我国建筑的朝向一般均为坐北朝南，从地理位置上来讲，由于我国地处北半球，大部分领土在中纬度地带，阳光由南向北斜射，坐北朝南的正方位建筑，可以接受到最充足的太阳辐射；从中国传统的思想意识来看，面南称王、面北称臣。所以，对于普通老百姓，就取了个坐北朝南是正房，可以阳光明媚；而对于皇家，则有浓重的称王思想。因此，坐北朝南的建筑朝向，充分反映出我国古老的家居文化思想。
而坐南朝北的永祚寺，则大门冲北开，这主要是因为寺庙依东山余脉而建，坐落在太原盆地的东端，此处地势由东南向西北降低，呈现东南高、西北低的态势，故此寺庙只能坐南朝北、大门冲北。之所以选择在太原盆地的东端，是因为古人认为，东方乃万物交替、初春发生之地，与“永祚”之本义——“永远传流，万世不竭”正好吻合，故此选择在此兴建永祚寺。
永祚寺在明万历年间（1573年—1619年）由五台山福登高僧奉敕主持建造。全寺分上下两院，下院为三进院落，依次有山门、东西厢房、碑碣、大雄宝殿、三圣阁、方丈室、禅堂等。上院在下院的东南角，沿西北、东南方向的中轴线上，依次有宣文佛塔、过殿、宣文塔和后殿等建筑。
舍利塔，即宣文佛塔，由明代万历年间的高僧妙峰大师（即福登和尚）监造，因塔内藏有佛祖舍利子，所以又叫做舍利塔。舍利塔位于塔院的北端（西北隅），人们习惯按方位把它叫做北塔。北塔平面呈八角形，最低层边长4.6米，塔座为沙石条砌筑而成。全塔总高54.78米，塔身共13层，为一色青砖研磨对缝砌成，是典型的楼阁式空心砖塔。塔上的斗拱、飞檐、枋、椽、柱（垂柱），均为青砖仿木结构砍磨而成。13层塔檐均用孔雀蓝色琉璃瓦砌出晶莹美丽的边沿。在塔的第一层檐枋下，嵌刻有“阿弥陀佛”字样，砖字字体层层叠压，美观而又匀称。
文峰塔，即宣文塔，因此塔建造时间早于舍利塔，而位置又处在舍利塔的南面，所以当地人称做“旧塔”或“南塔”。明万历二十七年，也就是1599年，太原士绅推举深孚众望的傅霖为首事，为振兴太原文运，集资在太原东南方郝庄的山脚畔，兴建高约55米的文峰塔，同时还依塔兴建了永明寺。文峰塔没有塔基座，仅开一门，塔高为54.76米，共13层，亦为平面八角形，上下直径几乎相同，基本为直上直下，没有明显收分，外形呈直线形，塔檐无琉璃瓦剪边，整个塔身自建塔之初便向西北微微侧倾。
数百年来，绝大部分人把永祚寺的“凌霄双塔”当做是同时建造、造型与属性相似的砖塔。但是，究其创建之因，却并非如此。这两座形态相似的砖塔，一个是先前创建的宣文塔，一个是其后创建的宣文佛塔，两塔创建时间相差近10年。
从两塔的造型来看，舍利塔塔身呈流线型，造型优美。从第一层到第七层，随着塔身的拔高，塔层的上升，每层高度逐渐减低，斗拱形制也随之变小，及至8层以上，明显收分，使塔身轮廓造型呈流线型，十分美观。采用砖仿木斗拱，无论形制还是结构，均与大华宝殿相同，为“五踩重翅”，上承撩檐仿、椽、飞，组成塔檐。每层的8个角，都镂刻有砖雕的装饰性莲花垂檐柱，垂柱与垂柱之间，有砖砌栏额相连，垂柱上方，砖镂的角替、枋头、华板等上面，刻有细腻逼真的草纹、云纹，图案富丽，镂工精细，大大地增强了砖塔的装饰性。
