咸丰十一年四月初，曾国藩将大营移至东流江面的几条大船上，并将鲍超调至安庆进攻太平军赤冈岭坚垒，皖南一带也就全仗左宗棠、张运兰各军支撑。这年七月清廷改命骆秉章总督四川，办理军务。他即奏请由左宗棠随行襄办一切。曾胡再次将左奏留，另荐刘蓉代左赴川。不久，曾国荃攻陷安庆，曾、胡、左联手夺取战略决战的胜利，使太平夭国的首都失去屏蔽，直接暴露在湘军的打击之下。不过，奏报之中大功仅及曾胡两家，左宗棠尚属一支偏师，还没有取得与之并驾齐驱的资格。
围攻安庆期间，曾、胡二人基本是协调一致的，但也发生过分歧。其中较为突出的共有两次，一是由多隆阿引起，一是因太平军西征而起。不过都是工作上分歧，并非出于个人意气。咸丰九年湘军围攻太湖之时，胡林翼“默计”多隆阿为旗籍将领，虽奉命受自己节制，但得清廷信任，实“为朝使”，遂不顾曾国藩和湘军将领的反对，命多总统前线各军，即使鲍超以此告退，亦在所不惜。他在给曾国藩的信中说：“事权不一兵家所忌。七年、八年以前，多、鲍有都公主之，故能战。今年鲍已实为总兵，多已实为副都统，一请省亲，一言伤发，情状不和，已可想见。古来将帅不和，事权不一，以众致败者不仅九节度相州一役。林翼曾奏言兵事喜一而恶二三，江忠烈曾奏以兵事少用提镇。多礼堂为人意忌情深，忮心尤胜。然临阵机智过人，且是天子之使，以副都统奉旨总统前敌，再四以权分势均为言，不可不专牍委任，将鲍、唐总归其节制调遣。否则，太湖今年之兵事，必有决裂不可收拾之状。”还说：“克己以待人，屈我以申人，唯林翼当为其忍、为其难，非如此则事必不济。如因此鲍请退，则留其兵与多。”（《胡文忠公遗集》，第67卷，第3—4页。）但是，“诸将不乐出其下，李续宜称母病久不至”，曾国荃长假不归，“鲍超亦求去，唐训方、蒋凝学等陈说军事各殊异。”多隆阿“既为统帅，遂撤太湖围，檄鲍超屯小池驿，当前敌；移蒋凝学于龙家凉亭为超后援，留唐训方三千四百人独围太湖；己屯新仓，相去二十里。”曾、胡“危之，业已听多隆阿。乃遂增兵，而飞召续宜回营。”（《湘军人物年谱》（一），第279、280页。）最后虽扭转战局，转败为胜，但曾国藩与大多数湘军将领一样，对胡林翼此举，始终保有不同看法。曾国藩当时曾致函李续宜，催令“星夜前来，预为补救之地”，“扶危定倾”。其中有五可虑之说：“连日雨雪，泥深数尺，鲍营新移，墙濠难修，前御大股援贼，后逼太湖城贼，多公隔二十里外，难遽救应。一可虑也。太湖城贼万人，能战者约六千。唐公仅三千四百人，且多新立之营，岂能遏此城贼？”“二可虑也。多公忮而盈满，观其举动于左季公所谓‘宜静、宜整、宜无示之以形’三者，恰与相反。三可虑也。润帅新调舒公及逸亭、干臣马队万人”，“深入太猛，后路太空。其余际昌等天堂一军，贼若分支扑犯，则无兵可以拨援。四可虑也。敝军现扎宿松，本可为后继之师。无如人数近万，无一统领，如散钱委地；中有新募四千人，尤不可恃。万一前敌稍有疏失，敝军竟不足资补救。五可虑也。”（《曾文正公书札》，第9卷，第43、44页。）此其一。曾国藩担任两江总督后，根据形势的变化，再次对整个兵力部署，作了较大调整。其主要意图是，既要坚持围攻安庆，又须摆出进军苏南的姿态，以应付清政府和苏南士绅的责难。为此，二人又调整部署，重新分工，曾国藩带兵进驻皖南，拉出由皖入苏的架势；而胡林翼仍留英山，继续指挥各军进攻安庆。同时决定，主攻安庆的曾国荃一军交胡林翼指挥，仍担负主攻安庆的任务；而将原属湖北的鲍超霆字营交由曾国藩调遣，会同张运兰、朱品隆各军一万数千人随曾渡江。