吴敬琏多次言及，“在1957年以后的10年中，我的治学生涯，是在复杂矛盾的心情下度过的”。
这种复杂和矛盾所带来的痛苦，是后来者很难感同身受的，它意味着，一代天资卓越、精力旺盛的年轻人，压抑住内心所有的怀疑，以空前的热情去构筑和论证一系列日后被证明是完全荒谬的思想体系。而更可悲的是，在他们的生命进入中年或晚年之后，又不得不转身，以更大的道德勇气和理论武器，对那个他们亲自参与构筑的、无比顽固的体系进行毁灭性的推倒。
吴敬琏就是其中的一个人，这也是那一代经济学家的所有悲怆性所在。
进入1957年之后，吴敬琏屏蔽了全部的疑惑，开始投入到对计划经济理论的全面论证之中。他很快成了同时代的青年经济学者中较具理论深度的人之一，而他试图批判和辩驳的“反动对象”，则是他日后最为景仰的两位前辈师友。
1957年，随着狄超白的“靠边站”，经济研究所来了新所长，他便是老资格的马克思主义经济学家、国家统计局副局长孙冶方（原名薛萼果，1908~1983年）。这是一个1924年就入党的老党员，建国初期曾任华东军政委员会工业部部长。在就孙冶方进所前后，他的一位老同事、老朋友顾准也来到经济所当研究员。他是一个瘦高个、带一副深度黑框眼镜的上海人，早年曾是上海滩很出名的会计学专家，编写过《银行会计》一书，1935年加入中国共产党，新中国成立前曾任中共上海职业界救国会党团书记、江南行政委员会秘书长、山东财政厅厅长等职，上海解放后，被委任为第一任上海市华东军政委员会财政部副部长兼上海市财政局和税务局局长。在1952年的“三反五反”运动中，他因为“不听话”和与中央政策不一致而遭撤职。顾准到经济所后，孙冶方安排他当财经组，也就是吴敬琏所在组的组长，不过据吴的回忆，当时的顾准只顾自己埋头读书搞研究，几乎不管组员。在青年人眼里，这是一个已经在政治上落伍了的人。
孙冶方和顾准都是有着丰富实践经验的经济理论家。1949年5月，被解放军攻占的上海曾经陷入极度的经济紊乱，全市工业陷入半解体状态，1.2万家工厂中只有三分之一维持开工，机器业工厂停工八成以上，工厂主人心惶惶，谁也不敢生产，工商矛盾空前激烈。而恶性通货膨胀更是可怕，物价几乎天天翻番上涨，24个商品交易市场和30多个茶会市场，也都被利用来大搞投机活动，全市的金融性投机活动者竟达30万人之众。面对这种险恶景象，孙冶方和顾准在华东财委主任曾山及中央财政经济委员会主任陈云的带领下，进行了铁腕式的治理，孙冶方主管工业的复兴，顾准则着手重建业已瘫痪的征税体系。在他们的携手努力下，仅半年时间就恢复了生产，稳定了物价，创造了让国内外都很惊讶的“上海奇迹”。
正是在这一过程中，在上海这个最大的工商业城市，他们还参与建成了中国的第一个计划经济运行体系，其中，又以顾准的贡献最大。他根据陈云的思路，从流通入手，通过垄断生产资料供应和产成品销售的方式对制造业进行控制。以当时最重要的纺织业为例，顾准成立国营的花纱布公司，私营纱厂不得再自购棉花，自销成品，所有产品均实行统购统销。为了与花纱布公司配套，他自下而上建立了大批国营的供销合作社，还把全市的私营运货车全部取缔，新组成了一个上海搬运公司，它成为交通运输局的前身。他在自述中写道：“国营商业控制了重要物资在全国范围内的流通，使得煤炭、建筑材料、粮食等项的私营零售业无法照旧继续下去，国营商业不得不扩大到零售商业范围中去，华东商业部分出一部分力量，组织了几个零售公司，交给上海市管理。以上趋势，还在急速发展，不久就扩大到建筑业范围中去了。
