咸丰九年秋李永和、蓝大顺在四川发动起义，湖南巡抚奉清政府命，派萧启江率六千湘军入川援救，却不久病死。随后又调曾国藩、左宗棠入川，亦皆未成行。咸丰十年八月复命湖南巡抚骆秉章，赴川督办军务，咸丰十一年七月授四川总督，督办军务如故。随同骆秉章入川的还有刘蓉、黄淳熙及湘军弁勇五千人，连同萧启江旧部兵力达一万二千人左右。其后又增调刘岳昭、易佩绅、周达武三军，加上挑练川军和萧启江旧部的扩充，使总兵力达三万二千多人。骆秉章咸丰十一年正月抵川，经过一年另八个月的争战，首先将李蓝起义军打败，李永和被俘斩首，蓝大顺带少数部队北走入陕。接着，集中兵力对同治元年入川的石达开展开进攻。石达开先是北渡长江受阻，后又在紫打地抢渡大渡河失败，而先行渡河的主力赖裕新余部亦被逼远走，最后陷于绝境，全军覆没。刘蓉入川之后升迁迅速，咸丰十一年九月以候补知府署四川布政使，同治元年二月实授。四川形势稳定后，复于同治二年六月奉命督办陕南军务，七月迁陕西巡抚。与此同时，湘军兵力渐次由四川移入陕西南部，先后派易佩绅、萧庆高、朱秋桂等增援汉中。这样，战事逐步转到陕西，四川也就成了湘军的后方。
主战场上的三支部队，左、李两路进军都较顺利。左宗棠自同治元年正月入浙，由于蒋益澧一军的加入和中法常捷军洋枪队的支持，一路进军顺利，没有遇到什么风险，打什么恶仗，除在衢州相持较久外，进展相当迅速。同治三年二月湘军攻陷杭州，李侍贤、陈炳文等十数万太平军南下福建、广东，浙江战事渐次结束。李鸿章淮军到达上海不久，正值李秀成撤军西去，率主力解救天京之围，仅留下少数部队在上海地区作战。迨同治元年冬天李秀成回到苏州，淮军在上海已站稳脚跟。同时，李鸿章到达上海后，由于得到苏南士绅和外国侵略者的支持，逐渐改用洋枪，加上五千多人的中英常胜军洋枪队及新式大炮的配合，很快在武器准备上超过太平军，占据优势。另外，由于苏南社会和李秀成错误思想的影响，这里的太平军政治动摇，士气低落，各地将领纷纷同敌人暗中勾结，接洽投降。继同治元年十一月骆国忠在常熟叛变后，同治二年十月郜永宽等八人又杀死主将谭绍光，献出苏州城投降。这就为李鸿章淮军攻城略地大大提供了方便。若不是李鸿章和程学启在苏州大杀降人，他们在常州等地就不会遇到那样顽强的抵抗，进军速度或许会更快一些。
相比之下，曾国荃一路则经受波折较多，攻陷天京的时间亦较迟。由于原定助攻天京的多隆阿远走陕西，驻扎雨花台的吉字等营，实际上成为孤军。其后虽将原属李续宜、唐训方的萧庆衍、毛有铭两军和降将韦俊拨归曾国荃指挥，使总兵力达五万之众，而面对高大坚厚的天京城墙，兵力仍显不足。尤其当李秀成大军来援、日夜围攻之时，形势更是岌岌可危。李秀成大军东撤之后，驻扎天京城外及皖南各地的湘军，又疾疫流行，造成大批弁兵非战斗死亡。曾国藩最小的胞弟曾国葆，即死于此疫。及至流行病过去之后，又遇到缺粮缺饷的困难。尤其同治三年春天，苏杭等城相继收复之后，廷旨一再催促李鸿章前往助攻，而曾国荃却要独占其功，由此引发出曾国藩集团的种种矛盾。
