孙中山满怀激情，百折不挠，力任艰巨，心胸宽广，毫无个人私欲杂念，全身闪射着一股浪漫的革命气质，但他的确算不上一位精明出色、富于权谋的战略家。他欲以其一心为公、满身正气以及大无畏的革命精神，与有着几千年封建专制积淀的权谋文化、官场哲学进行较量，无疑手持长矛与风车搏斗的堂·吉诃德。
其实，在内心深处，孙中山也深知彻底改革中国社会之艰难，这种艰难可能远甚于用武力推翻满清王朝与封建统治。当武昌起义进展迅速，全国各地很快响应，各省纷纷独立时，他曾不无忧虑地说道：“这回革命一起……太过迅速、容易，未曾见有若何牺牲及流血，更不知前仆后继之人及共和之价值，而满清遗留下之恶劣军阀、贪污官僚及土豪地痞等之势力依然潜伏，今日不能将此等余毒铲除，正所谓养痈成患，将来遗害民国之种种祸患未有穷期，所以正为此忧患者也。”
认识是一回事，而行动则又是一码事。作为一位有着丰富阅历与经验的仁人志士，孙中山既能深入其中，又能超乎其外地分析、审视中国社会，常能透过现象窥其内里，抓住实质。他深刻地认识到中国的事情只能慢慢来，急不得，改造得有一个过程，但他又是一个被人称为“孙大炮”的急性子，总希望革命能够毕其功于一役，恨不得中国转瞬间与英美比肩，甚至超乎其上，重现汉唐中华帝国之风采。急躁之时，不是被人利用，就是走向事情的反面，常令后人为之扼腕长叹。
孙中山身单力薄地仓促北上，作为闻名全国、享誉世界的反清第一斗士，很快就以十七省代表投票，共得十六票的结果，当选为中华民国南京临时政府的临时大总统，由非法、秘密、在野的中国同盟会革命党领袖，第一次公开亮相，正式登上中国近代政治舞台。他以一己之力，在任内尽可能地铲除封建余毒，如颁行《中华民国临时约法》，以国家法典的形式第一次宣布人民享有的各种自由权与政治权，废除行跪拜礼及“大人”、“老爷”等称呼，提倡男女平等，限期剪辫放足，禁止种族歧视、刑讯逼供、乱捕仇杀、贩卖人口、蓄养家奴、吸食鸦片等。
然而，孙中山北上组建临时政府，在深得广大民众欢迎的同时，却激起了长袖善舞的袁世凯的强烈反弹。南北正在议和，南京临时政府成立，无疑打碎了他逼退清帝、赞同共和、出任总统的美梦。于是，袁世凯马上改变态度，由赞成共和退为过去的拥护君主立宪，并作出武力南侵的姿态。
此时，身为临时大总统的孙中山所遭受的压力除了外部的袁世凯之外，还有来自内部的各种纷争。当他从海外归来时，纷纷谣传他带回大笔资金。当得知他“不名一钱也，所带回者，革命之精神耳”，各方人士不免大失所望。进入南京临时政府核心领导层的，只有黄兴、胡汉民等极少数同盟会员全力支持孙中山；反正的旧官僚与立宪党人根本就瞧不起孙中山，他们推选孙中山，只是利用他的声望稳定社会秩序而已，所以他们不可能大力支持他，有的还公开与他对着干；哪怕同盟会中的部分革命党人，也对孙中山阳奉阴违。临时政府没有经费，孙中山想借款或是发行债券，议案不是遭反对，就是被“看冷”不予合作，无法通过。孙中山主张北伐，“革命之目的不达，无和议之可言也。”其态度之坚决，真可谓斩钉截铁。然而，社会普遍厌战，大部分革命党人也希望南北议和逼清帝退位，如汪精卫就公开支持袁世凯出任民国大总统。孙中山要钱没钱，要人没人，事事掣肘，“政令不出南京，甚至出不了总统府”。同盟会老成员冯自由自海外归来，拜访临时大总统孙中山时祝贺道：“我辈夙昔志愿，竟成事实矣，何等痛快！”孙中山听了，真是有苦难言，不由得皱着眉头回道：“何来痛快？直苦恼耳！”
各种苦恼与压力积在一起，孙中山只有附和众议，向袁世凯伸出橄榄枝，多次公开表态：只要袁世凯赞同共和，清帝退位，他愿将临时大总统一职让出。
