西汉末年的政治混乱，已足以引发大规模的社会动荡，再加上几次可怕的自然灾害，其影响之大，超过了人力和物力所能控制程度。当时因黄河决口、改道而导致华北平原的经济萧条，并由此引发的人口大迁移，就是新莽政权迅速垮台的重要因素。
黄河水患历来困扰西汉政府已久，由于当时社会资源的有限，因而始终无法杜绝这种自然力量的巨大破坏。黄河就像一条不羁的巨龙，肆虐在华北大平原上。早在汉成帝建始四年，河水在馆陶和东郡的金堤决口，泛滥兖、豫二州，淹没平原、千乘、济南等四郡三十二县，水位最深之处达到三丈，十五万顷土地被淹没，房屋毁坏四万余所。两年之后，河水又在平原郡决口，灌入济南、千乘等地，当地百姓损失巨大。鸿嘉四年，河水又于勃海、清河、信都等地泛滥，三十一县遭受水灾，又有四万余所房屋倒塌。
在公元1世纪最初的几年里，河水再次决口，淹没了华北平原南部的大片土地。就在王莽称帝的第三年（公元11年），黄河两岸的几个郡发生蝗灾，同时河水在魏郡决口，淹没清河以东数郡，河水也脱离了原有的北河道，改由新的河道流向大海。
持续不断的严重水害给华北地区带来了致命的灾难。土地的淹没，房屋的倾塌，饥荒的蔓延，大批流民的向南迁移，在无序的大逃难中不可避免的瘟疫、死亡，因为求生而引起的掠劫、杀戮，一同汇成了动乱的前奏。这些灾难最初在河北和山东等地出现，继而向南蔓延，终于引发了全国性的暴动和反叛，动摇了王莽政权的根基。
天凤四年（公元17年），荆州地区遭受了严重的灾荒，蝗旱交加，田野成为赤地，大批农民涌入野泽，掘取草根充饥。新市县人王匡、王凤在忍无可忍的情况下，组织了数百民众，举起了造反的大旗。各地闻风而动，南阳的马武，颍川的王常、成丹等英雄豪杰纷纷赶来投奔。他们起兵攻占了新市附近的离乡聚，夺取了一部分粮食财物，随后进入当阳县东北的绿林山（今湖北大洪山）中。
绿林山方圆百里，山林茂盛，主峰为悬钩峰，山多钟乳，滴沥不断，水源充足，是理想的休兵之地。四方的饥民络绎不绝地进入山中，参加起义，短短数月，队伍就发展到七八千人。这时，南郡的张霸、江夏的羊牧等人也起兵响应，各有一万多人马，兵锋盛锐，声势浩大。
地皇二年（公元21年），荆州牧发兵二万讨伐绿林军，绿林军主帅王匡亲自领兵迎战，两军在江夏郡云杜县（今湖北京山县）展开激战。在农民军凌厉的攻势下，州牧的部队溃不成军，数千人被杀，官兵仓皇北逃。马武挥兵掩杀，尽获辎重，州牧仅以身免，他的坐骑也被杀死。
云杜大捷之后，绿林军乘胜攻拔竟陵，转战于云杜、安陆等地，随后又返回绿林山。这时，各地投奔的民众蜂拥而至，绿林军超过了五万人，州郡的官军已不敢轻易与绿林军交锋。
天有不测风云。翌年，一场瘟疫席卷了绿林山区，绿林军将士半数染疾而死，形势急转直下。绿林军将领经过研究，决定分兵撤离绿林山，另谋生路。部队出山之后兵分二路：王常、成丹一部西入南郡（今湖北江陵一带），称下江兵；王匡、王凤、马武等率部北上南阳，称新市兵。
这年七月，新市兵主力对南阳郡的随县发起攻击，平林人陈牧、廖湛举兵响应，众达千人，称平林兵。刘秀的族兄刘玄也加入了平林军，被任命为安集掾，负责安集军众，他就是后来昙花一现的更始帝。
天凤五年，青徐地区以赤眉为标志的饥民集团也开始了大规模的起义。
琅琊人樊崇首先率领百余豪杰在莒县（今山东莒县）揭竿而起，在太山郡不断壮大。当时青徐大饥，百姓离开故土，四处流亡，老弱死于道路，青壮男子纷纷加入义军。樊崇以勇猛闻名，各地的流民武装都投奔到他的旗下，一年之间部众便达一万多人。东海人徐宣、谢禄、杨音等人也分别起兵，聚集数万人，与樊崇的部队会合在一起。强缨在手，樊崇准备大干一番。
