阴阳五行学说是阴阳学说和五行学说之总称，它是我国古人用以认识和解释自然的一种宇宙观和方法论，是我国古代朴素的唯物论和自发的辩证法，阴阳五行学说渗透到中医学的各个领域，贯穿在中医学理论体系的多个方面，成为中医学独特理论体系的哲学基础和指导思想。
中医学根据阴阳学说，说明了以下几个问题。
1.说明人体的组织结构。人体是一个整体，可以用阴、阳两个范畴来加以概括和说明。一般而言，人体上部属阳，下部属阴，外侧属阳，内侧属阴，在体内则六腑属阳，五脏属阴，五脏之中，居于上部的心、肺属阳，居于下部的肝、肾属阴。具体到每一脏腑，又有阴阳之分，如心有心阴、心阳；肾有肾阴、肾阳等等。总之，人体上下，内外各组织结构之间，以及每一组织结构本身，不论关系如何复杂，均可用阴、阳概括说明。即所谓“人生有形，不离阴阳”。
2.说明人体的生理活动，人体在正常生理活动中，功能（阳）与物质（阴）之间，相互滋生，相互为用。生理功能以物质为基础，无阴精则元以产生阳气，而营养物质的化生，都必须依赖生理功能的活动，否则亦无从化生阴精，所以保持阴阳的相对平衡，才能保持人体的正常生理活动。正所谓“阴平阳秘，精神乃治”。
3.说明人体的病理变化。“阴平阳秘”，即人体与外界环境的整体统一和机体内在环境的平衡协调，是人体赖以生存的共性。这种平衡一旦遭到破坏，就会使阴阳任何一方出现偏盛或偏衰，“阳虚则外寒，阴虚则内热，阳盛则外热，阴盛则内寒”则人体的生理状态就转化为病理状态。
4.用于疾病的诊断。疾病发生、发展的根本原因是阴阳失调。
因此，任何病症，尽管临床表现千变万化，却都可以用“阴证”和“阳证”加以概括。正确的诊断，首先须分清阴阳，方能抓住疾病的本质，执简驭繁。如：“四诊”之望诊中，色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴；
闻诊中，声音洪亮者属阳，低微断续者属阴；切诊中，脉搏浮、速、大、浩、实者属阳，沉、迟、小、涩、虚者属阴。故而“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”
5.用于疾病的治疗。既然阴阳失调是导致各种疾病的内在基本因素，所以治疗的原则必然是从调整阴阳出发，补偏救弊，促使阴平阳秘，恢复阴阳的正常状态，正如《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”
6.用于指导预防。人体内部的阴阳变化如能保持与天地间阴阳变化协调一致，则可防病延年。春夏季节要善于保养阳气以为秋冬之用，秋冬季节要善于保养阴液以为春夏之用，乃防病摄生之根本。
一年之中，若能顺其四时，调其阴阳，可使人体健康，增强预防疾病的能力；反之，若不能区别四时，把握阳阴，便会导致疾病发生。
中医学根据五行学说，说明了这样几个问题。
1.说明脏腑的生理功能与相互关系。以五行属性来概括五脏的生理特征，用相生相克来说明脏腑的生理关系。肝喜条达，有疏泄之功能，而木有生发的特性，故以肝属木；心具温煦之作用，而火具阳热的特征，故以心属火；脾为生化之源，而土有生化万物之特征，故以脾属土，肺主肃降，而金有清肃、收敛之特性，故以肺属金；肾具主水、藏精之功能，而水有润下之特征，故以肾属水。肾（水）之精以养肝，胖（木）藏血以济心，心（火）之热以温牌，脾（土）化生水备精微以充肺，肺（金）清肃下行以助肾水，五脏因而相互滋生。肺气清肃下降，可以抑制肝木上亢；肝的条达可以疏泄脾土的壅郁；脾的运化可以制止肾水的泛滥；肾的滋润可以防止心火的炽烈，心的阳热可以制约肺金清肃太过，这即五脏相互制约的关系。
2.说明脏腑间的病理影响。一脏受病，可以传至他脏，他脏有病，也可能影响本脏。肝病可以传脾（木乘土），脾病也可传肝（土侮木），肝脾亦可同病（木郁土虚或土壅木郁）；肝病也可传心（母病传手）、传肺（木侮金）、传肾（子病传母）。肝病如此，其他脏器病变赤可这样，皆可用五行生克乘侮的道理说明它们之间在病理上的相互影响。
3.用于诊断和治疗。人体是一个有机整体，内脏功能活动及其相互关系的异常变化，必然反映到体表相应的组织器官，出现色泽、声音、形态、脉象等谙方面的异常变化。临床诊断时，可综合望、闻、问、切四诊所得到的材料，根据五行的所属及其生克乘侮的变化规律来推断病情。如：面呈青色，喜食酸味，脉见弦象，可诊断为肝病，面呈赤色，口吐苦，脉象洪，可诊断为心火亢盛，等等。疾病的发生发展，常与内脏生克关系异常有关，故而治疗之时，除对病变的本脏进行处理外，还应虑及其他有关的脏腑，并调整其关系，以达治疗之目的。具体方法有培土生金、壮水制火等等。
从产生时间来看，先有阴阳后有五行。然而在实际运用过程中，阴阳之中包括五行而五行之中又分阴阳，所以二者是一个整体。中医学的阴阳五行学说，贯穿于分析、研究、归纳、解释人体的生理活动和病理变化，指导临床诊断、治疗和预防的每一方面，不啻是中医学的指导思想和理论基石。