自始至终，他都在对社会关系进行深入研究，也一直修数学和物理学课程。他似乎已有这样的念头，如果不出意外，读研究生时终归要修物理学专业。1957年5月，他给父母写信，说物理学对他而言并不太有趣，但能使他找到他想要的工作，即从事研究。“在社会关系领域，如果我能找到合适的工作，主题将更为有趣，一切将会很棒，但我怀疑这样的工作是否存在。我也正在考虑其他的领域，甚至经济学。”结合费希尔的时间安排，推断他正在考虑工作似乎合情合理，因为他在考虑结婚。当蒂娜的父亲问起这个不容回避的问题时，他得有话可说。
费希尔利用1957年秋天这段时间尝试生物和化学，以便在接受不可避免的结果之前，看它们是否有可能作为物理学的备选专业（出于兴趣，他还选了哲学家冯·蒯因的“演绎逻辑”课程，他完全被课程所吸引，因此还督促蒂娜也选修逻辑学课程）。1958年5月，他转到物理学专业。同年7月12日，他和蒂娜结婚了，在紧邻校园的陶器街2号安家。蒂娜从史密斯学院转到了波士顿大学，费希尔则继续完成他的学位，选修全部物理学课程以弥补失去的时间，其中有几门课程是专为研究生开设的。
大四那年10月，费希尔向研究生院申请物理学专业，他又一次只申请了哈佛。他似乎认为，如果他表现出具备胜任这项工作的能力，哈佛将不得不录取他。他对录取很有把握，因为他在物理学研究生入学考试（GRE）中得了870分（总分900分）。1957年10月苏联人造地球卫星发射成功之后，政府资金充斥研究生院，这也可能有助于他形成那样的认识。费希尔获得了美国国家科学基金会（National Science Foundation）的奖学金，研究理论物理学，而且也正如他规划的那样，哈佛录取了他。
他写信给他父母：“我只对基础理论和物理学感兴趣。大学和产业界都开展基础性研究，但主要是在大学进行。所以，对我而言，在大学从事研究可能是最佳选择。我对以什么方式‘挣工资’并不特别在意—在产业界，我要在公司项目上花一部分时间，而在大学里，我要在教学上花一部分时间。尽管我可能最喜欢教学，不过这几乎和我不相干。我对创造‘更好的事物，为了更美好的生活’不感兴趣，但对更好地理解物理学世界有兴趣。对我而言那是巨大的挑战。”
但是，当他真正进入研究生院，他却只选了一门物理学课程，即朱利安·施温格的著名的“量子力学”，也只是勉强通过。无疑，对这门课他不重视。相反，他把精力放在霍华德·艾肯有关交换理论（switchingtheory）的课程上，以及冯·蒯因的“数理逻辑”高级课程上。显然，他也对计算机产生了兴趣。11月份，他申请从理论物理学专业正式转到工程和应用科学部（Division of Engineering and Applied Sciences）的应用数学专业，1960年春天，他沿着这个方向在麻省理工学院注册了马尔文·明斯基的“自动控制与人工智能”课程。回到哈佛后，一位数学教授出了一道挑战性的问题，奖品是下一年的奖学金。费希尔的成绩在班里不算最好，但他集中精力，仅用两周就解出了这个问题，赢得了戈登·麦肯奖学金。
也许是这个成就给费希尔和蒂娜带来了自信，他们才决定早点要孩子。无论如何，蒂娜很快发现自己怀孕了。1960年夏天，在哈佛计算实验室工作的费希尔给其父母写信：“我最感兴趣的事情之一是，开发能像人类一样思考的计算机。我认为这在20年之内有可能成为现实。我们真的不在乎孩子是男是女。”费希尔对计算机的兴趣就这样转变为对人工智能的兴趣，并在心中和养育孩子的前景联系起来。“我正在构思机器的总体规划，这种机器能做你或我做的‘任何事情’—学语言、做决策，以及解决问题等……总的想法是，它像个初生的孩子，具备基本的学习能力，但知识为空白，我们会慢慢教它，使它知道需要知道的一切。”