这样，就对湖北方面带来不利影响。其原来的部署是：多隆阿驻桐城挂车河主任打援，李续宜驻青草塥策应各路，余际昌驻霍山为第三路防兵，霆军扎机动位置为第四路防兵。由于李、鲍两军皆有机动能力，虽后方兵力空虚，有事尚可补救。而鲍超调走后，机动兵力削弱，遂使这种兵力部署的弱点更加突出。咸丰十一年春，太平军为解安庆之围而发动二次西征，陈、李两部南北呼应，威胁武汉。胡林翼后悔莫及，急得吐血，至有“笨人下棋，死不顾家”（《胡文忠公遗集》，第81卷，第13页。）之叹。他还在给李续宜的信中说：“林翼舍田芸人，失地千里，贻害万家，此正俗谚所谓死棋不顾家也。”（《胡林翼未刊往来函稿》，第103页。）此时，曾国藩已移驻东流，直接指挥曾国荃一军，理应将霆营交还胡林翼。然而，当李续宜一军难以兼顾两岸，胡林翼欲调鲍超回援湖北时，却成了难上加难之事。胡林翼先调鲍超继多隆阿，均遭曾国藩拒绝，后经二人面商，决定派鲍超回援（《曾文正公手书日记》，咸丰十一年五月十二日一十五日。）湖北，曾国藩又不顾信义，中途变卦，批准鲍超攻打宿松、黄梅的请求，“令其暂驻宿松，听桐、怀消息”，并在给曾国荃的信中解释说：“前缄允以霆军听润帅调遣，今亦将失信”，他所以“不严催其南渡，亦恐多公吃不住也。”（《曾文正公家书》，咸丰十一年五月二十四日、二十八日。）这就是说，胡林翼已将整个战局的重心移往武汉，而曾国藩所关注的中心还在安庆。从客观上讲，是因太平军西征击中敌人要害，引起曾胡之间战役指挥上的重大意见分歧，曾国藩似乎比胡林翼更坚毅，颇有临变不惊的气概。实则并不尽然，主要还是由于各自利害的不同，引起不同的反应。而在鲍超的调遣上，则暴露出曾国藩的私心，其于朋友情义和个人胸怀似不如胡林翼。鲍超向以令行禁止、动作神速著称，其回师援鄂若如赴救南昌那样积极，曾国藩也就无机可乘。谁知他受命驰救武昌途中，竟有缓行五日之请，以应官绅之邀而攻打宿松。这就正中曾国藩下怀。因曾国藩此时只怕安庆有失，老九被歼，并不在乎武昌的安危。因武昌失守倒霉的只是官文与胡林翼，同他了无关系，只有南昌失守，责任才会追到他的头上。若鲍超真的到了武昌，李秀成回师猛攻南昌，形势岌岌可危，而胡林翼又偏偏扣住霆营不放，曾国藩亦未必能以坚定不摇，事后也不会耻笑胡林翼临事把持不定了。不过，总的来看，胡林翼借曾国藩所遣罗泽南援师而成名，曾国藩复借胡林翼之力而成安庆决战之功，二人相辅相成，皆属不可或缺。至于关键时刻，个人品行上出现的差别，也就微不足道了。只是那些将曾国藩吹捧为完人的人，不应忽视这些细节。就个人道德品质而论，曾某自有足可称道之处，但其无论何时，都难免世人指评，除其政治、社会因素之外，主要还是因为他的品行，实际上并非象后人说得那样完美无缺。
三、兴盛期：时间约为同治元年至七年，其标志是曾国藩节制四省军务和李鸿章、左宗棠剿平捻军。这一时期又分为两个阶段，第一阶段同治元年至三年，主要是对太平军作战，从三路进军开始到攻陷天京结束；第二阶段同治四年到七年，主要是对捻军作战，从曾国藩北上剿捻开始到李鸿章、左宗棠剿平西捻军为止。