”此外，他还借鉴苏联的经验，创造性地设计了财税专管员制度，这一制度一直沿用至今。在这期间，顾准表现得非常激进和“左倾”，当过中科院副院长的著名科学家竺可桢曾在日记里记载说：“顾准在1952年的‘三反’时期走‘左倾’路线，主张以没收方法来消灭资本主义，被批评撤职。”1952年在上海指导“三反五反”“打老虎”工作的中央人民政府节约检查委员会主任薄一波给毛泽东及中央的一份简报中说：“上海少数同志（如顾准等），有趁此机会把大资本家而且是比较靠近我们的大资本家……一齐打掉实行‘社会主义’的念头。”使人想不到的是，几个月以后，斗争的矛头就转到了顾准自己的身上，他被宣布由于一贯“自以为是，目无纪律”，“在思想上，组织上与党对抗”，被撤销一切职务。据顾准后来说，在撤职赋闲期间，他认真读书和思考自己所经历过的一切，认识才达到了一个新的境界。
也就是说，在50年代中期以前，吴敬琏对计划经济制度的理解还是从书本中得来的，而孙冶方和顾准则是这一制度在中国得以确立的重要实践者。
然而，就是在这样的实践过程中，善于思考的孙、顾两人都发现了这一制度的致命缺陷。尤其是顾准，在撤职后对正在建设中的计划经济体系进行了深度的反省。在他们看来，这个经济制度最重要的缺失，就是对价值规律的漠视，他们破天荒地认为，“我们必须研究社会主义下面的商品生产问题”。1956年6月，孙冶方在《经济研究》杂志上发表《把计划和统计放在价值规律的基础上》一文，指出“国民经济有计划按比例发展必须建立在价值规律的基础上才能实现”。1957年，顾准发表《试论社会主义制度下的商品生产和价值规律》（下称《试论》），提出了“社会主义的生产也可以由市场规律自发调节”的惊人观点。②
事实上，在1956年前后，已有不少人在自觉或不自觉地反思计划经济的运作规律，譬如孙冶方的堂兄、时任中财委秘书长兼私营企业局局长的薛暮桥（1904~2005年）也在1957年的春天撰写了《经济工作中的若干理论问题》一文，提出了困扰内心的四个问题：“第一，社会主义经济是否需要百分之百的社会主义，是否可容许小商品经济甚至资本主义经济在一定时期、一定范围内存在，并有一些发展，然后慢慢改造它们？第二，社会主义国家应当采用什么办法来使消费品的生产能够适合人民的多方面和多样化的需要？第三，怎样能够在社会主义建设中保持国民经济各方面的平衡？第四，在我国目前的条件下，国家的基本建设投资应当首先用于什么方面？”不过，当时的薛暮桥还不敢像顾、孙那样思考，他在晚年的回忆录中说：“我国绝大多数经济学家（包括我自己在内），是一直把价值规律同商品生产和商品流通联系起来研究的，认为价值规律是商品生产和商品流通的规律，在商品经济消灭以后，价值规律也就不起作用了。”
在所有的先行者中，以顾准的思想深度为最，在《试论》一文中，他展现了让人仰止的道德勇气，无比大胆地写道：“可以知道，经过几十年的历史发展，社会主义经济已经形成一个体系。这个体系的全部细节，是马克思、恩格斯所没有全部预见，也不可能全部预见的。为什么现在社会主义各国还存在着商品生产与货币经济呢？应该从这个体系的内部关系的分析中去找答案。”
作为一个会计学专家，顾准在文章中一再挑战传统经典理论。他写道：“社会主义经济是计划经济，马克思、恩格斯再三指明过；社会主义是实行经济核算的计划经济，马克思、恩格斯从未指明过。相反，他们确切指明社会主义社会将没有货币，产品将不转化为价值。”他认为，这是一些需要修正和演进的理念，“让全社会成为一个大核算单位是不可能的。全社会必须有一个统一的经济计划，具体的经济核算单位则必须划小，至少以每个生产企业为单位进行核算，巨大的生产企业，其具体核算单位还必须划小”。
孙冶方和顾准的这些思想，连同毕尔曼教他的“加强卢布监督”的思想都对吴敬琏形成了冲击，但是1957的教训使他对越过斯大林模式的“雷池”心存疑虑，力图从马克思主义的经典著作中，苦苦寻找自己的出口。孙冶方十分喜欢这位清秀而聪慧的年轻人，当时，周南已经从北京师范大学进修班毕业，按原来的约定回到南京工作，担任南京师范学院学前教育教研组的副组长，她很喜欢南京，希望吴敬琏也能南下工作。孙冶方惜才，再三动员吴敬琏留下。