为了培养孩子或者开发孩子般的计算机，1960年秋，他选了“学习心理学”课程，该课程研究斯金纳行为主义方法，但有如鬼使神差，他竟然故意通不过考试。也许是相对于行为主义方法，他觉得认知方法更有趣。他还在读本科时就已经接触到该学说，现在他正在杰罗姆·布鲁纳为研究生开的“人格认知功能”研讨班上，在实验心理学家乔治·米勒开设的阅读课程上，探索认知方法。米勒教导说，作为行为主义者刺激-反应框架的替代性学说，认知理论家提出了映像-计划框架（Image-Planframework）。个人形成有关目标的映像，以及实现目标的计划，然后使用映像-计划评价所有接收到的刺激和潜在的行动。米勒认为计算机是这个过程的物质象征。
费希尔可能是从米勒那里得到了用计算机模拟高级认知功能（higherordercognitive functions）的思想，也可能是通过米勒的关系，费希尔在位于加利福尼亚的兰德公司得到了一份工作，使他得以在1961年夏天去实践这个思想。计划是让他与来自卡内基-梅隆大学的亨利·西蒙（HenrySimon）以及艾伦·纽厄尔（Alan Newell）合作，这两位是该领域的领军人物。所有这些大腕似乎都在支持他的计划。
但在这令人兴奋的智慧之旅中，费希尔的婚姻开始严重恶化。在蒂娜怀孕后不久，冲突开始逐渐增强。1960年12月10日，费希尔·谢菲·布莱克三世（Fischer Sheffey Black Ⅲ）出生，之后夫妻关系完全恶化。当费希尔前往加利福尼亚时，蒂娜和孩子则留在剑桥。当费希尔回来时，他找到了属于自己的一席之地。他和蒂娜于1961年11月办了离婚手续，接着在圣诞节期间办了墨西哥式离婚—费希尔放弃了对孩子的各项权利。几年后，蒂娜与他人相识、再婚、给孩子改名，最后搬离剑桥。这是费希尔所遭遇的第一个严重挫折。
婚姻危机只是冰山一角。费希尔在“学习心理学”课程上存心不及格，引起了系负责人的注意。他放弃的初始动机，仅仅是觉得在该项目上很难获得令人满意的进步。但费希尔不愿自己被束缚于一个特定的工作项目上，给他带来了更大的麻烦。1960年12月14日，仅在孩子出生后4天，费希尔正式申请进入博士论文写作阶段，他登记的选题是“人工智能或数学基础”。好，结果会怎样？1961年2月，他的指导老师安东尼·欧廷格给研究生学位委员会写了一封信：“我有理由对他的知识训练表示担忧（尽管认识到他的能力和他对独立的渴望），我还是担心他会浅尝辄止。”
4月21日，就是这个欧廷格将担任资格口试的主席，费希尔必须通过口试后才能被允许继续撰写论文。费希尔确实通过了考试，不过被明确要求在1962年1月提交“一个连贯、清晰的论文提纲，对相关文献做出详尽回顾”。更为急迫的是，他还必须通过5月5日的另一场口试，口试内容是关于心理学的，目的是弥补他没有通过的课程—欧廷格将再一次对他做出评判。费希尔的精神状态可根据这一期间所发生的事加以判断。
在更大范围的世界里，1961年春天，导致20世纪60年代剧变的暗流开始向外奔涌。约翰·肯尼迪新近入主白宫，变革呼之欲出。4月15日，《哈佛深红报》（Harvard Crimson）发表社论，要求放松按异性人数管制宿舍来访的大学生活管理规定；4月28日，周报《深红评论》（CrimsonReview）刊登了一篇文章“口服避孕药和大学社会”。不只是避孕用具，口服避孕药也进入哈佛。在坐落于神学大道上的哈佛人格研究中心，蒂莫西·利瑞和理查德·阿尔伯特把哈佛研究生作为实验对象，他们将要完成用裸头草碱（psilocybin）致幻剂进行的第一年的实验。到1961年春，他们已经向200多个实验对象发放了致幻剂。
早在1955年，民歌手皮特·西格尔因拒绝与众议院非美活动委员会（House Un-American Activities Committee）合作而被判入狱一年，该委员会在20世纪50年代呼风唤雨，到了1961年春，在政治生活中依然扮演着重要角色。其他的标题显示出新的忧虑：“肯尼迪对苏联武装支持老挝战争提出警告”“马尔科姆·艾克斯（Malcolm X）要求设立黑人自治州”“反卡斯特罗者入侵古巴失败”。4月27日，星期四的《深红》（Crimson）的头号大标题是“魏德纳台阶抗议后发生2000人骚乱”，这份报纸就放在费希尔门前的台阶上。星期五，标题甚至更大：“第二轮骚乱中警察使用催泪瓦斯烟雾弹驱散4000名学生”。读过这些标题后，费希尔发现自己置身于哈佛广场，一名神经紧张的剑桥警察告诉他向前走。他拒绝了，被立即逮捕并投进了监狱。
