜器中的西周毛公鼎、散氏盘；玉器中的翠玉白菜、辟邪雕刻（六朝古墓出土）；书法中的王羲之《快雪时晴帖》；颜真卿、宋徽宗（赵佶）书法手迹；画卷中唐至清历代名家的代表作；瓷器中的宋、明、清名窑名家亲制品，官窑制御用艺瓷等，还有大量为目前有关当局秘而不宣的国宝级文物。
说到这里，就不得不提台北故宫博物院的几件镇院之宝。这几件宝贝世间罕有，也算是台北故宫博物院的招牌了。
（1）毛公鼎。毛公鼎之所以著称于世，在于它有32行497字的铭文，号称是青铜器的天下第一铭文。它是西周晚期周宣王时的器物，有50多公斤重，大口圆腹，腹呈半球状，口沿上有两只高大的耳朵，腹下三只兽蹄形足。鼎是周宣王时期大臣毛公因为感激周王恩德而做的。腹里的铭文，是一篇完整的“册命”，记述了周宣王对毛公的任命和勉励。宣王不但勉励毛公不要怠惰、不要壅塞民意、不要鱼肉鳏寡，而且宣布了委以毛公管理周天子家事和内外大事的重任。如此古老而完整的文献，郭沫若先生称它抵得上一篇《尚书》，价值自然连城。
毛公鼎于1850年在陕西岐山出土，辗转落入陕西古董商苏亿年之手，后由著名金石学家陈介祺用重金买下，并深藏于密室。后辗转至大收藏家叶恭绰手中。抗战胜利前后叶家因无力承担家族生活开支，靠变卖文物度日，毛公鼎被上海商人陈咏仁买下，并在1946年捐献给当时的南京政府，随着国民党的文物盗运到了台湾。
（2）《快雪时晴帖》。《快雪时晴帖》是古代大书法家王羲之的行书四行帖，全帖28字，是王书典型的代表，字字气势强雄，笔法飘逸，乾隆皇帝赞誉这是“二十八骊珠”。后人一般把这幅帖与王洵的《伯远帖》、王献之的《中秋帖》同称“三希”。现在此“一希”存在台北故宫博物院，另“二希”则归属北京故宫博物院。
其实“三希”差点就都落脚在台湾。《快雪时晴帖》是清查皇宫物品时从末代皇帝溥仪的行李中找出的，原本归北平故宫博物院。1933年随着文物南迁到了南京。而《伯远帖》、《中秋帖》原是溥仪的庶母瑾太妃所有，后来卖给了袁世凯手下的“陶务总监督”郭葆昌。1935年，郭葆昌在家中请庄尚严（后来成为台北故宫博物院副院长）鉴赏，并宣称自己死后捐献时就交由庄氏办理。等到1949年，他的儿子郭昭俊果真带着《中秋帖》、《伯远帖》去了台湾，见到庄尚严后旧事重提，本想“半卖半送”，结果当时台湾经济状况不好，当局压根就不予拨款，气得郭昭俊只得带着《中秋帖》、《伯远帖》又回到了大陆。后来又以35万港元将《中秋帖》、《伯远帖》卖到了北京故宫博物院。就这样，“三希”就在不同的故宫博物院里分家了。
（3）翠玉白菜。翠玉白菜原本陈列于清末瑾妃所居住的北京永和宫，是清代艺人巧妙地运用一块一半灰白、一半翠绿的灰玉雕成，把绿色的部位雕成菜叶，白色的雕成菜帮，菜叶自然反卷，筋脉分明，上面攀爬两只红色小息的螽斯虫。这棵白菜和真白菜一样大，好像用指甲掐一下就会出水一样，增添了活意，令人叹服。在当时，白菜还象征家世清白，螽斯虫则有子孙绵延之意，可以说这是件别有含义的文物。
（4）肉形石。与翠玉白菜齐名的还有一块几乎乱真的“红烧肉”，雕刻之细，形象之逼真，世上少有。这块“红烧肉”学名叫做肉形石，与翠玉白菜是人气最旺的两大文物，因此二者经常摆在一块供参观者欣赏。此件肉形石乍看之下，极像是一块令人垂涎三尺、肥瘦相间的“东坡肉”，其实它是一块玛瑙石。玛瑙类矿物在大自然中，由于经过漫长岁月的累积，在不同的时间点，杂质影响乃至生成的颜色不同，呈现一层一层不同的色泽。制作此件肉形石的工匠，将原来质感丰富的石材加工琢磨，并将表面的石皮染色，做成了这件肉皮、肥肉、瘦肉层次分明，毛孔和肌理都逼真展现的作品。
