薛福成在曾国藩的幕府中经受了整整七年的锻炼，增长了见识，开阔了视野，也积累了丰富的从政经验。
同治十二年（1872年）三月十二日，曾国藩在南京病死。在发丧期间，薛福成便帮他的长子曾纪泽料理了丧事。到六月下旬，当薛福成在长江岸边送走曾氏的丧舟后，面对滔滔的江水，瞻望未来的前途，他不禁有点怅然若失。此时，他因擅长文笔，在官场中已有了一点名声。直隶总督李鸿章曾特地写信给他和钱应溥，请他们代写陈述曾国藩“忠勋事实”的奏疏。特别是山东巡抚丁宝桢，对他分外赏识，半年前曾向朝廷密保，说他“纯粹果确，志趣超迈，在知府中极为杰出”，如简任山东巡海道府要缺，必能不负任使。然而此时的他毕竟资历尚浅，也没有显示出过人的才学，所以还没有得到朝廷大员更多的重视。在幕僚星散之后，他这个没有实缺的候补同知，只得怏怏失意地走出两江总督的衙门。
这时候的薛福成，已有35岁，同7年前在宝应投军时那个未经世面的青年相比，如今他老成、干练多了。不过，由于受曾国藩等人的影响，他思想上的封建色彩也有所增加。这年春天，他在写给幕府同僚、带领首批留学生出洋赴美的陈兰彬的临别赠言中，一方面极力提倡向西方学习先进的科学技术，另一方面又强调“秉礼守义、三纲五常”是中国的所长，中国的封建政治制度远远胜过西方。他的宗旨是向“饕利朋淫腥膻”的西方学习自强之术，以便捍卫礼义昌盛的中国传统制度。这种观点，完全符合曾国藩等人所宣扬的洋务思想。
不久，薛福成到了苏州，在苏州书局任职。自古说“上有天堂，下有苏杭”。苏州景色秀丽，有很多名胜古迹。长日多暇，薛福成就常常结伴去游览沧浪亭、南禅寺等著名的风景胜地。然而，像过去一样，他没有沉迷于山水，而是身在江湖，心忧天下，一直关注着这个“人间天堂”及其周围地区的政风民情。在游玩的这些日子里，他看到苏州等江南著名的繁华之区如今已十室九空，百物昂贵；小民奔走拮据，艰于生计；农民终年辛劳，尚难自给，偶遇水旱，流移、饥赢之苦便不可殚述。他又了解到，四川的官吏们把这个有“天府之国”之称的富饶之地视作敛财之源，将肆意挥霍浪费的开支加派在田亩的赋税之上，这种“津贴”的数额，已超过国家正赋的十倍。他还获悉，在不久前改道山东的黄河已频频决口，西北数省的水土流失也非常厉害，严重的水患正在对百姓的生命财产造成越来越大的威胁……全国各地疮痍满目，人民生活困苦不堪，这种种情形，不能不使他满怀忧虑。
更使薛福成焦虑的，则是当时日益严重的边疆危机。短短几年中，列强张牙舞爪，正在加紧侵占中国的本土和邻邦。沙俄东割黑龙江以北，西侵伊犁地区，在东、西、北三面绵亘2万里的边疆上伺机而动；法国正蚕食着越南，已占领了越南南方，即将拆除护卫云南和广西的藩篱；英国从印度侵削缅甸，窥伺着云南的西境；连日本这个蕞尔岛国，也一度入侵台湾，并又企图侵略朝鲜。中国的疆圉如此漫长，却又处处与强盗为邻，就像厝火积薪，势已不可终日。为此，薛福成忧心如焚，不禁惊呼：“呜呼，中国不图自强，何以善其后！”
薛福成觉得，在这剧变的时代，即使古代圣人复出，也不能不讲究变革、注重洋务。可是直到如今，朝廷却仍旧一味因循守旧，“政事非成例不能行”，“人才非资格不能进”；士大夫们还是在八股、试帖、小楷上耗费时日，“所习非所用，所用非所习”，一听到有人讲求洋务，便大惊小怪，以为是狂人狂言。这样“拘挛粉饰，靡有所届”，外国日强，中国日弱，一二十年后，就更不堪设想了。面对这些状况，他觉得有如骨鲠在喉，不能不吐。然而按照封建王朝的体制，“不在其位，不谋其政”，像他这样的知州“微员”，没有向朝廷上书言事的资格，要是自说自话地去大发议论，很可能会被斥责成不安本分的狂徒，甚至会受到革职查办的处分。因此，他也只能按成例办事，把满腔愤激强压心头，耐心地等候合适的时机。
自然，在苏州书局的这段日子里，薛福成也并非无所事事。他代人写墓表、家传，与人合刻曾国藩的书稿，并撰写有关继续批评科举制度和如何治理黄河水患、兴修西北水利等方面的文章。除此以外，他还写了大批借古喻今、暗砭时弊的史论。
