官庄和王庄的剥削方式，主要是定额租制，即强迫“壮丁”交纳一定数量的实物和负担繁重的差役。盛京地区每庄耕种一百二十垧(七百二十亩)地，每年纳粮三百六十仓石，合每亩纳粮五斗，还要上缴数量很大的麻、猪、鸭、鹅、草等实物。北京附近的头等庄每年纳粮三百仓石，二等庄二百四十石，三等庄一百五十石，四等庄一百二十石，另外要负担车马人夫的杂泛差役，以至到深山僻野采蜜伐木，捕捉水獭。后来，规定粮食和差役一律折变成银两计算，缴银的数字是：头等庄424两，二等庄395两，三等庄331两，四等庄247两。折变的结果，实际上又加重了剥削量。
八旗官员和少数兵丁也占有土地和户下人，地多人多的官员庄田是编庄生产，地少人少的兵丁则按丁数强迫户下人缴粮和从事各种杂役，剥削也相当惨重。
这些从事生产劳动，遭受残酷剥削的“壮丁”、俘虏、“投充人”和奴仆社会地位极其低贱，不仅自己终身隶属于主人，被主人随意奴役和鞭打，而且子女也世代为奴，婚嫁都不能自主，完全由主人择配或随意出卖。法律上虽然规定主人不能杀死奴仆，但还是有不少户下人及其子女被主人凌虐致死。
残酷的剥削压迫，必然激起强烈的反抗。挣脱羁绊，逃走求活，是户下人反抗的主要方式。从清军进关起，每年都有大批户下人逃亡，逃人已成为当时重大的社会问题。清朝统治者制定了极其严厉的“逃人”法，并颁布处罚失察官吏的法令。但用暴力维护落后的生产方式，是难以持久的，严刑峻法阻挡不住逃亡的潮流。户下人逃亡后参加汉族人民反对阶级压迫和民族压迫的斗争，成为冲击满族奴隶占有制残余的重要力量。
在满汉两族人民的联合反抗下，满族贵族不得不把旗地庄田制限制在畿辅范围内。1666年(康熙五年)鳌拜提出重新调整圈占土地(实际是再次圈占)，遭到人民群众更加猛烈的反对。康熙处死鳌拜后，被迫宣布永行停止圈占民间房地，禁止投充，放宽逃人法。
“壮丁”不断逃亡，庄田无人耕种，庄主只好招佃租种，收取租息，或典卖旗地给汉人。也有的“壮丁”将庄地出租或典卖，使庄田制逐渐为租佃关系所代替。“壮丁”的人身依附关系也跟着减弱，最后被放出为民，成为自谋生计的农民。
庄田制的解体，表明清朝统治者移植、扩大、维护落后农奴制于汉族地区的政策失败了。
江南人民进行反剃发斗争
鲁迅先生的《因太炎先生而想起的二三事》一文中有这样一段话：“当我还是孩子时，那时的老人指教我说：剃头担上的旗竿，三百年前是挂头的。满人入关，下令拖辫，剃头人沿路拉人剃发，谁敢抗拒，便砍下头来挂在旗竿上，再去拉别的人。”的确，历史上是曾有过不剃头便要砍头的野蛮刑法的。
清军占据北京后，迅速南下，占领了长江中下游广大地区。江南人民不甘忍受民族压迫，纷纷揭竿而起，进行反抗斗争。当时，清政权和汉族人民矛盾的焦点，是剃发。1645年(顺治二年)六月，清军发布剃发令，命令十天以内，江南汉人必须按照满人辫发风俗，一律剃发，“留头不留发，留发不留头，”违抗命令，砍头处死。
束发是汉族的传统，是几千年来的风俗习惯。人民群众受旧习俗的影响，是不愿意剃发的。清朝统治者强迫剃发，严重地伤害了汉族人民的民族感情。广大人民对清朝统治的严重不满情绪，也集中在剃发问题上表现出来。这时，一些反抗清朝的汉族官绅、知识分子利用群众情绪，以“头可断，发不可剃”作为号召，展开抗清斗争。其中，江苏江阴、嘉定人民的斗争，最为激烈。
