在卷39中有五倍子，这种药物是一种虫瘿，但是古来的本草把它误认为是植物的果实，有的把它放在木部，有的把它放在草部。李时珍对这种五倍子产生了怀疑，于是便进行了深入细致的观察，最后得到了正确的结论：生长在丛林里的盐肤木，在五六月间，有小虫像蚂蚁一般，吸取树体中的汁液，虫老了以后，便留下了种，以后又结成了小球。我们从这里可以看到李时珍对自然界的热爱以及对待事物一丝不苟的态度。在药性方面，他科学地指出，通过炮制、配伍等方法，可以改变药性；并提出不能以消除某一证状作为确定药性的惟一标准，还应考虑到证状得以消除的内在机理，结合整体效应来评定药性。他还记载了一些在人体或小动物身上所进行的简单的药理实验，更正了前人部分药物性味的谬误，如改玄精石“咸温”为“咸寒”，改兔肉“辛平”为“甘寒”等等。
（2）对药物栽培和炮制加工的重视
李时珍不仅在药物种类上进行比较详细的分析，而且对药物的栽培和药物的炮制加工方面都有比较深入的记述，有其独到之处。他曾说如果将牛蒡和萱草栽种在肥土上，这样牛蒡可以长得旺盛，萱草的花色深厚，而石菖蒲、石斛则以长在沙土者为良。他对于每种药物的播种季节和采收时间尤为重视，因为这是影响到每种药材质量的重要因素。如：紫草（卷12）：“……，三月逐垄下子，九月于熟时刈草，春社前后采根阴干，其根头有白毛如茸，未花时采，根色鲜明，过时采则根色黯恶，采时以石压扁曝干，收时忌入溺及驴马粪并烟气，皆令草黄色。”又如：雨后播种红花，立夏采挖延胡索，七月采牛蒡子等等，都是当时劳动人民在药物栽培上所积累的宝贵经验。
李时珍从他自己的实践过程中体会到，不能过于迷信书本，古代炮制方法不是不可以更改的，如巴戟天在《雷公炮炙论》中记载：“须用枸杞子汤浸一宿，待稍软，漉出，再酒浸一伏时，漉出同菊花熬焦黄，去菊花，以布拭干用。”李时珍说：“今法惟以酒浸一宿，锉焙入药，若急用，只以温水浸软，去心也。”
又如桔梗，在《雷公炮炙论》中强调：“凡用桔梗，须去头上尖硬二三分已末，并两畔附枝，于槐砧上细锉，用生百合捣膏投入水中，浸一伏时，滤出，缓火熬，令干用，每桔梗四两，用百合二两五。”李时珍说：“今但刮去浮皮，米泔水浸一夜，切片微炒用。”这样简化了工序，大大缩短了药物炮制过程的例子也是屡见不鲜的。
（3）增加了新的医学见解
在医学研究方面，李时珍凭借其精深的理论素养和丰富的临床经验，在书中阐发了许多医学见解。对铅中毒、汞中毒、一氧化碳中毒、肝吸虫病、寄生虫患者的癖嗜等疾病的认识，达到了相当精确的程度。首次论及人的胆石证疾病，并有一定的正确认识。在养生长寿方面，李时珍对方士滥服金石等药物以求长生不老的荒谬做法，进行了严肃批判，从医学角度对延年益寿的理论和方法进行了认真研究，书中共记载药物延缓衰老的案例10则，搜集历代合理的健身长寿之方552首，他自己创立新方59首，其中有些经现代研究证实的确有效。此外，推崇食物养生，对瓜果、蔬菜、乳汁、药酒及药粥的养生功效多有阐述。在预防医学研究方面，李时珍对前人经验进行了搜集整理，在“百病主治药”瘟疫一节，收录明以前防疫措施83种，如苍术熏烟、大蒜捣汁等，并提出天行瘟疫，且有用蒸汽消毒法预防疾病的记载，在当时也是最先进的预防手段。
（4）增加了新的种类
