1365年(至正二十五年)十月，朱元璋派大将徐达、常遇春率师伐张士诚，师行前，颁布了“平周榜”。文中公开指斥白莲教是“妖言”、“妖术”，污蔑起义军“焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状”，表明他已完全背叛了农民起义的立场。史书记载，等到朱元璋取得政权，这个集团中的许多原来出身贫苦的人，成了新的封建帝王将相，拥有大量土地、佃户，仅据洪武四年朱元璋所封二十八个侯所占有的庄田佃户统计，就达到三万八千多户。
1366年(至正二十六年)底，朱元璋借口从滁州迎接韩林儿来应天，在瓜洲凿船沉韩林儿于江中。同年底，徐达、常遇春等已分别攻下湖州、杭州诸地。1367年(至正二十七年)，进围张士诚于苏州。城陷，张士诚被俘，在应天被乱棒打死。
同年十月，朱元璋令徐达、常遇春北伐中原。1368年(至正二十八年)，北伐军按原定计划先取山东，朱元璋认为时机成熟，便在应天即皇帝位，国号大明，建元洪武。北伐大军在攻占河南后，沿运河由山东北上，直逼通州，进围大都。1368年八月二日，元顺帝妥欢帖木儿弃城逃往上都，元亡。
在派军北伐的同时，朱元璋又命汤和、廖永忠等进攻盘踞在庆元(浙江宁波)的方国珍，胡廷瑞等进攻福建的陈友定，杨璟等由湖南进攻广西。汤和等降方国珍后，取海道南下福州，与胡廷瑞合攻陈友定于建平。福建既下，廖永忠等又从海上进军广州，并与杨璟配合，平定广西。1371年(洪武四年)，朱元璋又令汤和、傅友德等分道伐四川的明玉珍之子明升。六月，明升降。朱元璋完成对全国的重新统一。
明初即建立起皇帝高度集权的恐怖统治
元朝曾经是高度集权、又极为专制的王朝，但到了它的末年，朝政废弛，内部倾轧，已无法继续它的统治。朱元璋新建的明朝，继承元朝的专制制度，又从多方面采取措施，使权力更为集中，专制主义的统治，也更为加强。
朱元璋出身贫苦农民，参加起义后，很快成为农民军的将领。随后任用地主阶级的文士，参预谋划，逐步地兼并各路农民军。最后背叛了农民军，争取地主阶级的支持，建立起新的王朝。他做了皇帝以后，一是担心元朝的降官、地主和文人对他不服；一是担心共定天下的农民军将领对他不忠。他采取多种手段，任用特务人员(锦衣卫)，对官员将领暗地侦察，以至不惜任意猜疑、诛杀。专制加猜疑，使明朝建国后不久就建立起皇帝高度集权的恐怖统治。
1376年(洪武九年)，朱元璋废除元朝设置的“行中书省”，各地方建立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，相互制约，分别担负原“行中书省”的职责，统属于朝廷中书省。1380年(洪武十三年)，朱元璋借丞相胡惟庸“谋反”，兴起冤狱。此后即废除中书省，罢去中书丞相官职。原中书省的政务，由吏、户、礼、兵、刑、工六部分别处理，六部由皇帝直接统领。原来各行省的权力集中于朝廷后，又进而集中于皇帝一身了。
在军事上，朱元璋起于农民战争，深知军队对巩固政权的重要性。他经过与刘基谋划，制定“卫所”制度。全国军队编为卫所军和京卫军，由中央的五军都督府统辖。五军都督府只掌管军队的组织管理和训练，军队将帅的任免及军队的调遣权都归于兵部。若遇战事，调遣那部分军队，谁任统帅等等，都必须由皇帝决定。这样，皇帝便完全掌握了军权，防止了地方武装割据。