安庆之役是湘军与太平军之间的一场战略决战，通过这次战役，湘军不仅控制了安徽全省，打开了进攻天京的大门，而且瓦解太平军主力陈玉成部，使太平军在长江以北再没有大支主力部队，从而取得整个战争的决定性胜利。如果太平天国对清朝的战争，可以分为三个阶段的话，咸丰元年至六年可作第一阶段，太平军实施战略进攻，清王朝实行战略防御。咸丰六至十一年可作第二阶段，双方互有胜负，战争处于相持状态。同治元年至三年可作第三阶段，以湘、淮军为主力的清朝军队对太平军发动全面战略进攻，太平军全面防御，步步后退，最后天京陷落，宣告失败。由此可知，正是安庆决战的胜利，揭开了湘、淮军战略进攻的序幕，并将曾国藩集团推向兴旺发达的巅峰。
当曾胡联手攻取安徽的时候，太平军李秀成部却在江南获得较大发展，最后虽失去安徽一省，但却取得天下最称富庶的苏杭地区。所以，清政府既得安徽，又望江浙，于咸丰十一年十月命曾国藩督办苏、皖、赣、浙四省军务，所有四省自巡抚、提、镇以下官员悉归节制，以使他能够尽职尽责。于是，曾国藩相应部署，形成三路进军之势，整个军政集团亦进入迅猛扩张时期。不过，曾国藩早有攻取天京和杭州的打算，此项部署可谓势在必行，惟另派新军赴沪作战一事，出于计划之外，在一定程度上带有偶然性。
曾国荃攻陷安庆一月之后，即乘胜发动攻势，很快攻占无为等沿江重镇。同治元年二月扩充兵力后迅速向前推进，连陷巢县、含山、和州、太平、繁昌、芜湖等府县，于当年四月进扎雨花台，直逼天京城下。此后又不断增厚兵力，于本部吉字营三万五千人外，复增调原属李续宜、唐训方的萧庆衍、毛有铭及太平军降将韦俊三军一万五千人，总兵力达五万人，成为三支大军的主力和人数最众的部队。
浙江的富庶是尽人皆知的，加以地方官员如何桂清、王有龄等善于搜刮，故一度成为清军的主要饷源。在很长一个时期，江南大营的军饷即主要由浙江供应。江南大营瓦解后，曾国藩亟望分润其余，得到浙江的部分协饷。故当浙抚王有龄向其求救时，曾国藩慨然应诺，并作出切实布置。咸丰十年李元度补授浙江温处道，并奉札回籍募勇，即为援浙一事。不意其后浙抚派使洽谈时，竟言不及协饷之事。曾国藩遂将李元度奏留皖南，改任徽宁池太道，援浙之事就此搁置。迨至咸丰十一年左宗棠旧话重提，则情况已有所不同。曾国藩一方面奏请以左宗棠节制徽、饶、广三府驻军，自行奏报军情，并先期驻镇邻近浙省的广信，以婺源、河口、景德镇三卡厘金为饷源；一方面与之定议“以固徽保饶、广为根本”（《左宗棠年谱》，咸丰十一年十月条。），积极为进军浙江做准备，但戒其兵力单薄，后方空虚，万不可贸然入浙。随之，曾国藩又奏请以左宗棠督办浙江军务，并奏参王有龄不谙军情，密保左宗棠接任浙江巡抚。至于何时入浙，则反反复复，摇摆不定，倏尔催其速进，倏尔劝其缓行。左宗棠则稳扎广信，按兵不动。咸丰十一年十一月二十八日，太平军攻占杭州，浙江巡抚王有龄自杀身亡。曾国藩一面致函左宗棠催令迅速入浙，一面奏调远在广西的蒋益澧迅速带兵援浙。左宗棠亦上奏清廷，端出收复浙江的全套计划。清政府很快批准这一计划，并任命左宗棠为浙江巡抚。于是，左宗棠挥军入浙，成为进攻太平天国的第二路兵马。真可谓机关算尽，各得其所。只是曾国藩迟迟不救王有龄之事，几乎人人皆知，更一直遭到杭州人的怨恨。《清人逸事·王壮愍》称，“杭州未陷时，壮愍力求救于曾文正。文正先以他事与壮愍有隙，故迟之，而李秀成兵入杭州矣。壮愍自缢院署桂花树下，秀成入，叹为忠臣，以王者冠服葬之。故杭人多秀成而少曾侯也。”（《清朝野史大观》，第7卷，第185页。）