剃发令宣布以后，江阴人民向清朝知县方亨请愿，要求留发。方亨粗暴地拒绝了群众的要求。群众被激怒，反口骂道：“你是明朝进士，头戴乌纱，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞，丑也不丑!”闰六月初一日，愤怒的群众集合起来，揪出方亨，投进监狱。同时，秀才许用等百余人，也在文庙集合，提出“头可断，发决不可剃”的口号。四乡人民闻风响应，参加斗争的群众达数十万之多。
人民推明典吏陈明遇、阎应元和秀才许用为首领，共议守城抗清。徽州商人程璧，先后捐银十七万五千两作军饷，并且自告奋勇，到洞庭、徽州等地去请援兵。投降清朝的明将刘良佐奉命攻城，屡战屡败。刘良佐与阎应元是旧相识，亲到城下劝降。阎应元说：“有降将军，无降典吏。”城上火箭齐发，刘良佐狼狈逃窜。清军云集江阴城下，有兵数十万，列营数百，围十重。江阴人民守城三个月，后来援尽粮绝，于八月二十日被清军攻破。城内居民又与清军展开英勇的巷战。陈明遇战死，阎应元被俘牺牲。城内男女老幼，没有一个人投降。清军死伤也很惨重。当地流传，江阴义师打死清军三王十八将，这虽然缺乏历史根据，但反映出人民对江阴守城英雄的赞颂。
嘉定的斗争也坚持了三个月。闰六月十三日，人民听说剃发令下，便组织反抗。清朝派明降将李成栋前往镇压。十七日，人民推举进士黄淳耀、通政使司左通政侯峒曾主持城防。在城楼上悬起了“嘉定恢剿义师”的大旗，抗击清军。城中男女老幼，纷纷参战。清军围城，多次猛攻不下。七月初四日五更，大雨如注，城上战士露天战斗三昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，饮食断绝。领队诸士绅也仗剑站立雨中。守城军民精疲力竭，难以支撑。清军用大炮轰击，城墙坍塌，于是乘虚登上城墙，拥进城内。这时，侯峒曾仍在墙楼上指挥，声色不变。他的两个儿子在旁问道：“事急了，怎么办?”侯峒曾答道；“死就是了，慌什么!”城破后，他率二子投河自尽。黄淳耀也自缢于僧舍，城中无一人投降。清军攻进嘉定，屠杀人民，掳夺财物，李成栋用了三百只大船，才运走他所抢夺的金帛子女。
但是，清军的残暴行为，吓不倒英勇的嘉定人民。二十天后，江东人朱瑛自称游击将军，带人进城，谋划驱逐清军，又遭到李成栋的屠杀。八月十六日，把总吴之藩起兵江东，反攻嘉定，不幸失败，嘉定接连遭到第三次大屠杀。这三次大屠杀，世称“嘉定三屠”。嘉定人民参加武装斗争有十几万人之众，先后壮烈牺牲约两万人。
江南人民的抗清斗争此伏彼起，英勇悲壮。规模较大的还有：生员陆世钥领导的太湖、长白荡地区抗清队伍，这支队伍曾与明吴淞提督吴志葵联合攻入苏州。中书舍人卢向观带领抗清队伍攻打南京，后退入太湖坚持斗争。翰林屠家美领导的嘉兴人民反剃发斗争，参加者也有数千人。这些分散的斗争最后都被清军镇压下去了。
南明政权的建立
明亡以后，长江以南的广大地区，先后建立了福王、鲁王、唐王、桂王等政权，统称为南明。
最早建立的是福王政权。李自成农民起义军推翻明中央政权的消息传到江南后，明朝陪都南京六部文武大臣决计拥立新君，重建明王朝。1644年(顺治元年)五月十五日，拥立福王朱由崧在南京即皇帝位，建立政府，定明年为弘光元年。这个政权控制着农民起义军兵锋未至的江南广大富庶地区，有五十万军队，力量相当雄厚。
