一九六二年夏，小说的终稿第六稿完成，工人出版社准备出版，并事先印了一些样书，再次征求多方意见。当时的中宣部副部长周扬是李建彤的老师，李建彤也送了一份给他，他和夫人苏灵扬读了之后，对这部小说给予了很高的评价，并告诉作者：“我们全家看了都很感动。”在之后的大连会议期间，周扬在大会上和闲谈时曾经多次把《刘志丹》作为近期出现的优秀作品向大家推荐。刘志丹的老战友马锡五同样十分支持这部小说，并多次劝习仲勋转变态度，支持小说《刘志丹》，连刘景范也改变了原先的观点，对习仲勋说：“陕北的领导干部死的死，坏的坏，《刘志丹》这本书，你不支持谁支持？”于是，习仲勋放弃了不让出版的想法，表示：“你们一定要出版也可以嘛。”正是这一支持，后来为习仲勋招来主持“反党”小说的罪名，使他蒙受了多年的不白之冤。
一九六二年七月二十一日，阎红彦从昆明去北戴河参加中央工作会议，途经北京时得知一位老战友收到了《刘志丹》（上卷）样书，知道这部小说即将出版，便借来阅读。之后，又收到了作者送来的样书，征求他的意见。据黎之回忆，阎红彦在阅读了样书中的一些章节后，发现文本“没有突出谢子长，不能全面反映陕北那个时代的历史”，便马上打电话给一位西北老同志，要求他转告作者，小说需要修改，建议暂缓出版。在七月二十二、二十三日继续阅读了文本的其他部分后，阎红彦写了一封信给李建彤，说：“写一些合乎实际、有教育意义的文章回忆刘志丹或其他同志，这是好的。你写的《刘志丹》，我抽看了几篇，这事实上是用小说形式总结了西北的革命斗争历史，这就不能不涉及许多原则问题，有些问题是需要中央做结论的，一个作者是负不了责任的，你的文章很多原则性的问题与历史不符，因此不宜发表。
而李建彤显然更乐于接受工人出版社以前提出的方案，即先在报纸上发表一点，听听群众的意见。一九六二年七月二十八日，《工人日报》率先刊登了《刘志丹》的部分内容，并加上编者按：“《刘志丹》是一部以真实事件为基础进行艺术概括的长篇传记小说。书中生动地记述了刘志丹光辉的一生。同时也反映了西北地区革命斗争特别是陕甘宁边区创建的过程。”紧接着，《中国青年》和《光明日报》也开始连载小说。可是，八月五日，《工人日报》却接到上级通知，停止刊载。从七月二十八日到八月五日，小说《刘志丹》与读者谋面的时间仅就一周左右。一周后，这部小说就开始了它漫长的重重审查生涯。
以往的文学史研究在分析《刘志丹》冤案的发生时，大多认为，毛泽东对小说作出定性是由于八届十中全会上的讲话内容，却不难发现其对《刘志丹》的“反党小说”定性时间，应该早于这次全会的召开。一九六二年九月二十四日到二十七日，党的八届十中全会在北京召开。九月二十四日上午十点，毛泽东在怀仁堂宣布会议召开。在总结了北戴河提出的阶级、形势、矛盾三个问题后，毛泽东谈党应该如何对待国内外修正主义。讲到这里，毛泽东的话锋陡转，开始谈写小说与反党活动的问题。对于毛泽东为何突然转变话题，史家的一致看法是源于康生写的“利用小说进行反党活动，是一大发明”的纸条。而康生在何时递的纸条，说法不一。有论者认为纸条是康生在毛泽东讲话时递上的，也有论者认为康生在会议之前就已经向毛泽东递过纸条，全会上毛泽东只是把这张纸条又念了一遍。从毛泽东后面的讲话内容看，后一种说法似乎更为可信。紧接着，彭德怀、习仲勋、张闻天、黄克诚、贾拓夫就被宣布没有资格参加这次会议，并被指示这是由政治局常委决定的，而他们被取消参加会议资格的原因是他们这五个人都是被审查的主要分子。而早在九月二十二日，中共中央就已决定对“习（仲勋）、贾（拓夫）、刘（景范）反党集团”正式立案审查。说明在开会以前，这几个人就已经被认定犯了非常重大的罪了。如果说彭德怀、张闻天和黄克诚是因为庐山会议事件而犯下难以容忍的“罪恶”的话，那么，习仲勋和贾拓夫的“罪恶”，自然就是全会上所说的“利用小说进行反党活动”了。
北戴河会议和八届十中全会预备会议中到底讨论了什么内容，证明习仲勋、贾拓夫犯了“利用小说进行反党活动”的“罪恶”呢？问题恐怕还是要从阎红彦说起。