在大局一定、清方必胜的情况下，曾国藩集团的内部矛盾无非争名争利之事。当淮军攻入浙江的嘉兴之后，曾与左宗棠部湘军发生过一些冲突，后得到妥善解决。而湘淮军争夺攻陷天京之功，则虽未成为事实，却其中颇多曲折。刘体智《异辞录》云：“方诏之日促也，铭、盛诸将皆跃跃欲试。或日：‘湘军百战之绩，垂成之功，岂甘为人夺？若往，鲍军遇于东坝，必战！’刘壮肃曰：‘湘军之中，疾疫大作，鲍军十病六七，岂能当我巨炮。’文忠存心忠厚，终不许。”所谓“存心忠厚”不过是“迁延不行，显然让功之意”。所以，曾国藩对李“益感不置”。“及大功告成，文忠至金陵，官场迎于下关，文正前执其手曰：‘愚兄弟薄面赖子全矣。’”（《异辞录》，第1卷，第38—39页。）不过，李鸿章让功并非全由“存心忠厚”，而主要还是出于自身利害的考虑。曾国荃历尽艰辛攻夺天京，无非贪功贪财，其弁兵上下，甚至忍饥挨饿都不肯散去，亦不过为了攻进城中大抢一通。吉字营过去在吉安、景德镇、安庆都是这样干的，兵法所谓“用贪用憨”似亦此意。所以，淮军若来助攻，中途是否会遭到鲍超霆营的拦截，不敢断定，而与曾国荃吉字营的火并，则似乎不可避免的。同治三年六月李鸿章经受不住廷旨的一再催逼，终于在得到曾国藩的同意后决定西行，率兵助攻天京。消息传出，立刻引起曾国荃及其部下的愤怒与恐慌，遂决心不顾一切，抢在淮军到来之前，攻陷天京。六月十五日，正在前线指挥攻城的曾国荃，接到李鸿章有关来函后，立即“传示诸将曰：‘他人至矣。艰苦二年以与人邪？！’众皆曰：‘愿尽死力。’”（《能静居日记》，同治三年六月十五日。）侥幸于当晚攻陷城池，淮军也没有前往助攻，从而避免了一场火并。
然而，曾氏兄弟同沈葆桢、左宗棠之间的矛盾，却没有这样容易解决，以至双方僵持不下，闹到长期不通音问的地步。这次争闹可分为两个阶段，前后大约有半年的时间。（参见拙著《曾国藩传》，第191—193页，第230—231页。）先是同治三年三月因沈葆桢在户部偏袒下，强行截留原由曾国藩支用的江西厘金一事，引发了曾、沈之间的一场厘金争夺战。继因曾国荃走脱幼天王一事，左宗棠、沈葆桢得理不让人，狠挖曾氏兄弟的面皮，导致曾国藩老羞成怒，反唇相讥，亦借以抵制清政府。曾国藩复奏称：“杭州省城克复时，伪康王汪海洋、伪听王陈炳文两股十万之众，全数逸出，尚未纠参，此次逸出数百人”，为什么定要即刻参办？“向使破城之夜，该逆大开十三门，每门冲出数百人，不仅由缺口一路，官军亦未必能悉数截剿。向使李秀成不因乡民争匿羁延时刻，官军亦未必能既脱复擒”（《曾文正公奏稿》，第21卷，第14页。），那时又当如何？从而加深了双方的矛盾。这次争闹使清政府坐收渔人之利，曾国藩集团则蒙受了一定损失。首先是，曾、左之间自咸丰八年以来遇事函商的现象不见了，双方的名声也受到一些影响。这不能不使人感到胡林翼死得早了一些。胡林翼是双方都易接受的人物，以往曾、左之间关系得以调整，多借助于他。胡若不死，这两次争闹或许可以避免，即使发生矛盾，大约也不会闹到这样严重的地步。就常理而论，曾国藩与沈葆桢间的争闹，理亏的是沈葆桢。他截留江西厘金不能说没有理由，但做法不妥。主要是违背了曾国藩集团通行已久的惯例，即先内部商定再向上奏请的一贯做法，从而为清廷的挑拨离间造成可乘之机，以致伤害了双方的感情。至于曾、左之间的争闹，则理亏在曾，主动在左，就是说，在很大程度上是由左宗棠挑起的。如果换上曾国藩集团的其他人，大概就不会这样干。例如，胡林翼对曾国藩的看法与左宗棠差不多，亦认为其不善治兵，自入窘境，“恐德足以入文庙，功必不足入太庙”，“异日稗官野史，将蒙千古之忧”（《胡林翼未刊往来函稿），第27页。），但却从未向其领袖地位挑战。再如，李鸿章也得到了幼天王出走的消息，致函曾国荃称：“据各营察报，幼主已至广德，处处皆有此说，但不知人数多少耳。”（《能静居日记》，同治三年七月初十日。）