李时珍在《本草纲目》中增加了374种药物，这都是以前本草著作中所没有记载的，是李时珍首先发现它们的用途的。例如曼陀罗花，李时珍曾听到民间流传用曼陀罗花酿酒饮，会使人发笑和舞蹈，认为它有麻醉作用，他说：“八月采花，七月采火麻子花，阴干，等份为末，热酒调服三钱，少顷就昏昏如醉，割疮炙火宜先服此，则不觉苦也。”现代的药物研究也已证明曼陀罗花确是中药麻醉的重要药物。又如李时珍收录了三七，他说，三七产在广西山中，人们用它治疗跌打损伤，军队中用它治刀箭创伤。他肯定三七的性味功能，并说它味甘而苦，近似人参。我们知道人参和三七乃是同科同属的植物，都有皂苷一类的化学成分，为现在云南白药的主要成分。又如被李时珍发现有治疗毒蛇咬伤功效的半边莲，一直到今天在各地民间和医院的临床中都在广泛的运用着。
（5）为近代科学研究提供了重要的科学资料
本书除在药学、医学研究方面取得了很大成就外，对于其他学科的探究，也颇有成绩，收载了大量宝贵资料，英国卓越的科学家达尔文称《本草纲目》为“十六世纪的中国百科全书”。在植物学方面，李时珍对明以前植物学文献进行了广泛地收集整理，加上个人实地考察，详尽地保存了植物产地、形态、鉴别等方面的资料，对于今人进行植物品种考证以及植物学研究和开发方面，都有很重要的参考价值。其在动物学研究方面，记载了400余种动物药，其中一部分为稀有动物，书中对它们的形态、产地、生境、习性、繁殖、遗传变异等都有深入的研究和细致的描述。其中关于金鱼在家养下发生变异的事实，以及鸡的7个品种的描述，曾被达尔文引用在他的《动物和植物在家养下的变异》一书中。在矿物学和化学研究方面，记载了许多金属、金属矿物、非金属矿物知识，以及丰富的无机化学、冶炼技术等内容，如据矿物学家们研究，《本草纲目》中大部分矿物药，其命名已可确定，说明了它的记载是有科学依据的。例如在介绍金时这样写道：“金有山金、沙金两种，其色七青八黄，九紫十赤，以赤为足色，和银者性柔，和铜者性硬，试石则有声。”这就介绍了黄金的种类及其鉴别方法。李时珍是反对丹士们炼丹求仙的，但是他也发现在炼丹过程中出现的一些有科学价值的东西，对不少化合物的来源和形成过程，他都描写得很详细，蒸馏、升华、重结晶、风化、沉淀、干燥、烧灼等的制药方法都有记载。所记述的制取碱式碳酸铅（粉锡）及醋酸铅（铅霜）、利用消石与矾石分解和氧化作用以制备铅丹等方法，都真实地反映了当时的化学水平。
此外，李时珍在对豆腐、豆豉、鱼蚱等制造方法，以及对人粪、人尿、人乳、人血等等的变化过程也进行了研究，为研究生物化学也提供了一定的资料。对于一些自然现象，他都进行了致密的观察，如对雪花六出的形态及雪花和农业生产的关系都说得一清二楚；对云、雨、霜、雹的形成，对水质的分析都做了大量的工作，积累了大量的资料。
由于《本草纲目》受其诞生的历史条件所限制，仍然存在一些缺点和不足，如对于药物的形态、产地等部分的记载还很简单，所绘之图也较粗糙，还有不少错误和迷信的地方，如说萤火虫是从茅竹根部变化而成；又如把灵床上鞋、孝子衫等放入本草中也是不合适的。有一些药物的名称、疗效还有待进一步研究。又李时珍在卷首中对明初的《救荒本草》一书倍加推崇，说此书图文并茂，但他却很少引用，不知什么缘故。尽管《本草纲目》有这些不足之处，仍然无损于这本书的价值。
《本草纲目》在国外的传播情况如何？