此后的结果众所周知，孙中山向南京临时政府参议院提请辞职，袁世凯以十七票的“满分”成绩（比孙中山还多了一票），全票当选为中华民国临时大总统。
其实，革命目的未达，旧社会势力未除，孙中山是极不愿意让出临时大总统之职的。而迫于无可奈何的现实，又不得不主动辞职，这将成为他心头一辈子永难弥合的伤痛。
辛亥革命后，两大事件激起了孙中山后半生的巨大转变，使得他不断向集权与左倾过渡：一是因“宋案”引发的“二次革命”，二是部下陈炯明的叛变。
袁世凯当选为民国正式大总统后，孙中山与他有过一段短暂的政治蜜月期。应袁世凯之邀，孙中山于1912年8月24日抵达北京，民国初年的两位伟人，似乎握手言和、开诚布公地坐在了一起。当晚的接风宴会刚一结束，袁世凯目送孙中山远去的背影，情不自禁地说道：“不图中山如此透亮！”而孙中山刚回府邸，便对人说道：“袁总统可与为善，绝无不忠民国之意，国民对袁总统，万不可存猜疑心，妄肆攻讦，使彼此诚意不孚，一事不可办，转至激迫袁总统为恶。”在北京期间，孙中山与袁世凯会晤十三次，谈话时间一般自下午四时至晚十时或十二时，有三四次更是谈至凌晨两点方告结束。内容涉及国政外交，两人相谈甚欢，大有相见恨晚之意。据有关资料记载，孙中山与袁世凯曾在两次宴会上高呼对方万岁，袁世凯所呼分别为“中山先生万岁”、“孙中山先生万岁”，孙中山回应的呼声分别为“袁大总统万岁”、“大总统万岁”。两人虽为一时激动所致，但显然不是在作秀，而是出乎内心的真情流露。
就孙中山当时的本意而言，他的确想告别革命，从事国家建设，并不再过问国民党党务，一切全部交由宋教仁负责。国家经济命脉在于交通运输，铁路又是交通运输的重中之重，因此，孙中山想从事全国铁路建设。他在一次宴席上说道：“让项城（袁世凯字）做总统十年，练兵百万，我经营铁路设计，把铁路线延长二十万里，民国即可富强。”袁世凯回道：“建设铁路，君自有把握；若练精兵，百万恐非易耳。”孙中山是一个浪漫的理想主义者，袁世凯则是一个干练的现实主义者，他由小站练兵起家，自然知道练兵不易，而他特授孙中山以“筹划全国铁路之全权”，并说“君自有把握”，要么是不知建设铁路之艰难，要么就是有意恭维孙中山。孙中山说他修筑二十万里（十万公里）铁路，就当时的条件而言，实难达此目标，不过他心中的宏伟蓝图而已。据统计，1949年中华人民共和国成立之前，全国七十年共修铁路二万公里；截止2005年底，全国铁路实际运营里程七万五千四百三十八公里。也就是说，直到今天，全国铁路也未达十万公里。
实际情形是，孙中山在上海组织了一个铁道协会，视察费用耗去百十万两，铁路却是一公里也未修成。
1913年2月，孙中山一行考察日本实业及解决经营铁路经费问题。3月20日晚，宋教仁被刺，正在长崎的孙中山获悉，立即中止活动，于23日启程回国。
孙中山的建设理想由此化为泡影，不得不回到过去，继续投身政治革命，发动讨伐袁世凯的“二次革命”。袁世凯则“看透孙、黄除捣乱外，别无本领。左是捣乱，右是捣乱……我即举兵伐之”。
“宋案”爆发，昔日互相欣赏、对呼万岁的两位巨人立时“翻脸”，成为不共戴天的一对死敌。
不到两个月时间，各地讨袁相继失利，独立省份纷纷宣布取消独立，南方残存的革命势力几乎被袁世凯全部摧垮。“二次革命”惨遭失败，死难革命党人一万多人，被通缉或捕杀的旅长以上武职人员及厅长以上文职人员不计其数。孙中山、黄兴、陈其美等革命党人纷纷逃难日本。