曾国藩集团进攻太平天国的第三支人马是李鸿章的淮军。咸丰十一年十月，前湖南巡抚钱宝琛之子钱鼎铭，受苏南官绅派遣，奔赴安庆泣血求援。曾国藩感其包胥秦庭之哭，兼羡上海饶富，便慨然应允此事。曾国藩鉴于湖南兵源枯竭，早就有意以湘军营制，募练淮上剽悍之勇，另建一支新军。此时兵力缺乏，难以分拨大支兵勇赴沪，遂决定派李鸿章回籍募勇，建立淮军，开赴上海应援，其原辖淮扬水师亦随同东下，配合作战。又虑淮军新立，难以独当一面，故从曾国荃各部抽调湘军弁勇程学启等四千人随行，以壮行色。曾国藩最初所派赴沪人选除李鸿章外，还有曾国荃与陈士杰，担当主角的亦非李鸿章，故所派湘军半由曾国荃部抽调，连并非皖籍的营官郭松林、杨鼎勋、滕嗣林、滕嗣武亦皆入选。为促令陈士杰赴沪，曾国藩还先事奏荐他为江苏按察使，并获旨准。后因曾国荃、陈士杰拒不应命，方形成李鸿章独当一面的局面。至于淮军赴沪的行军路线，曾国藩初拟从镇江附近冲过太平军防区，经陆路到达上海。同治元年二月钱鼎铭雇外国轮船六艘，由上海直达安庆，前来迎接淮军。他们遂改乘洋轮，明目张胆地穿越天京城下江面，分三批开往上海。从而，不仅在军事上开辟出一个对太平军作战的新战场，而且在政治上大大方便和加强了曾国藩集团同外国侵略者的联系。三月底李鸿章全军抵沪，并经曾国藩密荐，奉旨署理江苏巡抚。
除上述主战场外，在此前后，这个集团还分别在广西、贵州、四川等省开辟了几个次战场，镇压当地农民和少数民族起义。太平军离开广西以后，当地天地会组织继续发动起义，咸丰七年蒋益澧带兵入援也未能解决问题。咸丰九年石达开由湖北进入广西，分兵包围桂林。湖南巡抚骆秉章派刘长佑、萧启江赴援，蒋益澧一军已先期进入桂林府城助守，三军合计总兵力近两万人。石达开撤围南走之后，湘军便对陈开、陈金刚、张高友等天地会起义军发动进攻。咸丰十年四月刘长佑出任广西巡抚，由刘坤一接统其军，继续进攻占据柳州、贺县两地的陈开、陈金刚军。战至咸丰十一年秋，二陈失败，石达开返回湖南，广西战事告一段落。同治元年蒋益澧应调援浙，湘军在广西的兵力减少，天地会黄鼎凤、张高友乘虚而起，分别对得州、阳朔发动进攻。刘长佑急忙率兵援救，湖南亦派遣江忠义、李明惠入援，合刘坤一军大举反攻，先歼灭张高友一支，同时对黄鼎凤步步进逼，深入腹地。起义军顽强抵抗，据险固守，双方时停时打，争战一年有余，直到同治三年四月湘军方攻克最后据点，黄鼎凤全军覆没，广西起义军遭到最后失败。
咸丰九年湖南出援广西的同时，还派遣田兴恕赴援贵州，所部一再扩充，兵力最多时大约有四千五百人。活跃在贵州的主要是号军，有红号、白号、青号、黄号之分。这里情况复杂，矛盾尖锐，统治力量薄弱，故对田兴恕的到来，当地官绅仰如救星，清政府亦倚为柱石，而曾国藩集团势力所及，亦只有这支军队。因而，田兴恕虽目不识丁，默于大体，仍得步步提升，位至方面。咸丰九年十二月以候补总兵署理贵州提督，咸丰十年十月实授。同年十二月授钦差大臣，督办贵州军务。咸丰十一年八月复兼署贵州巡抚。然而，田兴恕的能力和见识，却并未随着官位的升迁而提高。政治上的颟顸和经济上的横征暴敛，终于激起各方面的反对，军队亦因乏饷而士气低落，接连失败，加以捕斩天主教士，为法国所逼，清政府迫于无奈，只好将他解职。咸丰十一年十二月解署抚任，同治元年二月革钦差大臣职，七月解贵州提督职，交部议处。同治二年又奉命援川，灰溜溜地离开贵州。田兴恕走后，援黔湘军愈不振，三万多人仅堪闭门固守。苗民起义军势转盛，先后统兵之员皆受处分，兆琛、周洪印革职，李元度降一级。直到同治六年席宝田带兵万人入黔，形势始有好转，合李元度等部苦战五载，延至同治十一年才将苗民起义镇压下去。