《本草纲目》出版以后，引起了世界各国的重视，首先在日本，1607年由林道春传入。1637年日本即有翻印本出版，1783年又以附注的日译本出版，以后又有多种附注或注释的版本出现。其次在欧洲，1647年波兰人卜弥格（或称波姆）（MichaelBoym．公元1612～1650年）来华，他首先将《本草纲目》译为《中国植物志》于1657年以拉丁文出版，这部书出版后对整个欧洲的植物学研究起了很大的推动作用。伟大的生物进化论者达尔文也从其中汲取了不少可贵的营养。1735年在法国巴黎出版了《中国史地年事政治记录》（为法国学者DuHalae所著），其中就有法文的《本草纲目》数卷。《本草纲目》也有英语译本，即R．Broches和E．Cave的两种译本，以后英国学者伊博恩（B．E．Rehd）又将《本草纲目》全部译成英文。
据统计，《本草纲目》在世界上已有拉丁、法、德、英、日、俄等文字版本在广泛流传着，丰富了世界医药学的宝库。
《本草纲目》序例所列宜忌
李时珍认为五味宜忌有哪些？
五欲肝欲酸，心欲苦，脾欲甘，肺欲辛，肾欲咸，此五味合五脏之气也。
五宜青色宜酸，肝病宜食麻、犬、李、韭。赤色宜苦，心病宜食麦、羊、杏、薤。黄色宜甘，脾病宜食粳、牛、枣、葵。白色宜辛，肺病宜食黄黍、鸡、桃、葱。黑色宜咸，肾病宜食大豆、黄豆、猪、栗、藿。
五禁肝病禁辛，宜食甘：粳、牛、枣、葵。心病禁咸，宜食酸：麻、犬、李、韭。脾病禁酸，宜食咸：大豆、猪、栗、藿。肺病禁苦，宜食猪：麦、羊、杏、薤。肾病禁甘，宜食辛：黄黍、鸡、桃、葱。
五走酸走筋，筋病毋多食酸，多食令人癃。酸气涩收，胞得酸而缩卷，故水道不通也。苦走骨，骨病毋多食苦，多食令人变呕。苦入下脘，三焦皆闭，故变呕也。甘走肉，肉病毋多食甘，多食令人悗心。甘气柔润，胃柔则缓，缓则虫动，故悗心也。辛走气，气病毋多食辛，多食令人洞心。辛走上焦，与气俱行，久留心下，故洞心也。咸走血，血病毋多食咸，多食令人渴。血与咸相得则凝，凝则胃汁注之，故咽路焦而舌本干。九针论作咸走骨，骨病毋多食咸。苦走血，血病毋多食苦。
五伤酸伤筋，辛胜酸。苦伤气，咸胜苦。甘伤肉，酸胜甘。辛伤皮毛，苦胜辛。咸伤血，甘胜咸。
五过味过于酸，肝气以津，脾气乃绝，肉胝□而唇揭。味过于苦，脾气不濡，胃气乃厚，皮槁而毛拔。味过于甘，心气喘满，色黑，肾气不平，骨痛而发落。味过于辛，筋脉沮绝，精神乃失，筋急而爪枯。味过于咸，大骨气劳，短肌，心气抑，脉凝涩而变色。
“五味偏胜”是李时珍提出的吗？
岐伯曰：五味入胃，各归所喜。酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，咸先入肾。久而增气，物化之常；气增而久，夭之由也。故“五味偏胜”是李时珍引用前人所述。
李时珍认为配伍相反的药有哪些？
甘草反大戟、芫花、甘遂、海藻。
乌头反贝母、栝楼、半夏、白蔹、白芨。
河豚反煤炲、荆芥、防风、菊花、桔梗、甘草、乌头、附子。
蜜反生葱。
柿反蟹。
服中药时应忌食哪些食物？
白术、苍术忌吃桃、李及雀肉、菘菜、青鱼。
巴豆忌吃芦笋、菰笋、酱、豆豉、冷水及野猪肉。
黄连、胡黄连忌吃猪肉和冷水。
半夏、菖蒲忌吃饴糖、羊肉和羊血。
空青、丹砂和轻粉忌吃一切血。
天门冬、紫苏、丹砂和龙骨忌吃鲤鱼。
牡丹忌吃胡荽和蒜。
常山忌吃生葱和生菜。
地黄和何首乌忌吃葱、蒜、萝卜、一切血。
甘草忌吃菘菜、猪肉和海菜。
李时珍认为哪些食物相克？
饮食也不应同时混用，《本草纲目》中所记载的食物禁忌，今摘录下来，供参考。