只是他既不像曾国藩那样谎报军情，也不像左宗棠那样上奏清廷，揭发二曾走失幼天王之过。左宗棠也曾致函曾国荃。赵烈文同治三年七月十五日《能静居日记》载：“拟左制军等信稿五十五件。见左来信，有逆子洪福瑱迎入湖州，辅、堵各逆假以号召之说。”（时赵在雨花台大营）从言辞上看，大约与奏折写于同时，亦可据情理推知，左、李二人也同样向曾国藩通报了此事。然清政府接到左折，就立即发下措辞严厉的谕旨：“洪填福（左折称‘伪幼主洪填福’）谅即洪福瑱。昨据曾国藩奏洪福瑱积薪自焚，茫无实据，似已逃出伪宫。李秀成供曾经挟之出城，后始分散，其为逃出已、无疑义。湖熟防军所报斩杀净尽之说，全不可靠。著曾国藩查明此外究有逸出若干，并将防范不力之员弁，从重参办。”（左宗棠：《左文襄公全集·奏稿》（以下简称《左文襄公奏稿》），萃文堂刻刷局光绪十六年刊，第10卷，第6页。幼天王的名字为洪天贵，清方误为洪福瑱，而左宗棠在奏折中则误为满填福。）曾国藩无法承受来自各方的压力，遂作困兽之斗。至于左宗棠一定要这样做的原因，则其本人和他的后人，做出两种不同的解释。他在家书中曾称，“吾与侯所争者，国事兵略，非争权竞势比。同时纤儒妄生揣拟之词，何值一哂耶。”就是说，全属公心，毫无私意。而他的后人，在1985年长沙学术讨论会上，则把左宗棠的这次争闹解释为掩护曾国藩的政治计谋，以曾、左分裂之假象，释清廷对曾之疑。不知究竟孰是孰非，或许左家另有密传，外人无从得知。不过，以现有资料看，左宗棠的话恐怕要打些折扣。实际上自同治元年以来，曾、左关系即开始淡化。曾有大事相询，左往往不答，以至引起曾的不满，致函责之曰：“文忠死，希庵归，此间竟罕共谋大局之人。每有大调度，常以缄咨敬商尊处，公每置之不论，岂其未足与语耶？！（《曾文正公书札》，第20卷，第4页。）”又说：“弟数年在外，忧愤无如近时。文忠不作，希庵归去，孤怀郁郁，公将何以教我？”（《曾文正公书札》，第20卷，第21页。）若与前面“才略太欠，自入窘乡”之说联系起来看，很难说左宗棠一秉公心，毫无私欲。起码是心有疏忽，思虑不周，未能充分估计到此举的严重后果。
天京的陷落宣告了太平天国革命的失败，但却并不意味着战争的结束，清王朝同起义军之间的战争，在东南、西北、西南以及广大黄、淮地区，仍继续进行。东南地区主要是南下闽、粤的太平军残部，西北地区主要是回民起义军和陈玉成派出的陈得才远征军，西南地区主要是号军和少数民族起义军，活跃在黄、淮广大地区的主要是新捻军。经过一年的发展，于同治四年再现高潮。曾、左、李及众多湘淮将领，奉清廷之命重上战场，从而使这个集团继续保持兴旺发达的态势。
杭州陷落后，李侍贤、陈炳文等部太平军南下福建，左宗棠只好挥军紧追。其后，陈炳文投降，李侍贤为部下杀害，大股太平军在汪海洋带领下进入广东，由于鲍超叛勇的加入，在同治四年声势又复壮大起来。曾国藩急催鲍超回营，左宗棠也率兵进入广东，双方合力，经过几场恶仗之后，才将这部分太平军镇压下去，至同治四年底东南战事基本结束。