朱元璋又在中央设立都察院，置十三道巡按都御史分巡各地，纠劾官吏。他对大臣们不放心，设立锦衣卫和巡检司，暗地侦察。《明史·吴琳传》记载，吏部尚书吴琳致仕还乡，朱元璋怕他从事危害朝廷的活动，就派锦衣卫校尉，前去探视。这个校尉到了吴琳的住处，看见一“农夫”坐在小杌上准备下田插秧，便问道：吴尚书住在这里吗?“农夫”便敛手答道：我就是吴琳，长官有何见教?锦衣卫校尉见此情状，寒暄而别。回到京师，如实报告，朱元璋才放心无虑，甚觉满意。朱元璋对在位的官吏监视更加严厉。有一天，大学士宋濂在家请客喝酒。第二天，宋濂上朝，朱元璋就问他，昨天请了些什么人?做些什么菜?喝的什么酒?宋濂如实一一回答。朱元璋高兴地说，全对，没有骗我。说毕，拿出一张锦衣卫绘制的宴席坐次图样给宋濂看，把宋濂吓得出了一身冷汗。不仅如此，朱元璋有时还化装亲自私访。《明史·罗复仁传》记载，罗复仁原是陈友谅的部下，后来投靠朱元璋，被命为弘文馆学士，与刘基同位。他秉性刚直，能言敢谏，在帝前率急陈得失。朱元璋表面上喜其质直，呼为“老实罗”而不名。但实际上怀疑他有二心。朱元璋微服私访，突然去到罗复仁家，罗复仁正在打扫房屋，粉刷墙壁，一见皇帝驾临。慌了手脚，不知所措，赶紧低首让坐。朱元璋见罗复仁的确穷得可怜，住得又十分窄小简陋，便改变来意，反把罗复仁夸奖了一番，赐以宽大宅第。另有国子监祭酒宋讷，曾因事在家独自生气，面有怒容。朝见时，朱元璋问他为什么生气?宋讷大吃一惊，照实陈说。朱元璋又让人把给他画的像拿来看，宋讷才恍然大悟。叶盛“水东日记《摘抄》说，钱宰被征调到南京，编辑《孟子节文》。罢朝回家，闲而吟诗：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟，何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”第二天，朱元璋见到他便说：昨天作得好诗!不过我并没有“嫌”呵，改作“忧”字如何?钱宰急忙叩头请罪。锦衣卫和巡检司的官员校尉，遍布官府内外，侦察探视。使得任职的封建官员战战兢兢地驯服于皇帝的统治之下。
朱元璋不但对大臣们进行侦察监视的活动，而且为了保持朱姓的天下，对起义时帮助他取得天下的功臣大加杀戮。1380年(洪武十三年)，左丞相胡惟庸被加上谋逆叛国罪，凌迟处死，家属僚友统统被杀。如有告发某人是胡党，并不调查审问，也立即捕杀。左师李善长全家被诛灭，宋濂也因长孙宋慎坐胡党而被安置茂州，死于途中。因胡惟庸之狱而被杀死的人有三万之多。1393年(洪武二十六年)，朱元璋又兴起大将军蓝玉之狱，说他要谋反，被凌迟处死，坐蓝玉之党而被杀的又有二万人。经过这两次冤狱，文武功臣固然被杀了不少，但毕竟人数有限，被株连而死的无辜，却不知有多少。封建专制帝王的残忍狠毒，在朱元璋身上，得到充分体现。
朱元璋还因为自己出身“微贱”，怕文人傲慢不服，也不断制造罪名，把他们杀害。如有人作《谢表》，用了“圣德作则”等语，本来吹嘘朱元璋的“圣德”，是天下人的榜样，但朱元璋却怀疑这人借“作则”骂他“作贼”，而把他杀掉。另外还有因为用“睿性生(僧)知”、“取法(去发)象魏”等语，怀疑人家骂他做过和尚，而把这些人杀掉。类似这种例子很多，结果吓得一些文士不敢做官。但朱元璋又不许这些人辞官，如诗人高启就是因为辞官的罪名而被腰斩的。真是求进不敢，求退不能了。而有些庸碌无能、品行卑污的人反而得以保全。
