第一、中医人体脏器与解剖学不相符。几千年人体解剖的经验告诉我们，肝在腹部的右方，这是千真万确的。但中医却告诉我们：现代解剖学讲得不对，应该是“左肝右肺”。明朝大医学家朱溪丹曾有一治疗肝病的方子，名字就叫“左金丹”。更有甚者，中医里还有在解剖刀下根本就不存在的器官。比如说，中医认为人有六腑：大肠、小肠、胆、膀胱、胃、三焦。前面五项都可以从解剖学上证实，而最后一项三焦腑，不论是用CT、X光、彩超，还是剖开肚皮看一看，保证找不到三焦，在这些手段下它根本不存在。
第二、中医脏器间的联系与解剖学不相符。中医的各脏器是一张相互关联的大网，因此它的脏器功能比解剖学要大得多。例如，心与肾各有不同的功能，一个在上面，一个在下面，解剖学上没有发现它们有什么必然的联系，可中医偏偏说心肾相交，水火相济；肺与大肠，一个管呼吸，一个管消化，但中医却要说“肺与大肠相表里”，治疗便秘可用清肺的方法。
第三、中医的人体组织结构解剖学无法证实。在人体已有的组织结构中，中医与解剖学不对称，除此之外，中医还有解剖学无法证实的人体组织。例如，中医的经络遍布人的全身，主宰人体的生命状态，但这样一个重要的生命组织，在解剖学上硬是找不到，西方科学家曾花费了老大的气力，动用了各种仪器，也只证明了经络是存在的，最终也没有做到实证。
第四、中医的人体能量形式解剖学无法证明。解剖学证实，人体需要从饮食中获取能量，而且科学技术能够识别这些能量的化学形式，比如维生素、低浓度脂蛋白等等。而中医说人体需要精与气，可精与气并不是我们所知的任何东西，比如说气，它绝不是我们每时呼吸的空气，而是另外一种我们完全不知的能量形式，因而解剖学也没有办法确知它们的运作方式，也就是说“气”没有解剖学意义，它在解剖学上是不存在的。
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中医像类似违反解剖学之处比比皆是，从头到尾。“中医不是建立在实体解剖基础上的医学”，这是一个不争的客观事实，但正是这个事实却透着古怪，让人不可思议。中华民族有丰富的解剖经验，而为什么中医恰恰不是建立在实体解剖基础上的呢？传统研究就这个问题提出以下两种解释：
一是观察，从细致的观察中总结出了中医。这派学者认为，古人通过生活、生产活动，对生命现象进行了大规模的观察，大到天体运行、气候寒暑、地域方位高下对人体的影响，小到情志喜怒、饮食寒温、劳逸动静给人体带来的变化，这些都成为认识内脏气血活动机制、状态的信息，例如“藏象”中的象，就是通过长期观察生命活动外观的正反两个方面的征象，并与解剖脏腑相联系，再经整理、归纳，使之规范化而固定下来的。这种象的实质，是生命活动中的综合信息，很难与单一解剖内脏实测的生理功能相对应，从而使“藏象学”与西医生理学从形式到内涵均有显著差别。
观察导致中医的产生！这可能吗？
经络的源起一直是个谜，如果说古代人可以仅凭肉眼的观察就可以发现、创造经络学，恐怕没有几个人会相信。再说，气在人体内运行，人们如何观察得知？“左肝右肺”又如何去解释？中医认为：“心者，君主之官，神明出焉。”、“心者……精神之所舍也。”这一结论仅仅用观察能够说明吗？
观察是古代人类最普遍的方法，从世界范围看，限于当时人类的总体思维水平，古人的观察只能直观地针对“原型”，并反映“原型”，比如说。古代的天文学就直接源于对天体的观测，但观察的结果要符合天体运行的规律，否则观察就是无效的，甚至是错误的。我们不能在同等历史条件下，要求我们的祖先在对“原型”观测的过程中，得出一个与“原型”完全不相干的结论。我们在此解释的是中医的特殊性，它从理论、观点、方法，甚至哲学都是极为特殊的，在世界上是独一无二的，它已经超出了普遍性的范畴，所以我们不能用普遍性来解释它。
再说，既然观察是古代人最普通的一种方法，那么相同的观察就应该可以得出相近的结论，例如世界范围内的对一年四季变化的观察及结论都差不多。如果中国可以通过观察生命外在现象得出中医理论，那么世界任何民族都可能得到中医理论。但为什么在全世界里唯有中国人的观察得到了中医学，而其他民族没有产生类似中医的医学理论体系呢？我们在讨论问题的时候应该有一个统一的标准。
二是思维，通过高度的抽象思维，创造了中医学，从这个意义上说，中医是思维模式医学。
大约在研究的过程中，人们觉得仅仅用观察来解释中医的起源和中医的特点远远不够，事实上观察的解释确实属于白日说梦。所以有些研究者又提出了一种新的理论，认为中医不是“物质模型医学”，而是“思维模型医学”。这派理论认为，《易》与医有十分密切的关系，《易经》属于“象数符号模型”，受此启发，中医一开始就采用“思维模型”的方法建立起一整套医学体系，包括藏象模型、经络模型、气血模型等。模型不等同于原型，它是建立在事物之间的统一性、相似性的基础之上的，是人类思维的科学抽象和理论概括的反映。思维模型医学有许多优点，比如，西医解剖学的内脏只不过是一种物质原型，并不能从中反映出功能和属性；而中医的五脏作为一种思维模型却能形象、简单地反映相关脏器的功能特点。
这个解释很有启发性，它不同于传统简单、呆板的解释，从另外一个角度对中医的起源做了有益的探索。我们应该鼓励这样有创见性的研究。中国古老文化的研究，如果跳不出传统学术的圈子，我们只能在同一平面反复重复，炒炒冷饭，得出一些似是而非的结论，虽然教授、专家一个接一个，但对整个学术研究难有重大贡献。
但我们对“思维模型”的理论也有一些疑问，藏象、经络、气血等，它们是实有的还是虚构的？
我们应该坚信这样一个事实：尽管中医的经络、藏象、气血……不能在解剖学上得到验证，但不能否定它们的客观真实性。比如说经络学，虽然目前尚无法实证，但几乎所有的研究都证实，经络现象是人体内的客观生命现象。也就是说，现代解剖学有很大的局限性，它不能完全反映人体的真实存在。
如果承认了以上这个事实，那么中医的源起可能并非思维模型医学，它应该也是“原型”医学，只是这个“原型”与解剖学揭示的“原型”不是一码事。承认这一点，也就必然要承认另外一个推论：中国古代有比现代解剖学更先进的方法，这种方法可以全方位展示人体深层次的生命结构。提出“思维模型医学”的学者，大约是不想承认后一个推论。
以上的两种解释并没有说服我们，相信也没有说服读者。因为解释者们没有涉及一个关键性的问题：中医究竟以什么作为自己的研究对象？按上述解释者们的本意，中医依然是以解剖生理系统作为研究对象，只是角度不同而已，这事实上还是按照现代西医理论来解读中医。无数的实践已经证明，这条路是走不通的。
如果我们敢于有自己的独立思考，如果我们敢于做一个怀疑论者，如果我们敢于挑战自己的思维，那么还有另一条路可走，即承认事实。中医不以解剖生理系统作为自己立论的基础，恰恰说明中医的研究对象很可能根本不是解剖生理系统，而是另外一个我们不知道的真实系统。现在的问题是这个系统究竟是什么呢？