猪肉忌生姜、荞麦、葵菜、胡荽、梅子、炒豆、牛肉、羊肝、鹌鹑等。
猪肝忌鱼绘、鹌鹑、鲤鱼肠子等。
猪心肺忌饴糖、白花菜、吴茱萸等。
鸡肉忌胡蒜、芥末、生葱、糯米、李子、鱼汁、狗肉、鲤鱼、
兔肉、鳖肉、野鸡等。
鸡蛋同鸡。
鲤鱼忌猪肝、葵菜、狗肉、鸡肉。
鲫鱼忌芥菜、蒜、糖、猪肝、鸡、野鸡、鹿肉、猴肉等。
黄鱼忌荞麦。
鳅、鳝忌狗肉和桑柴火煮。
鳖肉忌苋菜、薄荷、芥菜、桃子、鸡蛋、鸭肉、猪肉、兔肉等。
羊肉忌梅子、小豆、豆酱、荞麦、鱼绘、猪肉、醋、酪、鲜物。
羊心肝忌梅、小豆、生椒、苦笋等。
牛肉忌黍米、韭薤、生姜、猪肉、狗肉、粟子等。
牛肝忌鲇鱼。
牛奶忌生鱼和酸物。
兔肉忌生姜、橘皮、芥末、鸡肉、鹿肉、獭肉等。
犬肉忌菱角、蒜、牛肠、鲤鱼、鳝鱼等。
野鸭忌胡桃、木耳。
鸭蛋忌李子和鳖肉。
雀肉忌李子、酱和各种动物的肝。
鹌鹑忌菌子和木耳。
螃蟹忌荆芥、柿子、橘子、软枣等。
炒豆忌猪肉。
黍米忌葵菜、蜜、牛肉。
绿豆忌榧子、鲤鱼。
虾子忌猪肉、鸡肉。
李子忌蜜、浆水、鸭、雀肉、鸡、獐等。
枣子忌葱、鱼。
桃子忌鳖肉。
橙橘忌槟榔、獭肉。
杨梅忌生葱。
各种瓜忌油饼。
沙糖忌鲫鱼、笋、葵菜。
胡荽忌猪肉。
白花菜忌猪心肺。
胡蒜忌腌鱼、鲫鱼、狗肉、鸡。
生葱忌蜜、鸡、枣、狗肉、杨梅等。
生姜忌猪肉、牛肉、兔肉、马肉。
栗子忌牛肉。
核桃忌野鸭、酒、野鸡。
木耳忌野鸡肉、野鸭、鹌鹑。
梅子忌猪肉、羊肉、獐肉。
李时珍认为有毒的果鱼禽兽有哪些？
果类有两个核仁的桃及果中没有长核的都有毒，食用害人。五月吃未长成核的果，会使人发疮疖及寒热。秋冬时节果落地上被恶虫喙蚀的，吃了使人患久漏。
鱼类眼睛上长有睫毛的鱼、眼睛能开合的鱼、脑中连珠的鱼、没有腮的鱼、两个眼睛不同的鱼、腹下有红字的鱼、眼睛为白色的鳖、颌下有骨的鳖、煮不弯的虾、长白胡须的虾、腹下有毛的蟹、两眼睛相向的蟹。
禽类眼睛是白色的鸭、爪后面突出像脚趾的部分有四个的鸡、白鸟黑头、黑鸟白头、鸟脚不伸展、腹有八字纹、爪后面突出像脚趾的部分有四个或六个的鸟。
兽类兽尾有叉、鹿长豹的花纹、羊独角及多角、羊心有孔、白羊黑头、黑羊白头、白马黑头、暴晒的肉不干燥、肉不沾土、马蹄夜目、犬悬蹄肉、米瓮中肉、肝有黑色、肉中多有黑星。
百病主治药（上）所述病证有哪些？
诸风痉风项强癫痫卒厥伤寒热病
暑湿火热诸气痰饮脾胃
吞酸嘈杂噎膈反胃呕吐哕畹呃逆
霍乱泄泻痢疟
跌仆折伤（肠出杖疮）
五绝（缢死、溺死、压死、冻死、惊死）
诸虫伤（蛇虺、蜈蚣、蜂虿、蜘蛛、蠼螋、蚕蛓、蚯蚓、蜗牛、射工、沙虱、蛭、蝼蛄、蚁、蝇、蚰蜒、辟除诸虫）
诸兽伤（虎狼、熊罷、猪猫、犬、驴马、鼠咬、人咬）
诸毒（金石、草木、果菜、虫鱼、禽兽）
蛊毒诸物哽咽妇人经水
带下崩中漏下（月水不止、五十行经）胎前（子烦、胎啼）
产难（死胎、生胎）产后（下乳、回轧、断产）
阴病（阴寒、阴吹、阴肿痛、阴痒阴蚀、阴脱、产门不合、产门生合、脬损）
小儿初生诸病（沐浴、解毒、便闭、不啼、不乳、吐乳、无皮、目闭、血眼、肾缩、解颅、囟陷、囟肿、项软、龟背、语迟、行迟、流涎、夜啼、脐肿、脐风）
惊痫诸疳痘疮小儿状惊痫
百病主治药（下）所述病证有哪些？
痛风头痛眩晕眼目耳
面皇唇口舌咽喉
音声牙齿须发胡臭丹毒
风瘙疹痱疬疡癜风瘿瘤疣痣瘰疬九漏
痈疽诸疮（上下）
外伤诸疮（漆疮、冻疮、皲裂、灸疮、汤火疮）
金镞竹木伤