有意思的是，这两个写作班子在社会主义部分的创作都陷入了困境。于光远的写作组从1961年写到1964年，只写出一些“部件”，无论如何也成不了体系。孙冶方的写作组苦战经年，反复研读了马恩列斯毛的所有著作，可是每个人的头脑中都有一些解不开的结，对于社会主义经济现实，从理论上无法自圆其说，致使它最终流产，甚至到20世纪70年代末，孙冶方出狱之后，再度组织吴敬琏等人攻关，在他去世之前竟然仍未完成。于光远的班子撰写资本主义部分只用了一个多月的时间，可是进入社会主义部分后，却进展缓慢，几乎寸步难行。日后，吴敬琏回忆说：“我总感到编写组的气氛有些特别。一方面，于光远骨子里倾向自由主义，在编写组里培育自由讨论的气氛，几乎任何问题都能讨论；另一方面，他又是中宣部‘阎王殿’在科学（包括社会科学）方面的总管，需要贯彻党中央的政治意图。”最终，于光远的这个班子只写出来若干篇章，其中包括吴敬琏独立写作的《社会主义的经济表》，以及他与陈吉元等人合作的《全民所有制经济论》。
1963年初夏，33岁的吴敬琏、周南夫妇的第一个女儿吴晓莲出生了。当时，他们家的第三代全部住在北京南长街那幢三层楼的花园洋房里。吴晓莲与四个表姐、表哥都归邓季惺统一管理，这位已经彻底靠边站的“右派分子”重新拾起当年在南京第一托儿所当所长的劲头，乐此不疲地干起了保姆总管的工作。
风华正茂的吴敬琏在工作、生活上两厢得意，似乎正处在事业的上升阶段。可是命运总喜欢在最不经意的地方玩一出恶作剧。紧接着，一件让吴敬琏终生悔痛的事情发生了。
在过去的一两年里，经济所所长孙冶方先后写作了20多篇论文，论述计划经济与价值规律的关系，如《要用历史观点来认识社会主义社会的商品生产》、《论价值》、《社会主义计划经济管理体制中的利润指标》等等。1962年，孙冶方与陈伯达（时任《红旗》杂志总编辑）就一些经济概念发生了书面争执，孙认为，不应该在计划供应与凭证供应之间画等号，不要把集贸市场叫做“自由市场”。他还指出了陈伯达在一份报告中的基本概念错误，例如把“商品流通量”说成是“商品供应量”，这自然引起后者的嫉恨。1963年年底，孙冶方在中科院哲学社会科学部委员会扩大会议上，专门作了一次关于利润问题的演讲。据刘国光的回忆，在演讲前，有年轻学者劝孙冶方别讲了，提醒他说：“你讲利润，人家会说是修正主义。现在还是不讲为好，风声已经这么紧了。”孙淡淡地答：“风声是什么？我不是研究气象学的。”
到1964年，随着国民经济渐渐从三年大灾害的低谷中恢复起来，重新认识价值规律的思潮日渐成型，而它的发生中心就在孙冶方领导的经济研究所。
开头炮的是中国共产党的早期最高领导人之一张闻天（1900~1976年，曾用名“洛甫”）。他是1925年入党的老党员，曾在20世纪30年代当过中华苏维埃共和国中央政府人民委员会主席，一度主持中央工作；延安整风运动以后，淡出领导层核心。建国之后，他曾出任驻苏联大使。在1959年的庐山会议上，他被定为“彭黄张周右倾机会主义反党集团”的首领之一，到中国社会科学院经济研究所当了一名“特约研究员”。1964年2月，时年64岁的张闻天写出《试论社会主义商品货币关系和价值规律的新内容》一文，鲜明地提出了新价值规律——积极倡导在社会主义社会中搞自由竞争。
张闻天的文章显然鼓励了其他思考者。5月，时任全国物价委员会主任的薛暮桥写了3篇关于价格问题的论文，提出粮食价格的购销倒挂问题，建议提高农村中返销粮的销售价格，提高到购销拉平，以此为突破口，理顺已呈僵化态势的物价体系。6月，薛暮桥的论文在经济所进行了讨论，会上，孙冶方和顾准都赞同他的观点，顾准还专门写作了《粮价问题初探》一文，倡议提高粮价和煤价，降低人民币对外汇率。此外，经济所的年轻人杨坚白、张卓元及何建章等人，也纷纷发表论文，主张以资金利润率作为评价社会主义经济活动的标准，以生产价格为基础定价。这些观点都聚焦于计划经济的弊端，市场和价格的自由化成为焦点。
进入1964年的秋天，这股市场化的思潮受到了批判，“极左”理论家们组织了多场座谈会，对这些观点进行清剿。在这一过程中，孙冶方被锁定为最主要的批判对象，他是经济所的所长，而自由化言论大多出自该所。
批判孙冶方的序幕在《红旗》杂志社召开的一次座谈会上拉开。
在这次会议上，杨坚白、张卓元撰写的《生产价格论》等两篇论文遭到点名批判，发言者的调子越唱越高，帽子越扣越大，气氛十分紧张。孙冶方被点名务必参会，但没有安排发言，这时，坐在一角的他实在按捺不住，站起来大声说：“不要再批他们了，文章观点是我的，我来承担责任！我应战，我喜欢赤膊上阵。”
接着，孙冶方操着一口浓烈的无锡口音论述自己的观点，“许多国家，包括中国，从苏联承袭了一种观点，这种观点认为，价值规律与社会主义计划经济是对立的，相互排斥的，这种观点几乎已经形成了一种规范模式，严重束缚了人们对客观经济规律的认识和探索……”
有人当即质问：“请问，你宣扬的规律是什么？”