（5）汝瓷。宋代青瓷中质地最好也是最为罕见的是汝窑瓷（汝窑在河南省汝州市），它以细腻的胎体、精巧的片纹和浅蓝、天蓝与淡青釉的虹彩而闻名，现存于世的仅67件，其中台北故宫博物院就有23件（另外北京故宫有17件，上海博物院有8件，英国大维德爵士基金会有7件）。瓶底烧印有“丰华”2字的一只铜梯形的青蓝色瓷瓶尤其名贵，是南宋皇帝宋高宗的贵妃刘夫人的宫中之物。
（6）甲骨文。中国最古老的文字甲骨文从1928年在安阳小屯发现后，当时掘得50000多片，台北故宫博物院就有25000多片，占了一半之数，上边主要记载商代晚期武丁、祖辛、祖甲、廪辛、庚丁等5个帝王占卜时的刻辞等。这些宝贵文物大部分原来都在北京故宫博物院。20世纪30年代日寇对中国虎视眈眈，为了保护其安全，先迁至南京，后来又从南京送至四川，抗战胜利后又由四川迁回南京，直到1948年国民党撤退时一同迁到台湾。由于藏品数量巨大，每一类都可举办10个以上的特展。经常展出的约有8000件，其他的则3个月至半年作一次更换。据说，一个人要想把这些甲骨文全部看完，需要将近30年的时间。
（7）白瓷婴儿枕。瓷枕在唐朝时，一般可见到的有三彩、褐釉、黑釉、长沙铜官窑等釉色，而造型则有睡枕及脉枕等。到了宋朝，瓷枕造型更是多样化，特别是陪葬用者，器型增大、样式与纹饰都以含有寓意者为取。台北故宫博物院的这件白瓷婴儿枕造型活泼可爱，健康儿穿着衫裤及套上有花纹的锦缎长背心（北京故宫博物院亦有一件造型相同，但背心则素无花纹），趴在锦垫上，双脚往后交叉，一副悠哉状，令人疼爱。此枕以前、后模压制而成，再以刀剔刻脸部五官及衣着线条，使其表情更生动明确。器底平整，左右挖有二小圆洞，这是为避免烧造时因密闭的器内，空气热涨而爆裂。釉牙白略带灰。定窑在烧造时因以煤炭为燃料，窑内为氧化焰气氛而使釉色泛黄略带灰。在器底有几处流釉现象，此即文人们所形容的“泪痕”。此件器底刻有乾隆癸已三十八年（公元1773年）春之御题诗款。
（8）象牙球雕。它堪称世上绝品，直径不足一尺的象牙球被镂空，里面的球层层可以转动，你甚至无法知晓内中被镂出多少个、多少层可以转动的象牙球来。桃核微雕也是奇迹，方寸桃核被雕刻成小船，船舷有门窗，里面隐约见人，还在上面刻了全篇的《前赤壁赋》，令人叹为观止。据说，这样的精品一个人一辈子也就能做成一件，多是坐井而刻，凝神静气，目力与意念统一于心，运行于手，一件旷世之作完成后，人的目力或人自己也就废掉了。
台北故宫博物院70万件藏品堪称中国文化艺术之宝库，北京故宫博物院超过了100万件的珍藏同样无人匹敌。当时挑选国宝去台湾的学者认为金石是最重要的，鼎是国家的象征，所以拿走了2382件青铜器；文人重视书画，书画本身也好运载，能拿的尽可能拿，共拿走了5424件。其中仅宋画即达943幅，宋元山水画系列可构成台湾故宫博物院的极品特展。中国有君子佩玉之说，故玉器也拿走不少。陶瓷只拿走了一部分，计17934件，但却集中了北京故宫博物院各瓷器陈列室与敬事房的精品，可谓名窑毕备。著名的三希堂帖，北京故宫博物院藏有“三希”中的“二希”，而台北藏有其中的“一希”。郭熙的《早春图》，现今也在台北。而中国历代只有清王朝留下来的龙袍，当时的学者认为清朝的东西价值不大，便没有拿，所以台北故宫博物院至今连一件龙袍都没有。