在《海瑞论》中，他反复称颂海忠介“以鲠直事君，以果敢任事”的“刚气劲节”，在《叶向高论》中，他力图论证这位晚明的贤相隐忍不发，和客魏阉党虚与委蛇，是为了“潜移默夺”，以便挽救大局。
特别惹人注目的是十多篇关于《汉书》的札记和当时就以“鹅湖逸士”名义发表于上海的文艺刊物《瀛寰琐记》上的《狐仙谈历代丽人》，以及《汉宫老婢》等笔记故事。这十多篇札记在学术上颇有独到之处。例如，根据史书记载，汉惠帝娶了赵王张敖的女儿为皇后，而张敖之妻就是惠帝的姐姐鲁元公主。这样，历代有不少著名的学者都认为，惠帝作为舅父娶了嫡亲的外甥女，“渎伦蔑礼”，行同禽兽。薛福成便从分析惠帝姐弟的年龄着手，指出鲁元公主仅比惠帝年长几岁，而且嫁给张敖的时间也不是很长，不可能有可以同她弟弟生育子女的女儿。因此，惠帝的张皇后必定是张敖前妻之女。薛福成多少有意将同治皇后比作张皇后，而同治皇帝的命运也确实像汉惠帝——1874年年底，他在年仅19岁时便少年夭亡了。师法吕太后的西太后出自继续专权的需要，就改变祖宗家法，让醇亲王的儿子、同治帝的堂弟载湉承嗣咸丰帝。这个只有四岁、听任西太后摆布的小傀儡，即是光绪皇帝。
第二年即光绪元年春，按官场的规定，是候补同知薛福成赴部引见之时。从江南前往北京，中途必然要经过山东济南。这时，山东巡抚仍是丁宝桢。此时，薛福保在当丁宝桢的幕僚，薛福辰也在几年前调到山东当差，不久前因两次治理黄河有功，已升任为济东泰武临道。在这儿，薛福成从邸报上读到了朝廷颁发的最新的一系列谕旨。有些谕旨只是重弹些陈词滥调，薛福成浏览一下后就丢在一旁，可是当他拿起上年十二月的一份邸钞时，他的目光就立刻凝视在这一些字句上：“博采谠言，用资治理”，“内外大小臣工”，“竭诚抒悃，共济时艰。”白纸黑字，写得分明，两宫太后为了在这帝位更替的非常时期中稳定大清王朝的统治，决定要广开言路了。
读到这份懿旨，薛福成大为振奋。多年的夙愿将可以变为现实，他可以用“应诏陈言”的名义，畅开胸臆，一吐为快了。他立刻挥笔疾书，把自己为补救时弊、变通旧法的对策，概括成“治平六策”和“海防密议十条”，洋洋洒洒地写下了一万余言。书成之后，他就请对他们弟兄都十分赏识的丁宝桢代为上奏。
薛福成提出的“治平六策”为《养贤才》《肃吏治》《恤民隐》《筹漕运》《练军实》和《裕财用》，主要内容是整顿内政。在这些对策中，开特科、停捐例、裁绿营等办法，是十来年间他向曾国藩等督抚大员一再提议过的，所不同的是，此番他把它们直接呈递到最高封建统治者的面前。此外，根据近些年来的观察、研究，他又提出了一系列新的建议。他指出，京官不像外省官那样有朝廷发给的养廉银作为补贴，生活十分清苦，都极盼外放。因此，应该给京官增加养廉银，以便改变这种重外轻内的局面。他指出，四川人民承担着种种沉重的赋税，生活非常困苦，所以应该在四川剔除“津贴”一类的厉民苛政，在全国普减厘金，特别是要将百姓日常生活所必需的布、帛、粟、米等商品的厘金全部免除，以便“大慰民望”。他又指出，按照吏部定例，州县官在前后任交接时，必须迅速将官府的钱粮交结清楚。然而近些年来，州县官肆意挪用公款，已十有八九不作交结。因此，应该向他们重申平时不得巧立名目、报销公款，离任时必须在限期内交结的旧例，否则就参革不贷。这样，便可减少官库钱粮的亏折，使国家财用充裕。他还指出，加强海防是慎筹门户之计，巩固塞防是培护根本之计，反驳了当时重海防、轻塞防，甚至不惜把新疆丢给沙俄的荒谬见解。为了培护根本，就应该加紧训练精锐的骑兵，这样，“北可固边塞之防，西可备新疆之用”，得益非浅显。
在“治平六策”中，不乏精辟的内容，然而正如薛福成自己所说的那样，它们毕竟是“史册经见”，或是早有大臣营办成功的老办法。使当时的人们耳目一新的，则是“海防密议十条”。这十条密议讲的是洋务，是效法西方的“自强之道”。它们的题目是：《择交宜审》、《储才宜豫》、《制器宜精》、《造船宜讲》、《商情宜恤》、《茶政宜理》、《开矿宜筹》、《水师宜练》、《铁甲船宜购》和《条约诸书宜颁发州县》。归纳起来，十条密议主要有以下五方面的内容：