一九六二年八月三日，阎红彦来到北戴河，发现《工人日报》、《中国青年》和《光明日报》已经开始连载《刘志丹》了，深感意外之下，立即向全国总工会、团中央负责人提出停止发表的意见。八月五日，《工人日报》停止连载；八月十七日，阎红彦给杨尚昆写了一封信，九月三日，又致信书记处。在信中，阎红彦把他所发现的不符合历史真实的问题和高岗联系了起来，“我觉得《刘志丹》这本书的内容，主要是利用宣传刘志丹的名义，把高岗的边区高干会及‘七大’前后的西北历史座谈会上，为了把自己说成是西北革命领袖而篡改的边区历史结论，重新加以宣传和肯定“。并建议把这本书发给参加十中全会的西北老同志看看，由中宣部就这本书组织一次座谈，用三到五天时间谈清楚书中所涉及到的一些原则性问题。同时，阎红彦还根据自己的理解，采用索引式阅读法，列出了一张小说人物与历史人物的对照表，以及一些人的背景、简历，并列举材料，证明小说中的许钟就是习仲勋，罗炎就是高岗。
阎红彦是怎样把小说《刘志丹》从没有突出谢子长扯到”为高岗翻案“这样一个问题上的呢？这就要提及中国共产党历史上长期悬而未决的一个问题：“西北历史问题”。中共党史上的红军长征到达陕北之前，西北地区陕甘根据地的革命成绩、领导权，以及创建人之间的功过是非等问题，在有关当事人中长期存在着不同意见。一九四二年十月和一九四五年七月，党中央分别在“边区高干会”和“西北历史问题座谈会”上讨论了这一问题，不但未得到解决，反而因领导人功过是非引起了阎红彦等人与高岗的争执，阎红彦从夸大西北党的作用、夸大陕甘游击战争和夸大高岗个人作用三个方面指责高岗夸大边区历史。高岗夸大个人历史作用，这点早有定论。但谈及西北党和陕甘游击战争的历史作用，各家说法历来不一。部分西北干部认为，在开创苏区、建立革命根据地、组织红军队伍方面，他们所取得的成绩并不亚于中央红军，而且“陕北曾经救过中央”。因而，在书写边区革命历史的时候，应给予他们相应的地位。另一部分西北干部和绝大多数中央干部则认为，只有中央红军才是贡献最大，功劳最高的，其他部队都不应超越中央红军，包括西北红军在内。一九三五年应该是中央救了陕北，就像习仲勋说的，如果不是中央红军来了，陕北这块根据地也就完了。高岗属于前者，阎红彦属于后者。看了小说《刘志丹》后，阎红彦认为，小说犯了与高岗同样的错误，夸大了边区革命历史，进而是在为高岗一九四二年得出的边区历史结论翻案。而且，在刘、谢等领导人的地位高低问题上，中央还没有排出谁第一，谁第二的结论，李建彤就擅自将刘志丹抬得过高，也是在夸大边区历史。而李建彤的理解却是阎红彦在抓住一九三五年陕北错误肃反中的刘志丹问题没有做出结论在做文章，并加以激烈反驳，“谁说没有结论？《关于若干历史问题的决议》不就是结论吗？毛泽东同志为刘志丹的题词‘群众领袖、民族英雄’，周恩来同志的题词：‘上下五千年，英雄万万千，人民的英雄，要数刘志丹’，不是对刘志丹同志也做出了评价吗？我就是按照这个评价去写的。我认为，不能听见什么人吹一口气，就当成十二级台风……”在中央没有做结论的历史这一问题上，阎红彦的观点和李建彤的理解之间出现了偏差。
不管怎么说，阎红彦所谓的《刘志丹》为高岗翻案，指的是一九四二年边区历史问题这个“案”，讨论的是文本真实与历史真实之间的关系，强调文本不能虚构重大党史史实。而这一意见到了康生手里，内在含义就全变了。康生借用阎红彦的说法，指责小说为高岗翻案。但他采用了“偷梁换柱”的手法，将阎红彦所说的边区历史问题案，换成了一九五四年中央在七届四中全会上给“高饶问题”定的案。同样是为高岗翻案，前者是史实问题的讨论，后者则成了反党反革命的铁证。
一九六二年八月二十四日，康生致信杨尚昆，要求书记处处理《刘志丹》“带有政治倾向性”的问题，并下令通知各报刊不准发表该作品。随后，他又写信给中央办公厅，要把这本书处理成政治案件。当时作者已经修改到第六稿，而康生却通知工人出版社赶印小说第五稿六百本、第三稿三百本，送中央会议审查。因此，八月二十六日的八届十中全会预备会议上，与会人员读到的都是小说的第三、五稿，而非周扬、马锡五和习仲勋等读到的第六稿。九月八日，阎红彦在西南小组会上指出，“在当前国内国外的气候下，各路人马都借机出动闹‘翻案’，小说《刘志丹》是习仲勋同志‘主持’写的，是利用宣传刘志丹来宣传高岗”，随后康生紧接着的一句话，就使“翻案”这一本就含有政治色彩的话语更为敏感化，“现在的中心问题是，为什么要在这个时候来宣传高岗？”康生的用意很明显，确定小说为高岗翻案，就可以将其定性为反党反革命，而主持写作的人，自然也是反党反革命的了。
