“当国家承平之时，学者不得与他人同其荣，艰难时却不得不与他人同其厄，此乱世学者生活之尤不得不受政治支配也。”这种过来人的伤心语确能反映其中滋味。第二次世界大战期间，中法两国同遭侵占，伯希和在艰难困苦之下虽坚持研究，与中国学者的联系却告中断。战争结束，伯希和刚恢复正常工作，即因癌症于1945年10月与世长辞。葛兰言、马伯乐也先此一病逝一圉死。而中国学者经历了更为长期的战乱之苦，牺牲惨重。遭遇相似，更加感同身受。1945年春得知马伯乐逝世时，方豪还为文悼念，及闻“伯希和之丧，乃以其著述之富，竟有不能执笔志哀之感”。历经劫难、身心交瘁的陈垣“阅报知伯希和先生已作古，更为之怅然”。
恢复后的《燕京学报》第30期刊登1941—1945年死难的中外著名学者的生平简历，以为悼念。编者按道：“吾国自七七事变以后，国学名家，或忠贞自持，愁苦以终；或慷慨赴义，身膏敌刃。若张孟劬、冯承钧、张荫麟、吴其昌诸氏之逝世，姚名达先生之殉国，皆我国文化界之重大损失。而法国自沦陷以来，学人艰苦，不下中华，汉学三大师，皆于战争期间，相继逝世。大儒凋落，冀北群空，此尤西方汉学界之大损失已。特辑诸大师事略，用资景仰。”其中翁独健所撰伯希和传，对其推崇备至：“先生之学精湛渊博，几若无涯岸之可望，辙迹之可寻。举凡我国之目录版本、语言文字、考古艺术、宗教文化、东西交通以及边疆史地等，先生几皆有深刻之研究与精粹之论著。然详绎先生之著作，其所以能超越前人，决疑制胜，盖得力于先生之精通亚洲各种语文，注意版本校勘，与新史料之搜求应用。”
翁独健的盖棺定论与20世纪30年代傅斯年所言一致，后者总结道：“伯君将已泯灭之数个中亚语言恢复之，为中亚史之各面及中国外向关系增加极重要的几章，纠正无数汉学之错误，鞭策一切之汉学而为妄说者以向谨严，继茹里安、沙畹以建立巴黎汉学派之正统。影响所及，德、奥、瑞典、英国、美国以及日本。此君固中国以外，全世界治汉学者奉为祭酒者也。”
但是，伯希和的学术地位与水平也时常遭到挑战。早在1910年前后，法国学术界的一些人就怀疑伯希和在莫高窟所写关于敦煌卷子的按语和评论是否属实，“他们简直不明白，在荒野上和远离图书馆的地方，他怎么还能够详细地回忆起某些论据和原文”，进而疑心其所得遗书为赝品。晚年又有人不满他无系统著作，指其“惟乏组织与创造力，故无专门巨著。生平述作，多以书评式为之”。前一怀疑容易澄清，后一指责难以解脱。直到当代，伯希和的学术地位仍不时受到质疑，或称之为“杂家”，或说他：“主要是位语文学家。他对文献本身的兴趣要比对历史的兴趣大。”“伯希和从来没有出版过整部的著作，但发表了大量的文章和短文，涉及的题目极为广泛：地理学、文献学、宗教教派等。”
对于“论者颇有以偏狭琐屑为先生之学病”的指摘，翁独健曾加以申辩：“其实先生之治学精神，求精确不求广阔，求专门不求闳通，宁失之狭细，不宁失之广泛，此正先生之长处，悉足为先生病。”然而，伯希和的本意，应无精确与广阔、专门与闳通的对立。对此所生争议，固然反映了不同学术流派的观念分歧，更重要的还是见识高低。今人往往误以撰述为博通，其实通与不通，不在作品的形式，而在其达到的境界。就此而论，伯希和所为仍与沙畹关系匪浅。西洋汉学之所以到沙畹始成一种系统的专门学问，在于他对这一领域的艰深博大有着切身体验，懂得“中国有史三十世纪而迄未间断，其雄伟深奥，确可成一独立学科而有余，盖非久涉猎之士，不经训练所能操觚者矣”。因此“深用逊抑，自限于书本功夫与中外关系，以产生其卓特之贡献”。不仅以此自律，更用以教学。伯希和对此心领神会，他涉及范围更广，治学更严。在评论赫尔满（Albert Herrmann）为哈佛燕京研究所编制的《中国历史商业地图》时，他说：“就吾人现在知识程度而言，标题似乎略有夸张。而一人之工力，绝不能足成此种宇宙间如是广大之问题。既有人创其始，我辈个人应各就学识所及详究而补充之。”