从建筑特色看，文峰塔虽然略早于舍利塔问世，但因两塔同属于明代中叶的建筑，因此有着不少相似之处。比如平面都是八角形状，都是13层建筑，高低也仅有2厘米之差。虽然文峰塔略低于舍利塔，但斗拱的结构、造型，檐、椽、柱、枋的砍磨、砌筑，可以说大同小异。
然而，两塔也有不少不容忽视的差别。文峰塔没有塔基座，仅开一门，没有佛龛，没有“阿弥陀佛”刻字，塔檐也不用琉璃瓦剪边。塔身上下直径几乎相同，基本为直上直下，没有明显收分，外形呈直线型；而舍利塔却是上下直径相差很大，有明显的收分，尤其是七层以上更为突出，使整个塔的外形呈弧状流线型。
文峰塔塔身之所以向西北微微倾斜，历史上有许多人认为在造塔之初，考虑到太原西北风较大而此处又地势较高，塔势高峻，处于东山的前沿，容易受西北风的影响，所以在修建之初才有意将塔身向西北向微侧，以抵消西北风对塔的阻力。但是，文峰塔建成390余年之后，已经向西北倾斜了2.86米，成为一座危塔。科学地讲，塔身倾斜应与太原盆地持续不断的地壳下沉有关。
为拯救危塔，太原市政府在1995年聘请我国著名的建筑纠偏专家、浙江大学教授曹时中先生拯救危在旦夕的文峰塔，成功纠偏两米，并在第二年进行了加固工程。
从两塔的建造原因来看，所谓“文峰塔”，是“起自堪舆家言”的风水塔，即封建社会地方士绅为补辅太原府城“西北高东南低”，不利于发展文化的地形不足，用以“开山川之形胜，创文运之兴盛”，而建造的一种带有迷信色彩的标志性、欣赏性建筑。其造型虽然取之于佛教的浮屠，但是，与佛教的教义和佛门没有丝毫的关系。而“舍利塔”则是佛门的圣物，是奉供佛舍利子、藏佛经、受佛门弟子瞻仰和顶礼膜拜的宗教建筑。所以说，两塔的属性不同，文峰塔是一座风水塔，而舍利塔则是一座佛塔。
距今400余年的明代万历中叶，即1597年—1602年，那时，仅建了一座补辅太原“文运”不足的文峰塔，取名“宣文塔”。当时，寺名也不叫“永祚寺”，而是叫做“永明寺”。宣文塔和永明寺问世不久，明万历三十五年（1607年），晋藩第十一代王——晋穆王朱敏淳觉得永明寺、宣文塔规模简陋，与省城太原的地位不甚相称，就下书五台山显通寺，邀请该寺住持，即当时在全国颇有些名气的建筑家福登和尚，来太原主持扩建“大塔寺殿宇”的工程。
福登和尚是明代中叶著名高僧。万历皇帝的生母，那个笃信佛教的“慈圣宣文李太后”就拜他为师，皈依其门下。福登接到晋穆王的邀请后，便来到太原。当他看到永明寺的宣文塔微向西北倾斜时，就向晋王建议，在扩建殿宇的同时，另建一新塔于旧塔之左。晋王采纳了福登的建议并在慈圣皇太后的资助下，用了近四年的时间，即万历三十六年春至万历四十年九月（1608年—1612年），新建了寺院的三座大殿，即现存永祚寺殿堂的主体建筑，有大雄宝殿、三圣阁、两厢方丈和两廊配殿，以及位于旧塔西北方的新塔，形成了楼阁巍然、两峰并立的大观。
福登计划中的寺院规模是非常宏伟的，除了目前现存的后院三座大殿外，还有天王殿、后院门庭、前院诸殿和山门的殿堂。然而，终因福登年迈体弱、积劳成疾，无法完成其计划，于这一年（明万历四十年）九月，完成新塔之后，便抱病返回五台山，不久即圆寂于台怀镇的显通寺。这个终未能完工的塔寺，遂更名“永祚寺”，两塔均定名为“宣文塔”。