在莒县东北处的姑幕，起义军与王莽探汤侯田况率领的部队相遇。士气高涨的起义军投入了全部兵力，势不可挡，一举击溃田况的部队，歼敌万余人，取得了首战的胜利。起义军又北入青州，一路扫荡，随后回师太山，驻兵于东海郡的南城。
起义军的战士绝大部分是社会底层的农民，缺少文化，质朴粗厚；起义军既没有旌旗、文书和正规的军事号令，也没有协同作战的军事谋略，“以困穷为寇，无攻城徇地之计”。由于大批流民的涌入，建立一定的军事组织已成为当务之急；而农民的天然素质，又决定了义军组织形式的落后和简陋。缺乏政治经验的义军首领以乡村社会普遍存在的乡官组织为蓝本，建立了自己的军事组织：首领称三老，地位最尊，次为从事，再次为卒史，彼此互称臣人，以口头命令作为约束。又简单约定：杀人者死，伤人者偿创。考虑到战场上互相辨认的需要，农民军将士都用赤色颜料染红眉毛，从此号为赤眉军。
地皇三年四月，王莽命令太师王匡（与绿林军首领王匡同名）、将军廉丹率领十万大军东讨赤眉。官军首先在东平郡的无盐县击溃农民军，大肆屠杀，斩首多达一万余人。太师王匡引兵深入，在无盐县的成昌（今山东东平县）与赤眉军主力相遇。
农民军早已得知无盐的腥风血雨，深知生死之战就在眼前。他们虽无韬略，兵器简陋，然而意志坚决，军容严整。两军交战之后，农民军殊死拼搏，战斗十分惨烈。经过激战，起义军掌握了战场主动，在廉丹的援兵到达之前击溃了太师王匡的部队。
廉丹深知退兵也是死路一条，背水一战或可求生，他派人把自己的官印、符节都交给正在撤退的太师王匡，并转告他：“小儿可走，吾不可！”随后廉丹孤注一掷，率部与农民军进行了最后的较量。农民军群情激奋，大举掩杀，又把官兵杀得大败，廉丹阵亡，官兵全军覆没。
成昌之战使赤眉军声威大振，各地的流民武装纷纷加入赤眉军，起义军兵容更盛。不久，赤眉军又转战于楚、沛、汝南、颍川、陈留等地，在攻占鲁城之后，又挥师濮阳。
在河南、山东风起云涌之际，河北也爆发了声势浩大的武装起义，群辈蜂起，杀掠官吏，势不可挡。其中最有影响的是城头子路率领的流民武装，在河济一带活动，众达二十余万。另有铜马、大彤、高湖、重连、铁胫、大枪、尤来、上江、青犊、五校、檀乡、五幡、五楼、富平、获索等部，小部有万人，大部有十余万人，总兵力达数十万众。这些武装或以山川土地为名，或以军容相盛为号。比较出名的农民军将领，有铜马的东山荒、大彤的樊重、大枪的重异、尤来的樊崇、五校的高扈、檀乡的董次仲、五楼的张文、富平的徐少、获索的古师郎等人。各部农民军纵横出击，使整个冀州脱离了王莽政权的控制，成为战火纷飞的沸腾之地。
然而河北农民军首领的军事指挥能力相对较差，他们既无长远目标，又无军事谋略，在战术上也只会采用硬拼硬闯的简单打法；各部农民军独立作战，因而无法组织大规模的战役；其活动区域也相当狭小，更没有建立稳固的根据地。与其他地区以强宗大族为背景、具有正规军事组织、联兵交结、越州跨郡的重兵集团相比，河北农民军经常处于弱势而难以持久，无法避免被击败、瓦解和分化的命运。
群雄逐鹿，终有高才者独占风流。自古以来，没有一支农民军能取得最终的胜利。历史把目光转向了荆州的卧虎之地——南阳。这里居住的大批皇室成员和士族豪强将择机而动，他们的政治目标会吸引越来越多的支持者，各方盲目的动乱都将汇入这一反叛王莽、光复汉室的巨流。刘秀凭借他的血统应运而起，天下择枝而栖的英雄们将向他靠拢。
各地爆发的人民起义，同时向王莽政权喷射出猛烈的火焰。时代为刘秀的军事政治活动提供了一个广阔的社会舞台。