被称为海盗“祖师”的是中国东晋时期的孙恩。
中国封建王朝重农抑商，对外垄断“贡市”，禁止商民出海活动。明清王朝厉行海禁，严禁商民出洋贸易，下海出洋者被视为奸徒、海盗。纵观中国历史，其实许多所谓海盗，并不是残忍好杀之海盗匪类，而是海上英雄豪杰之士。
东晋末年，孙恩和卢循领导的海上大起义，从公元398～411年，前后历时长达13年，有近百万人的海盗大军，转战长江以南广大地区，纵横东海、南海两大海洋。如此波澜壮阔的海上武装起义，是中国海盗史上所罕见的。
孙恩，字灵秀。世奉五斗米道。东晋孝武帝时，孙恩的叔父孙泰为道教主，在民众中很有威信，众人纷纷敬之如神，教徒分布于南方各地。至孙泰遇害，孙恩逃于海，在海上聚合亡命，想要复仇。公元399年，白海岛帅其党，杀上虞令，乘胜攻取会稽，队伍迅速扩大，壮大至数10万人。孙恩转战绍兴、宁波、舟山、台州、温州、南京、杨州等地。
公元402年，孙恩作战失败投海自杀。余部由卢循为主。卢循，字于先，“神彩清秀，雅有才艺”，善于草隶、弈棋，是个文雅之士。后转战至广州、长沙、南昌、南京和广东各地，于公元411年失败。孙恩、卢循海上反乱被称为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验。后人常称海盗为孙恩，孙恩成了海盗的代名词，这也就是海盗祖师孙恩的由来。