朱元璋采取了上述种种措施，把全国的军、政大权高度集中于皇帝，极大地加强了封建专制主义的统治。明王朝初期统治的极端专制，可以说超过了以前历代的王朝，而它所造成的人才萎靡、政治腐败的后果也是严重的。除了朱元璋、朱棣两个开国之君以外，明朝其他的皇帝，大都昏庸腐朽，荒唐愚昧。许多皇帝如世宗嘉靖帝、神宗万历帝都是一二十年不见朝臣，一切政令，实际出自宦官权臣。朝中大臣，多数又都是贪污腐朽的老官僚，互相争权夺利，朝政更加污浊不堪。封建专制主义的中央集权，如果说在其向上发展阶段，还有其一定积极面，到了明朝，其阴暗消极面，则已暴露无遗了。
明代官制的特点
朱元璋建立明朝以后，为了强化封建专制主义，加强中央集权，对中央和地方的封建官僚机构，进行了一系列的改革。
在中央，明初设中书省，置丞相，统率百官，总理政务。大都督府管军事，都察院与大理寺掌纠察、刑法。1380年(洪武十三年)，朱元璋杀掉丞相胡惟庸之后，即废除中书省，不再置丞相，而以吏、户、礼、兵、刑、工六部分别掌理全国政务。军事上，分都督府为五，管理卫所，负责军队的训练与管理。有战事则由兵部征调，派将军统领出征；事成后则上所佩将印于朝，而官军则各散归本卫。司法上，由都察院司纠劾，刑部掌刑狱，大理寺主审查。有大狱则由三法司共同审处。这样，朝廷的行政、军事与司法大权被分割而隶属于几个独立的机关分掌，以互相牵制，防止专权。这些机构的官员都直接向皇帝负责，重大事件，必须报请皇帝批准才能实行。
事权过分地集中子皇帝个人身上，必然使他穷于应付，而需要有人协助。1402年(建文四年)，朱棣夺得皇位后，特命翰林侍读解缙、编修黄淮、侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨等七人入值文渊阁，参与机务，称之为“内阁”。但他们官品不高，只是皇帝的顾问。内阁也不置官属，不能管辖诸司；诸司奏事也不向他们通知。仁宗继位，因阁臣杨士奇、杨荣是东宫的旧臣，便升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士。他们不久都升任尚书。从此阁臣或加太师太保、尚书、侍郎仍兼学士、大学士衔，内阁职权渐重。英宗九岁当皇帝，朝廷大政都得由阁臣事先代拟诏令旨意。从此，内阁大学士虽无宰相之名，而有宰相之实。孝宗对阁臣更加尊重，在朝会时，也将阁臣的班位排在六部尚书之前。世宗信任严嵩，内阁大学士的权力与宰相完全相同。皇帝口述旨意，司礼监的秉笔太监用硃笔记录(称“批红”)，交给内阁，由内阁首席阁臣(称“首辅”)，依照“批红”拟成诏谕(称“票拟”)，然后，再交皇帝批准颁布。所以首辅的权力又超过其他阁臣。因此，内阁阁臣中争夺首辅权力的斗争经常发生。
在地方，1376年(洪武九年)，废除行中书省，把全国分为十三布政使司(俗称省)，设立承宣布政使司(简称布政司)、提刑按察使司(简称按察司)和都指挥使司(简称都司)，合称“三司”，分理地方政务。布政司，设左、右布政使各一人，下属左、右参政等若干人，执掌一省的行政事务，把朝廷的政令下达所属府(州)县。按察司设按察使一人，副使、佥事若干人，掌一省的刑狱按察等事，凡有关官吏好坏，军民利病，各种兴革等，都可查问纠举。但职权仅限于对布政司、府(州)县的官吏“笞杖”以下的处罚，“徒、流”以上的处理，都必须交中央三法司审议。都指挥使司，是一省的军事机构，设都指挥使等，管理本省的卫所。职权是训练和管理地方卫所部队，但没有调遣权。平时，保卫地方政权，维护社会治安。遇有战事，则听从中央调动和指挥。