福王政权一建立，就打着“报君父之仇”的旗号，与农民军相对抗。对于清朝统治者，则准备随时与之妥协。六月，他们派兵部侍郎左懋第等通使致谢，“相约杀贼”。明使臣带金一万两、银十万两、绸缎一万匹，作为酬谢清军入关破“贼”的礼品。还海运大米十万石、白银五万两，犒谢吴三桂。同时提出，消灭农民军后，清军退出山海关，由福王政权重建明王朝。每年给清统治者进贡白银十万两。清朝收下了南明的礼品，但拒绝了与之平分胜利果实的建议。他们扣留了左懋第，并部署军队，以豫亲王多铎为定国大将军，率师南下，攻打福王小朝廷。
福王政权极端腐败，根本不是清朝的对手。朱由崧深居宫中，过着荒淫无耻的生活。清兵南侵，警报时至，福王并不理睬。除夕，群臣进见，福王不乐，众人误认为他在为社稷担忧，再三劝慰。结果朱由崧答道：“后宫寥落，且新春南部无新声”，弄得群臣哭笑不得。朱由崧修建兴宁宫，所挂楹联是：“万事不如杯在手，一生几见月当头”。这些都深刻地反映出南明统治者颓废、空虚、腐朽的精神状态。
这时朝中官员又继续了明末的党争，作为政治上排除异己的手段，勾心斗角，乌烟瘴气。一些人指斥马士英及他所引荐的兵部尚书阮大铖为阉党，上本弹劾。马士英以拥立之功，指责他的对立面为东林党，竭力杀逐。除此之外，马士英等朝廷大员揽权行私，借口筹集兵饷，兴修宫殿，搜副民财，卖官鬻爵。当时，南京街头流传民谣：“中书随地有，都督满街走。监纪多如羊，职方贱如狗。相公只爱钱，皇帝但吃酒。扫尽江南钱，填塞马家口。”
福王的文武大臣中，实心为朝廷办事的只有兵部尚书史可法。他出行不张伞盖，吃饭不备两菜，睡眠不解衣带，多次上书，要求朱由崧卧薪尝胆，报仇雪恨。对于清军，他则幻想以黄河为界，共同镇压农民军。后来，他识破清军南下意图，一再呼吁朝廷注意。朱由崧和马士英却置若罔闻。在这个腐败的朝廷中，史可法孤掌难鸣。他的努力虽然博得一些人的同情和称赞，却无补于大局。
马士英的专横腐败，引起了一些大臣的不满和反对。1645年(顺治二年)，武昌守将左良玉以“清君侧”为名，带兵直攻南京。马士英调江北四镇军迎击，江淮防线一片空虚。清军乘机大举进犯。四月五日，多铎进攻泗州，渡过淮河。十八日，清军到达扬州城下。史可法督师扬州，困守孤城，调军队援助，各镇拒不听命。清廷曾多次写信给史可法诱降，史可法都严辞拒绝。这时多铎又五次写信给史可法，史可法都不启封。十九日清军攻城，史可法率领军民抗战七昼夜。二十五日城破，刘肇基领兵巷战，全部壮烈牺牲，无一人投降。清兵杀掳十天，把这座繁华的城镇变成一片废墟。史可法被俘，多铎宾礼相待，口称先生，以高官厚禄诱降，史可法不屈牺牲，表现了高尚的民族气节。
接着，清兵渡长江，到达南京。这时朱由崧正在夜宴，闻讯狼狈出奔，逃往芜湖。马士英逃往浙江(后降清)。留在南京的忻城伯赵之龙、尚书钱谦益，率文武百官投降，跪迎多铎进城。多铎派兵进攻芜湖，总兵田雄等献出朱由崧，投降了清朝。朱由崧被解入南京，百姓夹路唾骂，往他身上扔砖头瓦块。不久，朱由崧被清军处死。
清军攻占南京后，明王朝在浙江方面的残余势力，拥立鲁王朱以海在绍兴就监国位。同时，福建方面，又拥立唐王朱聿键在福州称帝。这时南明有了两个并存的政权。
鲁王监国，拥有浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，除了正规军外，还有各地的义军，拥有一定的实力。但这个小朝廷内部分裂不和，政治腐败，尤其是和唐王的关系，双方为了争夺领导权，不仅不能共同对敌，反而势同水火，给清军以各个击破的机会。因此，鲁王监国的一年中，虽然击退清军，收复海盐、乍浦等地，颇有一线生机，但终于敌不过强大的清军，最后完全失败。鲁王本人逃亡各地，飘泊海上，后来只好投奔郑成功。郑成功是唐王手下的人，桂王政权建立后，他又遥尊桂王，接受桂王封号，所以对鲁王以藩王相待。鲁王只好取消监国名号，在郑成功门下当一名食客，最后老死台湾。