于是，九月二十二日，中共中央决定对“习（仲勋）、贾（拓夫）、刘（景范）反党集团”正式立案审查，成立由二十人组成的“清查习仲勋等同志反党活动的专案审查委员会”，康生任委员会主要负责人。九月二十四日，毛泽东在大会上宣布取消习仲勋和贾拓夫参加八届十中全会资格、参加一切重要会议的资格及上天安门的资格。从成立审查团到取消被审查人的与会资格，前后不过两天时间，难道这么短的时间就能把他们的反革命行为查清楚并加以确认了吗？而且，不管阎红彦和康生对《刘志丹》发难的各自动机如何，有一点可以肯定，即以他们二人的身份，是无论如何也不可能在这样一个并没有确凿证据的情况下，就能取得中共中央政治局常委的支持，将批判的大棒从一部小说直接挥到国务院副总理身上。第八届中共中央政治局常委（一九五六年九月——一九六九年四月）由毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、陈云、邓小平以及林彪七人组成，显然，批判小说《刘志丹》以及所谓的“背后主谋”习仲勋、贾拓夫，这七个人在八届十中全会之前就已知晓内情了，否则，就不会在全会第一天即宣布习仲勋、贾拓夫没有资格参加会议。而在这七个人中，起关键作用的就是毛泽东。据黎之回忆，早在七月二十五日，毛泽东在北戴河召开的中央工作会议上，已经开始大抓阶级斗争，狠批“利用小说反党”了。对军队斗争的敏感，加上对文艺界修正主义的错误担心，最终导致了小说冤案的发生。
在中国工农红军的组成部分中，西北红军是一个特殊的存在。作为土地革命时期中国共产党在西北地区的重要武装力量之一，这支军队曾为新中国无产阶级政权的建立立下汗马功劳，但这并非它的特殊性，工农红军的每一支部队都是革命政权建立不可或缺的力量。它的特殊就在于，这支军队的领导人与中央领导之间产生的一而再，再而三的摩擦。一九三五年，毛泽东领导的红一方面军与张国焘领导的红四方面军会师后不久，即发生路线分歧，给党和红军的团结，投下了浓重的阴影。一九五四年高岗问题发生，而且部分西北将领在谈到中央红军与西北红军地位高低问题时的观点，也引起了一些中央领导的不满。在阶级斗争日益扩大化的形势下，批判《刘志丹》，不仅重提军队内部过去的矛盾，同时又成为射向文艺界的一发炮弹。
发动对小说《刘志丹》的批判，康生无疑就扮演了这样一个“助力”的角色。在康生的授意下，专案组从李建彤处拿走了全部创作材料，并从工人出版社拿走了习仲勋关于该书的两次谈话记录，成立了《刘志丹》稿件审查小组。一九六二年十月二日，康生布置了审查工作的三个步骤：第一步：“集中力量研究《刘志丹》这本书及围绕这本书的一切问题和联系”，“彻底弄清写这本书的经过情形及各方面人的政治态度”；第二步：揭发习仲勋在中宣部、文委工作时期的问题；第三步：审查西北地区党校、革命博物馆关于陕北革命史的宣传。康生还一再指示专案组，要查出“为高岗翻案”的例证，“高岗是陕北王”，而习仲勋是接班人。为了找到康生所想要的“阴谋”，专案组对习仲勋、刘景范等人反复批斗，一次次地逼迫李建彤交待写书的过程，却始终没有从李建彤的交代中发现任何阴谋的影子。专案审查从一九六二年一直持续到一九六六年，期间，大批西北五省的省级干部被调到北京接受审查，并被诬为反党分子。一九六三年五月，审查小组写出《对（刘志丹）一书的审查报告（草稿）》，在“夸大和歪曲”西北根据地的地位和作用、“为高岗翻案”的原有罪名上，又捏造了几条更为严重的罪状：“把毛泽东思想变成了刘志丹思想”、“吹捧习仲勋”。一九六六年五月，这份报告再次升级，不仅肯定了原先的审查结论，而且子虚乌有地加进了康生一直想找却找不到的所谓“阴谋”：“写《刘志丹》一书是习仲勋反党秘密集团蓄谋已久的。习仲勋是《刘志丹》的第一作者，刘景范是第二作者，执笔者是李建彤。”在这些审查结果的指控下，涉及这一案件的干部均未得到幸免，文艺界冤案迭起。而以总结此案为名作出的三条规定，更使得文坛文字狱大兴，影射比附之风盛行。