1958年夏收时节，为了在台风到来之前，把丰收的夏粮抢收回来，福州市的机关干部和部队指战员浩浩荡荡开赴农村第一线，帮助农民抢收。省委第一书记叶飞亲临市郊督战。省委突然派人通知他，火速回福州作战室接北京来的保密电话。叶飞急忙赶回去，直奔军区作战室。接过电话听筒，里面传来总参谋部作战部部长王尚荣的声音，他传达总参的命令：“叶飞同志，中央决定炮击金门，指定要你负责指挥。”
叶飞好像没有听明白，感到纳闷：因为当时福州军区新任司令员韩先楚已接任自己的工作，自己虽然仍兼军区第一政委，但工作重点已转向地方了，这样一个重大军事行动，为何不由军区司令员指挥而由自己来指挥呢？于是他追问道：
“到底是不是中央决定要我指挥的？”
王尚荣回答非常肯定：“是，是中央决定的！”
“是不是毛主席的决定？”
“刘培善同志就在我身边，你可以问问他。”王尚荣说着，把电话听筒交给刘培善，福州军区副政委刘培善说：“一点不错，叶政委，是毛泽东决定要你指挥的！”
“韩先楚司令员现在北京，应该由他指挥呀。”
“那你就不用问了，这件事中央已经决定了。”
叶飞停顿了一下，说：“既然这样，那好，我接受命令来指挥。”
事关重大，迟疑不得。叶飞接受任务后，立即召开省委会议，安排工作。决定由江一真代替叶飞主持省委工作。立即组织前线指挥所，军区副司令员张翼翔和副政委刘培善协助叶飞工作，张兼前线指挥所参谋长。第二天，叶带张、刘由福州乘车奔赴前线，7月19日到达厦门，很快投入炮击前的准备工作，24日前完成了一切作战部署，就等中央下令。
7月27日，叶飞收到用电报转来的毛泽东致彭德怀、黄克诚的信。毛泽东的指示精神是“暂时不打”。叶飞接此电报后，立即找张翼翔、刘培善商议，觉得“暂时不打”确有好处，一是因为连续半个月的暴雨和台风，冲毁了43座桥梁，公路、铁路塌方严重，部队运转困难；二是在前期准备中，部队冒雨昼夜作业，极度疲劳，需要休整一下。三是前线力量还嫌不足，特别是空军进入福建前线的转场任务尚未完成，海军入闽部队也在调动中。所有这些，都表明推迟炮击时间较为有利。叶飞当即复电：推迟炮击时间，准备工作可以更充分。
这样，又有了一个月的准备时间。
这期间，空军以逐步推进的方式转场入闽。由于福建的几个机场已抢修完毕，第一批转场部队于7月27日顺利进驻莲城、汕头机场，尔后逐步向漳州及沿海机场推进，至8月13日进驻龙田机场止，基本上完成了第一线转场任务。为了加强福建前线空战的指挥，原志愿军空军司令聂凤智奉调任福州军区空军司令员。在炮击金门之前，展开了空战。因为掌握不了制空权，地面炮兵就遭空袭。在空战中，人民空军击落国民党空军飞机50多架，自己损失飞机20来架，其中有2架是被美制“响尾蛇”导弹击中的。最后，制空权被人民空军掌握，为炮击金门创造了条件。海军舰队和岸炮部队也进入了福建沿海，彭德清奉命来任厦门海军司令员。炮兵调来约三个师，还有一个坦克团。重炮加坦克夜间通过福州开往厦门时，沿途的群众无不欢欣鼓舞，说天天有警报、日日不得安宁的日子就要过去了。老百姓都在议论：看这架势，不但要解放金门，台湾也指日可待啦！
8月20日，毛泽东在北戴河几经斟酌，终于下了最后的决心：“立即炮击金门。”他对林彪、彭德怀谈及此事时说：“我们立即集中力量，对金门国民党军予以突然猛烈的打击，把它封锁起来。经过一段时间后，对方可能从金门、马祖撤兵，或困难很大还要挣扎，那时是否考虑登陆作战，视情况而定，走一步，看一步。”当天，他让王尚荣通知叶飞赶到北戴河汇报。
叶飞接到命令后，从空军部队调来一架运输机，起程往北飞。北方正下着大雨，天空有一大片雷区，飞机只好降落在开封，第二天上午再次起飞，于下午3时抵达北戴河。
7、8月的北戴河，是一年中的黄金季节。它南临渤海，北依燕山，东部鸽子窝、金山嘴奇峰呷角，怪石突起，拱桥矗立；西部为连绵起伏的东西联峰山，覆盖常绿针叶林和落叶林；南为剥蚀浅丘，山峦起伏，苍松翠柏；北为剥蚀平原，土地平旷，农田阡陌。总之这里山清水秀，郁郁葱葱，风景秀丽，气候宜人，犹如璀璨明珠镶嵌在渤海北岸中部，自古就为人们所瞩目，清光绪二十四年，北戴河海滨被辟为避暑区。毛泽东也喜爱这个地方，并赋有诗篇。
叶飞一到，毛泽东就向他详细询问了炮击金门的准备情况、炮兵的数量和部署以及实施突然猛袭的打法。会议室里，除毛泽东以外，还有彭德怀、林彪、王尚荣等人，地上铺开一张巨大的军用地图。毛泽东一面听着，一面看着地图。
汇报快完时，毛泽东突然问：“你用这么多的炮打，会不会把美国人打死呢？”谁都知道炮弹不长眼，炸起来可不分什么人。叶飞回答：“哎呀，那是打得到
的啊！主席。”
彭德怀插话说：“美国顾问一直配备到国民党部队的营一级。”彭德怀的意思是炮弹很容易伤及美国人。
于是人们都陷于沉思，一方面不太了解毛泽东的意图，一方面为不能避开美国人而伤脑筋。
好一阵，毛泽东才说：“能不能不打到美国人？”
谁都不好说。叶飞摇头：“主席，那无法避免。”
毛泽东没有再深谈下去，只是对叶飞说：“你也够辛苦的了，先到住处休息一下，养养精神。”
叶飞告退后，便回到住处。傍晚时分，叶飞正在思考该如何解决毛主席提出的问题，王尚荣拿着一张纸条找来了。他对叶飞说：“主席要你看看这个条子。”
条子是林彪写给毛泽东的，内容是：是否可以通过王炳南（此时正在华沙同美国进行大使级谈判）给美国人透露一点消息。
林彪是个很有点子的人。他想出这个两全之计，却忽略了一个事实：告诉美国人就等于告诉台湾方面，这样一来，突袭的效果就没有了。
叶飞问：“主席有没有什么交代？是否让我表态？”
王尚荣说：“没有，主席没有说什么，只让我拿给你看这条子。”
叶飞又仔细看了一遍纸条。
第二天，会议继续进行。
经过一夜的思考后，毛泽东的决心不再动摇，也没有采纳林彪的建议。他直截了当地说：“那好，照你们拟订的计划打！”
叶飞还记得纸条的事，拿眼睛看看林彪，林彪没说什么。叶飞又请示毛泽东：“主席，我马上发电回福州去。”
毛泽东同意，又对叶飞说：“你不必回福州了，就留下在北戴河指挥炮击，有什么事我们也好及时研究。”
“是，主席。”叶飞答应下来。
毛泽东又补充说：“你干脆与彭老总住在一起吧。”
毛泽东站起来的时候，表明一切已经布置停当。