孙答：“千规律，万规律，价值规律是第一条！”
会后，杨坚白与孙冶方一起出门，杨悄声说：“这是批我嘛，你何必站起来报名呢？”孙说：“他们是醉翁之意不在酒，文章观点是我的，我来承担责任。”
10月，中央宣传部派出30多人组成的工作队进驻经济所，以“张（闻天）、孙（冶方）反党联盟”的罪名对孙冶方进行批斗。孙冶方被批判的观点主要有两个，一是反对无产阶级国家统一管理经济，主张企业独立自治；二是反对按社会需要调节生产，主张以利润调节生产。因此，孙冶方的经济观点的实质就是“使社会主义和平演变为资本主义，是彻头彻尾的修正主义理论”，他被判定是“中国最大的修正主义者”，并且有“里通外国”的重大嫌疑，被撤销党内外一切职务，每天打扫厕所，刷洗痰盂，在其后的一年内被批判39场。
孙冶方却不肯低头认罪。这个倔强的无锡人写出了一份又一份的检查材料，进一步清晰地阐述自己的观点，工作组对他的评价是“抗拒党和群众对他的原则批评，态度十分骄横”。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山县周口店公社大韩集大队进行劳动改造。“文化大革命”开始后，他于1968年4月被正式逮捕，在秦城监狱关押整整7年。
孙冶方的朋友们也纷纷遭殃，杨坚白、桂世镛等《社会主义经济论》的写作骨干被认定是“张、孙反党联盟”的“八大金刚”，一直受到他保护的老“右派”顾准这次自然也是在劫难逃，他作为“张孙反党集团”的“外围”被隔离审查，挂牌批斗，然后同样送到周口店劳动改造。
在这场突如其来的、由理论探讨迅速升格为政治斗争的大辩论中，吴敬琏扮演的角色是尴尬的。
在过去的几年里，孙冶方对吴敬琏非常器重，他们的经济观点也比较接近，可是在这场批孙斗争中，用吴敬琏自己的话说，他成了“批孙”的积极分子。
在晚年的口述中，他说，原因有两个。
第一，是思想上的原因。吴敬琏在《社会主义社会的过渡性质》一文中阐述的理论基本上秉承了毛泽东在《政治经济学读书笔记》以及列宁在《论我国革命（论尼·苏汉诺夫札记）》中的观点，即认为共产党执政，先是制造舆论夺取政权，然后改变生产关系，发展生产力，经过一个漫长的过渡性阶段，逐渐消灭资本主义的种种残余，其中包括按劳分配、商品交换等资产阶级法权。如果这一理论是正确的，那么孙冶方就是完全错误的，因为他认定生产力的发展是生产关系和上层建筑演进的基础，而价值规律、货币交换等等是社会主义经济的必然组成部分。
第二，是人事上的原因。自1961年之后，吴敬琏就被属于中宣部管理的于光远政治经济学教科书编写组征调去写书，与科学处的一班人十分熟悉。而此次，中宣部派出的进驻经济所的工作组，就是从科学处抽调的。1964年春季，编写组去东北考察调研，吴敬琏和陈吉元原本是应当随队前往的，然而，于光远却把他们留了下来，为工作组即将进驻而向他们摸底。所以，当工作组进所批孙的时候，吴、陈以及周叔莲就成了被利用来“批孙”的骨干。
吴敬琏叙述了当时的情况：“工作组进所后，照着搞运动的老套路，先是扎根串联，找出一些积极分子来，当然我和陈吉元都是工作组依靠的积极分子，然后就先‘扫清打外围’，抓几个‘反革命’出来，从揭发顾准、骆耕漠、杨坚白的所谓‘历史政治问题’入手，然后就给孙冶方加上‘招降纳叛’的罪名，开始揭发批斗。”
在对孙冶方的批判中，吴敬琏担当了“理论反击员”的角色。在这一年12月期的《经济研究》上，他与陈吉元、周叔莲联合署名发表《社会主义生产目的不容歪曲》一文，指出：“一种社会生产只能服从于一个目的，而不能服从于两个不同的目的。生产要么是为了利润，这就是资本主义生产；要么是为了满足社会需要，这就是社会主义生产。”这一论断显然是冲着孙冶方去的。
对孙冶方的批判，是吴敬琏此生参与的第一场重要的理论论战。在未来的数十年中，他还将卷入10多场重要论战，其中不少场的是非曲直，迄今仍未定案。不过就第一场而言，他站在了真理的对面，尽管他只是一个小小的、被利用了的配角。
吴敬琏日后对这段经历从不讳言。他说，这段时期所研究的问题和所做的学问，虽然其中是一些技能型知识，还是有用的，但从总体上来说是一些“假问题”和“伪科学”。他多次在公开场合讲述自己参加对孙冶方批判的事，一次次揭开滴血的伤口，表达忏悔，对自己进行批判。1997年，他在《我与顾准的交往》一文中沉痛地写道：“对于我们自己来说，却不能不把自己由于自私和盲从而在政治运动中采取错误的态度引为终生的教训。”2000年，吴敬琏因揭露股市黑幕而达到个人声望的顶峰，中央电视台《对话》栏目专门为他录制了一期节目，以表达对他的敬意，面对全国亿万观众，他坦陈，“我也曾经走过很长一段时间的弯路，当过风派人物……”在谈及孙冶方和顾准时，他说，“他们树立了非常好的榜样，我要达到他们那个境界还差得很远”。
发生在1964年的这场运动，拿敢讲真话的老马克思主义者孙冶方开刀，使全国知识分子噤若寒蝉。此后13年，中国经济理论界万马齐喑。