这个故事具有讽刺意味的是，1961年4月，骚乱与越南，或者人权，甚或是猪湾（Bay of Pigs）无关。骚乱的原因是哈佛大学校长内森·普西（Nathan Pusey）决定在文凭上使用英语，而非拉丁文，这彻底背离了哈佛325年来的传统。20世纪60年代在哈佛就这样开始了。8年以后的1969年4月，几百名学生占据大学礼堂，提出诸多要求，这激怒了内森·普西校长，他动用400名剑桥警察命令学生在拂晓时强行撤离。这个行动引起了学生罢课，导致整个大学关门。但在1961年，这样的事情是不可想象的。
一位被派到狱中和费希尔谈话的哈佛系主任发现他毫无悔改之意，的确“粗暴”且“目空一切”。“布莱克说他憎恨当局，他似乎想暂时待在狱中，但接着就决定接受出去的机会”。当然了，费希尔憎恨的不是警察，而是欧廷格，他连对象都搞错了。事实上，欧廷格的行为也并非十分罕见。可能他试图帮助费希尔，让他集中精力，但费希尔不可能认识到这一点。欧廷格在他想要走的路上设置了障碍，费希尔只有一种对付障碍的方法，那就是顽固地拒绝承认他们的合理性。
无论如何，费希尔努力振作起来，以通过5月5日的心理学考试，但情况已经无法逆转。1962年春，每个人都明显感到费希尔在写出一篇切实可行的论文方面缺乏进展。欧廷格给他的工作打了不及格。7月，费希尔接到正式通知，将不被允许在秋季注册。费希尔过去总说他渴望独立，现在他自由了，他感到愤怒、失望，但也有解脱感。“19年来，和学校脱离干系的时间第一次超过了一个夏天。”
在官方的最后通牒最终下达前很长时间，费希尔已开始采取措施为自己构筑新的生活，这样的努力开始于1961年夏天，当时他在圣塔·莫尼卡，名义上是在兰德公司从事计算机模拟项目。离开了哈佛大学，也离开了蒂娜，费希尔独自尝试加利福尼亚的生活方式，发现自己喜欢上了海滩和爬山、民间舞蹈和存储器课程，以及和不是自己妻子的女友们轻松相处。那年夏天，他认识了一位犹太女友，费希尔很乐意告知父母这一事实。“友谊是一回事，婚姻是另一回事。如果友谊不再令人愉悦或有意义，可以在任何时候中止它。因此，没有任何理由在选择朋友时谨小慎微。与各种各样的人成为好友是一件好事儿。”他又写信给他的祖母：“我非常喜欢西海岸，它像西部边疆。我想我乐意在完成学业后到这儿工作。”
1961年秋，费希尔回到剑桥，他和三位物理学家、一位历史学家共住一室，宿舍在剑桥大街1560号。那位历史学家是巴特·伯恩斯坦，费希尔把他看作这段时期最亲密的朋友。费希尔这样描述他和室友的生活：“空谈无益，但很有趣。我一直在做比我以前曾做的多得多的事—大量阅读、派对、政治活动等……在剑桥，我们帮助推选一些理智的政治家。”这是指剑桥公民协会（Cambridge Civic Association）的自由改革运动。在国家政治事务中，费希尔是肯尼迪的支持者。
与蒂娜分手后，费希尔有很多约会，还与一位邻居的妻子有染。费希尔把生命中的这段时期理解为“一段昙花一现的、迟到了的青春期”。就像回归到了最初的大学时光，只是和蒂娜没有什么关系。人们都以为他正在撰写论文，但是没人监督他，因此他事实上是自由的，可以做他想做的任何事情，而且他也做到了。过了一年这样的时光后，结果是他被研究生院开除。最初的烦恼过后，结果证明其实也没什么大不了的。1962年5月，就在被正式开除之前不久，费希尔正计划留在剑桥度过夏天，并选修了一门有关现代美国短篇故事的课。“我最喜欢海明威、瑞英·拉德纳、菲茨杰拉德、法雷尔和塞林格。”