文史研究，把握博通与专精为一高超艺术，既有赖于各相关分支的进步，又需个人独创。集体攻坚，无非凑合，单枪匹马，则力有不逮。加以学术重在发明，而非编撰。高明如伯氏，多数所谓专著在他或为常识，而他的短评则往往是著述之上的创见。“知识增时转益疑”，敢于出手的潜台词，大抵是不知深浅。
伯希和所受非难，并非个别偶然。20世纪前半叶，中国学术进入推陈出新的时代，西风所被之下重新解释的需求，使得一些人在缺乏具体研究的基础上，急于将旧知识拼成新系统，以博取时名，造成社会名气大者学问往往浅，学术高深之人却知名度有限的现象。早在20世纪20年代，柳诒徵即指出学者分为有学无术与有术无学两种，前者由实验室、图书馆产出，后者由官厅会场、报纸、专电、火车、汽车生成，“潮流所趋，视线所集，则惟后者为归”。但此等学者愈多，则学术愈晦。这也即孙楷第所说：“凡夫庸流所震荡者为名浮于实之闻人，其实浮于名者，或不能尽知。一为社会的，一为真实的。”
20世纪20年代以后，中国不断邀请国际知名学者文人来华讲学演说，但所讲大都并非本行。伯希和虽然来华多次，却极少作专业以外的公开演讲。其超越理论家的严密研究，绝非一般浅学外行所能领会，而与中国当时的普遍学风不相融洽。以中国上古史为例，存在泥、疑、考、释四派。泥古囿于旧说，不足与谈学术。“疑古失于臆断，释古流于比附。考古本治史大道，但也苦于狭窄，且不是每一学人所能从事。”以时名论，疑、释两派成名较速，声名较响，但牵强附会处实多，所以时人有专讲史法者史学往往不甚高明之叹。而考古之狭，如乾嘉之学流于琐碎，缘于学人功力识见有限。历此狭境而能贯通，则成正果，否则宜守一得之见。因为不经此境或功力不足，往往非臆断即比附。
中古史亦然。有人评论“当代研究中古史成绩最著之学者”陈寅恪的《唐代政治史述论稿》，指出：“近人多诟病考据之学，谓其流于琐碎，无裨世用。惟是史学以探求真实为最高理想，原不必悉以资用，则考据又乌可废？陈氏是书所讨论之诸问题，为吾国中古史关键所在，不但李唐三百年之盛衰兴亡而已。此本书所以异于时人所讥之琐碎考据，亦异于剪裁陈言、纂辑成书之史钞，更大异于具有成见与含有宣传性之史论。”陈寅恪对乾嘉考据颇有微词，而推崇宋代学术。陈垣不赞成“空泛而弘廓”的思想史文化史之类，主张“缩短战线，专精一二类或一二朝代”，否则“虽日书万言，可以得名，可以啖饭，终成为讲义的教科书的，三五年间即归消灭，无当于名山之业也”。二人神均与伯希和相通，即求精通而不流于博而泛或专而偏。
伯氏在掌握语言、版本校勘与搜求应用新史料三方面用功极深，但仍为工具，目的还在研究历史，只是更具谨守阙疑与发明的自觉。其考据注释，不仅较许多通史更富学术价值，其通识与驾驭力也远在他人之上。大儒沈曾植的学问据说当时仅三数人懂得，而他与伯希和“谈契丹、蒙古、畏兀儿国书及牟尼、婆罗门诸教源流，滔滔不绝，坐中亦无可搀言”。1919年，王国维翻译伯氏8年前在法兰西学院的就职演说，仍赞叹其“实举近年来东方语学文学史学研究之成绩而以一篇括之”。可惜他的《元朝秘史》研究和《马可波罗游记》注释未能及身而成。
伯氏死后，其靠天才加勤奋的学识只能由多人分别继承。欧洲汉学在路径转换、不断发展的同时，制高点却不免降低。1946年8月，德国汉学家福兰克因营养欠佳逝世，有人认为：“其最后目睹老大帝国与其所领导西洋汉学家同归于尽，同时现代西洋汉学与十九世纪前辈大师之联系亦告中断。”从此，在社会科学与人类学的影响日益增大的背景下，西方汉学进入新的阶段，而中外学术正统彼此主动融合的蜜月也随之过去，一个相对独立发展的时期即将开始。