地方上布、按、都三司并立，分别掌管地方的行政、监察和军事，互相制约，防止了地方专权的现象，达到了集权中央的目的。但也由此引起了三司相互掣肘、推诿，以至政权机器运转不灵的弊端。明王朝为了改变这种状况，又设置了巡抚、总督。
巡抚之名起于洪武时期，1391年(洪武二十五年)，朱元璋派遣太子朱标以巡抚之名视察陕西地方。1421年(永乐十九年)，朱棣派遣大臣分巡天下，了解军民疾苦。1430年(宣德五年)，朱瞻基派遣御史于谦等六人，分别以侍郎的官衔巡抚山西、河南等省。这时的巡抚，还属临时派遣，“事毕复命”。没有固定的地区和任期，连家属也不准携带。1453年(景泰四年)，因巡抚与都察院派往地方的巡按御史不相统属，时有矛盾。于是，朝廷加巡抚以都御史职衔。世宗嘉靖年间，又以巡抚兼提督军务，任期往往三、五、七年，或一、二十年。管辖地区一省至数省不等。于是巡抚俨然成为某一地区总揽行政、监察和军事的地方长官。原来地方三司长官的职权日小，变成了巡抚的属员。
总督的设置始于英宗正统时，以兵部尚书王骥总督军务，征麓川。后来在两广及三边等边境地方为了加强对防御和镇压的统一指挥，又设置总督或总制。巡抚以下、总兵，都听其节制。总督由朝廷派重臣担任，综理一省或数省的军政事务，而且逐渐成为地方的专设官员，地位又在巡抚之上。
明朝废宰相而又增设内阁大臣，废行省丞相而又置总督、巡抚。废而复设，并且一直为清代所沿袭，说明当时的政权设置本身存在有这样一种需要。但是在废、置之间，已有崇、卑的差别。宰相是百官的首领，内阁是皇帝个人的助手；行省是中枢在地方的分司，总督、巡抚只是受派遣的地方官长。因此，无论阁臣或总督、巡抚，都是明代高度专制主义中央集权体制的一个环节。
明初采取得力措施来推动农业生产的发展
经过元末农民起义，打击了元末的大地主阶级，也教训了新皇帝朱元璋。明朝建立后，为了巩固自己统治的经济基础，恢复和发展农业生产，就是十分必要的了。
早在1367年(吴元年)，朱元璋就对御史大夫邓愈说：“天下初定，足食在劝农桑。”同年，他和儿子朱标到农村视察，告诫朱标说：“农民终岁勤劳，住的是茅草屋，穿的是破烂衣服，吃的是糠菜饭，国家经费都出自他们。你应该牢记农民的艰苦，不可过分聚敛，应该叫他们少受些饥寒。”1368年(洪武元年)，朱元璋召见来朝的府州县官说：“天下才定，人民财力都很困难，必须休养生息。你们要痛戒贪污虐民的弊政，使农民安心生产。”和其他有作为的封建统治者一样，朱元璋认识到农民是主要剥削对象，农业是主要的税源，因此，他把保证农民的一定生产、生活条件和恢复发展生产，作为安定民情、巩固其统治的重要手段。
朱元璋为了发展农业生产，采取了以下几个具体措施。
1、徙富民，抑豪强：由于元末土地多为豪强地主所霸占，朱元璋于1367年，迁徙苏州富民到濠州。1370年(洪武三年)，又迁徙苏、松、嘉、湖等地的富民5，300户到临濠(凤阳府)。后来，又迁徙富民5，300户居住京师(江苏南京)。浙江等九布政司及应天十八府州田满七顷以上的富民14，300余户也都迁到京师来。大量富户远离乡土，对当地贫苦农民的剥削，多少总要减轻一些。迁到京师的富户，还叫他们承应各种差使。如修筑南京城，令豪富沈富(沈万三)出资修城墙的一半；修上海城，令豪富钱鹤皋等按田地数量交纳城砖。借此来换取减轻农民负担的美名，因为这些豪富之家，必然要把增加的差役负担，转嫁给他们的佃户庄客身上。