这一时期活跃在山东一带的起义军，主要是赖文光领导的新捻军。捻军曾长期同太平军联合作战，是太平军的忠实盟友。太平军所以能够在天京事变后再振声威，在很大程度上借助于捻军的支持与合作。而后随着安庆、庐州的失陷和陈玉成的牺牲，捻军在皖北亦陷人孤立无援的境地。僧格林沁乘机发动进攻，于同治二年攻陷捻军的根据地雉河集，杀害捻军首领张洛行，并在蒙、毫一带展开疯狂的大屠杀，使数万群众无家可归。这些不甘屈服的人们，重新集结起来，在张宗禹、任化邦等人的领导下，转入湖北、河南境内，继续坚持斗争。同治三年以陈得才为首的远征西北太平军，为解天京之围兼程东援，后因断粮被官文等军围困在鄂、豫、皖交界地区。他们双方会合后，全军达到几十万人，分编为四个大队，声势复壮。不久，却因天京失陷、军心动摇而连遭失败。结果，陈得才自杀，马融和叛变，主力部队被歼，仅剩下两支较小的部队保留下来。一支退回陕西南部，一支在赖文光的领导下转战于鄂、豫、皖地区，继续坚持斗争。赖文光是太平军中少有的文武兼资的将领。他在极为困难的条件下，很快将张宗禹、任化邦为代表的数万蒙、毫群众团结在自己周围，并以太平军的军政制度将之加以整编，使它由原来带有民兵性质的武装力量变为野战部队。史称新捻军。从此，他们以新的面貌和战略战术，纵横驰骋于黄河以南、淮河以北的广大地区，不断发展壮大，尤其同治四年四月，在山东曹县地区阵斩僧格林沁、打垮所属各部后，声势转盛，成为继太平军之后最强大的一支起义武装。清廷闻讯惊慌，急派曾国藩带兵剿捻，湘淮军对捻军的战争，遂成为清王朝镇压人民起义的主战场。同治四年五月曾国藩自江宁出发，北上剿捻。由于江宁城外的湘军大部裁撤，鲍超霆营南下广东，故曾国藩此次出征主要调用淮军，所用湘军不足万人。由此引发出曾、李之间的种种矛盾。淮军随曾国藩出征后，李鸿章仍暗中遥控，牢牢抓住指挥权不放。遇有调遣，各将敷衍不听指挥，仍要函请李鸿章后再定行止，以致贻误军机，作战失利。曾国藩指挥不灵，苦恼异常，不得不致函李鸿章，要求他交出淮军指挥权，不要再干预营中事务。函称：“目下淮勇各军既归蔽处统辖，则阁下当一切付之不管，凡向尊处私有请求，批令概由蔽处核夺。则号令一而驱使较灵。”又说：“以后鄙人于淮军，除遣撤营头必先商左右外，其余或进或止，或分或合，或保或参，或添勇或休息假归，皆蔽处径自主持，如有不妥，请阁下密函相告。”（《曾文正公书札》，第25卷，第37页。）经过这次交涉，李鸿章稍事缩手，曾国藩的处境亦稍有好转，但没有根本解决问题，致令其大悔裁勇过速一事，有“聚九州铁不能铸错”之语。曾国藩剿捻失败，与此亦不无关系。
由于捻军不再如太平军那样坚守城镇，实行大规模机动作战，曾国藩亦只好重新摸索制胜之术。他先行重点布防，继为马队追剿，后又采刘铭传防河之议，欲以天然河道限捻军之马脚。他在刘铭传的禀贴上批道：“防守沙河之策，从前无以此议相告者，贵军门创建之，本部堂主持之。凡发一谋，举一事，必有风波磨折，必有浮议摇撼。从前水师之设，创议于江忠烈公，安庆之围，创议于胡文忠公。其后本部堂办水师，一败于靖江，再败于湖口，将弁皆愿去水而就陆，坚忍维持，而后再振。安庆未合围之际，祁门危机，黄、德糜烂，群议撤安庆之围援彼二处，坚忍力争而后有济。至金陵百里之城，孤军合围，群议皆恐蹈和、张之覆辙，即本部堂亦不以为然，厥后坚忍支撑，竟以地道成功。可见，天下事果能坚忍不懈，总可有志竟成。办捻之法，马队即不得力，防河亦属善策，但须以坚忍持之。”“无论何等风波、何等浮议，本部堂当一力承担，不与建议者相干，即有咎豫兵不应株守一隅者，亦当一力承担，不与豫抚部院相干。此本部堂之贵乎坚忍也。”“愿与贵军门共勉之。”（《曾文正公全集·批札》（以下简称《曾文正公批札》），第3卷，第65、66页。）然清政府却不让他再建勋业，一遇挫败即乘机易帅，命其回任两江总督。