鲁王政权中出现了一个十分杰出的抗清英雄——张煌言。张煌言，字玄著，号苍水，浙江鄞县人，崇祯时曾中举，明亡后，投笔从戎，参加了当时绍兴一带的抗清义师。鲁王监国后，官兵部右侍郎。鲁王逃往福建后，他在浙江继续抗清斗争。1654年(顺治十一年)，曾和石浦守将张名振率领数百艘船只由崇明入京口，抵达仪真，登金山，遥祭明孝陵。张名振不久死去，张煌言率领大军驻扎天台，他整顿队伍，军势大振。他又主动争取和郑成功团结合作。郑成功由于派系门户之见，对鲁王手下的人有很深的隔阂，但张煌言以大局为重，终于使得郑成功放弃成见，与张合作，并对张煌言十分敬重。1659年(顺治十六年)，张煌言和郑成功联合出师北伐，郑成功以招讨大元帅名义，请张煌言作监军，共率领水陆大军十七万人，从崇明直破瓜州、镇江，最后包围南京。当时江南义军纷纷响应，形势极为有利。张煌言又西进安徽，不到半个月的时间，就收复了徽州、宁国、太平、池州四府和二十几个州县。但由于当时战略战术上的一些错误，致使这次北伐终于失败。张煌言从1647~1659年十三年间，先后出师长江发动了八次北伐的战争，以1659年这次北伐规模最大。失败后，张煌言返回天台，他积蓄力量，准备待机而起。但不幸于1664年在一个叫悬山岙的孤岛上，被清军逮捕，不久在杭州被杀。他临死时态度从容，看见杭州西湖的美丽景色，叹息地说：“大好山色！”张煌言有坚强的意志和卓越的军事才能。他所领导的东南抗清运动，与郑成功的海上义师、西南李定国所领导的抗清队伍，鼎足而立，是抗击清军的重要力量。
唐王名聿键，1645年(顺治二年)在福州称帝，改福建为福京，福州为天兴府，年号隆武。唐王政权以天兴、建宁、延平、兴化为上游，汀州、漳州、邵武、泉州为下游，各设巡抚。福建的北部，自仙霞岭而外，有一百七十处都设兵把守。在军队方面，编排操练，以十万防守，十万出征，井然有序。除福建外，唐王政权的领土还兼有两广、云贵、湖南以及湖北、安徽、江西的一部分，很有光复的希望。唐王本人也虚心求治，颇有作为。但明王朝的腐朽无能，同样地也为这个南明小王朝所承袭。唐王政权的实权，完全掌握在大军阀郑芝龙的手里。郑芝龙本是海盗首领，崇祯时接受招抚，官至都督总兵官，福王时封为南安伯。他拥有海上霸权，富甲侯王。唐王是他拥立的，所以又以开国元勋自居，跋扈嚣张。在经济方面，对人民残酷剥削，多方榨取。唐王颁发的轻税薄徭的诏书，完全是一纸空文。在军事方面，郑芝龙拥兵自重，置国事不顾。这样一个小朝廷，当然是无法承担领导人民抗击外敌的重任的。1646年(顺治三年)，清兵攻入福州，唐王从延平出奔汀州，被清军所俘，死于福州。郑芝龙降清。唐王政权只有一年零三个月时间就告终结。
唐王死后，同年十一月，广西方面拥戴桂王朱由榔建立永历王朝，即帝位于肇庆。这是南明建立的最后一个抗清据点。
朱由榔懦弱寡断，昏庸腐朽，一生闻警即逃，颠沛流离。小朝廷内部，宦官专权，党争纷起。地方上则是军阀割据，你争我夺。桂王政权自始至终都处于朝不保夕的状况，朱由榔先后在肇庆、梧州、桂林、全州、武岗(湖南)、南宁、安隆(贵州)、昆明、缅甸等地安身，他受权臣军阀的挟制，最后被吴三桂在昆明用弓弦绞死，永历王朝也随之结束。