检讨、反思“二次革命”，孙中山将失败之由归咎于内部不团结，行动不统一，纪律涣散，革命党人不能听从他的意见与指挥。“癸丑之役，文主之最力，所以失败者，非袁氏兵力之强，实由党人心之涣散。”特别是对国民党第二号人物黄兴，孙中山更是责备多多，他每提一议，比如“宋案”爆发后孙中山主张以武力先发制人，要到日本借款，拟亲赴南京兴师讨袁等等，都遭到黄兴的极力反对。为使革命党恢复到同盟会时期的战斗精神，以进行“第三次革命”，孙中山决心严格整肃国民党。1914年春，革命党重要成员聚集日本东京，孙中山决定改弦更张，将国民党改组为中华革命党，于志愿加入者，必须亲书誓约，严肃宣誓，接受“附从孙先生，再举革命”，“永守此约，至死不渝，如有二心，甘受极刑”等条件，并加盖指模。《中华革命党党章》还以入党时间之先后，将党员分为“首义党员”、“协助党员”、“普通党员”等地位不同的三种党员，并以“元勋公民”、“有功公民”、“先进公民”区别对待，享受不同的权利。与此同时，又严格划分党员与非党员界限，规定非党员在革命时期不得有公民资格，造成党员与党员、党员与非党员之间的不平等，形成人为的党内隔阂与党群隔阂。
孙中山此种实行党权高度集中、党魁个人负责制的做法，将民主制度下的政党拉回到专制集权下的旧式会党，等同于混迹于江湖上的秘密会社，于一位长期追求民主与自由的领袖而言，无疑是一种严重倒退。
孙中山的做法遭到了黄兴等党内部分人士的强烈反对。其实，他们也并非从民主的角度提出异议，而是觉得宣誓、打手模之类的仪式有损人格尊严。
中华革命党成立后，在铁的纪律与管理下，革命党人深入各省联络讨袁，举行暴动，施行暗杀，策动兵变，虽令地方军政要员闻风丧胆，却没有获得一次成功，就连声势最大的上海“肇和之役”，在1915年12月5日起义当天，就惨遭失败。
尽管如此，孙中山对反袁依然充满必胜信心，哪怕片刻的灰心犹豫，也不曾有过。他在给美国友人的一封信中写道：“我深信不疑，我一定能比推翻满清更容易推翻袁氏政权，那一天为期不远。”
孙中山预言的“那一天”真的说来就来。袁世凯恢复帝制，在梁启超的策划下，蔡锷等人在云南率先发动护国起义，陷入四面楚歌的袁世凯在忧虑惶恐中病逝。讨袁护国成功，孙中山领导的中华革命党所起的作用，只是部分协助而已。当然，与其说袁世凯败于他人，不如说他败于自己。如果不是他本人昧于时势，倒行逆施，最终落得个众叛亲离的下场，无论孙中山怎样下力“发功”，恐怕也一时难以将他拉下“马”来。
袁世凯一死，一切问题似乎迎刃而解。孙中山马上下令“罢兵”，停止一切党务活动，解散革命党领导的军队，“当息纷争，事建设，以昭信义，固国本”。再造共和成功，孙中山念念不忘的，仍是建设之事。千头万绪之中，仍“以交通便利为第一要着”。
然而，孙中山是怎么也回不到国家建设之路上去了。此时的他，又犯了一个相当天真而自信的错误，以为只要袁世凯一倒台，共和就有了保障。殊不知袁世凯之死，也就意味着北洋凝聚力的失去，中国社会，将陷入各路军阀纷争不息的混战时期。孙中山没有留下一支以作维持共和之用的强有力军队，等到事件猝发，形势窘迫，也就悔之晚矣——精兵强将解散易，组织难。于是，促成孙中山后半生的另一巨变即已潜藏其中。
于南京临时政府起草的《临时约法》之后，袁世凯曾于民国三年（1914年）又公布过一个符合他个人利益的《新约法》。《新约法》规定总统有如君主，可以独揽一切大权，参政院不过总统的一个咨询机构，总统只要经过参政院同意，就可解散立法院。在国人心中，《临时约法》已成为民国象征，“拥护民元临时约法，即所以拥护民国。”鉴于袁世凯之后的北京执政府以《新约法》为准，孙中山不得不重举大旗，再次发动护法运动，维护辛亥革命带来的民主共和制。